# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.009 0.042 0.587 0.007 0.012 0.019 0.006 0.003 0.039 0.105 0.016 0.066 0.088 2 S 0.003 0.017 0.736 0.007 0.015 0.015 0.003 0.001 0.031 0.058 0.012 0.063 0.039 3 L 0.002 0.018 0.218 0.002 0.316 0.140 0.002 0.001 0.025 0.037 0.122 0.008 0.109 4 L 0.001 0.025 0.230 0.006 0.222 0.186 0.001 0.002 0.016 0.076 0.188 0.034 0.011 5 E 0.001 0.013 0.256 0.002 0.206 0.207 0.001 0.001 0.011 0.128 0.153 0.005 0.017 6 S 0.001 0.008 0.217 0.001 0.121 0.355 0.001 0.001 0.003 0.127 0.159 0.004 0.004 7 K 0.001 0.004 0.053 0.003 0.060 0.462 0.001 0.001 0.001 0.106 0.307 0.002 0.001 8 G 0.001 0.006 0.102 0.001 0.052 0.495 0.001 0.001 0.002 0.077 0.257 0.002 0.004 9 L 0.001 0.003 0.057 0.001 0.041 0.850 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.003 0.004 10 E 0.001 0.002 0.022 0.001 0.045 0.893 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 0.002 0.002 11 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.042 0.905 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 0.001 0.003 12 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.012 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.030 0.001 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.001 0.002 14 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.027 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 16 I 0.001 0.002 0.017 0.001 0.043 0.844 0.001 0.001 0.003 0.006 0.080 0.001 0.003 17 A 0.001 0.002 0.045 0.004 0.045 0.694 0.001 0.002 0.006 0.038 0.153 0.006 0.004 18 S 0.002 0.002 0.033 0.009 0.035 0.294 0.001 0.001 0.004 0.076 0.536 0.004 0.006 19 G 0.004 0.003 0.100 0.010 0.022 0.147 0.001 0.001 0.006 0.111 0.575 0.008 0.009 20 T 0.024 0.015 0.391 0.009 0.027 0.102 0.004 0.003 0.030 0.102 0.113 0.125 0.055 21 V 0.067 0.037 0.195 0.009 0.034 0.085 0.017 0.010 0.056 0.039 0.042 0.031 0.377 22 Q 0.086 0.057 0.115 0.059 0.020 0.055 0.021 0.019 0.051 0.044 0.026 0.375 0.072 23 R 0.039 0.017 0.224 0.011 0.035 0.054 0.011 0.006 0.037 0.034 0.043 0.032 0.459 24 A 0.015 0.011 0.346 0.032 0.036 0.051 0.004 0.002 0.022 0.131 0.174 0.107 0.070 25 D 0.004 0.004 0.189 0.012 0.020 0.022 0.001 0.001 0.008 0.135 0.573 0.011 0.019 26 G 0.004 0.011 0.202 0.007 0.023 0.026 0.001 0.001 0.006 0.318 0.356 0.017 0.028 27 S 0.006 0.040 0.527 0.004 0.021 0.025 0.002 0.001 0.010 0.140 0.060 0.119 0.045 28 I 0.018 0.052 0.243 0.007 0.064 0.051 0.004 0.001 0.014 0.044 0.045 0.030 0.427 29 Q 0.019 0.023 0.215 0.041 0.075 0.092 0.004 0.002 0.020 0.059 0.096 0.300 0.053 30 N 0.027 0.018 0.203 0.019 0.096 0.101 0.004 0.001 0.015 0.072 0.084 0.031 0.329 31 Q 0.011 0.021 0.296 0.008 0.030 0.083 0.002 0.001 0.009 0.136 0.028 0.333 0.042 32 S 0.017 0.034 0.304 0.005 0.069 0.119 0.002 0.001 0.009 0.060 0.065 0.027 0.287 33 L 0.015 0.020 0.276 0.020 0.116 0.177 0.002 0.001 0.007 0.111 0.091 0.100 0.064 34 H 0.007 0.007 0.152 0.030 0.226 0.226 0.002 0.001 0.009 0.093 0.175 0.021 0.052 35 E 0.015 0.006 0.099 0.017 0.262 0.233 0.003 0.002 0.012 0.069 0.204 0.034 0.045 36 A 0.051 0.013 0.160 0.024 0.103 0.192 0.011 0.005 0.046 0.071 0.133 0.104 0.088 37 L 0.166 0.028 0.113 0.012 0.034 0.100 0.027 0.011 0.035 0.042 0.065 0.145 0.223 38 I 0.157 0.083 0.146 0.025 0.022 0.073 0.022 0.012 0.039 0.042 0.057 0.104 0.217 39 T 0.033 0.025 0.405 0.012 0.015 0.036 0.006 0.003 0.026 0.076 0.049 0.175 0.141 40 R 0.008 0.013 0.207 0.016 0.049 0.066 0.002 0.001 0.011 0.143 0.360 0.027 0.097 41 D 0.004 0.008 0.254 0.021 0.036 0.028 0.001 0.001 0.006 0.199 0.390 0.036 0.018 42 R 0.007 0.013 0.233 0.019 0.147 0.071 0.001 0.001 0.006 0.209 0.190 0.030 0.073 43 K 0.029 0.029 0.214 0.040 0.160 0.083 0.003 0.001 0.011 0.106 0.145 0.061 0.117 44 Q 0.116 0.026 0.118 0.022 0.105 0.035 0.013 0.002 0.021 0.047 0.043 0.252 0.200 45 V 0.168 0.011 0.099 0.031 0.024 0.025 0.017 0.005 0.036 0.025 0.025 0.070 0.462 46 F 0.179 0.015 0.052 0.027 0.003 0.006 0.012 0.003 0.011 0.019 0.005 0.588 0.079 47 R 0.121 0.015 0.088 0.008 0.007 0.008 0.012 0.002 0.014 0.015 0.012 0.070 0.628 48 I 0.064 0.019 0.273 0.025 0.024 0.021 0.006 0.003 0.016 0.048 0.052 0.252 0.197 49 E 0.033 0.011 0.216 0.080 0.074 0.017 0.006 0.001 0.014 0.111 0.211 0.078 0.149 50 D 0.008 0.004 0.079 0.032 0.066 0.007 0.003 0.001 0.013 0.217 0.482 0.054 0.033 51 S 0.022 0.020 0.316 0.040 0.043 0.006 0.008 0.006 0.050 0.213 0.149 0.027 0.101 52 I 0.023 0.020 0.384 0.019 0.010 0.005 0.012 0.023 0.052 0.145 0.009 0.265 0.032 53 P 0.060 0.018 0.138 0.019 0.017 0.010 0.122 0.101 0.148 0.030 0.019 0.019 0.300 54 V 0.119 0.020 0.060 0.042 0.014 0.009 0.266 0.154 0.095 0.012 0.014 0.167 0.029 55 L 0.114 0.047 0.114 0.022 0.019 0.008 0.169 0.119 0.180 0.022 0.020 0.027 0.140 56 L 0.010 0.015 0.653 0.010 0.010 0.006 0.012 0.024 0.108 0.066 0.011 0.048 0.029 57 P 0.003 0.013 0.460 0.010 0.222 0.063 0.002 0.004 0.026 0.099 0.043 0.004 0.050 58 E 0.001 0.004 0.118 0.007 0.527 0.177 0.001 0.001 0.004 0.092 0.060 0.005 0.003 59 E 0.001 0.008 0.093 0.002 0.451 0.268 0.001 0.001 0.003 0.070 0.093 0.003 0.007 60 A 0.001 0.010 0.170 0.001 0.157 0.454 0.001 0.003 0.008 0.095 0.081 0.005 0.012 61 I 0.001 0.014 0.273 0.003 0.065 0.417 0.001 0.004 0.012 0.133 0.063 0.007 0.007 62 A 0.002 0.006 0.211 0.004 0.079 0.401 0.001 0.002 0.012 0.134 0.127 0.005 0.016 63 T 0.003 0.004 0.144 0.007 0.092 0.443 0.002 0.003 0.026 0.084 0.160 0.015 0.017 64 I 0.007 0.008 0.139 0.012 0.136 0.437 0.004 0.008 0.059 0.052 0.081 0.015 0.042 65 Q 0.017 0.012 0.144 0.015 0.094 0.291 0.013 0.027 0.115 0.047 0.064 0.124 0.036 66 I 0.028 0.011 0.143 0.007 0.067 0.230 0.027 0.034 0.166 0.028 0.079 0.012 0.168 67 A 0.031 0.029 0.236 0.024 0.026 0.114 0.022 0.031 0.102 0.100 0.080 0.180 0.024 68 N 0.008 0.027 0.535 0.005 0.019 0.048 0.006 0.004 0.046 0.122 0.086 0.012 0.083 69 F 0.001 0.008 0.709 0.002 0.014 0.026 0.001 0.001 0.009 0.152 0.046 0.019 0.012