# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.111 0.016 0.318 0.386 0.003 0.025 0.016 0.003 0.004 0.002 0.015 0.016 0.067 0.001 0.007 0.009 2 S 0.013 0.051 0.251 0.256 0.011 0.269 0.005 0.009 0.002 0.002 0.012 0.027 0.078 0.002 0.002 0.009 3 L 0.011 0.044 0.028 0.421 0.061 0.115 0.010 0.011 0.005 0.002 0.197 0.019 0.057 0.011 0.002 0.006 4 L 0.007 0.149 0.057 0.256 0.018 0.088 0.012 0.041 0.006 0.003 0.045 0.199 0.090 0.006 0.017 0.006 5 E 0.007 0.042 0.035 0.071 0.010 0.226 0.013 0.020 0.017 0.015 0.060 0.052 0.368 0.003 0.009 0.054 6 S 0.019 0.009 0.020 0.012 0.028 0.120 0.041 0.007 0.005 0.007 0.352 0.054 0.266 0.047 0.003 0.008 7 K 0.007 0.115 0.024 0.013 0.001 0.014 0.001 0.044 0.002 0.001 0.180 0.298 0.178 0.001 0.117 0.007 8 G 0.001 0.008 0.004 0.005 0.002 0.046 0.002 0.001 0.011 0.011 0.021 0.499 0.344 0.005 0.001 0.040 9 L 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.099 0.015 0.861 0.002 0.002 0.001 10 E 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.087 0.887 0.001 0.002 0.002 11 A 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.951 0.001 0.001 0.023 12 L 0.001 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.942 0.001 0.003 0.005 13 N 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.002 14 K 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.959 0.001 0.001 0.006 15 A 0.002 0.017 0.014 0.019 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.047 0.784 0.042 0.002 0.036 16 I 0.002 0.005 0.065 0.005 0.004 0.007 0.048 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.797 0.012 0.032 0.012 17 A 0.001 0.009 0.010 0.006 0.038 0.008 0.148 0.007 0.001 0.002 0.010 0.016 0.111 0.613 0.009 0.013 18 S 0.021 0.022 0.016 0.019 0.001 0.003 0.005 0.102 0.010 0.001 0.007 0.006 0.064 0.005 0.700 0.019 19 G 0.017 0.008 0.081 0.034 0.001 0.009 0.005 0.001 0.097 0.037 0.006 0.010 0.081 0.002 0.006 0.606 20 T 0.735 0.014 0.129 0.062 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.026 0.001 0.001 0.010 21 V 0.010 0.027 0.453 0.320 0.013 0.089 0.006 0.003 0.001 0.001 0.015 0.017 0.034 0.006 0.002 0.002 22 Q 0.003 0.170 0.050 0.608 0.008 0.082 0.003 0.015 0.001 0.001 0.006 0.012 0.035 0.001 0.002 0.005 23 R 0.006 0.024 0.016 0.185 0.112 0.439 0.017 0.009 0.012 0.005 0.083 0.014 0.060 0.002 0.001 0.016 24 A 0.009 0.033 0.028 0.030 0.269 0.017 0.264 0.020 0.001 0.002 0.153 0.024 0.015 0.130 0.002 0.003 25 D 0.002 0.022 0.010 0.015 0.002 0.030 0.002 0.495 0.011 0.002 0.005 0.024 0.010 0.001 0.369 0.001 26 G 0.005 0.013 0.019 0.015 0.001 0.005 0.001 0.002 0.174 0.079 0.030 0.006 0.025 0.001 0.003 0.624 27 S 0.855 0.010 0.027 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.039 0.024 0.001 0.001 0.007 28 I 0.011 0.033 0.502 0.032 0.010 0.154 0.026 0.002 0.001 0.001 0.096 0.020 0.096 0.009 0.004 0.006 29 Q 0.007 0.302 0.045 0.171 0.003 0.113 0.003 0.030 0.002 0.001 0.049 0.130 0.122 0.002 0.015 0.007 30 N 0.010 0.135 0.066 0.374 0.004 0.023 0.015 0.003 0.044 0.005 0.022 0.040 0.114 0.002 0.003 0.139 31 Q 0.100 0.012 0.356 0.271 0.002 0.031 0.017 0.004 0.002 0.001 0.017 0.027 0.143 0.001 0.004 0.011 32 S 0.006 0.036 0.151 0.087 0.032 0.470 0.016 0.007 0.003 0.002 0.030 0.027 0.119 0.009 0.001 0.006 33 L 0.006 0.038 0.007 0.124 0.019 0.074 0.006 0.022 0.002 0.001 0.516 0.046 0.125 0.005 0.006 0.002 34 H 0.004 0.088 0.014 0.057 0.007 0.052 0.009 0.014 0.011 0.005 0.035 0.422 0.246 0.013 0.009 0.012 35 E 0.027 0.040 0.059 0.082 0.002 0.013 0.010 0.013 0.013 0.004 0.074 0.047 0.503 0.005 0.055 0.054 36 A 0.027 0.024 0.285 0.137 0.001 0.025 0.008 0.002 0.010 0.004 0.008 0.053 0.289 0.005 0.009 0.113 37 L 0.052 0.037 0.387 0.244 0.004 0.024 0.011 0.002 0.002 0.001 0.010 0.006 0.168 0.004 0.006 0.042 38 I 0.013 0.044 0.305 0.471 0.012 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.064 0.003 0.002 0.018 39 T 0.008 0.043 0.073 0.153 0.086 0.495 0.025 0.012 0.002 0.002 0.012 0.005 0.065 0.008 0.002 0.008 40 R 0.006 0.170 0.047 0.114 0.060 0.069 0.026 0.074 0.004 0.004 0.347 0.013 0.025 0.018 0.010 0.012 41 D 0.009 0.086 0.015 0.036 0.007 0.334 0.006 0.056 0.041 0.011 0.047 0.235 0.034 0.005 0.067 0.010 42 R 0.040 0.107 0.054 0.026 0.004 0.019 0.011 0.006 0.024 0.010 0.396 0.045 0.091 0.009 0.019 0.141 43 K 0.202 0.205 0.173 0.085 0.001 0.014 0.005 0.009 0.009 0.002 0.011 0.177 0.052 0.004 0.031 0.024 44 Q 0.024 0.034 0.668 0.127 0.001 0.032 0.011 0.001 0.004 0.001 0.003 0.003 0.043 0.001 0.004 0.042 45 V 0.027 0.035 0.468 0.433 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.008 46 F 0.006 0.009 0.144 0.808 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 47 R 0.004 0.024 0.066 0.707 0.064 0.115 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 48 I 0.002 0.019 0.006 0.155 0.209 0.487 0.006 0.023 0.002 0.002 0.074 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 49 E 0.002 0.245 0.007 0.064 0.093 0.086 0.009 0.189 0.010 0.006 0.193 0.066 0.009 0.009 0.011 0.002 50 D 0.014 0.150 0.013 0.090 0.003 0.065 0.005 0.111 0.135 0.041 0.090 0.139 0.029 0.002 0.077 0.037 51 S 0.108 0.111 0.245 0.062 0.001 0.005 0.006 0.002 0.094 0.011 0.013 0.018 0.022 0.001 0.005 0.297 52 I 0.288 0.009 0.505 0.136 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.016 0.001 0.002 0.004 53 P 0.007 0.038 0.611 0.265 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 54 V 0.002 0.016 0.015 0.931 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 55 L 0.002 0.024 0.041 0.881 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.002 56 L 0.004 0.019 0.032 0.601 0.013 0.251 0.002 0.005 0.001 0.001 0.016 0.008 0.046 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.033 0.007 0.089 0.026 0.597 0.002 0.008 0.002 0.002 0.106 0.047 0.078 0.001 0.001 0.001 58 E 0.002 0.057 0.003 0.051 0.006 0.021 0.002 0.010 0.002 0.001 0.561 0.187 0.087 0.003 0.003 0.002 59 E 0.004 0.042 0.028 0.052 0.001 0.012 0.002 0.005 0.006 0.002 0.022 0.459 0.327 0.001 0.018 0.020 60 A 0.008 0.009 0.087 0.034 0.001 0.012 0.011 0.001 0.003 0.001 0.009 0.012 0.713 0.003 0.001 0.095 61 I 0.022 0.017 0.141 0.072 0.002 0.034 0.012 0.002 0.001 0.001 0.013 0.014 0.657 0.002 0.003 0.008 62 A 0.002 0.037 0.053 0.065 0.002 0.171 0.006 0.003 0.001 0.001 0.028 0.033 0.583 0.003 0.003 0.011 63 T 0.008 0.075 0.026 0.128 0.003 0.037 0.004 0.003 0.004 0.001 0.101 0.062 0.514 0.007 0.005 0.021 64 I 0.015 0.032 0.093 0.154 0.001 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.020 0.121 0.518 0.003 0.009 0.018 65 Q 0.008 0.012 0.104 0.089 0.002 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.696 0.004 0.003 0.023 66 I 0.009 0.016 0.089 0.151 0.030 0.045 0.026 0.004 0.001 0.001 0.039 0.009 0.508 0.052 0.006 0.014 67 A 0.007 0.087 0.055 0.223 0.017 0.053 0.016 0.038 0.004 0.002 0.019 0.059 0.342 0.016 0.048 0.014 68 N 0.011 0.049 0.039 0.135 0.050 0.106 0.070 0.015 0.023 0.016 0.028 0.028 0.260 0.053 0.013 0.103 69 F 0.087 0.046 0.101 0.096 0.030 0.045 0.070 0.046 0.011 0.007 0.141 0.024 0.163 0.027 0.066 0.040