# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.091 0.238 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.052 0.080 0.462 2 S 0.077 0.170 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.209 0.071 0.305 3 L 0.048 0.106 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.129 0.104 0.545 4 L 0.090 0.114 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.096 0.095 0.476 5 E 0.160 0.348 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.036 0.050 0.387 6 S 0.144 0.516 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.056 0.034 0.243 7 K 0.006 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.047 0.209 8 G 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.025 9 L 0.026 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.109 0.008 0.025 10 E 0.023 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.007 0.024 11 A 0.004 0.877 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.012 0.052 12 L 0.017 0.857 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.075 0.009 0.026 13 N 0.079 0.759 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.122 0.009 0.023 14 K 0.033 0.317 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.416 0.029 0.182 15 A 0.042 0.210 0.097 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.398 0.041 0.176 16 I 0.430 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.148 0.063 0.282 17 A 0.047 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.044 0.105 0.746 18 S 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.021 0.106 0.788 19 G 0.011 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.059 0.117 0.535 20 T 0.055 0.052 0.004 0.002 0.002 0.007 0.017 0.005 0.015 0.013 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.302 0.072 0.076 0.362 21 V 0.033 0.020 0.009 0.003 0.060 0.125 0.055 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.004 0.003 0.003 0.196 0.064 0.058 0.341 22 Q 0.025 0.016 0.029 0.003 0.131 0.020 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.005 0.004 0.252 0.080 0.058 0.338 23 R 0.388 0.008 0.010 0.001 0.019 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.085 0.046 0.051 0.374 24 A 0.265 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.039 0.070 0.580 25 D 0.042 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.040 0.083 0.778 26 G 0.020 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.078 0.088 0.672 27 S 0.036 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.139 0.033 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.126 0.103 0.067 0.312 28 I 0.054 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.043 0.004 0.025 0.007 0.002 0.003 0.062 0.200 0.079 0.420 29 Q 0.037 0.199 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.055 0.048 0.014 0.005 0.075 0.157 0.081 0.309 30 N 0.097 0.260 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.025 0.007 0.046 0.098 0.095 0.336 31 Q 0.040 0.249 0.016 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.123 0.120 0.101 0.326 32 S 0.039 0.198 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.054 0.118 0.452 33 L 0.278 0.140 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.072 0.072 0.325 34 H 0.292 0.114 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.069 0.077 0.376 35 E 0.033 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.100 0.081 0.623 36 A 0.018 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.118 0.124 0.471 37 L 0.046 0.021 0.010 0.002 0.013 0.044 0.060 0.005 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.086 0.092 0.389 38 I 0.011 0.010 0.019 0.002 0.052 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.126 0.048 0.121 0.574 39 T 0.161 0.009 0.043 0.001 0.107 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.128 0.098 0.063 0.365 40 R 0.210 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.045 0.084 0.627 41 D 0.153 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.045 0.075 0.679 42 R 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.021 0.105 0.641 43 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.042 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.039 0.058 0.562 44 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.092 0.105 0.004 0.013 0.003 0.002 0.003 0.386 0.054 0.037 0.172 45 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.011 0.003 0.102 0.044 0.018 0.008 0.380 0.067 0.040 0.307 46 F 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.033 0.035 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.142 0.100 0.015 0.370 0.049 0.025 0.126 47 R 0.015 0.003 0.009 0.003 0.112 0.046 0.033 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.012 0.297 0.104 0.037 0.275 48 I 0.021 0.002 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.469 0.062 0.071 0.349 49 E 0.390 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.038 0.050 0.426 50 D 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.014 0.129 0.732 51 S 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.014 0.095 0.776 52 I 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.026 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.058 0.081 0.382 53 P 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.043 0.029 0.002 0.014 0.004 0.002 0.003 0.238 0.058 0.075 0.471 54 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.058 0.026 0.009 0.003 0.481 0.020 0.059 0.318 55 L 0.006 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.015 0.005 0.256 0.017 0.092 0.554 56 L 0.222 0.302 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.125 0.085 0.061 0.179 57 P 0.295 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.049 0.032 0.122 58 E 0.156 0.479 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.043 0.042 0.250 59 E 0.037 0.148 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.158 0.098 0.450 60 A 0.047 0.311 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.103 0.095 0.342 61 I 0.106 0.230 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.115 0.110 0.356 62 A 0.041 0.406 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.069 0.063 0.348 63 T 0.060 0.408 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.036 0.083 0.324 64 I 0.054 0.083 0.038 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.167 0.081 0.380 65 Q 0.218 0.074 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.101 0.070 0.354 66 I 0.272 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.063 0.071 0.521 67 A 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.028 0.109 0.771 68 N 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.011 0.096 0.826 69 F 0.021 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.017 0.157 0.750