# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.069 0.413 0.003 0.013 0.020 0.022 0.056 0.012 0.001 0.066 0.325 2 S 0.112 0.354 0.007 0.017 0.032 0.052 0.049 0.007 0.002 0.136 0.232 3 L 0.050 0.138 0.007 0.029 0.012 0.025 0.084 0.006 0.002 0.143 0.505 4 L 0.079 0.195 0.022 0.051 0.015 0.015 0.090 0.019 0.006 0.182 0.325 5 E 0.090 0.743 0.002 0.002 0.002 0.003 0.014 0.009 0.001 0.011 0.125 6 S 0.035 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.023 0.112 7 K 0.002 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.011 0.065 8 G 0.004 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.042 0.016 9 L 0.018 0.683 0.018 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.250 0.015 10 E 0.040 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.036 0.017 11 A 0.013 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.038 0.051 12 L 0.006 0.925 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.022 0.030 13 N 0.018 0.874 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.042 0.053 14 K 0.050 0.542 0.012 0.007 0.009 0.006 0.025 0.004 0.001 0.237 0.108 15 A 0.025 0.152 0.055 0.017 0.012 0.027 0.059 0.008 0.011 0.500 0.134 16 I 0.351 0.109 0.027 0.021 0.007 0.011 0.055 0.018 0.007 0.195 0.200 17 A 0.149 0.149 0.006 0.046 0.015 0.019 0.074 0.009 0.001 0.052 0.481 18 S 0.016 0.063 0.003 0.012 0.008 0.024 0.088 0.002 0.001 0.055 0.727 19 G 0.022 0.083 0.004 0.047 0.066 0.099 0.136 0.003 0.001 0.071 0.467 20 T 0.051 0.081 0.003 0.065 0.088 0.157 0.094 0.006 0.002 0.073 0.381 21 V 0.028 0.011 0.003 0.051 0.120 0.138 0.096 0.002 0.002 0.061 0.488 22 Q 0.032 0.007 0.007 0.086 0.135 0.204 0.073 0.002 0.001 0.070 0.383 23 R 0.232 0.006 0.002 0.041 0.031 0.057 0.074 0.003 0.001 0.070 0.482 24 A 0.221 0.007 0.001 0.023 0.017 0.020 0.125 0.003 0.001 0.034 0.548 25 D 0.012 0.007 0.001 0.010 0.013 0.017 0.091 0.001 0.001 0.018 0.829 26 G 0.019 0.014 0.002 0.014 0.049 0.046 0.081 0.001 0.001 0.054 0.720 27 S 0.054 0.052 0.001 0.039 0.131 0.126 0.095 0.006 0.001 0.087 0.409 28 I 0.044 0.034 0.002 0.033 0.066 0.081 0.080 0.005 0.001 0.134 0.520 29 Q 0.012 0.043 0.002 0.044 0.126 0.186 0.082 0.002 0.001 0.051 0.451 30 N 0.077 0.192 0.002 0.014 0.036 0.056 0.050 0.003 0.001 0.088 0.482 31 Q 0.067 0.240 0.005 0.022 0.103 0.073 0.075 0.004 0.001 0.105 0.304 32 S 0.037 0.453 0.007 0.013 0.018 0.048 0.069 0.005 0.001 0.065 0.282 33 L 0.121 0.425 0.007 0.028 0.023 0.058 0.053 0.017 0.002 0.055 0.210 34 H 0.184 0.369 0.003 0.014 0.028 0.069 0.045 0.009 0.001 0.042 0.234 35 E 0.034 0.065 0.004 0.019 0.065 0.180 0.070 0.002 0.001 0.236 0.324 36 A 0.012 0.063 0.004 0.051 0.117 0.195 0.091 0.002 0.001 0.130 0.335 37 L 0.033 0.069 0.006 0.072 0.225 0.246 0.053 0.005 0.001 0.128 0.162 38 I 0.013 0.017 0.005 0.035 0.194 0.228 0.065 0.003 0.002 0.072 0.365 39 T 0.091 0.020 0.006 0.033 0.141 0.217 0.059 0.003 0.001 0.086 0.343 40 R 0.118 0.012 0.006 0.027 0.067 0.076 0.082 0.004 0.001 0.086 0.520 41 D 0.141 0.013 0.005 0.025 0.036 0.044 0.124 0.005 0.001 0.060 0.546 42 R 0.051 0.008 0.002 0.016 0.031 0.037 0.088 0.002 0.001 0.025 0.739 43 K 0.015 0.004 0.001 0.023 0.084 0.098 0.099 0.001 0.001 0.035 0.639 44 Q 0.005 0.004 0.001 0.064 0.143 0.359 0.088 0.001 0.001 0.038 0.297 45 V 0.006 0.003 0.001 0.041 0.108 0.181 0.082 0.001 0.001 0.038 0.541 46 F 0.001 0.001 0.001 0.072 0.461 0.280 0.032 0.001 0.001 0.021 0.132 47 R 0.027 0.004 0.005 0.048 0.156 0.268 0.040 0.002 0.001 0.096 0.352 48 I 0.279 0.003 0.002 0.056 0.148 0.104 0.079 0.004 0.001 0.081 0.243 49 E 0.121 0.002 0.003 0.026 0.037 0.064 0.093 0.002 0.001 0.056 0.596 50 D 0.004 0.001 0.001 0.084 0.069 0.179 0.121 0.001 0.001 0.015 0.525 51 S 0.006 0.001 0.001 0.026 0.029 0.046 0.063 0.001 0.001 0.012 0.817 52 I 0.002 0.001 0.001 0.050 0.520 0.193 0.045 0.001 0.001 0.010 0.178 53 P 0.020 0.005 0.001 0.221 0.068 0.131 0.049 0.002 0.001 0.059 0.445 54 V 0.001 0.001 0.001 0.029 0.192 0.180 0.144 0.001 0.001 0.010 0.444 55 L 0.005 0.018 0.001 0.180 0.055 0.093 0.066 0.001 0.001 0.040 0.542 56 L 0.162 0.318 0.003 0.029 0.026 0.013 0.038 0.010 0.001 0.052 0.347 57 P 0.235 0.622 0.001 0.004 0.002 0.003 0.021 0.025 0.001 0.013 0.074 58 E 0.208 0.388 0.005 0.004 0.002 0.008 0.034 0.015 0.002 0.075 0.259 59 E 0.049 0.194 0.008 0.027 0.007 0.023 0.081 0.004 0.002 0.168 0.438 60 A 0.020 0.351 0.011 0.009 0.016 0.025 0.060 0.006 0.001 0.118 0.383 61 I 0.077 0.533 0.007 0.007 0.015 0.013 0.046 0.014 0.001 0.122 0.166 62 A 0.048 0.678 0.003 0.002 0.006 0.013 0.025 0.007 0.001 0.026 0.192 63 T 0.045 0.514 0.006 0.005 0.007 0.019 0.035 0.009 0.002 0.041 0.317 64 I 0.099 0.144 0.042 0.027 0.038 0.053 0.077 0.013 0.010 0.173 0.324 65 Q 0.321 0.081 0.013 0.051 0.039 0.047 0.059 0.012 0.006 0.086 0.285 66 I 0.213 0.019 0.008 0.017 0.010 0.014 0.068 0.006 0.004 0.047 0.592 67 A 0.028 0.006 0.002 0.028 0.028 0.047 0.146 0.002 0.001 0.026 0.687 68 N 0.030 0.007 0.001 0.018 0.008 0.022 0.090 0.001 0.001 0.019 0.804 69 F 0.019 0.005 0.001 0.021 0.026 0.024 0.150 0.001 0.001 0.019 0.733