# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.057 0.092 0.023 0.046 0.067 0.127 0.047 0.540 2 S 0.101 0.131 0.038 0.073 0.075 0.093 0.135 0.355 3 L 0.080 0.103 0.030 0.020 0.035 0.101 0.120 0.512 4 L 0.071 0.120 0.037 0.018 0.023 0.106 0.170 0.455 5 E 0.068 0.511 0.011 0.005 0.008 0.048 0.037 0.313 6 S 0.108 0.672 0.004 0.001 0.002 0.022 0.023 0.167 7 K 0.013 0.832 0.004 0.003 0.003 0.017 0.032 0.095 8 G 0.011 0.919 0.002 0.001 0.002 0.009 0.021 0.036 9 L 0.049 0.477 0.017 0.002 0.002 0.011 0.408 0.036 10 E 0.029 0.847 0.004 0.002 0.002 0.012 0.049 0.055 11 A 0.012 0.824 0.004 0.001 0.002 0.014 0.024 0.119 12 L 0.006 0.928 0.005 0.001 0.001 0.005 0.021 0.033 13 N 0.027 0.891 0.002 0.001 0.001 0.005 0.051 0.022 14 K 0.028 0.273 0.016 0.001 0.002 0.016 0.587 0.078 15 A 0.056 0.135 0.087 0.004 0.004 0.038 0.580 0.096 16 I 0.270 0.058 0.085 0.006 0.005 0.057 0.336 0.182 17 A 0.075 0.059 0.039 0.008 0.012 0.116 0.052 0.639 18 S 0.011 0.027 0.009 0.004 0.011 0.110 0.027 0.802 19 G 0.035 0.082 0.064 0.055 0.070 0.136 0.077 0.482 20 T 0.060 0.085 0.040 0.078 0.124 0.108 0.074 0.431 21 V 0.094 0.018 0.058 0.058 0.067 0.074 0.082 0.547 22 Q 0.041 0.005 0.127 0.087 0.209 0.071 0.055 0.405 23 R 0.131 0.003 0.041 0.035 0.051 0.085 0.058 0.595 24 A 0.191 0.006 0.014 0.020 0.019 0.086 0.045 0.619 25 D 0.046 0.009 0.008 0.006 0.016 0.092 0.027 0.796 26 G 0.025 0.009 0.019 0.031 0.060 0.104 0.028 0.725 27 S 0.030 0.020 0.037 0.130 0.132 0.093 0.058 0.501 28 I 0.057 0.024 0.048 0.082 0.067 0.103 0.095 0.524 29 Q 0.038 0.045 0.057 0.057 0.110 0.096 0.059 0.538 30 N 0.087 0.059 0.032 0.034 0.058 0.106 0.070 0.553 31 Q 0.055 0.105 0.049 0.055 0.064 0.113 0.068 0.492 32 S 0.064 0.159 0.029 0.027 0.047 0.109 0.067 0.498 33 L 0.107 0.151 0.034 0.029 0.038 0.123 0.105 0.414 34 H 0.093 0.187 0.023 0.027 0.058 0.142 0.139 0.331 35 E 0.037 0.056 0.044 0.042 0.146 0.093 0.269 0.312 36 A 0.024 0.051 0.073 0.107 0.231 0.097 0.141 0.276 37 L 0.013 0.025 0.101 0.222 0.265 0.071 0.080 0.221 38 I 0.016 0.013 0.113 0.123 0.149 0.070 0.099 0.416 39 T 0.182 0.048 0.040 0.094 0.128 0.091 0.155 0.263 40 R 0.071 0.022 0.025 0.030 0.040 0.130 0.034 0.647 41 D 0.189 0.084 0.013 0.022 0.025 0.084 0.183 0.401 42 R 0.077 0.031 0.016 0.018 0.063 0.128 0.127 0.541 43 K 0.032 0.029 0.035 0.100 0.123 0.110 0.062 0.509 44 Q 0.013 0.014 0.068 0.154 0.402 0.054 0.062 0.233 45 V 0.016 0.011 0.066 0.147 0.140 0.077 0.090 0.453 46 F 0.006 0.007 0.116 0.260 0.412 0.032 0.019 0.148 47 R 0.043 0.007 0.124 0.088 0.109 0.066 0.146 0.416 48 I 0.175 0.006 0.065 0.082 0.084 0.102 0.089 0.396 49 E 0.129 0.004 0.053 0.017 0.026 0.122 0.071 0.579 50 D 0.011 0.003 0.079 0.029 0.053 0.144 0.038 0.642 51 S 0.015 0.006 0.082 0.021 0.041 0.154 0.058 0.624 52 I 0.016 0.005 0.117 0.152 0.106 0.151 0.069 0.384 53 P 0.012 0.008 0.254 0.055 0.154 0.091 0.072 0.354 54 V 0.007 0.006 0.171 0.143 0.155 0.113 0.047 0.358 55 L 0.003 0.013 0.276 0.077 0.116 0.098 0.030 0.387 56 L 0.133 0.174 0.131 0.021 0.027 0.079 0.195 0.241 57 P 0.437 0.308 0.012 0.002 0.002 0.021 0.128 0.089 58 E 0.216 0.186 0.014 0.004 0.006 0.065 0.114 0.396 59 E 0.039 0.088 0.028 0.012 0.016 0.125 0.208 0.485 60 A 0.057 0.232 0.028 0.013 0.022 0.099 0.112 0.437 61 I 0.119 0.143 0.024 0.038 0.028 0.105 0.131 0.411 62 A 0.048 0.226 0.028 0.028 0.042 0.092 0.082 0.455 63 T 0.062 0.193 0.034 0.019 0.051 0.089 0.120 0.432 64 I 0.043 0.090 0.198 0.061 0.051 0.100 0.165 0.292 65 Q 0.089 0.052 0.171 0.050 0.102 0.085 0.092 0.359 66 I 0.154 0.011 0.061 0.025 0.037 0.079 0.060 0.575 67 A 0.045 0.005 0.138 0.061 0.103 0.132 0.026 0.490 68 N 0.021 0.005 0.034 0.016 0.041 0.114 0.046 0.724 69 F 0.047 0.006 0.036 0.022 0.024 0.151 0.056 0.658