# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.048 0.026 0.022 0.048 0.067 0.113 0.184 0.145 0.154 0.125 0.068 2 S 0.164 0.180 0.154 0.222 0.124 0.066 0.049 0.022 0.011 0.005 0.003 3 L 0.043 0.033 0.047 0.086 0.107 0.117 0.178 0.130 0.120 0.081 0.057 4 L 0.012 0.013 0.011 0.026 0.046 0.061 0.141 0.157 0.190 0.183 0.159 5 E 0.076 0.255 0.152 0.231 0.131 0.058 0.052 0.023 0.012 0.006 0.002 6 S 0.175 0.120 0.114 0.173 0.129 0.114 0.094 0.040 0.021 0.013 0.006 7 K 0.491 0.185 0.084 0.124 0.055 0.025 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 8 G 0.179 0.227 0.056 0.195 0.120 0.069 0.080 0.044 0.018 0.009 0.004 9 L 0.002 0.002 0.004 0.006 0.015 0.044 0.101 0.113 0.229 0.251 0.233 10 E 0.050 0.078 0.368 0.258 0.148 0.053 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 11 A 0.008 0.024 0.199 0.163 0.143 0.197 0.157 0.060 0.028 0.015 0.005 12 L 0.001 0.002 0.006 0.007 0.013 0.026 0.076 0.107 0.239 0.263 0.260 13 N 0.006 0.008 0.018 0.049 0.086 0.126 0.254 0.183 0.137 0.101 0.034 14 K 0.017 0.053 0.607 0.198 0.072 0.028 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 15 A 0.023 0.027 0.068 0.112 0.157 0.162 0.249 0.127 0.042 0.021 0.012 16 I 0.006 0.006 0.007 0.011 0.016 0.028 0.072 0.124 0.212 0.260 0.259 17 A 0.045 0.088 0.094 0.134 0.153 0.137 0.168 0.086 0.051 0.031 0.014 18 S 0.102 0.113 0.205 0.234 0.152 0.081 0.057 0.028 0.015 0.008 0.005 19 G 0.289 0.068 0.048 0.065 0.065 0.075 0.150 0.096 0.070 0.046 0.028 20 T 0.114 0.180 0.057 0.235 0.142 0.088 0.091 0.046 0.027 0.013 0.007 21 V 0.005 0.004 0.006 0.009 0.017 0.028 0.058 0.091 0.197 0.240 0.346 22 Q 0.054 0.092 0.127 0.245 0.226 0.101 0.077 0.042 0.020 0.011 0.006 23 R 0.042 0.060 0.109 0.155 0.135 0.132 0.156 0.090 0.061 0.040 0.020 24 A 0.027 0.039 0.025 0.056 0.068 0.115 0.170 0.128 0.150 0.130 0.092 25 D 0.164 0.227 0.063 0.178 0.115 0.071 0.079 0.047 0.031 0.017 0.008 26 G 0.480 0.111 0.066 0.107 0.070 0.050 0.054 0.030 0.017 0.009 0.005 27 S 0.376 0.201 0.085 0.151 0.075 0.043 0.037 0.016 0.009 0.005 0.003 28 I 0.047 0.057 0.026 0.066 0.081 0.106 0.151 0.136 0.140 0.108 0.081 29 Q 0.092 0.107 0.058 0.151 0.156 0.103 0.123 0.097 0.057 0.036 0.019 30 N 0.091 0.129 0.146 0.177 0.121 0.116 0.110 0.054 0.030 0.020 0.006 31 Q 0.122 0.124 0.167 0.235 0.139 0.090 0.065 0.032 0.015 0.007 0.003 32 S 0.263 0.230 0.076 0.161 0.089 0.056 0.062 0.035 0.015 0.009 0.004 33 L 0.015 0.016 0.014 0.034 0.050 0.068 0.131 0.149 0.201 0.184 0.137 34 H 0.128 0.162 0.138 0.194 0.139 0.082 0.079 0.042 0.021 0.012 0.004 35 E 0.035 0.053 0.168 0.234 0.161 0.145 0.106 0.050 0.027 0.015 0.006 36 A 0.028 0.025 0.042 0.053 0.067 0.143 0.228 0.151 0.123 0.092 0.048 37 L 0.006 0.011 0.015 0.046 0.067 0.099 0.180 0.169 0.190 0.141 0.076 38 I 0.004 0.005 0.016 0.016 0.028 0.052 0.125 0.133 0.215 0.240 0.166 39 T 0.029 0.092 0.240 0.247 0.175 0.087 0.069 0.029 0.018 0.010 0.005 40 R 0.195 0.143 0.124 0.170 0.121 0.082 0.088 0.044 0.019 0.010 0.005 41 D 0.203 0.235 0.064 0.134 0.090 0.071 0.085 0.055 0.031 0.021 0.011 42 R 0.123 0.094 0.041 0.128 0.124 0.133 0.163 0.096 0.053 0.032 0.013 43 K 0.309 0.151 0.172 0.169 0.082 0.048 0.034 0.019 0.008 0.005 0.002 44 Q 0.032 0.080 0.103 0.176 0.140 0.181 0.172 0.061 0.034 0.016 0.006 45 V 0.007 0.009 0.015 0.021 0.032 0.045 0.088 0.118 0.196 0.236 0.234 46 F 0.016 0.016 0.034 0.063 0.094 0.159 0.205 0.145 0.131 0.097 0.039 47 R 0.030 0.152 0.244 0.282 0.140 0.065 0.044 0.022 0.012 0.007 0.004 48 I 0.006 0.005 0.007 0.014 0.031 0.045 0.121 0.162 0.189 0.184 0.235 49 E 0.278 0.285 0.088 0.153 0.079 0.045 0.035 0.017 0.010 0.006 0.003 50 D 0.074 0.066 0.062 0.152 0.138 0.138 0.166 0.094 0.060 0.031 0.019 51 S 0.249 0.147 0.068 0.135 0.098 0.073 0.085 0.055 0.041 0.030 0.017 52 I 0.006 0.010 0.008 0.021 0.026 0.054 0.132 0.133 0.255 0.222 0.133 53 P 0.033 0.081 0.062 0.168 0.162 0.145 0.115 0.090 0.066 0.047 0.032 54 V 0.011 0.008 0.016 0.028 0.049 0.065 0.125 0.180 0.187 0.167 0.164 55 L 0.012 0.018 0.024 0.058 0.102 0.087 0.152 0.183 0.142 0.121 0.101 56 L 0.002 0.004 0.006 0.012 0.024 0.026 0.074 0.128 0.229 0.254 0.241 57 P 0.093 0.134 0.110 0.245 0.163 0.089 0.080 0.036 0.028 0.015 0.007 58 E 0.156 0.086 0.107 0.182 0.124 0.108 0.125 0.054 0.033 0.016 0.008 59 E 0.151 0.143 0.103 0.201 0.133 0.099 0.092 0.043 0.020 0.009 0.005 60 A 0.019 0.028 0.030 0.052 0.066 0.078 0.161 0.153 0.161 0.128 0.124 61 I 0.018 0.023 0.040 0.052 0.075 0.092 0.142 0.128 0.155 0.153 0.122 62 A 0.073 0.156 0.248 0.233 0.125 0.062 0.047 0.025 0.017 0.009 0.004 63 T 0.078 0.060 0.081 0.155 0.137 0.116 0.147 0.102 0.064 0.038 0.022 64 I 0.041 0.030 0.033 0.066 0.075 0.095 0.159 0.162 0.149 0.113 0.078 65 Q 0.039 0.064 0.072 0.164 0.160 0.130 0.153 0.106 0.061 0.033 0.018 66 I 0.015 0.015 0.039 0.043 0.059 0.071 0.134 0.146 0.175 0.163 0.140 67 A 0.036 0.030 0.047 0.085 0.109 0.123 0.211 0.136 0.113 0.071 0.039 68 N 0.155 0.210 0.171 0.192 0.096 0.056 0.057 0.027 0.019 0.010 0.005 69 F 0.081 0.049 0.043 0.095 0.116 0.117 0.180 0.126 0.092 0.058 0.042