# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.036 0.031 0.034 0.003 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.010 0.092 0.563 2 S 0.022 0.023 0.005 0.001 0.016 0.022 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.205 0.005 0.139 0.536 3 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.020 0.929 4 L 0.034 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.358 0.008 0.192 0.366 5 E 0.105 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.015 0.270 0.522 6 S 0.134 0.161 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.017 0.044 0.572 7 K 0.039 0.091 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.088 0.745 8 G 0.156 0.052 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.258 0.494 9 L 0.057 0.268 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.113 0.527 10 E 0.019 0.500 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.049 0.410 11 A 0.011 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.283 12 L 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.051 13 N 0.022 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 14 K 0.013 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.056 15 A 0.026 0.850 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.094 16 I 0.027 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.023 17 A 0.033 0.880 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.008 0.053 18 S 0.054 0.781 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.041 0.004 0.088 19 G 0.486 0.141 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.151 0.009 0.145 20 T 0.213 0.029 0.464 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.023 0.085 0.127 21 V 0.028 0.042 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.064 0.027 0.005 0.269 0.008 0.038 0.458 22 Q 0.029 0.030 0.003 0.005 0.011 0.005 0.009 0.003 0.001 0.002 0.020 0.005 0.206 0.071 0.007 0.002 0.336 0.006 0.048 0.203 23 R 0.018 0.026 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.273 0.039 0.003 0.016 0.002 0.001 0.003 0.156 0.006 0.049 0.369 24 A 0.019 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.378 0.045 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.004 0.048 0.301 25 D 0.015 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.007 0.253 0.587 26 G 0.161 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.107 0.129 0.525 27 S 0.247 0.023 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.049 0.326 0.290 28 I 0.037 0.016 0.034 0.002 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.008 0.088 0.708 29 Q 0.020 0.018 0.003 0.002 0.209 0.326 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.004 0.057 0.183 30 N 0.059 0.028 0.006 0.001 0.012 0.058 0.054 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.010 0.088 0.571 31 Q 0.148 0.063 0.009 0.002 0.001 0.005 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.238 0.013 0.083 0.413 32 S 0.026 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.003 0.123 0.734 33 L 0.068 0.076 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.010 0.081 0.455 34 H 0.049 0.100 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.008 0.201 0.461 35 E 0.119 0.129 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.016 0.230 0.383 36 A 0.226 0.220 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.253 0.018 0.049 0.210 37 L 0.067 0.133 0.007 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.054 0.111 0.013 0.445 0.010 0.040 0.092 38 I 0.068 0.101 0.007 0.003 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.083 0.019 0.005 0.479 0.013 0.019 0.164 39 T 0.030 0.072 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.054 0.230 0.009 0.158 0.037 0.009 0.006 0.172 0.015 0.028 0.155 40 R 0.023 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.037 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.011 0.092 0.501 41 D 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.005 0.352 0.408 42 R 0.173 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.038 0.184 0.539 43 K 0.067 0.036 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.020 0.406 0.413 44 Q 0.177 0.006 0.018 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.048 0.360 0.230 45 V 0.033 0.020 0.005 0.002 0.027 0.044 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.008 0.193 0.005 0.105 0.532 46 F 0.006 0.004 0.002 0.002 0.202 0.104 0.229 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.056 0.011 0.003 0.265 0.002 0.020 0.061 47 R 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.004 0.001 0.005 0.049 0.002 0.105 0.008 0.002 0.007 0.074 0.002 0.056 0.653 48 I 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.086 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.680 0.003 0.031 0.156 49 E 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.002 0.270 0.361 50 D 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.006 0.179 0.675 51 S 0.148 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.081 0.220 0.410 52 I 0.467 0.011 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.037 0.211 0.140 53 P 0.005 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.016 0.923 54 V 0.029 0.021 0.004 0.001 0.219 0.181 0.109 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.101 0.005 0.040 0.269 55 L 0.126 0.029 0.002 0.001 0.001 0.008 0.033 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.453 0.009 0.045 0.269 56 L 0.147 0.040 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.263 0.015 0.066 0.447 57 P 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.011 0.928 58 E 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 0.092 0.847 59 E 0.020 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.261 0.692 60 A 0.425 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.116 0.369 61 I 0.326 0.409 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 0.021 0.198 62 A 0.023 0.315 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.040 0.593 63 T 0.064 0.432 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.041 0.425 64 I 0.107 0.628 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.018 0.203 65 Q 0.060 0.628 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.014 0.057 0.178 66 I 0.076 0.652 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.017 0.143 67 A 0.083 0.641 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.018 0.027 0.129 68 N 0.211 0.391 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.057 0.023 0.256 69 F 0.248 0.295 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.034 0.018 0.270