# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.114 0.091 0.020 0.188 0.045 0.125 0.062 0.005 0.001 0.006 0.344 2 S 0.047 0.065 0.006 0.139 0.083 0.099 0.108 0.003 0.001 0.005 0.445 3 L 0.047 0.083 0.014 0.093 0.025 0.046 0.061 0.003 0.001 0.006 0.622 4 L 0.069 0.124 0.004 0.142 0.040 0.082 0.229 0.005 0.001 0.005 0.301 5 E 0.088 0.127 0.006 0.041 0.010 0.037 0.334 0.007 0.001 0.008 0.344 6 S 0.104 0.297 0.004 0.032 0.011 0.031 0.086 0.007 0.001 0.006 0.422 7 K 0.101 0.203 0.005 0.010 0.005 0.008 0.106 0.006 0.001 0.007 0.549 8 G 0.073 0.156 0.009 0.009 0.002 0.004 0.266 0.004 0.001 0.005 0.472 9 L 0.087 0.403 0.024 0.011 0.009 0.018 0.170 0.003 0.001 0.003 0.271 10 E 0.023 0.632 0.002 0.005 0.006 0.009 0.070 0.001 0.001 0.001 0.251 11 A 0.010 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.159 12 L 0.024 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.038 13 N 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 14 K 0.011 0.958 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 15 A 0.016 0.952 0.007 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 16 I 0.018 0.950 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 17 A 0.031 0.884 0.007 0.002 0.005 0.008 0.007 0.015 0.001 0.001 0.040 18 S 0.085 0.678 0.023 0.006 0.006 0.011 0.010 0.038 0.001 0.002 0.141 19 G 0.329 0.261 0.033 0.016 0.017 0.018 0.018 0.055 0.001 0.006 0.246 20 T 0.214 0.100 0.219 0.022 0.027 0.026 0.091 0.016 0.001 0.007 0.277 21 V 0.043 0.106 0.049 0.047 0.121 0.127 0.057 0.004 0.001 0.004 0.442 22 Q 0.035 0.047 0.002 0.036 0.235 0.328 0.053 0.002 0.001 0.003 0.258 23 R 0.068 0.076 0.003 0.037 0.136 0.179 0.077 0.004 0.001 0.004 0.416 24 A 0.064 0.093 0.002 0.039 0.166 0.232 0.078 0.003 0.001 0.004 0.320 25 D 0.039 0.062 0.005 0.029 0.080 0.135 0.098 0.008 0.001 0.016 0.529 26 G 0.161 0.024 0.035 0.020 0.047 0.052 0.078 0.004 0.001 0.043 0.536 27 S 0.254 0.009 0.051 0.014 0.016 0.019 0.330 0.001 0.001 0.022 0.285 28 I 0.013 0.007 0.004 0.016 0.025 0.038 0.097 0.001 0.001 0.007 0.793 29 Q 0.018 0.022 0.004 0.039 0.144 0.364 0.094 0.001 0.001 0.008 0.306 30 N 0.045 0.036 0.003 0.032 0.059 0.144 0.123 0.002 0.001 0.004 0.553 31 Q 0.133 0.044 0.002 0.032 0.102 0.156 0.073 0.001 0.001 0.004 0.454 32 S 0.017 0.022 0.001 0.008 0.016 0.030 0.048 0.001 0.001 0.003 0.854 33 L 0.048 0.062 0.006 0.031 0.072 0.149 0.096 0.003 0.001 0.006 0.527 34 H 0.067 0.090 0.004 0.036 0.071 0.147 0.123 0.004 0.001 0.008 0.449 35 E 0.140 0.103 0.009 0.039 0.060 0.111 0.157 0.005 0.001 0.009 0.366 36 A 0.197 0.185 0.007 0.063 0.118 0.128 0.051 0.003 0.001 0.006 0.242 37 L 0.078 0.165 0.009 0.086 0.215 0.241 0.026 0.005 0.001 0.006 0.169 38 I 0.044 0.086 0.011 0.120 0.206 0.313 0.031 0.005 0.001 0.002 0.181 39 T 0.024 0.036 0.002 0.066 0.265 0.413 0.030 0.003 0.001 0.002 0.160 40 R 0.020 0.020 0.007 0.059 0.084 0.181 0.058 0.005 0.001 0.007 0.560 41 D 0.019 0.011 0.002 0.019 0.098 0.123 0.406 0.004 0.001 0.015 0.304 42 R 0.127 0.006 0.013 0.024 0.018 0.035 0.138 0.001 0.001 0.037 0.600 43 K 0.042 0.012 0.004 0.021 0.050 0.036 0.460 0.001 0.001 0.021 0.352 44 Q 0.252 0.006 0.027 0.042 0.044 0.056 0.353 0.001 0.001 0.039 0.179 45 V 0.071 0.044 0.002 0.064 0.095 0.203 0.083 0.001 0.001 0.005 0.432 46 F 0.009 0.010 0.003 0.075 0.385 0.436 0.012 0.001 0.001 0.002 0.067 47 R 0.002 0.008 0.001 0.024 0.072 0.097 0.029 0.001 0.001 0.001 0.765 48 I 0.016 0.014 0.002 0.085 0.188 0.505 0.036 0.001 0.001 0.001 0.152 49 E 0.014 0.042 0.001 0.046 0.098 0.208 0.129 0.002 0.001 0.007 0.453 50 D 0.082 0.023 0.003 0.030 0.026 0.041 0.183 0.003 0.001 0.008 0.599 51 S 0.299 0.043 0.003 0.034 0.008 0.017 0.168 0.013 0.001 0.019 0.397 52 I 0.450 0.037 0.036 0.082 0.027 0.036 0.097 0.005 0.001 0.017 0.214 53 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.979 54 V 0.018 0.006 0.011 0.319 0.044 0.140 0.060 0.001 0.001 0.008 0.393 55 L 0.034 0.018 0.007 0.445 0.022 0.048 0.083 0.001 0.001 0.006 0.335 56 L 0.021 0.019 0.005 0.193 0.030 0.054 0.188 0.001 0.001 0.003 0.485 57 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.986 58 E 0.003 0.003 0.001 0.016 0.003 0.008 0.296 0.001 0.001 0.002 0.669 59 E 0.231 0.022 0.001 0.016 0.002 0.004 0.270 0.001 0.001 0.011 0.443 60 A 0.539 0.168 0.002 0.012 0.002 0.004 0.029 0.002 0.001 0.003 0.239 61 I 0.331 0.321 0.018 0.024 0.007 0.011 0.048 0.007 0.001 0.003 0.230 62 A 0.071 0.270 0.011 0.022 0.008 0.012 0.039 0.005 0.001 0.002 0.559 63 T 0.067 0.274 0.016 0.023 0.011 0.020 0.050 0.010 0.001 0.003 0.525 64 I 0.108 0.400 0.012 0.030 0.019 0.020 0.053 0.009 0.001 0.004 0.345 65 Q 0.101 0.392 0.016 0.048 0.022 0.032 0.099 0.010 0.001 0.004 0.276 66 I 0.103 0.502 0.017 0.042 0.021 0.040 0.040 0.005 0.001 0.003 0.228 67 A 0.078 0.496 0.008 0.067 0.029 0.051 0.054 0.010 0.001 0.004 0.202 68 N 0.118 0.298 0.010 0.028 0.016 0.028 0.086 0.026 0.001 0.007 0.384 69 F 0.197 0.288 0.026 0.041 0.023 0.044 0.039 0.013 0.001 0.005 0.323