# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.135 0.068 0.067 0.026 0.067 0.063 0.013 0.560 2 S 0.068 0.058 0.039 0.032 0.046 0.184 0.010 0.564 3 L 0.059 0.051 0.023 0.014 0.024 0.092 0.009 0.728 4 L 0.156 0.175 0.065 0.030 0.062 0.121 0.009 0.382 5 E 0.154 0.156 0.025 0.011 0.019 0.138 0.016 0.481 6 S 0.128 0.282 0.044 0.006 0.028 0.041 0.016 0.455 7 K 0.094 0.211 0.026 0.003 0.010 0.065 0.016 0.575 8 G 0.068 0.117 0.017 0.002 0.004 0.211 0.020 0.562 9 L 0.049 0.297 0.031 0.002 0.006 0.374 0.006 0.235 10 E 0.031 0.535 0.006 0.001 0.002 0.097 0.003 0.325 11 A 0.022 0.818 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.131 12 L 0.030 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.034 13 N 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 14 K 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.033 15 A 0.027 0.882 0.003 0.001 0.001 0.020 0.014 0.052 16 I 0.054 0.894 0.005 0.001 0.001 0.015 0.008 0.021 17 A 0.045 0.882 0.016 0.003 0.002 0.007 0.011 0.034 18 S 0.075 0.756 0.014 0.002 0.004 0.007 0.048 0.094 19 G 0.461 0.141 0.030 0.006 0.006 0.010 0.253 0.093 20 T 0.320 0.057 0.150 0.052 0.016 0.097 0.093 0.215 21 V 0.014 0.014 0.285 0.156 0.080 0.097 0.005 0.350 22 Q 0.006 0.006 0.139 0.317 0.329 0.048 0.003 0.153 23 R 0.020 0.022 0.061 0.083 0.126 0.100 0.005 0.583 24 A 0.036 0.031 0.115 0.154 0.245 0.101 0.008 0.311 25 D 0.027 0.025 0.032 0.048 0.094 0.123 0.014 0.637 26 G 0.149 0.013 0.037 0.031 0.063 0.092 0.056 0.558 27 S 0.227 0.011 0.047 0.041 0.037 0.346 0.027 0.264 28 I 0.034 0.012 0.044 0.042 0.053 0.176 0.006 0.635 29 Q 0.020 0.016 0.080 0.134 0.286 0.170 0.005 0.289 30 N 0.052 0.025 0.041 0.029 0.077 0.087 0.010 0.679 31 Q 0.127 0.050 0.099 0.091 0.141 0.119 0.011 0.362 32 S 0.016 0.016 0.021 0.020 0.024 0.067 0.006 0.831 33 L 0.053 0.027 0.085 0.099 0.264 0.052 0.010 0.410 34 H 0.032 0.028 0.054 0.106 0.103 0.135 0.008 0.535 35 E 0.057 0.040 0.032 0.055 0.092 0.087 0.015 0.620 36 A 0.243 0.099 0.092 0.101 0.145 0.060 0.014 0.248 37 L 0.077 0.054 0.107 0.244 0.283 0.039 0.009 0.187 38 I 0.013 0.014 0.134 0.340 0.355 0.019 0.004 0.119 39 T 0.010 0.010 0.069 0.288 0.431 0.023 0.004 0.165 40 R 0.014 0.012 0.045 0.166 0.245 0.056 0.005 0.456 41 D 0.007 0.005 0.019 0.068 0.085 0.425 0.010 0.381 42 R 0.159 0.007 0.042 0.023 0.054 0.193 0.054 0.469 43 K 0.139 0.017 0.023 0.033 0.036 0.452 0.038 0.262 44 Q 0.321 0.006 0.031 0.039 0.041 0.317 0.042 0.203 45 V 0.049 0.019 0.055 0.118 0.205 0.073 0.007 0.474 46 F 0.006 0.002 0.063 0.381 0.467 0.029 0.001 0.051 47 R 0.006 0.003 0.010 0.084 0.082 0.056 0.002 0.756 48 I 0.007 0.002 0.097 0.139 0.614 0.020 0.002 0.119 49 E 0.008 0.008 0.029 0.119 0.125 0.272 0.007 0.431 50 D 0.076 0.004 0.037 0.031 0.048 0.143 0.032 0.629 51 S 0.163 0.009 0.090 0.022 0.038 0.205 0.051 0.422 52 I 0.342 0.005 0.115 0.039 0.025 0.301 0.019 0.154 53 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.983 54 V 0.007 0.001 0.350 0.150 0.283 0.064 0.002 0.143 55 L 0.013 0.002 0.502 0.066 0.149 0.049 0.002 0.218 56 L 0.006 0.003 0.487 0.111 0.157 0.048 0.001 0.186 57 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.006 0.001 0.981 58 E 0.008 0.002 0.089 0.021 0.078 0.182 0.003 0.619 59 E 0.092 0.013 0.021 0.013 0.018 0.187 0.012 0.646 60 A 0.406 0.054 0.013 0.012 0.023 0.076 0.012 0.404 61 I 0.323 0.190 0.023 0.030 0.055 0.073 0.007 0.299 62 A 0.103 0.196 0.010 0.015 0.031 0.059 0.008 0.578 63 T 0.101 0.249 0.015 0.014 0.060 0.062 0.012 0.486 64 I 0.134 0.450 0.027 0.017 0.032 0.060 0.012 0.270 65 Q 0.083 0.433 0.044 0.023 0.027 0.109 0.014 0.268 66 I 0.096 0.521 0.047 0.020 0.039 0.045 0.015 0.217 67 A 0.143 0.473 0.062 0.024 0.034 0.039 0.022 0.203 68 N 0.163 0.285 0.028 0.019 0.024 0.051 0.052 0.379 69 F 0.228 0.189 0.073 0.019 0.033 0.050 0.042 0.367