# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.142 0.498 0.192 0.070 0.045 0.025 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 2 S 0.091 0.305 0.379 0.023 0.065 0.067 0.013 0.001 0.052 0.003 0.001 3 L 0.443 0.086 0.338 0.045 0.016 0.048 0.004 0.001 0.013 0.001 0.006 4 L 0.451 0.164 0.175 0.116 0.026 0.031 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 5 E 0.474 0.059 0.201 0.137 0.039 0.036 0.029 0.003 0.015 0.006 0.001 6 S 0.606 0.065 0.110 0.098 0.025 0.031 0.033 0.006 0.019 0.007 0.001 7 K 0.812 0.010 0.072 0.073 0.005 0.007 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 8 G 0.779 0.010 0.030 0.064 0.022 0.014 0.027 0.037 0.003 0.013 0.001 9 L 0.941 0.018 0.021 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.986 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.967 0.003 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.966 0.004 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 N 0.981 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.986 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.942 0.009 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 A 0.935 0.008 0.009 0.031 0.006 0.002 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 18 S 0.317 0.013 0.053 0.552 0.006 0.004 0.048 0.002 0.004 0.001 0.001 19 G 0.057 0.003 0.023 0.015 0.021 0.002 0.105 0.667 0.001 0.105 0.001 20 T 0.243 0.195 0.384 0.095 0.031 0.035 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 21 V 0.277 0.348 0.232 0.046 0.034 0.033 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 22 Q 0.259 0.360 0.190 0.057 0.060 0.049 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 23 R 0.194 0.279 0.314 0.068 0.059 0.046 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 24 A 0.561 0.163 0.115 0.075 0.025 0.020 0.009 0.001 0.027 0.003 0.002 25 D 0.157 0.033 0.136 0.428 0.018 0.019 0.189 0.004 0.010 0.005 0.001 26 G 0.016 0.004 0.012 0.014 0.016 0.003 0.106 0.736 0.001 0.093 0.001 27 S 0.129 0.216 0.518 0.051 0.036 0.023 0.010 0.003 0.011 0.003 0.001 28 I 0.281 0.226 0.343 0.063 0.018 0.039 0.007 0.001 0.018 0.002 0.002 29 Q 0.365 0.224 0.218 0.098 0.042 0.024 0.010 0.001 0.016 0.002 0.002 30 N 0.252 0.149 0.170 0.241 0.078 0.052 0.024 0.005 0.024 0.004 0.002 31 Q 0.188 0.254 0.340 0.025 0.058 0.017 0.011 0.002 0.099 0.005 0.001 32 S 0.598 0.016 0.328 0.020 0.004 0.020 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 33 L 0.632 0.043 0.149 0.118 0.013 0.027 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 34 H 0.676 0.063 0.123 0.078 0.013 0.018 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 35 E 0.698 0.041 0.066 0.136 0.012 0.009 0.029 0.002 0.005 0.001 0.001 36 A 0.532 0.128 0.083 0.118 0.067 0.014 0.029 0.007 0.020 0.003 0.001 37 L 0.256 0.284 0.266 0.090 0.034 0.036 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 38 I 0.229 0.466 0.195 0.042 0.018 0.030 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 39 T 0.161 0.374 0.212 0.070 0.066 0.056 0.011 0.001 0.046 0.002 0.001 40 R 0.441 0.105 0.197 0.137 0.046 0.029 0.016 0.002 0.021 0.004 0.002 41 D 0.220 0.083 0.131 0.277 0.065 0.069 0.096 0.012 0.032 0.014 0.001 42 R 0.520 0.059 0.153 0.146 0.023 0.022 0.043 0.010 0.015 0.006 0.002 43 K 0.435 0.151 0.138 0.185 0.032 0.013 0.028 0.007 0.008 0.003 0.001 44 Q 0.171 0.269 0.227 0.177 0.058 0.036 0.033 0.003 0.023 0.001 0.001 45 V 0.094 0.631 0.173 0.035 0.032 0.015 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 46 F 0.022 0.764 0.091 0.008 0.079 0.014 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 47 R 0.015 0.293 0.513 0.006 0.010 0.153 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 48 I 0.158 0.393 0.338 0.026 0.024 0.035 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 49 E 0.373 0.248 0.120 0.088 0.052 0.037 0.033 0.002 0.040 0.006 0.001 50 D 0.139 0.031 0.090 0.342 0.032 0.019 0.311 0.013 0.008 0.014 0.001 51 S 0.044 0.028 0.048 0.167 0.034 0.016 0.315 0.309 0.005 0.032 0.001 52 I 0.013 0.420 0.449 0.004 0.025 0.005 0.005 0.001 0.075 0.002 0.001 53 P 0.050 0.015 0.851 0.009 0.003 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 54 V 0.036 0.653 0.215 0.024 0.032 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 55 L 0.034 0.580 0.274 0.014 0.046 0.032 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 56 L 0.010 0.211 0.567 0.003 0.049 0.050 0.002 0.001 0.106 0.001 0.001 57 P 0.632 0.005 0.313 0.008 0.005 0.012 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 58 E 0.921 0.005 0.031 0.029 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.756 0.016 0.021 0.184 0.004 0.006 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 60 A 0.525 0.077 0.064 0.276 0.013 0.012 0.021 0.001 0.011 0.001 0.001 61 I 0.474 0.233 0.176 0.040 0.016 0.016 0.015 0.001 0.027 0.001 0.001 62 A 0.592 0.062 0.235 0.048 0.008 0.037 0.009 0.001 0.006 0.001 0.002 63 T 0.644 0.098 0.080 0.123 0.020 0.013 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 64 I 0.510 0.229 0.123 0.048 0.052 0.010 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 65 Q 0.379 0.269 0.189 0.052 0.029 0.058 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 66 I 0.350 0.382 0.136 0.062 0.021 0.028 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 67 A 0.319 0.268 0.154 0.115 0.075 0.024 0.012 0.002 0.030 0.002 0.001 68 N 0.166 0.156 0.190 0.166 0.095 0.065 0.108 0.010 0.034 0.009 0.001 69 F 0.226 0.257 0.228 0.133 0.060 0.033 0.024 0.005 0.028 0.004 0.001