# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.167 0.157 0.033 0.009 0.305 0.016 0.026 0.126 0.059 0.054 0.049 2 S 0.092 0.264 0.071 0.015 0.254 0.021 0.028 0.150 0.047 0.028 0.031 3 L 0.108 0.076 0.020 0.005 0.139 0.009 0.035 0.338 0.134 0.091 0.046 4 L 0.053 0.175 0.053 0.008 0.132 0.014 0.045 0.360 0.084 0.053 0.023 5 E 0.055 0.076 0.062 0.019 0.063 0.025 0.077 0.362 0.108 0.110 0.045 6 S 0.026 0.113 0.071 0.027 0.039 0.020 0.024 0.501 0.103 0.052 0.025 7 K 0.003 0.082 0.032 0.024 0.008 0.034 0.088 0.618 0.080 0.025 0.006 8 G 0.017 0.017 0.009 0.008 0.013 0.005 0.009 0.284 0.108 0.450 0.079 9 L 0.013 0.015 0.002 0.001 0.013 0.001 0.004 0.674 0.240 0.027 0.009 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.872 0.098 0.003 0.001 11 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.914 0.046 0.017 0.001 12 L 0.004 0.017 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.877 0.061 0.022 0.003 13 N 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.866 0.099 0.008 0.003 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.889 0.100 0.004 0.001 15 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.889 0.057 0.023 0.001 16 I 0.014 0.021 0.007 0.001 0.014 0.001 0.019 0.797 0.090 0.031 0.006 17 A 0.018 0.015 0.011 0.019 0.016 0.033 0.095 0.632 0.086 0.061 0.014 18 S 0.020 0.273 0.117 0.087 0.052 0.049 0.118 0.184 0.035 0.053 0.012 19 G 0.028 0.030 0.048 0.085 0.031 0.024 0.017 0.082 0.062 0.438 0.155 20 T 0.175 0.190 0.031 0.003 0.326 0.004 0.017 0.109 0.064 0.046 0.036 21 V 0.217 0.135 0.017 0.005 0.375 0.009 0.034 0.106 0.036 0.026 0.040 22 Q 0.127 0.233 0.046 0.016 0.333 0.028 0.041 0.095 0.021 0.026 0.035 23 R 0.214 0.099 0.136 0.016 0.200 0.012 0.027 0.120 0.030 0.058 0.089 24 A 0.038 0.047 0.105 0.137 0.037 0.122 0.051 0.297 0.071 0.059 0.034 25 D 0.005 0.389 0.112 0.160 0.016 0.078 0.179 0.039 0.011 0.008 0.003 26 G 0.015 0.009 0.014 0.066 0.009 0.010 0.003 0.013 0.025 0.627 0.210 27 S 0.042 0.482 0.088 0.007 0.169 0.008 0.015 0.081 0.057 0.032 0.019 28 I 0.219 0.113 0.022 0.011 0.250 0.015 0.037 0.148 0.061 0.057 0.065 29 Q 0.118 0.122 0.052 0.033 0.159 0.051 0.084 0.159 0.096 0.072 0.056 30 N 0.124 0.083 0.060 0.047 0.142 0.052 0.051 0.143 0.066 0.152 0.082 31 Q 0.043 0.437 0.200 0.014 0.147 0.011 0.013 0.068 0.025 0.029 0.014 32 S 0.129 0.173 0.038 0.006 0.227 0.008 0.027 0.198 0.075 0.064 0.055 33 L 0.112 0.050 0.010 0.003 0.102 0.006 0.028 0.304 0.268 0.050 0.066 34 H 0.016 0.036 0.012 0.011 0.032 0.043 0.122 0.539 0.149 0.026 0.014 35 E 0.050 0.040 0.016 0.006 0.058 0.012 0.052 0.508 0.154 0.086 0.018 36 A 0.072 0.124 0.018 0.002 0.171 0.007 0.034 0.338 0.152 0.064 0.019 37 L 0.119 0.099 0.019 0.004 0.270 0.008 0.037 0.282 0.077 0.050 0.035 38 I 0.199 0.117 0.020 0.005 0.238 0.012 0.047 0.114 0.045 0.141 0.061 39 T 0.050 0.379 0.293 0.026 0.136 0.010 0.014 0.035 0.016 0.021 0.021 40 R 0.040 0.056 0.037 0.041 0.054 0.054 0.127 0.299 0.197 0.072 0.023 41 D 0.095 0.166 0.116 0.020 0.221 0.011 0.019 0.088 0.066 0.167 0.031 42 R 0.062 0.062 0.020 0.007 0.090 0.012 0.039 0.220 0.348 0.089 0.052 43 K 0.075 0.139 0.045 0.017 0.150 0.036 0.106 0.195 0.101 0.096 0.041 44 Q 0.215 0.145 0.025 0.005 0.440 0.008 0.015 0.053 0.022 0.038 0.034 45 V 0.294 0.076 0.012 0.003 0.474 0.007 0.015 0.038 0.016 0.025 0.040 46 F 0.109 0.296 0.054 0.007 0.479 0.009 0.007 0.015 0.004 0.006 0.014 47 R 0.252 0.162 0.021 0.002 0.498 0.002 0.004 0.017 0.004 0.010 0.028 48 I 0.199 0.125 0.072 0.012 0.194 0.016 0.035 0.136 0.078 0.046 0.088 49 E 0.037 0.040 0.042 0.175 0.042 0.240 0.104 0.174 0.066 0.050 0.029 50 D 0.021 0.353 0.133 0.125 0.062 0.065 0.108 0.047 0.025 0.050 0.012 51 S 0.022 0.019 0.024 0.053 0.019 0.018 0.011 0.012 0.032 0.568 0.222 52 I 0.031 0.614 0.128 0.008 0.156 0.007 0.010 0.010 0.014 0.011 0.011 53 P 0.204 0.176 0.022 0.005 0.518 0.009 0.014 0.011 0.012 0.011 0.018 54 V 0.179 0.185 0.051 0.004 0.500 0.007 0.010 0.010 0.010 0.016 0.029 55 L 0.077 0.441 0.138 0.014 0.221 0.018 0.016 0.006 0.005 0.023 0.042 56 L 0.009 0.593 0.344 0.003 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 57 P 0.009 0.095 0.030 0.004 0.022 0.004 0.015 0.253 0.547 0.015 0.008 58 E 0.003 0.013 0.005 0.002 0.006 0.004 0.027 0.478 0.436 0.025 0.003 59 E 0.013 0.026 0.009 0.002 0.021 0.005 0.037 0.520 0.242 0.114 0.012 60 A 0.058 0.069 0.007 0.001 0.079 0.003 0.017 0.469 0.097 0.173 0.026 61 I 0.060 0.088 0.026 0.014 0.113 0.019 0.025 0.467 0.099 0.054 0.035 62 A 0.039 0.052 0.023 0.007 0.061 0.013 0.037 0.569 0.141 0.039 0.018 63 T 0.051 0.039 0.008 0.002 0.058 0.004 0.032 0.565 0.140 0.072 0.029 64 I 0.092 0.079 0.014 0.004 0.132 0.011 0.052 0.426 0.135 0.031 0.025 65 Q 0.094 0.082 0.011 0.003 0.161 0.012 0.041 0.462 0.070 0.041 0.023 66 I 0.186 0.046 0.007 0.003 0.183 0.007 0.034 0.347 0.077 0.070 0.039 67 A 0.067 0.161 0.054 0.028 0.189 0.045 0.087 0.239 0.066 0.035 0.030 68 N 0.177 0.069 0.032 0.016 0.205 0.017 0.041 0.169 0.062 0.131 0.082 69 F 0.119 0.160 0.059 0.013 0.235 0.015 0.035 0.134 0.083 0.099 0.049