# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.331 0.180 0.203 0.171 0.091 0.022 0.001 2 S 0.426 0.387 0.127 0.044 0.013 0.003 0.001 3 L 0.133 0.215 0.312 0.238 0.083 0.018 0.001 4 L 0.100 0.104 0.239 0.340 0.189 0.028 0.001 5 E 0.601 0.331 0.050 0.013 0.004 0.001 0.001 6 S 0.577 0.313 0.074 0.029 0.006 0.001 0.001 7 K 0.588 0.329 0.064 0.017 0.002 0.001 0.001 8 G 0.197 0.377 0.282 0.117 0.023 0.003 0.001 9 L 0.042 0.051 0.134 0.266 0.400 0.102 0.004 10 E 0.125 0.367 0.294 0.156 0.049 0.009 0.001 11 A 0.113 0.300 0.318 0.201 0.056 0.012 0.001 12 L 0.014 0.036 0.073 0.157 0.341 0.344 0.035 13 N 0.019 0.064 0.163 0.338 0.305 0.104 0.006 14 K 0.153 0.382 0.265 0.131 0.052 0.016 0.001 15 A 0.060 0.196 0.286 0.284 0.144 0.029 0.001 16 I 0.030 0.047 0.096 0.234 0.371 0.208 0.014 17 A 0.110 0.250 0.297 0.208 0.107 0.026 0.001 18 S 0.374 0.384 0.163 0.061 0.013 0.004 0.001 19 G 0.252 0.233 0.210 0.193 0.088 0.022 0.001 20 T 0.148 0.277 0.252 0.208 0.086 0.027 0.002 21 V 0.074 0.080 0.124 0.217 0.320 0.173 0.013 22 Q 0.138 0.306 0.279 0.177 0.080 0.019 0.001 23 R 0.183 0.273 0.265 0.187 0.072 0.020 0.001 24 A 0.161 0.169 0.228 0.253 0.144 0.042 0.003 25 D 0.390 0.282 0.166 0.106 0.044 0.012 0.001 26 G 0.541 0.281 0.106 0.048 0.018 0.005 0.001 27 S 0.458 0.346 0.121 0.055 0.017 0.004 0.001 28 I 0.130 0.158 0.237 0.253 0.165 0.053 0.004 29 Q 0.132 0.176 0.225 0.240 0.165 0.058 0.004 30 N 0.288 0.330 0.215 0.111 0.045 0.011 0.001 31 Q 0.345 0.339 0.177 0.099 0.033 0.007 0.001 32 S 0.174 0.288 0.239 0.174 0.095 0.027 0.002 33 L 0.042 0.056 0.115 0.258 0.317 0.187 0.025 34 H 0.097 0.262 0.270 0.208 0.115 0.045 0.003 35 E 0.121 0.263 0.271 0.220 0.088 0.034 0.003 36 A 0.023 0.047 0.089 0.167 0.318 0.313 0.043 37 L 0.020 0.049 0.102 0.203 0.300 0.276 0.050 38 I 0.023 0.059 0.126 0.228 0.285 0.241 0.040 39 T 0.105 0.271 0.299 0.201 0.101 0.022 0.001 40 R 0.152 0.289 0.251 0.203 0.084 0.020 0.001 41 D 0.193 0.239 0.226 0.193 0.117 0.031 0.002 42 R 0.281 0.317 0.208 0.133 0.048 0.012 0.001 43 K 0.408 0.366 0.139 0.063 0.018 0.005 0.001 44 Q 0.048 0.159 0.259 0.322 0.158 0.051 0.003 45 V 0.031 0.057 0.091 0.160 0.314 0.306 0.040 46 F 0.021 0.065 0.145 0.288 0.291 0.174 0.016 47 R 0.053 0.173 0.266 0.261 0.162 0.075 0.010 48 I 0.023 0.041 0.090 0.229 0.286 0.280 0.051 49 E 0.160 0.252 0.237 0.192 0.115 0.039 0.005 50 D 0.199 0.293 0.209 0.168 0.085 0.041 0.005 51 S 0.185 0.240 0.204 0.182 0.116 0.060 0.014 52 I 0.039 0.055 0.080 0.162 0.272 0.315 0.077 53 P 0.071 0.137 0.170 0.182 0.214 0.176 0.050 54 V 0.044 0.073 0.121 0.184 0.244 0.250 0.083 55 L 0.042 0.070 0.126 0.195 0.238 0.240 0.088 56 L 0.040 0.065 0.117 0.205 0.269 0.237 0.066 57 P 0.170 0.259 0.206 0.184 0.114 0.057 0.011 58 E 0.291 0.290 0.181 0.138 0.071 0.026 0.003 59 E 0.263 0.338 0.201 0.130 0.048 0.018 0.002 60 A 0.075 0.088 0.146 0.262 0.259 0.153 0.017 61 I 0.127 0.122 0.183 0.252 0.207 0.096 0.013 62 A 0.355 0.317 0.172 0.092 0.043 0.018 0.002 63 T 0.272 0.262 0.197 0.158 0.077 0.030 0.004 64 I 0.194 0.174 0.187 0.203 0.158 0.075 0.009 65 Q 0.228 0.268 0.213 0.162 0.089 0.037 0.004 66 I 0.188 0.128 0.180 0.235 0.170 0.088 0.011 67 A 0.456 0.249 0.145 0.094 0.042 0.013 0.001 68 N 0.674 0.228 0.063 0.024 0.008 0.003 0.001 69 F 0.530 0.185 0.122 0.101 0.044 0.016 0.002