# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.61938 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.106 0.061 0.082 0.107 0.163 0.143 0.120 0.090 0.064 0.033 0.017 0.010 0.004 0.001 2 S 0.375 0.201 0.137 0.109 0.076 0.044 0.030 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 L 0.107 0.060 0.102 0.165 0.176 0.155 0.095 0.071 0.039 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 4 L 0.075 0.059 0.092 0.155 0.206 0.169 0.124 0.067 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 5 E 0.387 0.238 0.153 0.103 0.054 0.029 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 S 0.399 0.229 0.158 0.095 0.061 0.028 0.019 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.606 0.203 0.092 0.052 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 G 0.272 0.267 0.209 0.119 0.070 0.032 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.044 0.030 0.067 0.127 0.249 0.205 0.139 0.083 0.037 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 10 E 0.416 0.237 0.130 0.098 0.056 0.032 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.330 0.256 0.170 0.096 0.054 0.038 0.028 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 12 L 0.038 0.027 0.049 0.097 0.193 0.189 0.139 0.131 0.077 0.030 0.014 0.012 0.004 0.001 13 N 0.070 0.079 0.109 0.154 0.199 0.160 0.107 0.063 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 14 K 0.439 0.207 0.126 0.091 0.054 0.032 0.023 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 A 0.191 0.144 0.145 0.176 0.147 0.087 0.048 0.030 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 16 I 0.054 0.034 0.061 0.105 0.170 0.202 0.170 0.104 0.055 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 17 A 0.157 0.121 0.126 0.136 0.141 0.118 0.084 0.057 0.030 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 18 S 0.288 0.200 0.133 0.124 0.084 0.060 0.043 0.028 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 19 G 0.143 0.079 0.093 0.117 0.159 0.130 0.099 0.069 0.049 0.027 0.016 0.013 0.005 0.002 20 T 0.124 0.109 0.127 0.172 0.173 0.112 0.083 0.049 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 21 V 0.081 0.043 0.065 0.091 0.135 0.143 0.129 0.130 0.082 0.050 0.028 0.014 0.006 0.002 22 Q 0.235 0.145 0.130 0.150 0.131 0.086 0.054 0.032 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 23 R 0.277 0.145 0.130 0.125 0.100 0.079 0.056 0.034 0.028 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 24 A 0.157 0.107 0.123 0.149 0.156 0.128 0.087 0.046 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 25 D 0.294 0.207 0.156 0.122 0.087 0.056 0.042 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 26 G 0.440 0.188 0.122 0.096 0.071 0.038 0.022 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.487 0.203 0.113 0.082 0.056 0.027 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.116 0.065 0.118 0.171 0.196 0.152 0.092 0.052 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 29 Q 0.165 0.125 0.137 0.160 0.156 0.113 0.074 0.037 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 30 N 0.364 0.207 0.135 0.113 0.081 0.046 0.026 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.308 0.204 0.147 0.134 0.084 0.059 0.031 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 S 0.116 0.103 0.137 0.151 0.164 0.136 0.100 0.051 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 33 L 0.040 0.029 0.046 0.082 0.145 0.165 0.159 0.156 0.086 0.053 0.023 0.010 0.005 0.001 34 H 0.150 0.124 0.115 0.168 0.141 0.110 0.072 0.053 0.036 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 35 E 0.121 0.090 0.106 0.138 0.142 0.125 0.097 0.068 0.054 0.027 0.015 0.009 0.006 0.003 36 A 0.053 0.031 0.045 0.065 0.101 0.133 0.153 0.141 0.109 0.074 0.050 0.028 0.012 0.004 37 L 0.050 0.036 0.054 0.089 0.132 0.137 0.134 0.145 0.095 0.061 0.037 0.019 0.008 0.003 38 I 0.052 0.049 0.055 0.088 0.133 0.138 0.123 0.126 0.106 0.066 0.036 0.017 0.008 0.004 39 T 0.148 0.111 0.145 0.167 0.143 0.110 0.092 0.039 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 40 R 0.135 0.146 0.168 0.193 0.137 0.095 0.068 0.027 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 41 D 0.161 0.168 0.167 0.156 0.135 0.096 0.061 0.028 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 42 R 0.162 0.155 0.167 0.174 0.137 0.102 0.051 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 43 K 0.346 0.252 0.120 0.095 0.063 0.042 0.040 0.017 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.074 0.068 0.111 0.152 0.187 0.141 0.105 0.072 0.050 0.020 0.010 0.006 0.004 0.001 45 V 0.031 0.022 0.040 0.056 0.100 0.127 0.166 0.146 0.108 0.086 0.063 0.034 0.016 0.005 46 F 0.056 0.057 0.059 0.069 0.108 0.110 0.111 0.136 0.109 0.080 0.055 0.027 0.019 0.006 47 R 0.126 0.084 0.100 0.144 0.143 0.109 0.097 0.080 0.057 0.028 0.018 0.008 0.004 0.002 48 I 0.029 0.026 0.037 0.075 0.131 0.125 0.134 0.137 0.108 0.083 0.058 0.036 0.013 0.007 49 E 0.131 0.125 0.127 0.151 0.130 0.115 0.092 0.056 0.035 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 50 D 0.129 0.120 0.139 0.142 0.120 0.110 0.085 0.059 0.044 0.027 0.014 0.006 0.004 0.002 51 S 0.144 0.144 0.126 0.131 0.133 0.105 0.089 0.056 0.042 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 52 I 0.044 0.033 0.047 0.081 0.134 0.167 0.184 0.127 0.088 0.051 0.024 0.012 0.006 0.002 53 P 0.053 0.051 0.076 0.108 0.148 0.149 0.151 0.112 0.069 0.044 0.023 0.009 0.004 0.003 54 V 0.162 0.067 0.072 0.081 0.107 0.105 0.101 0.100 0.079 0.054 0.037 0.023 0.009 0.005 55 L 0.090 0.057 0.070 0.097 0.133 0.149 0.111 0.110 0.080 0.044 0.031 0.016 0.007 0.003 56 L 0.030 0.024 0.033 0.066 0.101 0.158 0.180 0.178 0.126 0.066 0.023 0.009 0.004 0.002 57 P 0.060 0.104 0.143 0.199 0.167 0.147 0.085 0.046 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 58 E 0.361 0.290 0.167 0.085 0.044 0.026 0.015 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.088 0.147 0.200 0.188 0.155 0.112 0.059 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 60 A 0.052 0.032 0.060 0.096 0.176 0.203 0.157 0.130 0.065 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 61 I 0.105 0.111 0.118 0.152 0.193 0.135 0.097 0.052 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 62 A 0.297 0.181 0.166 0.134 0.083 0.058 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 63 T 0.099 0.072 0.098 0.158 0.187 0.150 0.107 0.065 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 64 I 0.107 0.060 0.077 0.117 0.171 0.158 0.123 0.090 0.052 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 65 Q 0.217 0.141 0.134 0.140 0.132 0.097 0.064 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 66 I 0.119 0.054 0.075 0.104 0.144 0.142 0.109 0.103 0.070 0.039 0.023 0.012 0.005 0.002 67 A 0.146 0.087 0.091 0.127 0.152 0.136 0.108 0.069 0.042 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 68 N 0.248 0.161 0.155 0.136 0.109 0.075 0.056 0.027 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 69 F 0.164 0.089 0.101 0.128 0.172 0.129 0.084 0.061 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001