# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.016 0.021 0.072 0.066 0.099 0.003 0.039 0.048 0.002 0.001 0.007 0.007 0.015 0.013 0.105 0.047 0.076 0.055 0.146 0.156 0.005 2 S 0.010 0.014 0.084 0.074 0.081 0.006 0.022 0.124 0.003 0.001 0.005 0.005 0.008 0.010 0.058 0.035 0.089 0.045 0.133 0.191 0.004 3 L 0.007 0.010 0.017 0.025 0.157 0.007 0.045 0.170 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.009 0.047 0.093 0.232 0.055 0.052 0.056 0.002 4 L 0.007 0.007 0.057 0.037 0.020 0.015 0.160 0.353 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.068 0.015 0.128 0.026 0.047 0.036 0.001 5 E 0.007 0.007 0.015 0.023 0.076 0.013 0.278 0.171 0.010 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.038 0.150 0.061 0.064 0.048 0.001 6 S 0.003 0.004 0.018 0.037 0.027 0.009 0.143 0.194 0.017 0.004 0.001 0.002 0.003 0.009 0.094 0.020 0.217 0.051 0.069 0.076 0.001 7 K 0.001 0.001 0.011 0.004 0.017 0.007 0.068 0.313 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.429 0.045 0.018 0.055 0.001 8 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.043 0.010 0.127 0.502 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.080 0.069 0.023 0.111 0.001 9 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.010 0.560 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.340 0.043 0.006 0.013 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.051 0.899 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.086 0.767 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.090 0.007 0.013 0.006 0.001 13 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.020 0.809 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.129 0.008 0.010 0.003 0.001 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.846 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.104 0.003 0.001 0.002 0.001 16 I 0.001 0.001 0.006 0.007 0.004 0.013 0.027 0.794 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.091 0.008 0.007 0.009 0.001 17 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.006 0.011 0.146 0.090 0.109 0.094 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.483 0.009 0.003 0.017 0.001 18 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.826 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.040 0.011 0.013 0.061 0.001 19 G 0.001 0.001 0.013 0.004 0.019 0.001 0.104 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.027 0.720 0.050 0.026 0.001 20 T 0.014 0.013 0.193 0.043 0.081 0.003 0.014 0.046 0.005 0.001 0.004 0.003 0.008 0.009 0.046 0.114 0.095 0.056 0.162 0.085 0.007 21 V 0.027 0.037 0.053 0.034 0.305 0.004 0.019 0.049 0.006 0.001 0.009 0.013 0.035 0.029 0.106 0.039 0.063 0.027 0.103 0.027 0.014 22 Q 0.031 0.045 0.153 0.134 0.061 0.012 0.030 0.063 0.003 0.001 0.015 0.015 0.021 0.031 0.209 0.028 0.052 0.019 0.028 0.038 0.010 23 R 0.045 0.060 0.030 0.104 0.258 0.005 0.055 0.034 0.004 0.002 0.013 0.013 0.045 0.034 0.067 0.045 0.073 0.032 0.037 0.036 0.009 24 A 0.039 0.031 0.109 0.102 0.096 0.003 0.061 0.023 0.006 0.001 0.016 0.015 0.023 0.029 0.179 0.038 0.078 0.029 0.046 0.070 0.005 25 D 0.023 0.018 0.071 0.075 0.168 0.003 0.042 0.027 0.005 0.001 0.004 0.003 0.006 0.004 0.033 0.026 0.088 0.037 0.120 0.243 0.003 26 G 0.009 0.010 0.043 0.034 0.148 0.006 0.098 0.027 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.044 0.034 0.205 0.133 0.066 0.127 0.002 27 S 0.006 0.009 0.089 0.079 0.056 0.012 0.083 0.100 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.035 0.020 0.103 0.049 0.151 0.187 0.002 28 I 0.006 0.009 0.025 0.022 0.170 0.008 0.080 0.105 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.029 0.046 0.239 0.094 0.084 0.063 0.001 29 Q 0.007 0.008 0.087 0.087 0.037 0.025 0.150 0.180 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.058 0.015 0.166 0.025 0.056 0.082 0.001 30 N 0.006 0.012 0.010 0.035 0.178 0.008 0.222 0.082 0.005 0.003 0.002 0.003 0.004 0.004 0.029 0.041 0.085 0.109 0.090 0.071 0.001 31 Q 0.005 0.005 0.125 0.106 0.023 0.003 0.033 0.075 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.072 0.010 0.174 0.030 0.127 0.199 0.001 32 S 0.003 0.007 0.014 0.018 0.259 0.005 0.056 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.125 0.085 0.091 0.189 0.001 33 L 0.003 0.005 0.084 0.041 0.047 0.002 0.045 0.139 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.010 0.402 0.042 0.058 0.074 0.001 34 H 0.003 0.012 0.034 0.031 0.045 0.023 0.128 0.411 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.009 0.155 0.027 0.017 0.054 0.001 35 E 0.014 0.029 0.020 0.060 0.077 0.016 0.233 0.280 0.006 0.003 0.002 0.003 0.005 0.004 0.016 0.019 0.126 0.021 0.034 0.032 0.001 36 A 0.061 0.094 0.048 0.068 0.144 0.009 0.148 0.180 0.005 0.002 0.004 0.005 0.019 0.010 0.037 0.022 0.052 0.038 0.023 0.030 0.002 37 L 0.140 0.102 0.129 0.127 0.074 0.004 0.058 0.106 0.004 0.001 0.010 0.010 0.021 0.012 0.028 0.014 0.048 0.034 0.045 0.023 0.011 38 I 0.172 0.112 0.073 0.070 0.220 0.004 0.022 0.043 0.006 0.001 0.011 0.016 0.041 0.020 0.026 0.021 0.032 0.022 0.054 0.022 0.014 39 T 0.077 0.104 0.083 0.187 0.110 0.003 0.025 0.034 0.005 0.002 0.006 0.010 0.022 0.011 0.063 0.017 0.027 0.025 0.102 0.077 0.010 40 R 0.041 0.034 0.069 0.079 0.290 0.001 0.010 0.020 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.048 0.011 0.256 0.027 0.023 0.074 0.002 41 D 0.017 0.029 0.050 0.061 0.174 0.005 0.087 0.041 0.006 0.004 0.004 0.004 0.006 0.005 0.041 0.029 0.043 0.036 0.109 0.245 0.005 42 R 0.010 0.010 0.045 0.029 0.112 0.001 0.041 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.046 0.010 0.569 0.034 0.021 0.047 0.001 43 K 0.019 0.025 0.047 0.025 0.148 0.016 0.469 0.081 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.018 0.012 0.046 0.029 0.021 0.024 0.002 44 Q 0.035 0.058 0.155 0.197 0.079 0.009 0.055 0.061 0.002 0.001 0.004 0.005 0.011 0.009 0.112 0.016 0.046 0.028 0.044 0.065 0.006 45 V 0.045 0.051 0.014 0.023 0.617 0.001 0.015 0.017 0.001 0.001 0.011 0.007 0.026 0.011 0.024 0.044 0.023 0.016 0.030 0.013 0.010 46 F 0.105 0.090 0.235 0.293 0.034 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.012 0.014 0.034 0.019 0.074 0.006 0.008 0.006 0.020 0.023 0.009 47 R 0.034 0.040 0.015 0.039 0.657 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.009 0.010 0.053 0.017 0.017 0.036 0.022 0.010 48 I 0.064 0.055 0.143 0.139 0.116 0.002 0.020 0.014 0.003 0.001 0.007 0.007 0.020 0.012 0.225 0.013 0.075 0.016 0.037 0.026 0.005 49 E 0.039 0.030 0.078 0.127 0.184 0.004 0.057 0.013 0.013 0.008 0.005 0.005 0.009 0.010 0.064 0.038 0.111 0.028 0.068 0.105 0.004 50 D 0.017 0.022 0.030 0.056 0.226 0.005 0.173 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.008 0.053 0.041 0.142 0.031 0.050 0.124 0.002 51 S 0.020 0.042 0.078 0.047 0.087 0.004 0.248 0.005 0.001 0.001 0.011 0.007 0.017 0.027 0.082 0.030 0.064 0.134 0.035 0.050 0.009 52 I 0.047 0.080 0.105 0.068 0.155 0.001 0.021 0.007 0.001 0.001 0.018 0.015 0.020 0.028 0.088 0.095 0.041 0.032 0.081 0.077 0.020 53 P 0.075 0.116 0.088 0.045 0.240 0.003 0.015 0.008 0.001 0.001 0.019 0.016 0.057 0.042 0.128 0.043 0.027 0.013 0.023 0.026 0.015 54 V 0.103 0.127 0.082 0.122 0.074 0.002 0.010 0.006 0.001 0.001 0.063 0.029 0.054 0.055 0.128 0.038 0.010 0.008 0.021 0.016 0.050 55 L 0.090 0.097 0.023 0.036 0.149 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.038 0.031 0.140 0.110 0.083 0.101 0.015 0.012 0.026 0.012 0.023 56 L 0.055 0.057 0.093 0.137 0.037 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.049 0.038 0.068 0.113 0.093 0.056 0.017 0.014 0.068 0.078 0.014 57 P 0.009 0.011 0.017 0.010 0.250 0.001 0.015 0.024 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.009 0.047 0.138 0.241 0.061 0.037 0.117 0.002 58 E 0.004 0.005 0.040 0.016 0.010 0.010 0.201 0.164 0.004 0.001 0.003 0.001 0.003 0.006 0.108 0.008 0.325 0.032 0.026 0.034 0.001 59 E 0.002 0.004 0.010 0.009 0.013 0.042 0.315 0.372 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.012 0.111 0.037 0.019 0.029 0.001 60 A 0.005 0.005 0.011 0.009 0.022 0.011 0.193 0.439 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.013 0.160 0.039 0.043 0.020 0.001 61 I 0.006 0.007 0.024 0.017 0.011 0.007 0.037 0.562 0.005 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.020 0.008 0.201 0.020 0.034 0.026 0.001 62 A 0.002 0.004 0.004 0.009 0.014 0.016 0.052 0.704 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.010 0.116 0.011 0.008 0.021 0.001 63 T 0.003 0.005 0.007 0.012 0.015 0.010 0.062 0.684 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 0.010 0.100 0.011 0.015 0.014 0.001 64 I 0.004 0.005 0.015 0.013 0.012 0.011 0.060 0.705 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 0.007 0.085 0.014 0.014 0.015 0.001 65 Q 0.005 0.006 0.011 0.016 0.026 0.021 0.102 0.545 0.015 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 0.013 0.017 0.146 0.024 0.017 0.014 0.001 66 I 0.006 0.007 0.020 0.034 0.018 0.025 0.128 0.330 0.047 0.024 0.001 0.003 0.004 0.025 0.057 0.016 0.151 0.039 0.035 0.029 0.001 67 A 0.004 0.004 0.016 0.030 0.022 0.026 0.153 0.182 0.037 0.019 0.001 0.002 0.003 0.015 0.034 0.018 0.265 0.042 0.043 0.083 0.001 68 N 0.002 0.003 0.009 0.015 0.040 0.017 0.345 0.085 0.018 0.008 0.001 0.001 0.002 0.007 0.021 0.032 0.137 0.109 0.056 0.093 0.001 69 F 0.002 0.003 0.035 0.019 0.042 0.007 0.134 0.062 0.010 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.039 0.031 0.132 0.171 0.136 0.163 0.002