# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.002 0.020 0.807 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.022 0.058 0.004 0.048 0.020 2 S 0.002 0.015 0.792 0.003 0.007 0.026 0.001 0.001 0.030 0.057 0.008 0.021 0.038 3 L 0.003 0.026 0.205 0.004 0.130 0.409 0.002 0.002 0.030 0.055 0.081 0.009 0.044 4 L 0.002 0.015 0.181 0.009 0.170 0.395 0.001 0.001 0.016 0.050 0.133 0.016 0.011 5 E 0.001 0.010 0.162 0.001 0.286 0.311 0.001 0.001 0.009 0.054 0.138 0.005 0.022 6 S 0.001 0.006 0.115 0.002 0.202 0.481 0.001 0.001 0.003 0.065 0.115 0.003 0.006 7 K 0.001 0.005 0.059 0.001 0.165 0.476 0.001 0.001 0.001 0.061 0.226 0.003 0.003 8 G 0.001 0.011 0.081 0.001 0.101 0.616 0.001 0.001 0.001 0.051 0.131 0.001 0.005 9 L 0.001 0.002 0.040 0.001 0.030 0.906 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 14 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 0.900 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.896 0.001 0.001 0.001 0.006 0.076 0.001 0.001 16 I 0.001 0.002 0.042 0.001 0.024 0.847 0.001 0.001 0.001 0.011 0.067 0.001 0.002 17 A 0.001 0.001 0.053 0.003 0.061 0.691 0.001 0.001 0.002 0.032 0.145 0.006 0.003 18 S 0.001 0.001 0.026 0.003 0.032 0.268 0.001 0.001 0.001 0.053 0.608 0.001 0.006 19 G 0.001 0.002 0.101 0.003 0.010 0.057 0.001 0.001 0.003 0.274 0.534 0.011 0.003 20 T 0.013 0.014 0.606 0.004 0.013 0.081 0.001 0.001 0.025 0.101 0.037 0.047 0.056 21 V 0.091 0.032 0.251 0.008 0.021 0.086 0.018 0.010 0.075 0.043 0.019 0.090 0.256 22 Q 0.095 0.029 0.196 0.085 0.040 0.203 0.017 0.010 0.028 0.045 0.047 0.116 0.089 23 R 0.087 0.038 0.167 0.013 0.071 0.181 0.016 0.006 0.037 0.029 0.109 0.046 0.199 24 A 0.046 0.011 0.295 0.041 0.078 0.110 0.008 0.004 0.025 0.064 0.146 0.084 0.088 25 D 0.003 0.004 0.109 0.010 0.033 0.043 0.002 0.001 0.007 0.150 0.580 0.027 0.032 26 G 0.001 0.003 0.099 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.323 0.547 0.008 0.007 27 S 0.003 0.028 0.685 0.004 0.013 0.011 0.001 0.001 0.007 0.158 0.030 0.045 0.016 28 I 0.008 0.048 0.369 0.003 0.058 0.056 0.005 0.002 0.037 0.113 0.069 0.012 0.219 29 Q 0.010 0.045 0.359 0.019 0.101 0.070 0.004 0.002 0.015 0.126 0.125 0.086 0.038 30 N 0.009 0.041 0.360 0.014 0.079 0.054 0.003 0.001 0.010 0.118 0.139 0.032 0.140 31 Q 0.005 0.028 0.444 0.008 0.025 0.038 0.001 0.001 0.006 0.251 0.066 0.094 0.034 32 S 0.002 0.015 0.648 0.006 0.026 0.048 0.001 0.001 0.004 0.119 0.064 0.012 0.055 33 L 0.006 0.015 0.280 0.016 0.173 0.224 0.001 0.001 0.005 0.091 0.137 0.017 0.035 34 H 0.013 0.011 0.160 0.029 0.229 0.251 0.002 0.001 0.007 0.073 0.149 0.039 0.036 35 E 0.073 0.010 0.131 0.018 0.185 0.207 0.007 0.004 0.018 0.050 0.088 0.056 0.154 36 A 0.203 0.010 0.103 0.047 0.063 0.156 0.021 0.007 0.031 0.038 0.048 0.123 0.150 37 L 0.365 0.010 0.049 0.011 0.028 0.085 0.045 0.014 0.038 0.016 0.027 0.139 0.175 38 I 0.325 0.021 0.072 0.013 0.019 0.047 0.036 0.015 0.034 0.023 0.024 0.102 0.270 39 T 0.089 0.013 0.313 0.012 0.012 0.020 0.007 0.004 0.022 0.068 0.044 0.195 0.201 40 R 0.010 0.006 0.199 0.016 0.020 0.011 0.002 0.001 0.007 0.209 0.418 0.040 0.061 41 D 0.003 0.006 0.240 0.012 0.019 0.006 0.001 0.001 0.002 0.317 0.350 0.021 0.023 42 R 0.010 0.010 0.251 0.011 0.082 0.025 0.001 0.001 0.003 0.261 0.259 0.027 0.059 43 K 0.044 0.017 0.288 0.044 0.106 0.039 0.004 0.001 0.008 0.102 0.176 0.070 0.100 44 Q 0.102 0.017 0.139 0.030 0.035 0.031 0.019 0.004 0.039 0.058 0.052 0.346 0.128 45 V 0.211 0.012 0.108 0.039 0.010 0.011 0.026 0.005 0.036 0.016 0.012 0.041 0.475 46 F 0.201 0.003 0.022 0.033 0.002 0.003 0.020 0.003 0.022 0.007 0.001 0.647 0.036 47 R 0.205 0.003 0.014 0.006 0.001 0.002 0.043 0.010 0.034 0.004 0.002 0.044 0.630 48 I 0.301 0.009 0.051 0.025 0.005 0.006 0.089 0.029 0.048 0.009 0.007 0.213 0.208 49 E 0.112 0.006 0.217 0.092 0.020 0.014 0.027 0.014 0.037 0.055 0.049 0.142 0.214 50 D 0.016 0.005 0.131 0.022 0.030 0.020 0.005 0.003 0.020 0.215 0.357 0.115 0.061 51 S 0.008 0.009 0.244 0.017 0.019 0.010 0.004 0.003 0.016 0.200 0.394 0.008 0.068 52 I 0.009 0.010 0.576 0.008 0.008 0.006 0.002 0.002 0.024 0.225 0.018 0.096 0.016 53 P 0.026 0.023 0.424 0.006 0.020 0.019 0.010 0.006 0.050 0.096 0.034 0.019 0.269 54 V 0.108 0.042 0.163 0.012 0.050 0.070 0.047 0.023 0.093 0.067 0.032 0.209 0.084 55 L 0.072 0.041 0.214 0.032 0.041 0.180 0.039 0.018 0.062 0.066 0.036 0.029 0.170 56 L 0.020 0.021 0.275 0.015 0.043 0.314 0.007 0.004 0.027 0.104 0.046 0.084 0.040 57 P 0.004 0.004 0.147 0.006 0.074 0.629 0.001 0.001 0.006 0.030 0.063 0.004 0.030 58 E 0.001 0.001 0.014 0.002 0.262 0.654 0.001 0.001 0.001 0.010 0.049 0.003 0.003 59 E 0.002 0.001 0.011 0.001 0.188 0.690 0.001 0.001 0.001 0.012 0.087 0.002 0.004 60 A 0.003 0.004 0.029 0.002 0.094 0.749 0.001 0.001 0.001 0.014 0.095 0.002 0.008 61 I 0.004 0.006 0.072 0.004 0.042 0.783 0.001 0.001 0.003 0.026 0.045 0.006 0.009 62 A 0.005 0.005 0.074 0.006 0.036 0.767 0.001 0.001 0.003 0.029 0.049 0.010 0.015 63 T 0.006 0.002 0.022 0.004 0.034 0.865 0.001 0.001 0.004 0.014 0.028 0.005 0.017 64 I 0.009 0.002 0.025 0.011 0.046 0.816 0.001 0.001 0.005 0.016 0.046 0.011 0.012 65 Q 0.012 0.003 0.031 0.004 0.054 0.762 0.002 0.003 0.011 0.013 0.069 0.015 0.021 66 I 0.017 0.006 0.065 0.009 0.059 0.667 0.003 0.003 0.014 0.026 0.082 0.012 0.036 67 A 0.010 0.007 0.132 0.010 0.057 0.427 0.002 0.001 0.011 0.074 0.215 0.037 0.017 68 N 0.005 0.014 0.195 0.005 0.050 0.176 0.001 0.001 0.009 0.139 0.353 0.010 0.042 69 F 0.002 0.011 0.557 0.004 0.018 0.048 0.001 0.001 0.009 0.236 0.075 0.021 0.017