# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.135 0.047 0.230 0.496 0.002 0.021 0.005 0.002 0.004 0.003 0.012 0.012 0.019 0.001 0.002 0.010 2 S 0.018 0.024 0.127 0.226 0.005 0.521 0.003 0.004 0.002 0.003 0.011 0.023 0.028 0.001 0.001 0.002 3 L 0.005 0.079 0.027 0.241 0.011 0.125 0.003 0.005 0.003 0.001 0.430 0.020 0.042 0.003 0.001 0.004 4 L 0.005 0.172 0.040 0.307 0.013 0.033 0.007 0.007 0.005 0.001 0.024 0.327 0.051 0.002 0.004 0.005 5 E 0.010 0.032 0.138 0.113 0.025 0.170 0.015 0.018 0.006 0.010 0.030 0.040 0.343 0.005 0.010 0.034 6 S 0.011 0.010 0.037 0.012 0.135 0.163 0.094 0.011 0.003 0.008 0.248 0.022 0.147 0.087 0.004 0.008 7 K 0.005 0.048 0.011 0.011 0.001 0.012 0.001 0.302 0.002 0.003 0.206 0.152 0.103 0.001 0.142 0.002 8 G 0.003 0.004 0.003 0.005 0.001 0.049 0.001 0.001 0.047 0.036 0.047 0.288 0.449 0.001 0.001 0.065 9 L 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.053 0.821 0.001 0.001 0.001 10 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.201 0.785 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.977 0.002 0.003 0.003 14 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.961 0.005 0.003 0.009 15 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.954 0.005 0.002 0.011 16 I 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.881 0.020 0.007 0.011 17 A 0.001 0.018 0.015 0.002 0.008 0.002 0.171 0.005 0.001 0.001 0.006 0.005 0.198 0.523 0.028 0.018 18 S 0.003 0.006 0.020 0.011 0.001 0.001 0.005 0.031 0.005 0.001 0.002 0.002 0.080 0.003 0.791 0.037 19 G 0.045 0.006 0.141 0.016 0.001 0.004 0.003 0.001 0.040 0.022 0.006 0.002 0.071 0.001 0.004 0.638 20 T 0.692 0.031 0.117 0.084 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.032 0.001 0.001 0.006 21 V 0.009 0.023 0.315 0.240 0.022 0.269 0.011 0.003 0.001 0.001 0.028 0.012 0.055 0.006 0.002 0.003 22 Q 0.002 0.207 0.071 0.587 0.009 0.023 0.004 0.014 0.002 0.001 0.019 0.016 0.036 0.001 0.005 0.004 23 R 0.008 0.028 0.029 0.543 0.041 0.179 0.007 0.006 0.016 0.009 0.016 0.023 0.070 0.003 0.002 0.020 24 A 0.017 0.036 0.120 0.110 0.319 0.033 0.170 0.014 0.001 0.003 0.061 0.010 0.035 0.061 0.003 0.005 25 D 0.004 0.072 0.025 0.059 0.006 0.184 0.005 0.361 0.007 0.006 0.014 0.039 0.026 0.003 0.184 0.006 26 G 0.013 0.071 0.042 0.093 0.002 0.015 0.003 0.009 0.224 0.102 0.129 0.014 0.040 0.002 0.005 0.235 27 S 0.469 0.025 0.029 0.039 0.003 0.117 0.006 0.002 0.005 0.004 0.017 0.232 0.045 0.001 0.003 0.005 28 I 0.013 0.035 0.195 0.023 0.019 0.139 0.039 0.005 0.001 0.001 0.305 0.043 0.144 0.020 0.004 0.014 29 Q 0.006 0.257 0.041 0.102 0.004 0.024 0.010 0.037 0.005 0.001 0.058 0.308 0.104 0.004 0.031 0.009 30 N 0.020 0.067 0.161 0.168 0.004 0.041 0.020 0.007 0.065 0.012 0.010 0.035 0.215 0.005 0.016 0.152 31 Q 0.097 0.028 0.460 0.180 0.001 0.020 0.009 0.005 0.002 0.003 0.031 0.010 0.121 0.001 0.007 0.024 32 S 0.019 0.036 0.119 0.090 0.012 0.493 0.012 0.003 0.003 0.005 0.026 0.050 0.116 0.004 0.001 0.012 33 L 0.009 0.042 0.020 0.087 0.003 0.295 0.004 0.011 0.001 0.001 0.318 0.040 0.163 0.002 0.003 0.002 34 H 0.002 0.528 0.024 0.068 0.001 0.012 0.003 0.002 0.007 0.001 0.006 0.281 0.055 0.001 0.003 0.007 35 E 0.025 0.012 0.151 0.404 0.001 0.019 0.005 0.006 0.003 0.001 0.038 0.009 0.276 0.004 0.016 0.031 36 A 0.006 0.010 0.788 0.086 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.065 0.002 0.002 0.015 37 L 0.014 0.028 0.118 0.734 0.005 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.050 0.002 0.002 0.015 38 I 0.009 0.022 0.101 0.615 0.063 0.111 0.020 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.025 0.006 0.001 0.011 39 T 0.007 0.053 0.026 0.171 0.083 0.508 0.011 0.047 0.003 0.005 0.047 0.005 0.023 0.003 0.004 0.004 40 R 0.006 0.217 0.017 0.103 0.018 0.044 0.008 0.088 0.018 0.016 0.392 0.039 0.014 0.006 0.005 0.009 41 D 0.024 0.061 0.018 0.023 0.006 0.277 0.009 0.037 0.027 0.018 0.066 0.328 0.066 0.003 0.031 0.007 42 R 0.023 0.076 0.085 0.017 0.002 0.025 0.015 0.009 0.021 0.005 0.460 0.052 0.102 0.016 0.016 0.076 43 K 0.095 0.164 0.150 0.092 0.001 0.016 0.014 0.004 0.014 0.002 0.010 0.287 0.054 0.004 0.058 0.035 44 Q 0.051 0.030 0.541 0.077 0.001 0.014 0.019 0.001 0.009 0.002 0.004 0.005 0.056 0.005 0.005 0.178 45 V 0.042 0.044 0.583 0.259 0.002 0.013 0.011 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.020 0.001 0.001 0.012 46 F 0.008 0.029 0.288 0.649 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 47 R 0.005 0.006 0.050 0.843 0.015 0.067 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 48 I 0.007 0.027 0.031 0.351 0.131 0.338 0.004 0.016 0.001 0.002 0.074 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 49 E 0.003 0.310 0.011 0.187 0.053 0.192 0.008 0.042 0.012 0.009 0.094 0.062 0.008 0.006 0.002 0.002 50 D 0.014 0.142 0.026 0.148 0.006 0.162 0.009 0.091 0.032 0.022 0.125 0.139 0.040 0.001 0.034 0.007 51 S 0.044 0.162 0.205 0.141 0.001 0.015 0.003 0.008 0.097 0.010 0.068 0.062 0.046 0.001 0.007 0.129 52 I 0.288 0.010 0.220 0.221 0.001 0.048 0.007 0.001 0.004 0.003 0.029 0.080 0.070 0.002 0.002 0.012 53 P 0.015 0.077 0.386 0.320 0.004 0.046 0.009 0.002 0.001 0.001 0.011 0.026 0.095 0.001 0.001 0.005 54 V 0.003 0.042 0.017 0.722 0.002 0.079 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 0.009 0.089 0.001 0.001 0.005 55 L 0.005 0.131 0.133 0.627 0.003 0.026 0.005 0.001 0.002 0.001 0.004 0.013 0.038 0.001 0.001 0.009 56 L 0.009 0.028 0.082 0.540 0.006 0.231 0.004 0.004 0.001 0.002 0.008 0.010 0.070 0.001 0.002 0.004 57 P 0.002 0.019 0.016 0.034 0.008 0.654 0.002 0.005 0.001 0.002 0.159 0.013 0.083 0.002 0.001 0.001 58 E 0.002 0.025 0.003 0.015 0.003 0.039 0.003 0.007 0.001 0.001 0.672 0.120 0.099 0.008 0.002 0.001 59 E 0.002 0.064 0.015 0.018 0.001 0.006 0.005 0.006 0.004 0.001 0.024 0.564 0.248 0.002 0.031 0.010 60 A 0.008 0.009 0.069 0.022 0.001 0.008 0.013 0.001 0.006 0.001 0.009 0.017 0.656 0.005 0.009 0.167 61 I 0.030 0.014 0.285 0.040 0.001 0.024 0.017 0.002 0.001 0.001 0.016 0.021 0.530 0.001 0.005 0.013 62 A 0.006 0.026 0.040 0.050 0.001 0.233 0.003 0.005 0.001 0.002 0.032 0.035 0.551 0.002 0.002 0.008 63 T 0.004 0.019 0.010 0.049 0.003 0.086 0.005 0.002 0.002 0.001 0.225 0.046 0.530 0.010 0.002 0.006 64 I 0.002 0.055 0.031 0.048 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.026 0.197 0.604 0.002 0.012 0.005 65 Q 0.003 0.007 0.037 0.050 0.002 0.015 0.010 0.001 0.002 0.001 0.007 0.019 0.783 0.012 0.004 0.046 66 I 0.010 0.014 0.123 0.045 0.013 0.020 0.076 0.002 0.001 0.001 0.018 0.010 0.603 0.031 0.013 0.020 67 A 0.006 0.050 0.129 0.099 0.018 0.034 0.047 0.038 0.003 0.003 0.019 0.020 0.384 0.043 0.060 0.046 68 N 0.018 0.026 0.046 0.063 0.060 0.105 0.086 0.021 0.019 0.019 0.039 0.023 0.283 0.082 0.032 0.077 69 F 0.045 0.100 0.071 0.048 0.025 0.035 0.058 0.062 0.012 0.008 0.145 0.040 0.170 0.052 0.075 0.054