# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.061 0.206 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.060 0.083 0.517 2 S 0.119 0.191 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.063 0.279 0.059 0.255 3 L 0.057 0.199 0.008 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.039 0.158 0.108 0.413 4 L 0.097 0.233 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.154 0.077 0.375 5 E 0.088 0.535 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.042 0.032 0.284 6 S 0.049 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.017 0.153 7 K 0.018 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.015 0.121 8 G 0.013 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.005 0.028 9 L 0.022 0.780 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.008 0.041 10 E 0.018 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.074 0.007 0.049 11 A 0.017 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 0.048 12 L 0.009 0.919 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.008 0.039 13 N 0.036 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.037 14 K 0.051 0.339 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.417 0.033 0.148 15 A 0.058 0.071 0.094 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.592 0.041 0.135 16 I 0.590 0.017 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.108 0.054 0.198 17 A 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.026 0.123 0.788 18 S 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.021 0.130 0.739 19 G 0.012 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.038 0.125 0.672 20 T 0.044 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.074 0.087 0.554 21 V 0.038 0.030 0.007 0.002 0.014 0.013 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.184 0.113 0.074 0.484 22 Q 0.026 0.009 0.007 0.002 0.040 0.009 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.236 0.069 0.084 0.490 23 R 0.129 0.007 0.004 0.001 0.021 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.149 0.104 0.065 0.505 24 A 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.033 0.069 0.757 25 D 0.034 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.023 0.096 0.789 26 G 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.038 0.119 0.723 27 S 0.045 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.094 0.102 0.497 28 I 0.088 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.012 0.014 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.045 0.052 0.098 0.645 29 Q 0.027 0.018 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.024 0.034 0.012 0.005 0.121 0.047 0.098 0.593 30 N 0.027 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.004 0.058 0.030 0.111 0.710 31 Q 0.068 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.155 0.074 0.091 0.465 32 S 0.110 0.238 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.103 0.079 0.408 33 L 0.080 0.252 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.061 0.080 0.423 34 H 0.053 0.254 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.069 0.087 0.449 35 E 0.034 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.264 0.398 0.050 0.187 36 A 0.019 0.063 0.004 0.001 0.001 0.005 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.005 0.211 0.244 0.084 0.337 37 L 0.034 0.023 0.017 0.003 0.037 0.024 0.056 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.004 0.004 0.359 0.090 0.062 0.262 38 I 0.028 0.019 0.004 0.002 0.013 0.017 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.064 0.068 0.474 39 T 0.221 0.038 0.014 0.002 0.028 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.156 0.082 0.338 40 R 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.030 0.111 0.732 41 D 0.203 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.181 0.099 0.467 42 R 0.105 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.069 0.117 0.544 43 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.016 0.107 0.780 44 Q 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.033 0.003 0.010 0.003 0.004 0.003 0.642 0.042 0.047 0.181 45 V 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.009 0.006 0.004 0.014 0.018 0.013 0.008 0.274 0.047 0.070 0.505 46 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.092 0.014 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.006 0.028 0.004 0.595 0.041 0.033 0.145 47 R 0.014 0.003 0.005 0.001 0.143 0.034 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.003 0.268 0.112 0.055 0.326 48 I 0.103 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.096 0.099 0.407 49 E 0.339 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.065 0.068 0.423 50 D 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.104 0.845 51 S 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.034 0.139 0.725 52 I 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.049 0.131 0.360 53 P 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.006 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.298 0.036 0.116 0.492 54 V 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 0.025 0.014 0.001 0.209 0.042 0.135 0.499 55 L 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.001 0.304 0.041 0.146 0.438 56 L 0.163 0.424 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.150 0.047 0.160 57 P 0.267 0.457 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.038 0.179 58 E 0.105 0.455 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.070 0.052 0.288 59 E 0.043 0.233 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.325 0.081 0.249 60 A 0.032 0.456 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.121 0.090 0.255 61 I 0.088 0.506 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.070 0.059 0.217 62 A 0.045 0.715 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.034 0.024 0.146 63 T 0.138 0.569 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.062 0.034 0.163 64 I 0.101 0.245 0.051 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.167 0.060 0.299 65 Q 0.164 0.083 0.040 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.128 0.087 0.407 66 I 0.290 0.027 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.091 0.071 0.446 67 A 0.055 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.032 0.106 0.736 68 N 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.018 0.107 0.815 69 F 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.038 0.141 0.715