# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.086 0.131 0.003 0.028 0.026 0.029 0.095 0.010 0.001 0.046 0.547 2 S 0.056 0.156 0.005 0.056 0.030 0.047 0.098 0.006 0.001 0.103 0.441 3 L 0.074 0.197 0.004 0.035 0.015 0.026 0.124 0.005 0.001 0.078 0.440 4 L 0.099 0.288 0.019 0.020 0.021 0.015 0.076 0.012 0.005 0.061 0.384 5 E 0.199 0.575 0.002 0.007 0.003 0.004 0.022 0.012 0.001 0.014 0.163 6 S 0.096 0.645 0.001 0.005 0.001 0.003 0.025 0.007 0.001 0.019 0.197 7 K 0.010 0.761 0.003 0.008 0.005 0.004 0.024 0.001 0.001 0.009 0.176 8 G 0.008 0.933 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.015 0.033 9 L 0.014 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.068 0.009 10 E 0.008 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.058 0.014 11 A 0.009 0.913 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.034 0.030 12 L 0.015 0.901 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.001 0.022 0.025 13 N 0.020 0.855 0.006 0.002 0.001 0.003 0.010 0.013 0.001 0.053 0.036 14 K 0.028 0.243 0.010 0.002 0.003 0.003 0.027 0.003 0.003 0.530 0.149 15 A 0.037 0.132 0.094 0.007 0.006 0.006 0.080 0.019 0.017 0.448 0.153 16 I 0.247 0.045 0.024 0.008 0.005 0.007 0.130 0.027 0.009 0.255 0.244 17 A 0.095 0.053 0.009 0.011 0.009 0.019 0.117 0.009 0.003 0.049 0.627 18 S 0.012 0.030 0.002 0.013 0.004 0.018 0.108 0.003 0.001 0.017 0.793 19 G 0.041 0.039 0.011 0.033 0.051 0.101 0.143 0.007 0.002 0.062 0.508 20 T 0.040 0.038 0.003 0.056 0.089 0.150 0.108 0.006 0.001 0.056 0.452 21 V 0.036 0.020 0.002 0.075 0.059 0.089 0.086 0.004 0.001 0.048 0.580 22 Q 0.017 0.021 0.003 0.206 0.121 0.255 0.069 0.002 0.002 0.060 0.244 23 R 0.040 0.026 0.002 0.085 0.051 0.123 0.089 0.002 0.001 0.130 0.450 24 A 0.095 0.030 0.003 0.044 0.054 0.048 0.098 0.008 0.001 0.105 0.514 25 D 0.082 0.047 0.002 0.025 0.030 0.044 0.116 0.010 0.001 0.045 0.599 26 G 0.037 0.046 0.002 0.029 0.022 0.076 0.103 0.004 0.001 0.085 0.595 27 S 0.057 0.054 0.003 0.032 0.075 0.098 0.095 0.004 0.001 0.071 0.510 28 I 0.074 0.028 0.002 0.028 0.046 0.054 0.119 0.003 0.001 0.073 0.571 29 Q 0.015 0.035 0.002 0.028 0.048 0.064 0.113 0.002 0.001 0.041 0.651 30 N 0.061 0.238 0.002 0.011 0.021 0.036 0.067 0.007 0.001 0.036 0.522 31 Q 0.075 0.487 0.006 0.012 0.037 0.027 0.058 0.009 0.001 0.028 0.261 32 S 0.081 0.646 0.008 0.008 0.016 0.018 0.028 0.012 0.001 0.020 0.161 33 L 0.219 0.424 0.010 0.008 0.016 0.026 0.038 0.034 0.002 0.036 0.186 34 H 0.174 0.278 0.010 0.014 0.040 0.054 0.062 0.016 0.002 0.082 0.269 35 E 0.048 0.072 0.004 0.035 0.039 0.211 0.078 0.005 0.001 0.245 0.262 36 A 0.026 0.046 0.003 0.045 0.073 0.139 0.103 0.004 0.001 0.133 0.427 37 L 0.015 0.016 0.004 0.052 0.179 0.260 0.076 0.003 0.001 0.081 0.313 38 I 0.010 0.012 0.002 0.038 0.147 0.177 0.063 0.002 0.001 0.037 0.511 39 T 0.208 0.032 0.006 0.027 0.075 0.107 0.072 0.012 0.004 0.086 0.370 40 R 0.134 0.012 0.003 0.008 0.021 0.027 0.094 0.006 0.002 0.038 0.655 41 D 0.130 0.019 0.001 0.005 0.009 0.026 0.103 0.004 0.001 0.024 0.676 42 R 0.022 0.019 0.001 0.015 0.068 0.203 0.103 0.004 0.001 0.023 0.541 43 K 0.014 0.018 0.002 0.013 0.127 0.203 0.075 0.002 0.001 0.044 0.502 44 Q 0.010 0.012 0.001 0.020 0.313 0.432 0.027 0.001 0.001 0.028 0.156 45 V 0.016 0.011 0.001 0.020 0.171 0.217 0.059 0.003 0.001 0.044 0.458 46 F 0.002 0.002 0.001 0.053 0.352 0.497 0.014 0.001 0.001 0.014 0.063 47 R 0.012 0.005 0.003 0.026 0.211 0.343 0.040 0.001 0.002 0.062 0.296 48 I 0.061 0.004 0.002 0.052 0.172 0.160 0.078 0.007 0.002 0.071 0.392 49 E 0.373 0.002 0.002 0.026 0.066 0.047 0.069 0.003 0.001 0.064 0.345 50 D 0.009 0.001 0.001 0.026 0.012 0.060 0.102 0.001 0.001 0.014 0.774 51 S 0.004 0.001 0.001 0.022 0.012 0.032 0.082 0.001 0.001 0.023 0.823 52 I 0.020 0.002 0.001 0.058 0.362 0.142 0.084 0.002 0.001 0.061 0.268 53 P 0.011 0.001 0.001 0.102 0.038 0.091 0.078 0.001 0.001 0.083 0.595 54 V 0.002 0.001 0.001 0.170 0.098 0.124 0.089 0.001 0.001 0.021 0.495 55 L 0.004 0.016 0.001 0.286 0.055 0.090 0.080 0.001 0.001 0.011 0.456 56 L 0.329 0.215 0.007 0.043 0.020 0.010 0.041 0.043 0.003 0.088 0.200 57 P 0.230 0.534 0.001 0.009 0.003 0.003 0.020 0.039 0.001 0.020 0.141 58 E 0.120 0.419 0.003 0.005 0.005 0.007 0.032 0.005 0.001 0.098 0.306 59 E 0.015 0.086 0.003 0.010 0.007 0.008 0.035 0.001 0.001 0.671 0.164 60 A 0.056 0.396 0.005 0.010 0.008 0.014 0.079 0.016 0.001 0.193 0.223 61 I 0.080 0.453 0.010 0.006 0.031 0.013 0.037 0.012 0.002 0.060 0.297 62 A 0.041 0.626 0.004 0.011 0.009 0.018 0.032 0.006 0.001 0.028 0.226 63 T 0.089 0.624 0.003 0.009 0.005 0.015 0.042 0.019 0.001 0.033 0.161 64 I 0.078 0.224 0.065 0.039 0.033 0.049 0.075 0.017 0.020 0.142 0.258 65 Q 0.198 0.075 0.023 0.028 0.021 0.034 0.090 0.012 0.012 0.086 0.421 66 I 0.230 0.015 0.005 0.021 0.012 0.015 0.090 0.007 0.003 0.050 0.552 67 A 0.081 0.007 0.002 0.036 0.013 0.019 0.110 0.002 0.001 0.030 0.698 68 N 0.018 0.006 0.001 0.014 0.003 0.011 0.088 0.001 0.001 0.017 0.841 69 F 0.038 0.008 0.001 0.013 0.017 0.015 0.133 0.002 0.001 0.032 0.740