# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.103 0.117 0.022 0.030 0.030 0.096 0.037 0.565 2 S 0.077 0.156 0.050 0.048 0.047 0.071 0.249 0.302 3 L 0.114 0.226 0.022 0.011 0.014 0.074 0.118 0.422 4 L 0.163 0.212 0.052 0.020 0.015 0.069 0.160 0.309 5 E 0.106 0.527 0.005 0.003 0.003 0.029 0.051 0.277 6 S 0.060 0.715 0.003 0.001 0.001 0.019 0.027 0.174 7 K 0.005 0.819 0.007 0.002 0.002 0.024 0.023 0.117 8 G 0.014 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.014 9 L 0.027 0.451 0.006 0.001 0.001 0.004 0.503 0.009 10 E 0.008 0.936 0.004 0.001 0.001 0.003 0.037 0.013 11 A 0.023 0.919 0.005 0.001 0.001 0.005 0.014 0.033 12 L 0.006 0.929 0.010 0.001 0.001 0.005 0.025 0.024 13 N 0.027 0.910 0.005 0.001 0.001 0.004 0.024 0.028 14 K 0.042 0.473 0.040 0.004 0.002 0.025 0.272 0.142 15 A 0.111 0.281 0.107 0.008 0.008 0.065 0.268 0.152 16 I 0.588 0.031 0.034 0.002 0.002 0.046 0.119 0.177 17 A 0.059 0.036 0.010 0.002 0.003 0.065 0.033 0.792 18 S 0.008 0.025 0.009 0.001 0.005 0.061 0.010 0.882 19 G 0.028 0.051 0.043 0.029 0.035 0.183 0.052 0.578 20 T 0.100 0.078 0.067 0.112 0.090 0.100 0.104 0.349 21 V 0.091 0.027 0.073 0.054 0.059 0.088 0.099 0.511 22 Q 0.026 0.015 0.096 0.096 0.129 0.094 0.080 0.464 23 R 0.082 0.008 0.039 0.032 0.045 0.089 0.053 0.653 24 A 0.131 0.019 0.031 0.032 0.030 0.112 0.071 0.575 25 D 0.044 0.022 0.018 0.016 0.040 0.113 0.024 0.723 26 G 0.028 0.016 0.029 0.028 0.072 0.095 0.071 0.662 27 S 0.070 0.041 0.041 0.134 0.132 0.103 0.078 0.400 28 I 0.089 0.018 0.043 0.105 0.100 0.082 0.098 0.465 29 Q 0.028 0.026 0.030 0.069 0.088 0.095 0.057 0.607 30 N 0.046 0.031 0.029 0.026 0.050 0.101 0.041 0.677 31 Q 0.084 0.079 0.027 0.055 0.039 0.118 0.036 0.562 32 S 0.116 0.267 0.022 0.021 0.034 0.077 0.043 0.419 33 L 0.122 0.202 0.052 0.023 0.045 0.109 0.093 0.354 34 H 0.122 0.167 0.025 0.054 0.084 0.081 0.113 0.354 35 E 0.032 0.032 0.023 0.047 0.082 0.069 0.258 0.457 36 A 0.012 0.033 0.086 0.115 0.273 0.117 0.126 0.238 37 L 0.008 0.014 0.081 0.156 0.383 0.060 0.052 0.246 38 I 0.021 0.013 0.109 0.217 0.187 0.073 0.052 0.329 39 T 0.122 0.050 0.077 0.100 0.163 0.090 0.112 0.287 40 R 0.084 0.021 0.022 0.028 0.042 0.149 0.037 0.617 41 D 0.141 0.045 0.018 0.020 0.032 0.087 0.059 0.597 42 R 0.079 0.047 0.020 0.037 0.071 0.113 0.111 0.521 43 K 0.019 0.011 0.025 0.057 0.137 0.088 0.048 0.615 44 Q 0.015 0.009 0.039 0.249 0.290 0.053 0.045 0.300 45 V 0.005 0.005 0.042 0.105 0.173 0.095 0.023 0.552 46 F 0.004 0.004 0.132 0.225 0.385 0.055 0.040 0.155 47 R 0.017 0.008 0.112 0.185 0.222 0.067 0.096 0.293 48 I 0.296 0.029 0.080 0.088 0.085 0.069 0.142 0.211 49 E 0.102 0.015 0.061 0.059 0.064 0.086 0.108 0.505 50 D 0.015 0.012 0.124 0.029 0.087 0.125 0.059 0.549 51 S 0.010 0.010 0.100 0.031 0.075 0.087 0.051 0.637 52 I 0.047 0.019 0.133 0.228 0.147 0.109 0.072 0.246 53 P 0.062 0.021 0.124 0.044 0.078 0.089 0.103 0.478 54 V 0.013 0.032 0.196 0.084 0.116 0.110 0.089 0.359 55 L 0.013 0.068 0.170 0.027 0.045 0.097 0.064 0.515 56 L 0.149 0.360 0.088 0.045 0.028 0.053 0.105 0.172 57 P 0.116 0.574 0.020 0.008 0.013 0.030 0.092 0.148 58 E 0.128 0.475 0.016 0.004 0.008 0.040 0.092 0.238 59 E 0.042 0.284 0.030 0.021 0.018 0.080 0.215 0.309 60 A 0.038 0.357 0.018 0.008 0.013 0.087 0.116 0.363 61 I 0.062 0.555 0.019 0.010 0.014 0.054 0.076 0.210 62 A 0.042 0.700 0.011 0.007 0.012 0.028 0.045 0.154 63 T 0.095 0.581 0.019 0.007 0.011 0.031 0.098 0.157 64 I 0.059 0.239 0.077 0.064 0.041 0.072 0.195 0.254 65 Q 0.119 0.108 0.071 0.028 0.040 0.081 0.144 0.409 66 I 0.242 0.032 0.045 0.018 0.021 0.090 0.097 0.455 67 A 0.077 0.011 0.019 0.017 0.025 0.097 0.051 0.702 68 N 0.021 0.006 0.007 0.006 0.014 0.070 0.025 0.852 69 F 0.027 0.009 0.016 0.020 0.030 0.134 0.038 0.725