# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.069 0.043 0.017 0.067 0.084 0.138 0.190 0.158 0.127 0.068 0.040 2 S 0.396 0.261 0.087 0.128 0.064 0.027 0.018 0.008 0.006 0.004 0.002 3 L 0.054 0.065 0.045 0.190 0.151 0.129 0.173 0.084 0.057 0.032 0.020 4 L 0.016 0.018 0.014 0.027 0.036 0.047 0.116 0.153 0.209 0.187 0.177 5 E 0.038 0.401 0.114 0.222 0.136 0.041 0.030 0.009 0.005 0.003 0.001 6 S 0.165 0.114 0.100 0.216 0.144 0.102 0.087 0.038 0.020 0.009 0.005 7 K 0.620 0.129 0.062 0.091 0.050 0.019 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 8 G 0.081 0.274 0.056 0.258 0.151 0.081 0.068 0.017 0.009 0.003 0.001 9 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.034 0.118 0.158 0.262 0.198 0.208 10 E 0.050 0.051 0.307 0.356 0.147 0.055 0.023 0.006 0.003 0.002 0.001 11 A 0.003 0.026 0.224 0.214 0.188 0.150 0.118 0.044 0.020 0.009 0.003 12 L 0.001 0.002 0.007 0.006 0.008 0.017 0.083 0.132 0.233 0.255 0.257 13 N 0.001 0.003 0.032 0.037 0.054 0.144 0.303 0.166 0.134 0.086 0.041 14 K 0.005 0.012 0.668 0.169 0.097 0.025 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 15 A 0.005 0.012 0.063 0.067 0.091 0.206 0.349 0.107 0.058 0.028 0.012 16 I 0.003 0.004 0.009 0.008 0.008 0.016 0.066 0.119 0.225 0.329 0.213 17 A 0.047 0.116 0.186 0.184 0.152 0.128 0.104 0.040 0.023 0.015 0.006 18 S 0.106 0.183 0.264 0.243 0.128 0.040 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 19 G 0.280 0.061 0.037 0.055 0.069 0.090 0.162 0.085 0.073 0.055 0.033 20 T 0.164 0.275 0.052 0.211 0.162 0.053 0.044 0.019 0.013 0.006 0.003 21 V 0.003 0.004 0.009 0.013 0.011 0.025 0.062 0.078 0.232 0.241 0.322 22 Q 0.041 0.077 0.099 0.307 0.276 0.087 0.065 0.022 0.015 0.008 0.004 23 R 0.029 0.104 0.106 0.180 0.157 0.110 0.119 0.075 0.061 0.038 0.021 24 A 0.015 0.020 0.019 0.036 0.036 0.069 0.146 0.157 0.177 0.180 0.146 25 D 0.036 0.068 0.048 0.113 0.100 0.142 0.203 0.140 0.077 0.051 0.023 26 G 0.484 0.150 0.113 0.114 0.049 0.026 0.022 0.017 0.011 0.010 0.004 27 S 0.232 0.115 0.059 0.168 0.144 0.110 0.089 0.035 0.025 0.015 0.007 28 I 0.102 0.084 0.031 0.073 0.064 0.073 0.128 0.110 0.140 0.113 0.083 29 Q 0.091 0.148 0.065 0.166 0.164 0.128 0.119 0.055 0.033 0.020 0.011 30 N 0.301 0.218 0.154 0.144 0.081 0.039 0.028 0.016 0.010 0.005 0.003 31 Q 0.210 0.121 0.065 0.129 0.122 0.126 0.120 0.048 0.031 0.018 0.009 32 S 0.415 0.198 0.067 0.149 0.076 0.038 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 33 L 0.022 0.014 0.017 0.037 0.055 0.106 0.172 0.186 0.170 0.126 0.094 34 H 0.047 0.102 0.153 0.251 0.196 0.102 0.072 0.031 0.024 0.017 0.005 35 E 0.011 0.021 0.053 0.089 0.114 0.138 0.202 0.152 0.117 0.068 0.035 36 A 0.010 0.017 0.049 0.071 0.087 0.125 0.196 0.142 0.138 0.112 0.053 37 L 0.004 0.012 0.033 0.042 0.047 0.068 0.159 0.187 0.196 0.160 0.091 38 I 0.002 0.008 0.028 0.025 0.031 0.046 0.130 0.207 0.201 0.213 0.108 39 T 0.013 0.030 0.079 0.120 0.141 0.119 0.199 0.114 0.081 0.074 0.030 40 R 0.172 0.187 0.136 0.158 0.117 0.067 0.073 0.041 0.023 0.018 0.008 41 D 0.441 0.313 0.049 0.090 0.049 0.023 0.019 0.008 0.005 0.003 0.001 42 R 0.218 0.117 0.030 0.123 0.124 0.120 0.126 0.068 0.040 0.022 0.012 43 K 0.344 0.160 0.114 0.178 0.094 0.047 0.032 0.014 0.009 0.006 0.002 44 Q 0.029 0.063 0.081 0.231 0.200 0.184 0.134 0.049 0.019 0.007 0.003 45 V 0.006 0.012 0.030 0.037 0.037 0.059 0.132 0.127 0.201 0.187 0.172 46 F 0.005 0.012 0.030 0.063 0.092 0.145 0.232 0.162 0.135 0.073 0.052 47 R 0.024 0.103 0.323 0.239 0.156 0.061 0.042 0.019 0.015 0.012 0.005 48 I 0.005 0.005 0.011 0.018 0.024 0.057 0.137 0.190 0.206 0.179 0.167 49 E 0.202 0.211 0.098 0.181 0.128 0.050 0.048 0.028 0.023 0.020 0.010 50 D 0.038 0.042 0.037 0.084 0.084 0.093 0.149 0.143 0.136 0.119 0.075 51 S 0.126 0.135 0.077 0.168 0.140 0.110 0.094 0.054 0.047 0.030 0.019 52 I 0.014 0.012 0.012 0.025 0.033 0.053 0.143 0.183 0.212 0.199 0.115 53 P 0.074 0.120 0.065 0.160 0.137 0.130 0.119 0.066 0.064 0.041 0.022 54 V 0.010 0.011 0.015 0.021 0.027 0.047 0.108 0.135 0.199 0.242 0.186 55 L 0.038 0.047 0.046 0.097 0.097 0.096 0.148 0.118 0.112 0.111 0.091 56 L 0.015 0.022 0.023 0.040 0.056 0.078 0.137 0.170 0.166 0.160 0.134 57 P 0.163 0.320 0.120 0.191 0.110 0.036 0.025 0.013 0.009 0.008 0.003 58 E 0.085 0.031 0.028 0.088 0.124 0.139 0.194 0.136 0.088 0.055 0.032 59 E 0.164 0.160 0.141 0.230 0.140 0.066 0.044 0.022 0.017 0.013 0.005 60 A 0.012 0.026 0.045 0.083 0.080 0.109 0.210 0.143 0.130 0.100 0.062 61 I 0.008 0.015 0.036 0.041 0.051 0.083 0.156 0.172 0.174 0.168 0.098 62 A 0.083 0.125 0.270 0.243 0.132 0.061 0.044 0.017 0.013 0.010 0.003 63 T 0.050 0.055 0.106 0.181 0.157 0.155 0.150 0.061 0.045 0.026 0.015 64 I 0.071 0.036 0.050 0.079 0.093 0.107 0.184 0.110 0.122 0.093 0.055 65 Q 0.066 0.107 0.123 0.223 0.196 0.101 0.095 0.043 0.027 0.013 0.006 66 I 0.008 0.014 0.048 0.036 0.029 0.050 0.112 0.128 0.200 0.200 0.176 67 A 0.059 0.075 0.106 0.189 0.173 0.112 0.136 0.065 0.045 0.027 0.013 68 N 0.214 0.224 0.154 0.168 0.097 0.052 0.042 0.021 0.014 0.009 0.004 69 F 0.208 0.074 0.056 0.108 0.102 0.134 0.135 0.071 0.054 0.038 0.022