# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.107 0.018 0.020 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.103 0.017 0.113 0.604 2 S 0.009 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.003 0.112 0.793 3 L 0.007 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 0.030 0.896 4 L 0.043 0.061 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.006 0.267 0.266 5 E 0.175 0.103 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.013 0.287 0.363 6 S 0.195 0.276 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.023 0.049 0.390 7 K 0.072 0.211 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.021 0.140 0.517 8 G 0.113 0.111 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.238 0.471 9 L 0.058 0.370 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.127 0.379 10 E 0.023 0.592 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.059 0.306 11 A 0.024 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.047 0.200 12 L 0.023 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.047 13 N 0.021 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.036 14 K 0.020 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.038 15 A 0.055 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.006 0.051 16 I 0.068 0.846 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.011 0.046 17 A 0.048 0.842 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.010 0.057 18 S 0.103 0.681 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.073 0.012 0.102 19 G 0.438 0.132 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.212 0.014 0.144 20 T 0.106 0.019 0.438 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.014 0.168 0.203 21 V 0.006 0.012 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.002 0.244 0.002 0.033 0.643 22 Q 0.014 0.014 0.003 0.004 0.017 0.011 0.022 0.005 0.001 0.001 0.012 0.003 0.053 0.047 0.011 0.004 0.431 0.005 0.142 0.202 23 R 0.039 0.025 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.010 0.084 0.022 0.003 0.024 0.013 0.010 0.007 0.198 0.006 0.059 0.482 24 A 0.036 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.008 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.436 0.005 0.067 0.287 25 D 0.016 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.009 0.160 0.551 26 G 0.136 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.100 0.051 0.600 27 S 0.161 0.010 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.496 0.250 28 I 0.034 0.013 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.009 0.082 0.733 29 Q 0.018 0.038 0.004 0.002 0.126 0.112 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.009 0.230 0.273 30 N 0.114 0.034 0.010 0.001 0.021 0.027 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.019 0.141 0.545 31 Q 0.251 0.079 0.009 0.001 0.001 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.174 0.010 0.080 0.369 32 S 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.069 0.880 33 L 0.060 0.064 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.005 0.105 0.516 34 H 0.045 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.008 0.185 0.401 35 E 0.211 0.183 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.046 0.137 0.316 36 A 0.262 0.368 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.084 0.024 0.035 0.195 37 L 0.140 0.246 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.069 0.025 0.009 0.205 0.018 0.044 0.178 38 I 0.040 0.149 0.017 0.003 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.008 0.005 0.038 0.049 0.023 0.010 0.281 0.017 0.041 0.302 39 T 0.033 0.109 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.082 0.135 0.070 0.010 0.076 0.038 0.024 0.012 0.089 0.023 0.026 0.252 40 R 0.030 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.013 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.093 0.012 0.042 0.722 41 D 0.012 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.227 0.634 42 R 0.204 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.052 0.124 0.459 43 K 0.099 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.029 0.412 0.360 44 Q 0.094 0.005 0.012 0.005 0.032 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.042 0.270 0.269 45 V 0.016 0.013 0.012 0.006 0.034 0.056 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.007 0.204 0.005 0.086 0.515 46 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.057 0.050 0.073 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.044 0.013 0.010 0.586 0.003 0.035 0.082 47 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.006 0.002 0.003 0.048 0.005 0.088 0.050 0.040 0.018 0.126 0.002 0.066 0.518 48 I 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.664 0.001 0.018 0.206 49 E 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.229 0.004 0.166 0.324 50 D 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.006 0.090 0.719 51 S 0.210 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.044 0.101 0.494 52 I 0.505 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.010 0.213 0.200 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.010 0.966 54 V 0.007 0.002 0.003 0.002 0.211 0.108 0.038 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.201 0.004 0.071 0.332 55 L 0.042 0.010 0.002 0.001 0.002 0.024 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.426 0.004 0.095 0.363 56 L 0.038 0.016 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.503 0.002 0.137 0.282 57 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.014 0.931 58 E 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.002 0.344 0.550 59 E 0.128 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.015 0.187 0.568 60 A 0.266 0.306 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.011 0.055 0.308 61 I 0.118 0.466 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.011 0.048 0.246 62 A 0.063 0.375 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.010 0.049 0.443 63 T 0.063 0.503 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.017 0.023 0.340 64 I 0.062 0.641 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.013 0.025 0.217 65 Q 0.074 0.602 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.050 0.220 66 I 0.082 0.717 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.012 0.023 0.123 67 A 0.092 0.708 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.022 0.124 68 N 0.190 0.432 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.073 0.021 0.246 69 F 0.327 0.251 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.061 0.028 0.232