# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.084 0.028 0.009 0.063 0.036 0.078 0.098 0.002 0.001 0.006 0.595 2 S 0.054 0.026 0.003 0.070 0.048 0.071 0.155 0.002 0.001 0.008 0.564 3 L 0.023 0.013 0.002 0.029 0.008 0.019 0.061 0.001 0.001 0.002 0.841 4 L 0.061 0.086 0.005 0.111 0.041 0.076 0.212 0.002 0.001 0.012 0.396 5 E 0.063 0.113 0.002 0.023 0.015 0.022 0.352 0.002 0.001 0.010 0.396 6 S 0.122 0.282 0.004 0.024 0.008 0.022 0.102 0.006 0.001 0.007 0.424 7 K 0.082 0.165 0.009 0.010 0.004 0.007 0.136 0.004 0.001 0.012 0.572 8 G 0.111 0.160 0.034 0.008 0.002 0.005 0.246 0.004 0.001 0.007 0.423 9 L 0.111 0.570 0.023 0.017 0.003 0.013 0.031 0.004 0.001 0.002 0.226 10 E 0.013 0.774 0.003 0.006 0.006 0.005 0.026 0.002 0.001 0.001 0.164 11 A 0.027 0.748 0.002 0.002 0.002 0.003 0.044 0.005 0.001 0.001 0.166 12 L 0.054 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.055 13 N 0.023 0.917 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.044 14 K 0.018 0.894 0.015 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.060 15 A 0.038 0.889 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.051 16 I 0.039 0.912 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.027 17 A 0.072 0.823 0.007 0.004 0.006 0.008 0.010 0.023 0.001 0.001 0.047 18 S 0.133 0.597 0.015 0.008 0.008 0.012 0.025 0.053 0.001 0.002 0.147 19 G 0.396 0.238 0.041 0.017 0.014 0.017 0.017 0.047 0.001 0.018 0.196 20 T 0.116 0.066 0.427 0.025 0.015 0.013 0.157 0.010 0.001 0.003 0.168 21 V 0.058 0.069 0.039 0.136 0.124 0.145 0.066 0.003 0.001 0.005 0.355 22 Q 0.019 0.075 0.005 0.120 0.164 0.359 0.064 0.002 0.001 0.003 0.188 23 R 0.036 0.087 0.003 0.087 0.180 0.191 0.068 0.006 0.001 0.002 0.339 24 A 0.044 0.103 0.004 0.089 0.159 0.251 0.053 0.007 0.001 0.002 0.288 25 D 0.050 0.056 0.004 0.049 0.120 0.242 0.068 0.003 0.001 0.004 0.404 26 G 0.066 0.029 0.007 0.026 0.041 0.073 0.121 0.004 0.001 0.016 0.615 27 S 0.186 0.020 0.012 0.017 0.017 0.029 0.362 0.003 0.001 0.010 0.343 28 I 0.133 0.043 0.009 0.037 0.022 0.043 0.115 0.003 0.001 0.012 0.582 29 Q 0.055 0.091 0.014 0.047 0.076 0.139 0.228 0.002 0.001 0.010 0.339 30 N 0.129 0.101 0.005 0.030 0.038 0.076 0.248 0.005 0.001 0.007 0.360 31 Q 0.297 0.164 0.005 0.031 0.054 0.085 0.051 0.009 0.001 0.005 0.300 32 S 0.010 0.016 0.003 0.005 0.006 0.009 0.062 0.003 0.001 0.001 0.886 33 L 0.055 0.047 0.020 0.068 0.095 0.195 0.095 0.002 0.001 0.005 0.417 34 H 0.050 0.090 0.002 0.050 0.099 0.202 0.088 0.002 0.001 0.012 0.404 35 E 0.165 0.084 0.006 0.055 0.030 0.055 0.142 0.004 0.001 0.011 0.449 36 A 0.261 0.178 0.008 0.107 0.087 0.098 0.090 0.006 0.001 0.007 0.159 37 L 0.092 0.145 0.013 0.170 0.198 0.207 0.043 0.007 0.001 0.005 0.121 38 I 0.043 0.062 0.030 0.185 0.174 0.215 0.029 0.008 0.001 0.002 0.252 39 T 0.052 0.028 0.004 0.105 0.236 0.453 0.014 0.002 0.001 0.001 0.105 40 R 0.014 0.030 0.003 0.062 0.139 0.208 0.066 0.003 0.001 0.003 0.471 41 D 0.007 0.008 0.003 0.031 0.059 0.141 0.445 0.001 0.001 0.004 0.302 42 R 0.157 0.009 0.002 0.067 0.023 0.069 0.162 0.001 0.001 0.059 0.451 43 K 0.072 0.015 0.007 0.013 0.011 0.015 0.551 0.001 0.001 0.020 0.295 44 Q 0.284 0.023 0.004 0.038 0.069 0.067 0.374 0.002 0.001 0.032 0.109 45 V 0.233 0.068 0.037 0.051 0.042 0.093 0.038 0.009 0.001 0.003 0.426 46 F 0.022 0.009 0.008 0.157 0.334 0.419 0.015 0.001 0.001 0.002 0.034 47 R 0.003 0.005 0.002 0.030 0.075 0.095 0.031 0.002 0.001 0.001 0.756 48 I 0.005 0.004 0.001 0.060 0.188 0.712 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 49 E 0.006 0.009 0.001 0.055 0.077 0.112 0.192 0.001 0.001 0.002 0.546 50 D 0.047 0.011 0.002 0.058 0.105 0.133 0.165 0.002 0.001 0.022 0.455 51 S 0.260 0.007 0.004 0.049 0.025 0.076 0.200 0.002 0.001 0.036 0.340 52 I 0.219 0.006 0.030 0.083 0.060 0.048 0.304 0.001 0.001 0.012 0.237 53 P 0.003 0.001 0.001 0.016 0.013 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.930 54 V 0.009 0.003 0.001 0.113 0.131 0.306 0.039 0.001 0.001 0.001 0.396 55 L 0.027 0.017 0.001 0.387 0.108 0.133 0.090 0.001 0.001 0.012 0.224 56 L 0.054 0.016 0.001 0.126 0.099 0.245 0.079 0.001 0.001 0.006 0.374 57 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.979 58 E 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.193 0.001 0.001 0.001 0.790 59 E 0.132 0.020 0.001 0.007 0.004 0.007 0.286 0.001 0.001 0.022 0.522 60 A 0.292 0.231 0.006 0.010 0.004 0.011 0.037 0.002 0.001 0.007 0.400 61 I 0.084 0.486 0.015 0.016 0.017 0.024 0.047 0.003 0.001 0.004 0.304 62 A 0.048 0.416 0.004 0.009 0.019 0.024 0.030 0.004 0.001 0.003 0.442 63 T 0.077 0.538 0.004 0.008 0.008 0.019 0.013 0.007 0.001 0.001 0.325 64 I 0.072 0.647 0.004 0.012 0.013 0.018 0.028 0.006 0.001 0.002 0.198 65 Q 0.052 0.630 0.008 0.015 0.017 0.016 0.054 0.008 0.001 0.002 0.199 66 I 0.077 0.690 0.007 0.021 0.018 0.025 0.017 0.010 0.001 0.001 0.134 67 A 0.097 0.597 0.008 0.022 0.018 0.026 0.038 0.016 0.001 0.002 0.176 68 N 0.151 0.358 0.015 0.018 0.016 0.022 0.050 0.033 0.001 0.004 0.333 69 F 0.215 0.196 0.032 0.024 0.017 0.032 0.038 0.026 0.001 0.005 0.416