# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.052 0.008 0.110 0.021 0.036 0.066 0.006 0.701 2 S 0.025 0.014 0.123 0.045 0.054 0.096 0.005 0.639 3 L 0.009 0.005 0.018 0.005 0.019 0.028 0.001 0.916 4 L 0.074 0.044 0.083 0.026 0.085 0.234 0.006 0.449 5 E 0.109 0.037 0.019 0.006 0.013 0.548 0.011 0.257 6 S 0.412 0.139 0.017 0.005 0.010 0.115 0.018 0.283 7 K 0.227 0.216 0.029 0.005 0.008 0.068 0.014 0.433 8 G 0.147 0.143 0.020 0.005 0.008 0.160 0.024 0.494 9 L 0.161 0.345 0.040 0.006 0.025 0.094 0.015 0.314 10 E 0.033 0.684 0.013 0.004 0.013 0.059 0.005 0.188 11 A 0.028 0.788 0.007 0.003 0.004 0.032 0.006 0.133 12 L 0.037 0.855 0.009 0.002 0.003 0.010 0.009 0.074 13 N 0.040 0.864 0.008 0.003 0.004 0.008 0.010 0.063 14 K 0.018 0.866 0.024 0.006 0.006 0.008 0.008 0.064 15 A 0.055 0.784 0.010 0.006 0.011 0.024 0.016 0.094 16 I 0.075 0.800 0.018 0.010 0.013 0.014 0.019 0.053 17 A 0.061 0.738 0.042 0.018 0.017 0.026 0.026 0.073 18 S 0.079 0.485 0.054 0.024 0.018 0.026 0.080 0.235 19 G 0.388 0.132 0.051 0.032 0.017 0.021 0.164 0.194 20 T 0.295 0.028 0.117 0.038 0.052 0.146 0.021 0.301 21 V 0.007 0.008 0.042 0.068 0.078 0.039 0.002 0.755 22 Q 0.029 0.017 0.077 0.234 0.354 0.097 0.004 0.187 23 R 0.032 0.026 0.080 0.214 0.222 0.051 0.006 0.368 24 A 0.027 0.049 0.114 0.156 0.262 0.087 0.006 0.299 25 D 0.025 0.037 0.041 0.079 0.130 0.132 0.013 0.543 26 G 0.148 0.051 0.044 0.059 0.058 0.075 0.047 0.518 27 S 0.219 0.011 0.024 0.012 0.027 0.524 0.015 0.168 28 I 0.065 0.023 0.018 0.027 0.045 0.100 0.007 0.716 29 Q 0.055 0.084 0.042 0.081 0.178 0.211 0.008 0.343 30 N 0.051 0.052 0.022 0.038 0.079 0.250 0.016 0.492 31 Q 0.231 0.139 0.028 0.057 0.093 0.075 0.013 0.365 32 S 0.027 0.051 0.008 0.024 0.034 0.099 0.008 0.748 33 L 0.129 0.061 0.030 0.050 0.134 0.121 0.020 0.455 34 H 0.064 0.088 0.025 0.034 0.065 0.227 0.017 0.480 35 E 0.147 0.103 0.023 0.039 0.073 0.265 0.024 0.326 36 A 0.184 0.276 0.064 0.078 0.074 0.069 0.017 0.237 37 L 0.050 0.117 0.105 0.175 0.215 0.063 0.013 0.261 38 I 0.034 0.070 0.118 0.255 0.284 0.051 0.010 0.177 39 T 0.019 0.084 0.102 0.275 0.316 0.025 0.007 0.173 40 R 0.028 0.033 0.059 0.124 0.217 0.104 0.011 0.422 41 D 0.033 0.017 0.025 0.059 0.096 0.378 0.015 0.376 42 R 0.129 0.018 0.026 0.028 0.053 0.127 0.031 0.588 43 K 0.045 0.012 0.016 0.017 0.016 0.628 0.015 0.251 44 Q 0.198 0.016 0.039 0.059 0.064 0.432 0.037 0.154 45 V 0.118 0.036 0.050 0.082 0.199 0.104 0.004 0.407 46 F 0.003 0.006 0.164 0.433 0.322 0.013 0.002 0.058 47 R 0.003 0.005 0.030 0.142 0.202 0.018 0.002 0.597 48 I 0.007 0.005 0.148 0.184 0.537 0.016 0.003 0.101 49 E 0.005 0.007 0.048 0.142 0.180 0.126 0.002 0.490 50 D 0.037 0.008 0.051 0.057 0.152 0.152 0.024 0.520 51 S 0.221 0.010 0.083 0.024 0.026 0.110 0.043 0.482 52 I 0.122 0.005 0.381 0.073 0.050 0.137 0.015 0.217 53 P 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.004 0.001 0.984 54 V 0.014 0.005 0.227 0.071 0.250 0.068 0.005 0.361 55 L 0.046 0.018 0.360 0.093 0.106 0.055 0.011 0.312 56 L 0.051 0.014 0.126 0.133 0.203 0.086 0.005 0.382 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 E 0.006 0.005 0.016 0.019 0.068 0.177 0.002 0.707 59 E 0.248 0.051 0.011 0.013 0.013 0.153 0.016 0.495 60 A 0.313 0.231 0.020 0.016 0.032 0.054 0.014 0.320 61 I 0.116 0.454 0.042 0.037 0.046 0.047 0.008 0.250 62 A 0.038 0.458 0.041 0.023 0.034 0.047 0.012 0.346 63 T 0.057 0.538 0.026 0.021 0.038 0.033 0.018 0.270 64 I 0.078 0.613 0.038 0.029 0.041 0.035 0.018 0.148 65 Q 0.076 0.541 0.031 0.028 0.041 0.077 0.023 0.183 66 I 0.094 0.638 0.039 0.025 0.035 0.026 0.016 0.127 67 A 0.100 0.590 0.040 0.031 0.038 0.036 0.023 0.142 68 N 0.205 0.264 0.031 0.024 0.027 0.036 0.063 0.349 69 F 0.203 0.155 0.083 0.023 0.033 0.044 0.043 0.417