# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.084 0.344 0.303 0.121 0.039 0.041 0.023 0.003 0.040 0.002 0.001 2 S 0.061 0.263 0.515 0.014 0.048 0.034 0.006 0.001 0.055 0.002 0.001 3 L 0.430 0.031 0.435 0.026 0.008 0.046 0.002 0.001 0.007 0.001 0.012 4 L 0.577 0.107 0.161 0.095 0.017 0.026 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 5 E 0.574 0.071 0.142 0.119 0.040 0.026 0.011 0.002 0.011 0.004 0.001 6 S 0.807 0.025 0.082 0.053 0.010 0.008 0.007 0.001 0.004 0.003 0.001 7 K 0.801 0.009 0.050 0.111 0.006 0.010 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 8 G 0.667 0.007 0.028 0.053 0.045 0.012 0.048 0.091 0.003 0.044 0.001 9 L 0.974 0.004 0.012 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.991 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.947 0.003 0.003 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 N 0.928 0.003 0.008 0.037 0.002 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 14 K 0.981 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.962 0.002 0.005 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.853 0.017 0.056 0.060 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 17 A 0.821 0.014 0.034 0.100 0.004 0.008 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 18 S 0.259 0.033 0.048 0.547 0.024 0.007 0.067 0.006 0.008 0.001 0.001 19 G 0.067 0.012 0.053 0.021 0.113 0.004 0.082 0.549 0.003 0.094 0.001 20 T 0.213 0.239 0.400 0.049 0.033 0.040 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 21 V 0.152 0.421 0.323 0.026 0.016 0.036 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 22 Q 0.174 0.520 0.145 0.054 0.050 0.042 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 23 R 0.115 0.480 0.176 0.052 0.109 0.036 0.007 0.002 0.019 0.002 0.001 24 A 0.260 0.407 0.169 0.057 0.040 0.029 0.008 0.002 0.024 0.002 0.001 25 D 0.081 0.047 0.174 0.273 0.018 0.069 0.281 0.006 0.047 0.002 0.002 26 G 0.024 0.004 0.013 0.019 0.029 0.005 0.110 0.703 0.003 0.092 0.001 27 S 0.136 0.278 0.361 0.099 0.054 0.031 0.014 0.002 0.021 0.004 0.001 28 I 0.261 0.254 0.285 0.071 0.036 0.070 0.005 0.002 0.010 0.002 0.006 29 Q 0.302 0.356 0.161 0.079 0.054 0.023 0.008 0.001 0.012 0.002 0.001 30 N 0.136 0.128 0.200 0.217 0.080 0.086 0.076 0.014 0.051 0.008 0.003 31 Q 0.039 0.405 0.364 0.020 0.046 0.028 0.012 0.001 0.080 0.002 0.001 32 S 0.111 0.040 0.702 0.022 0.012 0.078 0.005 0.001 0.017 0.002 0.009 33 L 0.732 0.039 0.136 0.058 0.014 0.011 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 34 H 0.678 0.052 0.070 0.123 0.027 0.019 0.016 0.003 0.007 0.003 0.002 35 E 0.701 0.087 0.068 0.091 0.022 0.013 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 36 A 0.444 0.270 0.140 0.061 0.045 0.015 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 37 L 0.248 0.318 0.290 0.039 0.024 0.045 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 38 I 0.094 0.323 0.321 0.053 0.009 0.132 0.009 0.001 0.058 0.001 0.001 39 T 0.132 0.261 0.376 0.085 0.045 0.056 0.009 0.001 0.032 0.002 0.001 40 R 0.469 0.129 0.161 0.113 0.067 0.027 0.010 0.005 0.013 0.005 0.001 41 D 0.179 0.093 0.196 0.249 0.049 0.072 0.088 0.007 0.054 0.009 0.003 42 R 0.723 0.023 0.071 0.134 0.009 0.010 0.015 0.005 0.004 0.003 0.003 43 K 0.543 0.092 0.110 0.196 0.023 0.008 0.016 0.005 0.006 0.001 0.001 44 Q 0.263 0.276 0.176 0.186 0.031 0.027 0.025 0.003 0.011 0.001 0.002 45 V 0.071 0.366 0.488 0.038 0.006 0.012 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 46 F 0.085 0.489 0.280 0.025 0.053 0.030 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 47 R 0.068 0.456 0.299 0.017 0.044 0.066 0.008 0.002 0.039 0.001 0.001 48 I 0.157 0.336 0.346 0.028 0.021 0.081 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 49 E 0.387 0.142 0.193 0.124 0.038 0.046 0.022 0.007 0.033 0.005 0.002 50 D 0.178 0.086 0.107 0.321 0.049 0.038 0.174 0.016 0.023 0.007 0.001 51 S 0.139 0.142 0.094 0.257 0.110 0.059 0.118 0.055 0.016 0.010 0.001 52 I 0.041 0.611 0.262 0.008 0.044 0.007 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 53 P 0.148 0.033 0.682 0.024 0.007 0.049 0.004 0.001 0.008 0.001 0.044 54 V 0.085 0.543 0.223 0.041 0.039 0.032 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 55 L 0.049 0.260 0.529 0.034 0.019 0.053 0.002 0.001 0.052 0.001 0.002 56 L 0.064 0.103 0.718 0.007 0.027 0.024 0.002 0.001 0.050 0.002 0.002 57 P 0.809 0.005 0.153 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 58 E 0.909 0.012 0.018 0.048 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.814 0.030 0.030 0.092 0.010 0.008 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 60 A 0.715 0.068 0.059 0.071 0.019 0.021 0.035 0.002 0.009 0.001 0.001 61 I 0.511 0.161 0.204 0.017 0.008 0.041 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 62 A 0.747 0.017 0.107 0.050 0.004 0.064 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 63 T 0.884 0.019 0.016 0.061 0.007 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 I 0.857 0.037 0.032 0.050 0.012 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 65 Q 0.747 0.073 0.059 0.064 0.016 0.022 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 66 I 0.509 0.240 0.126 0.071 0.013 0.024 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 67 A 0.524 0.145 0.118 0.119 0.033 0.034 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 68 N 0.290 0.080 0.108 0.259 0.042 0.054 0.124 0.016 0.023 0.004 0.001 69 F 0.319 0.143 0.158 0.193 0.041 0.032 0.071 0.016 0.022 0.005 0.001