# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.110 0.191 0.065 0.021 0.196 0.019 0.021 0.153 0.096 0.080 0.047 2 S 0.084 0.221 0.102 0.013 0.248 0.013 0.024 0.178 0.063 0.029 0.024 3 L 0.089 0.088 0.021 0.006 0.109 0.012 0.040 0.392 0.155 0.053 0.035 4 L 0.044 0.097 0.036 0.019 0.077 0.031 0.084 0.423 0.109 0.055 0.026 5 E 0.042 0.105 0.055 0.026 0.044 0.024 0.061 0.384 0.072 0.140 0.048 6 S 0.027 0.087 0.062 0.018 0.076 0.013 0.016 0.460 0.134 0.078 0.030 7 K 0.007 0.051 0.034 0.017 0.011 0.029 0.050 0.634 0.127 0.033 0.008 8 G 0.017 0.043 0.018 0.007 0.016 0.003 0.008 0.474 0.066 0.307 0.040 9 L 0.014 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.844 0.109 0.008 0.004 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.087 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.041 0.008 0.001 12 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.929 0.051 0.007 0.001 13 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.883 0.106 0.004 0.001 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.919 0.070 0.002 0.001 15 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.076 0.856 0.045 0.009 0.001 16 I 0.020 0.018 0.007 0.003 0.019 0.003 0.014 0.597 0.244 0.061 0.014 17 A 0.009 0.006 0.005 0.005 0.009 0.028 0.141 0.587 0.125 0.065 0.019 18 S 0.021 0.385 0.164 0.033 0.052 0.024 0.158 0.072 0.032 0.046 0.012 19 G 0.046 0.074 0.105 0.073 0.053 0.033 0.022 0.042 0.037 0.348 0.165 20 T 0.104 0.302 0.046 0.009 0.296 0.004 0.015 0.061 0.040 0.062 0.060 21 V 0.313 0.113 0.014 0.005 0.316 0.008 0.009 0.055 0.042 0.023 0.103 22 Q 0.075 0.186 0.069 0.024 0.262 0.082 0.087 0.123 0.046 0.023 0.023 23 R 0.261 0.110 0.054 0.009 0.259 0.007 0.024 0.117 0.059 0.050 0.050 24 A 0.075 0.059 0.047 0.060 0.095 0.085 0.076 0.200 0.111 0.130 0.061 25 D 0.037 0.308 0.172 0.136 0.105 0.055 0.065 0.050 0.029 0.029 0.013 26 G 0.025 0.023 0.027 0.041 0.023 0.028 0.026 0.056 0.079 0.601 0.071 27 S 0.038 0.452 0.159 0.007 0.192 0.004 0.011 0.061 0.036 0.027 0.014 28 I 0.165 0.112 0.029 0.008 0.178 0.019 0.027 0.176 0.144 0.064 0.077 29 Q 0.045 0.218 0.070 0.029 0.143 0.056 0.105 0.159 0.110 0.045 0.021 30 N 0.124 0.067 0.037 0.019 0.115 0.020 0.031 0.079 0.063 0.323 0.122 31 Q 0.034 0.382 0.289 0.015 0.147 0.009 0.013 0.043 0.027 0.031 0.010 32 S 0.126 0.353 0.122 0.008 0.231 0.006 0.015 0.064 0.024 0.022 0.029 33 L 0.050 0.067 0.019 0.011 0.066 0.015 0.033 0.399 0.269 0.045 0.025 34 H 0.023 0.045 0.020 0.020 0.042 0.046 0.070 0.514 0.159 0.046 0.016 35 E 0.067 0.060 0.018 0.007 0.103 0.011 0.036 0.351 0.163 0.146 0.037 36 A 0.143 0.098 0.020 0.005 0.259 0.010 0.034 0.243 0.082 0.061 0.045 37 L 0.172 0.128 0.018 0.004 0.387 0.008 0.028 0.144 0.050 0.032 0.028 38 I 0.169 0.172 0.030 0.011 0.306 0.019 0.034 0.079 0.044 0.059 0.077 39 T 0.153 0.211 0.139 0.016 0.319 0.013 0.017 0.051 0.022 0.025 0.035 40 R 0.044 0.122 0.053 0.032 0.074 0.077 0.144 0.202 0.165 0.067 0.021 41 D 0.113 0.177 0.117 0.025 0.252 0.020 0.031 0.058 0.046 0.124 0.036 42 R 0.084 0.058 0.014 0.007 0.098 0.015 0.040 0.207 0.232 0.188 0.059 43 K 0.059 0.227 0.068 0.009 0.158 0.022 0.063 0.185 0.097 0.084 0.029 44 Q 0.155 0.118 0.015 0.006 0.404 0.013 0.043 0.100 0.046 0.064 0.034 45 V 0.339 0.075 0.010 0.007 0.388 0.008 0.017 0.041 0.023 0.025 0.066 46 F 0.101 0.287 0.088 0.013 0.392 0.024 0.017 0.022 0.010 0.020 0.026 47 R 0.223 0.187 0.029 0.003 0.502 0.002 0.003 0.007 0.003 0.011 0.032 48 I 0.224 0.166 0.049 0.020 0.241 0.018 0.019 0.070 0.062 0.044 0.087 49 E 0.058 0.058 0.070 0.093 0.087 0.205 0.206 0.116 0.053 0.034 0.019 50 D 0.078 0.194 0.094 0.111 0.133 0.050 0.098 0.076 0.058 0.080 0.028 51 S 0.050 0.029 0.039 0.076 0.042 0.032 0.016 0.047 0.055 0.461 0.153 52 I 0.032 0.512 0.161 0.013 0.153 0.009 0.017 0.033 0.037 0.020 0.013 53 P 0.232 0.141 0.020 0.006 0.410 0.012 0.017 0.028 0.040 0.030 0.065 54 V 0.156 0.172 0.023 0.008 0.467 0.012 0.027 0.048 0.028 0.022 0.035 55 L 0.211 0.194 0.047 0.010 0.285 0.017 0.034 0.027 0.017 0.082 0.075 56 L 0.056 0.450 0.305 0.006 0.158 0.002 0.001 0.005 0.002 0.005 0.009 57 P 0.025 0.142 0.035 0.008 0.065 0.012 0.019 0.411 0.258 0.015 0.011 58 E 0.007 0.011 0.004 0.002 0.015 0.006 0.034 0.573 0.309 0.034 0.005 59 E 0.016 0.023 0.006 0.002 0.023 0.005 0.020 0.633 0.153 0.102 0.016 60 A 0.020 0.012 0.004 0.002 0.021 0.003 0.014 0.655 0.115 0.133 0.021 61 I 0.034 0.085 0.030 0.005 0.067 0.009 0.015 0.598 0.115 0.033 0.010 62 A 0.029 0.088 0.035 0.007 0.055 0.016 0.036 0.614 0.079 0.030 0.012 63 T 0.022 0.018 0.005 0.002 0.030 0.003 0.018 0.702 0.161 0.029 0.008 64 I 0.015 0.018 0.005 0.002 0.033 0.006 0.022 0.728 0.146 0.018 0.006 65 Q 0.039 0.025 0.007 0.003 0.053 0.006 0.040 0.650 0.115 0.046 0.017 66 I 0.063 0.040 0.014 0.009 0.071 0.014 0.050 0.473 0.147 0.084 0.034 67 A 0.032 0.090 0.046 0.028 0.064 0.044 0.086 0.394 0.127 0.071 0.019 68 N 0.063 0.071 0.043 0.020 0.090 0.019 0.057 0.234 0.107 0.238 0.058 69 F 0.076 0.203 0.095 0.017 0.176 0.018 0.038 0.167 0.095 0.081 0.033