# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.432 0.212 0.164 0.115 0.061 0.016 0.001 2 S 0.489 0.352 0.111 0.034 0.011 0.002 0.001 3 L 0.190 0.246 0.305 0.191 0.058 0.011 0.001 4 L 0.120 0.117 0.264 0.309 0.167 0.023 0.001 5 E 0.604 0.322 0.054 0.014 0.005 0.001 0.001 6 S 0.639 0.281 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 7 K 0.630 0.307 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 8 G 0.205 0.355 0.294 0.120 0.023 0.003 0.001 9 L 0.042 0.051 0.148 0.286 0.389 0.081 0.003 10 E 0.186 0.468 0.232 0.084 0.025 0.004 0.001 11 A 0.092 0.260 0.317 0.237 0.076 0.017 0.001 12 L 0.014 0.041 0.075 0.157 0.353 0.331 0.030 13 N 0.025 0.084 0.220 0.369 0.238 0.060 0.003 14 K 0.208 0.419 0.230 0.097 0.036 0.010 0.001 15 A 0.063 0.192 0.293 0.287 0.138 0.027 0.001 16 I 0.040 0.058 0.127 0.280 0.350 0.136 0.008 17 A 0.231 0.376 0.231 0.106 0.046 0.009 0.001 18 S 0.463 0.368 0.119 0.041 0.008 0.002 0.001 19 G 0.266 0.233 0.215 0.190 0.079 0.017 0.001 20 T 0.162 0.305 0.259 0.185 0.067 0.021 0.002 21 V 0.069 0.073 0.119 0.221 0.320 0.179 0.020 22 Q 0.120 0.271 0.277 0.203 0.097 0.031 0.002 23 R 0.132 0.229 0.263 0.217 0.111 0.043 0.004 24 A 0.093 0.103 0.154 0.252 0.246 0.133 0.018 25 D 0.237 0.242 0.210 0.169 0.102 0.037 0.004 26 G 0.436 0.291 0.147 0.080 0.033 0.012 0.001 27 S 0.478 0.296 0.124 0.067 0.026 0.008 0.001 28 I 0.260 0.192 0.210 0.187 0.108 0.040 0.004 29 Q 0.326 0.240 0.195 0.139 0.074 0.024 0.002 30 N 0.544 0.278 0.108 0.047 0.017 0.005 0.001 31 Q 0.514 0.258 0.123 0.070 0.026 0.007 0.001 32 S 0.389 0.314 0.157 0.082 0.040 0.015 0.002 33 L 0.082 0.076 0.147 0.258 0.263 0.147 0.028 34 H 0.161 0.261 0.235 0.170 0.108 0.056 0.009 35 E 0.087 0.131 0.160 0.199 0.208 0.174 0.040 36 A 0.047 0.060 0.080 0.134 0.239 0.328 0.113 37 L 0.043 0.063 0.101 0.173 0.247 0.279 0.094 38 I 0.040 0.079 0.133 0.197 0.254 0.233 0.062 39 T 0.074 0.157 0.229 0.247 0.205 0.080 0.009 40 R 0.202 0.293 0.227 0.172 0.080 0.024 0.002 41 D 0.356 0.291 0.170 0.111 0.054 0.017 0.002 42 R 0.380 0.279 0.180 0.111 0.038 0.011 0.001 43 K 0.493 0.330 0.112 0.048 0.014 0.003 0.001 44 Q 0.072 0.199 0.261 0.291 0.131 0.042 0.003 45 V 0.036 0.066 0.111 0.198 0.314 0.245 0.029 46 F 0.029 0.072 0.154 0.307 0.271 0.153 0.014 47 R 0.098 0.244 0.277 0.207 0.116 0.049 0.008 48 I 0.028 0.045 0.088 0.213 0.275 0.282 0.068 49 E 0.177 0.250 0.215 0.179 0.121 0.050 0.009 50 D 0.180 0.245 0.192 0.183 0.110 0.074 0.017 51 S 0.163 0.158 0.167 0.192 0.165 0.116 0.040 52 I 0.078 0.087 0.106 0.170 0.225 0.252 0.082 53 P 0.158 0.200 0.176 0.149 0.148 0.120 0.049 54 V 0.084 0.100 0.128 0.197 0.222 0.195 0.075 55 L 0.096 0.113 0.148 0.199 0.204 0.176 0.064 56 L 0.091 0.105 0.152 0.217 0.230 0.162 0.044 57 P 0.262 0.291 0.175 0.131 0.085 0.045 0.012 58 E 0.208 0.188 0.184 0.207 0.137 0.066 0.011 59 E 0.317 0.322 0.181 0.108 0.048 0.021 0.003 60 A 0.116 0.123 0.167 0.249 0.211 0.118 0.016 61 I 0.153 0.124 0.176 0.226 0.206 0.099 0.016 62 A 0.333 0.300 0.182 0.109 0.051 0.022 0.003 63 T 0.300 0.241 0.197 0.157 0.072 0.029 0.004 64 I 0.285 0.213 0.195 0.173 0.095 0.036 0.003 65 Q 0.346 0.306 0.180 0.105 0.044 0.017 0.002 66 I 0.212 0.119 0.167 0.236 0.180 0.078 0.008 67 A 0.513 0.266 0.127 0.063 0.025 0.007 0.001 68 N 0.684 0.210 0.067 0.027 0.008 0.003 0.001 69 F 0.620 0.199 0.095 0.057 0.021 0.007 0.001