# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.086 0.081 0.113 0.137 0.162 0.137 0.098 0.075 0.049 0.033 0.018 0.006 0.003 0.001 2 S 0.241 0.152 0.149 0.145 0.115 0.080 0.049 0.032 0.018 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 3 L 0.134 0.085 0.102 0.141 0.172 0.132 0.090 0.065 0.045 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 4 L 0.084 0.062 0.074 0.153 0.174 0.164 0.113 0.077 0.050 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 5 E 0.375 0.280 0.140 0.110 0.046 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 S 0.413 0.219 0.165 0.091 0.056 0.029 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.535 0.229 0.124 0.060 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 G 0.361 0.254 0.170 0.092 0.069 0.032 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.045 0.039 0.061 0.156 0.272 0.197 0.112 0.062 0.034 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 10 E 0.464 0.287 0.129 0.068 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.316 0.228 0.204 0.105 0.074 0.038 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.020 0.016 0.032 0.083 0.168 0.205 0.195 0.181 0.067 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 13 N 0.053 0.088 0.136 0.208 0.215 0.133 0.080 0.044 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 14 K 0.537 0.236 0.105 0.058 0.030 0.016 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.117 0.134 0.159 0.192 0.168 0.109 0.068 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 16 I 0.024 0.025 0.057 0.099 0.174 0.206 0.196 0.123 0.060 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 17 A 0.151 0.135 0.147 0.162 0.159 0.114 0.068 0.034 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 18 S 0.279 0.156 0.162 0.127 0.119 0.069 0.041 0.017 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 19 G 0.170 0.091 0.103 0.147 0.164 0.127 0.073 0.043 0.037 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 20 T 0.101 0.095 0.104 0.169 0.180 0.129 0.089 0.060 0.039 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 21 V 0.044 0.027 0.036 0.071 0.106 0.160 0.159 0.145 0.109 0.079 0.038 0.017 0.008 0.002 22 Q 0.162 0.137 0.141 0.164 0.127 0.095 0.069 0.045 0.028 0.014 0.012 0.004 0.002 0.001 23 R 0.151 0.110 0.134 0.134 0.140 0.107 0.077 0.054 0.042 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 24 A 0.068 0.039 0.050 0.085 0.133 0.160 0.146 0.147 0.083 0.050 0.022 0.011 0.005 0.001 25 D 0.106 0.117 0.144 0.167 0.158 0.113 0.085 0.053 0.029 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 26 G 0.327 0.155 0.141 0.120 0.100 0.065 0.040 0.022 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 27 S 0.260 0.166 0.153 0.144 0.123 0.070 0.040 0.019 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 28 I 0.158 0.099 0.098 0.143 0.151 0.132 0.093 0.062 0.037 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 29 Q 0.175 0.147 0.144 0.161 0.139 0.109 0.067 0.031 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 30 N 0.321 0.172 0.166 0.115 0.102 0.058 0.032 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.228 0.154 0.155 0.159 0.136 0.078 0.043 0.022 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 32 S 0.182 0.132 0.135 0.144 0.152 0.099 0.066 0.047 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 33 L 0.043 0.031 0.045 0.089 0.133 0.172 0.154 0.162 0.078 0.056 0.022 0.010 0.005 0.001 34 H 0.098 0.097 0.105 0.154 0.159 0.127 0.099 0.066 0.045 0.023 0.015 0.008 0.002 0.001 35 E 0.056 0.061 0.082 0.121 0.141 0.127 0.114 0.102 0.082 0.057 0.034 0.014 0.005 0.003 36 A 0.040 0.033 0.050 0.085 0.113 0.137 0.141 0.158 0.114 0.067 0.034 0.016 0.007 0.004 37 L 0.023 0.022 0.039 0.070 0.118 0.146 0.133 0.159 0.117 0.083 0.046 0.025 0.013 0.006 38 I 0.040 0.030 0.041 0.090 0.142 0.152 0.135 0.112 0.108 0.072 0.036 0.025 0.011 0.005 39 T 0.079 0.079 0.090 0.181 0.171 0.138 0.103 0.055 0.053 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 40 R 0.171 0.157 0.158 0.176 0.134 0.091 0.053 0.024 0.022 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 41 D 0.199 0.176 0.166 0.161 0.136 0.076 0.038 0.020 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 42 R 0.241 0.209 0.163 0.153 0.113 0.060 0.027 0.015 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 43 K 0.371 0.195 0.153 0.104 0.080 0.043 0.024 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.085 0.082 0.107 0.170 0.208 0.132 0.080 0.065 0.036 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 45 V 0.031 0.025 0.035 0.072 0.128 0.133 0.144 0.184 0.124 0.064 0.028 0.020 0.009 0.003 46 F 0.042 0.038 0.047 0.108 0.111 0.125 0.133 0.168 0.094 0.069 0.034 0.019 0.010 0.003 47 R 0.132 0.104 0.113 0.126 0.130 0.111 0.084 0.061 0.065 0.028 0.025 0.014 0.004 0.003 48 I 0.061 0.034 0.053 0.089 0.121 0.165 0.125 0.089 0.084 0.079 0.056 0.028 0.011 0.004 49 E 0.250 0.186 0.183 0.124 0.095 0.063 0.047 0.025 0.016 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 50 D 0.121 0.103 0.129 0.151 0.170 0.121 0.076 0.058 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 51 S 0.098 0.103 0.086 0.122 0.168 0.138 0.109 0.085 0.051 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 52 I 0.049 0.061 0.074 0.127 0.177 0.161 0.135 0.075 0.058 0.043 0.023 0.009 0.004 0.003 53 P 0.073 0.045 0.075 0.095 0.140 0.154 0.152 0.077 0.079 0.044 0.036 0.017 0.007 0.006 54 V 0.067 0.028 0.049 0.070 0.109 0.133 0.112 0.087 0.097 0.079 0.075 0.044 0.031 0.017 55 L 0.079 0.034 0.038 0.077 0.108 0.101 0.113 0.112 0.120 0.084 0.057 0.043 0.024 0.011 56 L 0.049 0.033 0.036 0.084 0.094 0.123 0.124 0.135 0.112 0.087 0.067 0.035 0.018 0.005 57 P 0.142 0.109 0.099 0.140 0.137 0.116 0.093 0.053 0.059 0.021 0.020 0.007 0.002 0.001 58 E 0.139 0.160 0.151 0.176 0.146 0.089 0.053 0.032 0.026 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 59 E 0.218 0.219 0.174 0.134 0.105 0.068 0.035 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 60 A 0.049 0.052 0.076 0.139 0.203 0.166 0.125 0.101 0.056 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 61 I 0.045 0.045 0.076 0.129 0.194 0.181 0.140 0.105 0.049 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 62 A 0.228 0.176 0.162 0.149 0.121 0.068 0.043 0.024 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 63 T 0.083 0.072 0.096 0.154 0.182 0.139 0.110 0.068 0.051 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 64 I 0.129 0.082 0.099 0.135 0.151 0.152 0.099 0.065 0.042 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 65 Q 0.232 0.159 0.142 0.155 0.134 0.074 0.046 0.026 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 66 I 0.085 0.039 0.057 0.106 0.145 0.171 0.140 0.107 0.073 0.047 0.017 0.008 0.004 0.001 67 A 0.165 0.119 0.143 0.171 0.154 0.112 0.067 0.031 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 68 N 0.366 0.164 0.136 0.115 0.094 0.052 0.032 0.019 0.012 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 69 F 0.236 0.135 0.132 0.143 0.132 0.094 0.059 0.032 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001