# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.011 0.009 0.053 0.033 0.133 0.002 0.030 0.011 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.010 0.094 0.105 0.051 0.054 0.189 0.193 0.003 2 S 0.012 0.014 0.189 0.079 0.053 0.003 0.010 0.024 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.010 0.102 0.029 0.057 0.020 0.119 0.259 0.003 3 L 0.009 0.008 0.008 0.013 0.216 0.007 0.048 0.057 0.002 0.001 0.006 0.006 0.012 0.022 0.055 0.142 0.246 0.042 0.060 0.035 0.006 4 L 0.006 0.007 0.065 0.053 0.015 0.003 0.139 0.110 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.025 0.287 0.028 0.092 0.024 0.050 0.079 0.001 5 E 0.003 0.004 0.009 0.013 0.090 0.005 0.151 0.086 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 0.082 0.196 0.078 0.107 0.138 0.001 6 S 0.001 0.001 0.015 0.017 0.015 0.010 0.101 0.064 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.013 0.487 0.064 0.073 0.061 0.001 7 K 0.001 0.001 0.006 0.004 0.014 0.011 0.293 0.165 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.312 0.043 0.028 0.093 0.001 8 G 0.001 0.001 0.007 0.004 0.015 0.011 0.241 0.244 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.100 0.178 0.095 0.070 0.001 9 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.004 0.018 0.277 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.512 0.042 0.048 0.044 0.001 10 E 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.016 0.035 0.792 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.120 0.005 0.004 0.008 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.066 0.851 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.009 0.003 0.003 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.026 0.741 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.136 0.020 0.011 0.016 0.001 13 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.027 0.793 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.126 0.007 0.005 0.011 0.001 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.024 0.887 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.040 0.913 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.002 0.001 16 I 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.006 0.080 0.685 0.038 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.084 0.025 0.021 0.012 0.001 17 A 0.002 0.001 0.006 0.007 0.012 0.022 0.174 0.242 0.134 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.268 0.032 0.015 0.024 0.001 18 S 0.001 0.003 0.004 0.007 0.026 0.010 0.612 0.042 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.105 0.071 0.016 0.058 0.001 19 G 0.003 0.005 0.013 0.008 0.060 0.006 0.217 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.036 0.042 0.335 0.118 0.107 0.001 20 T 0.010 0.012 0.152 0.053 0.054 0.006 0.020 0.025 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.010 0.104 0.046 0.092 0.120 0.175 0.097 0.007 21 V 0.033 0.033 0.045 0.033 0.211 0.003 0.022 0.048 0.002 0.001 0.015 0.015 0.037 0.048 0.070 0.128 0.045 0.027 0.096 0.051 0.035 22 Q 0.052 0.071 0.150 0.102 0.049 0.002 0.017 0.024 0.001 0.001 0.022 0.018 0.040 0.075 0.221 0.050 0.019 0.014 0.024 0.030 0.016 23 R 0.046 0.063 0.034 0.085 0.160 0.004 0.014 0.021 0.004 0.001 0.028 0.026 0.038 0.089 0.063 0.172 0.030 0.019 0.050 0.037 0.014 24 A 0.038 0.043 0.056 0.088 0.175 0.003 0.029 0.019 0.006 0.002 0.013 0.013 0.036 0.058 0.160 0.055 0.104 0.028 0.032 0.037 0.007 25 D 0.026 0.037 0.089 0.117 0.099 0.005 0.120 0.031 0.005 0.002 0.006 0.006 0.016 0.013 0.064 0.041 0.053 0.031 0.092 0.142 0.005 26 G 0.012 0.012 0.028 0.028 0.225 0.003 0.081 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.051 0.035 0.250 0.131 0.038 0.077 0.002 27 S 0.008 0.012 0.085 0.102 0.048 0.013 0.100 0.040 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.033 0.016 0.044 0.069 0.189 0.222 0.001 28 I 0.007 0.007 0.042 0.039 0.175 0.005 0.023 0.031 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.035 0.033 0.278 0.066 0.111 0.129 0.001 29 Q 0.006 0.009 0.059 0.084 0.083 0.011 0.175 0.059 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.039 0.017 0.205 0.043 0.075 0.115 0.002 30 N 0.005 0.007 0.021 0.032 0.141 0.007 0.208 0.039 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.026 0.033 0.132 0.144 0.094 0.096 0.001 31 Q 0.005 0.006 0.106 0.075 0.034 0.007 0.034 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 0.011 0.152 0.048 0.124 0.312 0.001 32 S 0.003 0.005 0.012 0.013 0.287 0.003 0.036 0.086 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.029 0.137 0.058 0.091 0.224 0.001 33 L 0.005 0.006 0.050 0.043 0.043 0.003 0.083 0.126 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.090 0.010 0.357 0.037 0.068 0.068 0.001 34 H 0.006 0.009 0.021 0.018 0.034 0.010 0.077 0.414 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.007 0.291 0.017 0.015 0.052 0.001 35 E 0.011 0.021 0.010 0.019 0.058 0.031 0.159 0.495 0.004 0.002 0.002 0.002 0.008 0.006 0.009 0.014 0.095 0.027 0.010 0.015 0.002 36 A 0.028 0.087 0.012 0.012 0.115 0.004 0.081 0.505 0.003 0.001 0.003 0.004 0.010 0.017 0.020 0.032 0.029 0.016 0.007 0.011 0.003 37 L 0.106 0.112 0.095 0.095 0.039 0.009 0.039 0.253 0.008 0.002 0.016 0.013 0.029 0.025 0.067 0.013 0.036 0.011 0.012 0.010 0.009 38 I 0.139 0.144 0.029 0.033 0.219 0.005 0.044 0.131 0.013 0.004 0.011 0.017 0.034 0.033 0.025 0.019 0.040 0.014 0.010 0.018 0.017 39 T 0.068 0.084 0.106 0.155 0.090 0.003 0.033 0.100 0.016 0.005 0.012 0.014 0.015 0.019 0.052 0.021 0.025 0.024 0.052 0.102 0.005 40 R 0.024 0.024 0.043 0.053 0.217 0.002 0.028 0.018 0.012 0.004 0.002 0.003 0.006 0.005 0.030 0.020 0.349 0.059 0.037 0.059 0.002 41 D 0.013 0.014 0.042 0.057 0.113 0.009 0.159 0.055 0.018 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.018 0.020 0.073 0.082 0.111 0.198 0.001 42 R 0.008 0.013 0.041 0.055 0.069 0.003 0.058 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.045 0.013 0.443 0.102 0.043 0.072 0.002 43 K 0.033 0.059 0.052 0.036 0.141 0.025 0.204 0.137 0.004 0.002 0.006 0.003 0.010 0.005 0.016 0.034 0.094 0.044 0.029 0.060 0.004 44 Q 0.074 0.107 0.165 0.249 0.058 0.020 0.048 0.055 0.007 0.003 0.015 0.007 0.030 0.009 0.028 0.008 0.028 0.042 0.020 0.014 0.012 45 V 0.121 0.191 0.014 0.015 0.460 0.001 0.012 0.023 0.001 0.001 0.016 0.014 0.028 0.008 0.010 0.043 0.008 0.006 0.007 0.006 0.016 46 F 0.122 0.130 0.344 0.283 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.008 0.027 0.007 0.035 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 47 R 0.074 0.100 0.005 0.013 0.705 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.009 0.016 0.005 0.002 0.026 0.004 0.004 0.005 0.009 0.007 48 I 0.090 0.115 0.189 0.302 0.058 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.009 0.019 0.010 0.110 0.006 0.015 0.005 0.024 0.025 0.005 49 E 0.065 0.044 0.071 0.115 0.213 0.004 0.014 0.009 0.005 0.004 0.011 0.009 0.030 0.014 0.028 0.022 0.195 0.016 0.045 0.078 0.007 50 D 0.037 0.059 0.079 0.081 0.122 0.005 0.181 0.007 0.004 0.002 0.005 0.006 0.013 0.014 0.054 0.014 0.145 0.038 0.040 0.090 0.007 51 S 0.016 0.022 0.027 0.022 0.153 0.001 0.181 0.005 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.036 0.131 0.088 0.124 0.091 0.032 0.042 0.007 52 I 0.043 0.037 0.252 0.216 0.020 0.003 0.018 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.022 0.105 0.009 0.044 0.014 0.046 0.130 0.008 53 P 0.029 0.048 0.008 0.007 0.591 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.007 0.008 0.020 0.037 0.005 0.103 0.011 0.018 0.025 0.058 0.011 54 V 0.060 0.051 0.259 0.154 0.020 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.019 0.014 0.043 0.053 0.212 0.017 0.014 0.009 0.028 0.018 0.012 55 L 0.044 0.045 0.017 0.020 0.262 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.013 0.014 0.047 0.107 0.069 0.173 0.043 0.024 0.045 0.031 0.021 56 L 0.016 0.019 0.105 0.100 0.023 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.031 0.256 0.034 0.033 0.014 0.082 0.249 0.002 57 P 0.004 0.005 0.008 0.015 0.068 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.042 0.053 0.515 0.024 0.056 0.173 0.001 58 E 0.003 0.003 0.010 0.011 0.016 0.021 0.112 0.202 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.010 0.488 0.024 0.021 0.047 0.001 59 E 0.001 0.002 0.005 0.005 0.009 0.018 0.221 0.579 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.085 0.030 0.014 0.015 0.001 60 A 0.003 0.005 0.005 0.005 0.040 0.005 0.094 0.619 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.108 0.035 0.022 0.031 0.001 61 I 0.004 0.006 0.015 0.013 0.026 0.006 0.082 0.592 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.009 0.129 0.025 0.016 0.046 0.001 62 A 0.004 0.006 0.006 0.008 0.049 0.011 0.094 0.637 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.079 0.024 0.014 0.040 0.001 63 T 0.002 0.003 0.008 0.010 0.024 0.010 0.067 0.600 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 0.148 0.033 0.022 0.031 0.001 64 I 0.002 0.003 0.005 0.004 0.014 0.008 0.074 0.710 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.116 0.015 0.011 0.022 0.001 65 Q 0.002 0.003 0.005 0.006 0.015 0.013 0.101 0.697 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.054 0.037 0.018 0.022 0.001 66 I 0.003 0.004 0.007 0.008 0.029 0.008 0.114 0.475 0.020 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.015 0.195 0.033 0.028 0.027 0.001 67 A 0.005 0.007 0.023 0.024 0.026 0.013 0.202 0.328 0.017 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.009 0.184 0.038 0.033 0.056 0.001 68 N 0.004 0.006 0.014 0.018 0.062 0.021 0.258 0.148 0.022 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.018 0.167 0.105 0.054 0.079 0.001 69 F 0.004 0.005 0.026 0.024 0.063 0.008 0.123 0.085 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.019 0.207 0.113 0.126 0.146 0.001