# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.010 0.033 0.615 0.008 0.013 0.030 0.003 0.002 0.046 0.116 0.017 0.053 0.054 2 S 0.006 0.012 0.662 0.004 0.017 0.034 0.002 0.001 0.030 0.087 0.012 0.054 0.078 3 L 0.005 0.020 0.252 0.010 0.197 0.218 0.004 0.002 0.030 0.039 0.088 0.012 0.123 4 L 0.003 0.010 0.202 0.010 0.225 0.301 0.002 0.002 0.019 0.052 0.131 0.026 0.018 5 E 0.001 0.009 0.160 0.002 0.156 0.457 0.001 0.001 0.009 0.092 0.090 0.005 0.018 6 S 0.001 0.005 0.077 0.001 0.082 0.680 0.001 0.001 0.002 0.065 0.083 0.002 0.003 7 K 0.001 0.005 0.037 0.001 0.039 0.539 0.001 0.001 0.001 0.060 0.315 0.001 0.002 8 G 0.001 0.009 0.062 0.001 0.034 0.647 0.001 0.001 0.001 0.063 0.178 0.001 0.003 9 L 0.001 0.002 0.035 0.001 0.014 0.925 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.002 10 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.001 0.001 14 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.039 0.879 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 0.001 0.003 16 I 0.001 0.003 0.033 0.002 0.055 0.776 0.001 0.001 0.001 0.013 0.105 0.002 0.008 17 A 0.001 0.003 0.068 0.003 0.051 0.654 0.001 0.001 0.005 0.045 0.153 0.012 0.004 18 S 0.001 0.003 0.051 0.003 0.022 0.163 0.001 0.001 0.007 0.082 0.657 0.002 0.011 19 G 0.003 0.006 0.250 0.005 0.016 0.081 0.001 0.001 0.009 0.192 0.408 0.019 0.009 20 T 0.015 0.022 0.542 0.005 0.014 0.068 0.005 0.004 0.034 0.130 0.038 0.052 0.069 21 V 0.040 0.055 0.285 0.016 0.035 0.078 0.017 0.010 0.071 0.056 0.042 0.038 0.257 22 Q 0.032 0.018 0.226 0.057 0.039 0.090 0.010 0.008 0.073 0.050 0.040 0.288 0.069 23 R 0.038 0.032 0.214 0.012 0.052 0.084 0.012 0.009 0.042 0.073 0.062 0.041 0.328 24 A 0.038 0.026 0.293 0.023 0.042 0.078 0.009 0.006 0.032 0.104 0.155 0.110 0.084 25 D 0.007 0.009 0.216 0.018 0.027 0.038 0.001 0.001 0.013 0.172 0.426 0.040 0.031 26 G 0.003 0.013 0.135 0.008 0.030 0.029 0.001 0.001 0.004 0.256 0.496 0.010 0.017 27 S 0.005 0.030 0.435 0.006 0.037 0.054 0.002 0.001 0.013 0.235 0.076 0.065 0.042 28 I 0.009 0.050 0.365 0.010 0.074 0.110 0.004 0.002 0.024 0.089 0.075 0.022 0.165 29 Q 0.009 0.028 0.304 0.018 0.080 0.143 0.004 0.002 0.024 0.091 0.168 0.084 0.045 30 N 0.007 0.025 0.365 0.011 0.041 0.127 0.002 0.001 0.015 0.154 0.157 0.022 0.073 31 Q 0.005 0.026 0.410 0.005 0.022 0.099 0.001 0.001 0.008 0.271 0.063 0.063 0.026 32 S 0.004 0.018 0.520 0.005 0.034 0.105 0.001 0.001 0.008 0.096 0.069 0.017 0.122 33 L 0.007 0.010 0.186 0.023 0.173 0.322 0.001 0.001 0.007 0.049 0.157 0.024 0.039 34 H 0.014 0.006 0.106 0.029 0.194 0.421 0.002 0.001 0.008 0.053 0.102 0.028 0.034 35 E 0.032 0.008 0.071 0.014 0.256 0.355 0.004 0.002 0.011 0.039 0.078 0.019 0.111 36 A 0.082 0.013 0.086 0.025 0.080 0.369 0.019 0.006 0.020 0.030 0.089 0.102 0.081 37 L 0.198 0.022 0.085 0.012 0.048 0.201 0.037 0.013 0.029 0.033 0.070 0.143 0.109 38 I 0.265 0.029 0.138 0.014 0.019 0.082 0.022 0.012 0.027 0.038 0.070 0.090 0.193 39 T 0.050 0.022 0.407 0.015 0.010 0.039 0.004 0.002 0.016 0.111 0.059 0.157 0.107 40 R 0.018 0.021 0.272 0.015 0.024 0.031 0.002 0.001 0.008 0.239 0.198 0.042 0.130 41 D 0.005 0.007 0.405 0.015 0.026 0.015 0.001 0.001 0.006 0.244 0.204 0.044 0.028 42 R 0.003 0.004 0.151 0.012 0.130 0.027 0.001 0.001 0.003 0.088 0.538 0.005 0.039 43 K 0.010 0.013 0.363 0.026 0.088 0.030 0.002 0.001 0.017 0.161 0.186 0.045 0.059 44 Q 0.041 0.018 0.249 0.015 0.055 0.056 0.021 0.005 0.072 0.087 0.029 0.257 0.096 45 V 0.123 0.028 0.119 0.032 0.008 0.020 0.065 0.019 0.050 0.034 0.023 0.027 0.453 46 F 0.115 0.009 0.088 0.040 0.002 0.010 0.023 0.011 0.034 0.028 0.005 0.609 0.027 47 R 0.230 0.009 0.067 0.003 0.004 0.007 0.015 0.034 0.092 0.012 0.004 0.028 0.495 48 I 0.050 0.023 0.363 0.032 0.024 0.024 0.022 0.014 0.058 0.028 0.057 0.090 0.215 49 E 0.009 0.007 0.182 0.133 0.072 0.035 0.005 0.003 0.030 0.090 0.358 0.050 0.024 50 D 0.003 0.004 0.081 0.008 0.032 0.016 0.001 0.001 0.010 0.290 0.520 0.014 0.020 51 S 0.003 0.016 0.313 0.013 0.020 0.025 0.001 0.001 0.018 0.357 0.204 0.007 0.022 52 I 0.012 0.016 0.403 0.011 0.018 0.032 0.005 0.002 0.038 0.181 0.026 0.232 0.023 53 P 0.038 0.029 0.163 0.008 0.018 0.031 0.023 0.013 0.073 0.030 0.028 0.009 0.538 54 V 0.062 0.023 0.123 0.022 0.014 0.041 0.045 0.026 0.064 0.028 0.024 0.494 0.035 55 L 0.063 0.048 0.179 0.013 0.011 0.044 0.059 0.033 0.101 0.052 0.033 0.032 0.331 56 L 0.007 0.008 0.636 0.008 0.013 0.037 0.004 0.003 0.035 0.083 0.015 0.118 0.033 57 P 0.001 0.003 0.215 0.005 0.093 0.497 0.001 0.001 0.010 0.065 0.089 0.003 0.018 58 E 0.001 0.002 0.038 0.004 0.375 0.474 0.001 0.001 0.002 0.037 0.062 0.002 0.003 59 E 0.002 0.005 0.076 0.002 0.269 0.517 0.001 0.001 0.005 0.048 0.063 0.004 0.009 60 A 0.002 0.010 0.129 0.002 0.094 0.652 0.001 0.001 0.005 0.031 0.058 0.004 0.013 61 I 0.005 0.022 0.178 0.004 0.055 0.581 0.001 0.001 0.013 0.049 0.061 0.012 0.017 62 A 0.006 0.005 0.152 0.004 0.037 0.605 0.001 0.001 0.009 0.058 0.087 0.009 0.027 63 T 0.003 0.003 0.045 0.004 0.068 0.761 0.001 0.001 0.003 0.021 0.076 0.003 0.012 64 I 0.003 0.004 0.037 0.005 0.089 0.771 0.001 0.001 0.005 0.024 0.044 0.006 0.009 65 Q 0.005 0.006 0.046 0.003 0.161 0.668 0.002 0.003 0.016 0.018 0.045 0.010 0.019 66 I 0.008 0.015 0.094 0.007 0.115 0.561 0.004 0.005 0.029 0.030 0.085 0.013 0.035 67 A 0.009 0.017 0.232 0.012 0.057 0.273 0.003 0.003 0.029 0.104 0.186 0.048 0.028 68 N 0.005 0.015 0.395 0.005 0.030 0.119 0.001 0.001 0.020 0.159 0.198 0.014 0.037 69 F 0.001 0.009 0.649 0.004 0.022 0.055 0.001 0.001 0.006 0.159 0.065 0.014 0.016