# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.126 0.038 0.409 0.352 0.002 0.010 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.007 0.022 0.001 0.006 0.009 2 S 0.013 0.016 0.091 0.199 0.011 0.573 0.005 0.003 0.004 0.010 0.011 0.009 0.045 0.001 0.001 0.010 3 L 0.014 0.058 0.019 0.231 0.030 0.116 0.004 0.010 0.002 0.001 0.416 0.022 0.069 0.004 0.001 0.004 4 L 0.003 0.211 0.024 0.186 0.010 0.041 0.006 0.027 0.005 0.002 0.031 0.385 0.051 0.003 0.010 0.005 5 E 0.006 0.021 0.084 0.056 0.012 0.197 0.026 0.012 0.010 0.007 0.057 0.068 0.378 0.005 0.015 0.047 6 S 0.013 0.010 0.024 0.011 0.039 0.085 0.067 0.008 0.003 0.004 0.313 0.070 0.268 0.072 0.004 0.010 7 K 0.007 0.026 0.014 0.011 0.001 0.024 0.004 0.045 0.001 0.001 0.193 0.317 0.253 0.004 0.092 0.005 8 G 0.002 0.004 0.006 0.005 0.001 0.015 0.002 0.001 0.010 0.006 0.050 0.165 0.665 0.001 0.003 0.066 9 L 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.053 0.900 0.001 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.047 0.940 0.001 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 13 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 14 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.976 0.005 0.002 0.005 16 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.008 0.004 0.003 17 A 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.087 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.289 0.575 0.010 0.016 18 S 0.004 0.005 0.014 0.007 0.001 0.001 0.005 0.023 0.002 0.001 0.001 0.003 0.122 0.011 0.757 0.044 19 G 0.010 0.004 0.118 0.011 0.001 0.003 0.008 0.001 0.031 0.012 0.003 0.002 0.088 0.005 0.004 0.701 20 T 0.744 0.017 0.070 0.051 0.001 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.065 0.001 0.005 0.018 21 V 0.019 0.024 0.294 0.163 0.010 0.299 0.016 0.003 0.002 0.004 0.032 0.018 0.091 0.011 0.002 0.011 22 Q 0.005 0.270 0.087 0.440 0.006 0.035 0.004 0.012 0.001 0.001 0.022 0.033 0.072 0.001 0.006 0.004 23 R 0.003 0.020 0.020 0.300 0.135 0.237 0.031 0.003 0.015 0.003 0.039 0.045 0.116 0.008 0.002 0.022 24 A 0.014 0.022 0.062 0.036 0.202 0.031 0.183 0.038 0.002 0.001 0.154 0.035 0.073 0.132 0.006 0.009 25 D 0.002 0.034 0.016 0.021 0.004 0.044 0.006 0.428 0.007 0.008 0.013 0.046 0.040 0.003 0.324 0.004 26 G 0.014 0.066 0.038 0.031 0.002 0.008 0.007 0.004 0.223 0.031 0.078 0.016 0.047 0.006 0.006 0.423 27 S 0.851 0.008 0.043 0.009 0.001 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.035 0.015 0.001 0.007 0.005 28 I 0.021 0.012 0.540 0.019 0.006 0.149 0.021 0.003 0.001 0.002 0.109 0.015 0.068 0.009 0.005 0.020 29 Q 0.010 0.475 0.045 0.145 0.004 0.061 0.010 0.018 0.003 0.001 0.022 0.120 0.058 0.002 0.014 0.010 30 N 0.015 0.096 0.080 0.365 0.008 0.077 0.026 0.008 0.033 0.006 0.030 0.031 0.160 0.004 0.011 0.050 31 Q 0.043 0.037 0.536 0.196 0.003 0.039 0.005 0.008 0.005 0.002 0.037 0.023 0.048 0.001 0.003 0.015 32 S 0.021 0.035 0.102 0.144 0.010 0.462 0.007 0.006 0.006 0.004 0.035 0.070 0.085 0.003 0.002 0.008 33 L 0.015 0.061 0.034 0.215 0.004 0.101 0.004 0.016 0.003 0.001 0.359 0.055 0.116 0.004 0.005 0.007 34 H 0.007 0.354 0.040 0.186 0.001 0.032 0.003 0.005 0.010 0.002 0.028 0.243 0.068 0.002 0.007 0.011 35 E 0.023 0.022 0.266 0.332 0.002 0.040 0.006 0.001 0.004 0.001 0.026 0.018 0.208 0.003 0.004 0.045 36 A 0.014 0.033 0.471 0.271 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.139 0.003 0.003 0.018 37 L 0.004 0.032 0.125 0.594 0.003 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.150 0.001 0.004 0.023 38 I 0.003 0.028 0.092 0.790 0.018 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.002 0.001 0.007 39 T 0.007 0.033 0.037 0.160 0.095 0.592 0.015 0.010 0.002 0.001 0.007 0.004 0.022 0.008 0.002 0.003 40 R 0.008 0.137 0.039 0.287 0.025 0.037 0.006 0.074 0.005 0.002 0.339 0.012 0.012 0.003 0.009 0.007 41 D 0.025 0.078 0.016 0.031 0.010 0.265 0.012 0.025 0.038 0.052 0.043 0.330 0.033 0.007 0.024 0.010 42 R 0.030 0.103 0.039 0.035 0.006 0.016 0.010 0.016 0.013 0.002 0.477 0.036 0.128 0.017 0.035 0.038 43 K 0.034 0.329 0.139 0.123 0.001 0.011 0.003 0.006 0.020 0.002 0.006 0.200 0.017 0.003 0.022 0.085 44 Q 0.031 0.012 0.773 0.069 0.001 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.084 45 V 0.038 0.042 0.643 0.226 0.002 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 46 F 0.003 0.059 0.139 0.792 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.001 0.003 0.051 0.848 0.018 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.002 0.004 0.008 0.165 0.412 0.336 0.002 0.009 0.001 0.001 0.055 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.278 0.002 0.097 0.246 0.078 0.009 0.152 0.005 0.003 0.065 0.052 0.001 0.009 0.002 0.001 50 D 0.005 0.090 0.007 0.105 0.003 0.041 0.003 0.346 0.050 0.022 0.045 0.062 0.013 0.001 0.203 0.004 51 S 0.034 0.078 0.191 0.073 0.002 0.008 0.005 0.003 0.298 0.029 0.027 0.023 0.015 0.001 0.002 0.210 52 I 0.801 0.006 0.090 0.077 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.002 0.002 53 P 0.005 0.014 0.767 0.144 0.001 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 54 V 0.007 0.036 0.015 0.781 0.004 0.123 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.012 0.001 0.001 0.002 55 L 0.002 0.056 0.033 0.833 0.004 0.030 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 0.011 0.013 0.001 0.001 0.002 56 L 0.005 0.030 0.075 0.632 0.027 0.147 0.003 0.004 0.001 0.002 0.013 0.019 0.039 0.001 0.001 0.002 57 P 0.004 0.034 0.052 0.227 0.017 0.295 0.003 0.011 0.002 0.001 0.180 0.028 0.140 0.002 0.001 0.003 58 E 0.003 0.033 0.016 0.169 0.009 0.094 0.006 0.008 0.003 0.002 0.304 0.176 0.163 0.006 0.003 0.003 59 E 0.004 0.052 0.024 0.092 0.001 0.032 0.004 0.005 0.003 0.001 0.052 0.348 0.354 0.001 0.020 0.010 60 A 0.003 0.009 0.020 0.067 0.001 0.029 0.008 0.001 0.005 0.001 0.020 0.046 0.744 0.002 0.003 0.041 61 I 0.012 0.022 0.112 0.098 0.001 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.012 0.022 0.673 0.004 0.005 0.012 62 A 0.003 0.015 0.047 0.084 0.002 0.093 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.016 0.687 0.007 0.004 0.018 63 T 0.008 0.016 0.033 0.112 0.003 0.050 0.006 0.002 0.002 0.001 0.102 0.022 0.610 0.012 0.005 0.016 64 I 0.007 0.051 0.045 0.099 0.001 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.030 0.131 0.569 0.005 0.019 0.014 65 Q 0.003 0.010 0.033 0.074 0.004 0.025 0.013 0.001 0.002 0.001 0.011 0.023 0.754 0.007 0.006 0.033 66 I 0.007 0.019 0.058 0.071 0.015 0.029 0.037 0.006 0.002 0.001 0.025 0.018 0.632 0.042 0.010 0.028 67 A 0.006 0.060 0.073 0.093 0.014 0.045 0.042 0.038 0.005 0.004 0.022 0.036 0.415 0.040 0.069 0.037 68 N 0.014 0.039 0.058 0.056 0.034 0.066 0.087 0.017 0.024 0.010 0.043 0.020 0.274 0.087 0.032 0.137 69 F 0.105 0.057 0.108 0.061 0.012 0.035 0.044 0.052 0.013 0.006 0.094 0.044 0.184 0.029 0.098 0.058