# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.086 0.233 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.045 0.084 0.472 2 S 0.087 0.370 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.081 0.126 0.062 0.253 3 L 0.122 0.256 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.120 0.081 0.361 4 L 0.097 0.138 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.216 0.088 0.392 5 E 0.098 0.357 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.053 0.459 6 S 0.115 0.560 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.033 0.265 7 K 0.005 0.787 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.034 0.140 8 G 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.021 9 L 0.017 0.847 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.002 0.010 10 E 0.014 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.011 11 A 0.010 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.023 12 L 0.010 0.925 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.022 13 N 0.042 0.854 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.006 0.034 14 K 0.059 0.395 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.322 0.022 0.180 15 A 0.077 0.172 0.085 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.404 0.058 0.180 16 I 0.413 0.029 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.243 0.051 0.215 17 A 0.136 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.051 0.102 0.643 18 S 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.128 0.831 19 G 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.051 0.156 0.486 20 T 0.043 0.050 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.253 0.122 0.130 0.367 21 V 0.013 0.019 0.002 0.001 0.004 0.007 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.327 0.079 0.067 0.453 22 Q 0.034 0.014 0.005 0.002 0.029 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.003 0.443 0.084 0.064 0.266 23 R 0.104 0.005 0.004 0.001 0.030 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.075 0.083 0.543 24 A 0.063 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.049 0.089 0.637 25 D 0.061 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.039 0.137 0.698 26 G 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.043 0.128 0.723 27 S 0.073 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.100 0.088 0.491 28 I 0.218 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.123 0.076 0.467 29 Q 0.036 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.013 0.008 0.003 0.001 0.088 0.063 0.096 0.617 30 N 0.048 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.018 0.026 0.102 0.732 31 Q 0.029 0.133 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.005 0.130 0.067 0.139 0.467 32 S 0.056 0.332 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 0.061 0.122 0.364 33 L 0.292 0.199 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.069 0.116 0.070 0.227 34 H 0.149 0.158 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.092 0.143 0.086 0.360 35 E 0.027 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.221 0.068 0.386 36 A 0.021 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.380 0.148 0.081 0.322 37 L 0.012 0.017 0.004 0.002 0.005 0.057 0.080 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.433 0.115 0.059 0.192 38 I 0.008 0.010 0.004 0.002 0.032 0.078 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.287 0.047 0.067 0.435 39 T 0.116 0.017 0.012 0.004 0.114 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.123 0.075 0.321 40 R 0.036 0.003 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.065 0.132 0.629 41 D 0.360 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.081 0.076 0.444 42 R 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.039 0.140 0.687 43 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.028 0.135 0.682 44 Q 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.049 0.098 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.403 0.065 0.044 0.185 45 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.004 0.012 0.037 0.012 0.005 0.019 0.016 0.007 0.007 0.157 0.049 0.084 0.560 46 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.161 0.087 0.095 0.015 0.354 0.036 0.030 0.157 47 R 0.036 0.005 0.004 0.002 0.054 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.085 0.053 0.027 0.195 0.146 0.044 0.308 48 I 0.049 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.056 0.065 0.488 49 E 0.113 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.059 0.085 0.670 50 D 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.036 0.118 0.659 51 S 0.032 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.047 0.105 0.702 52 I 0.058 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.029 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.252 0.107 0.080 0.379 53 P 0.045 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.002 0.017 0.009 0.003 0.002 0.099 0.056 0.091 0.640 54 V 0.008 0.014 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.032 0.031 0.004 0.216 0.038 0.130 0.485 55 L 0.008 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 0.004 0.174 0.041 0.123 0.572 56 L 0.157 0.589 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.083 0.036 0.104 57 P 0.116 0.720 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.057 0.024 0.073 58 E 0.100 0.596 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.047 0.199 59 E 0.052 0.211 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.400 0.051 0.197 60 A 0.043 0.561 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.119 0.052 0.170 61 I 0.055 0.507 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 0.099 0.043 0.229 62 A 0.031 0.695 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.050 0.029 0.159 63 T 0.082 0.607 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.085 0.036 0.140 64 I 0.072 0.202 0.048 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.245 0.079 0.282 65 Q 0.194 0.117 0.028 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.159 0.077 0.327 66 I 0.240 0.028 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.091 0.080 0.493 67 A 0.042 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.042 0.123 0.721 68 N 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.021 0.113 0.803 69 F 0.034 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.048 0.141 0.699