# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.044 0.204 0.002 0.026 0.029 0.027 0.081 0.007 0.001 0.050 0.529 2 S 0.095 0.149 0.003 0.030 0.043 0.059 0.084 0.013 0.002 0.194 0.330 3 L 0.068 0.158 0.005 0.018 0.019 0.021 0.089 0.007 0.002 0.172 0.440 4 L 0.190 0.147 0.016 0.039 0.025 0.021 0.055 0.014 0.007 0.136 0.350 5 E 0.187 0.236 0.004 0.013 0.009 0.012 0.079 0.009 0.002 0.036 0.413 6 S 0.065 0.274 0.001 0.007 0.006 0.011 0.048 0.008 0.001 0.046 0.533 7 K 0.020 0.598 0.002 0.006 0.009 0.006 0.046 0.004 0.001 0.034 0.274 8 G 0.018 0.884 0.002 0.002 0.002 0.003 0.009 0.004 0.001 0.015 0.062 9 L 0.081 0.409 0.006 0.004 0.006 0.005 0.030 0.024 0.004 0.201 0.230 10 E 0.036 0.829 0.004 0.002 0.002 0.002 0.012 0.003 0.003 0.042 0.065 11 A 0.017 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 0.064 12 L 0.013 0.852 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.003 0.048 0.062 13 N 0.012 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.018 14 K 0.028 0.438 0.011 0.005 0.004 0.003 0.019 0.004 0.003 0.375 0.111 15 A 0.024 0.151 0.089 0.012 0.005 0.005 0.063 0.006 0.023 0.509 0.114 16 I 0.443 0.048 0.039 0.013 0.003 0.007 0.039 0.012 0.024 0.165 0.208 17 A 0.177 0.027 0.005 0.020 0.007 0.006 0.074 0.005 0.003 0.029 0.647 18 S 0.008 0.015 0.001 0.017 0.005 0.013 0.105 0.001 0.001 0.019 0.817 19 G 0.015 0.039 0.002 0.042 0.029 0.040 0.153 0.003 0.001 0.064 0.613 20 T 0.082 0.057 0.003 0.089 0.050 0.086 0.149 0.011 0.001 0.087 0.385 21 V 0.033 0.032 0.002 0.059 0.043 0.051 0.114 0.004 0.001 0.051 0.610 22 Q 0.050 0.026 0.003 0.149 0.068 0.085 0.090 0.004 0.002 0.080 0.442 23 R 0.094 0.020 0.002 0.075 0.040 0.074 0.056 0.005 0.002 0.099 0.534 24 A 0.073 0.022 0.001 0.032 0.020 0.020 0.092 0.004 0.001 0.044 0.690 25 D 0.033 0.046 0.001 0.023 0.016 0.027 0.100 0.002 0.001 0.037 0.716 26 G 0.037 0.044 0.001 0.018 0.022 0.039 0.120 0.004 0.001 0.106 0.608 27 S 0.099 0.100 0.003 0.032 0.047 0.065 0.081 0.010 0.001 0.114 0.449 28 I 0.096 0.058 0.002 0.026 0.034 0.038 0.070 0.005 0.001 0.086 0.585 29 Q 0.048 0.057 0.004 0.030 0.034 0.037 0.113 0.005 0.002 0.068 0.604 30 N 0.047 0.125 0.004 0.014 0.024 0.033 0.104 0.006 0.002 0.057 0.584 31 Q 0.184 0.260 0.005 0.009 0.026 0.025 0.085 0.010 0.002 0.074 0.322 32 S 0.097 0.327 0.009 0.011 0.016 0.019 0.083 0.008 0.003 0.064 0.362 33 L 0.087 0.286 0.015 0.012 0.013 0.024 0.074 0.014 0.005 0.062 0.408 34 H 0.171 0.368 0.011 0.020 0.019 0.031 0.059 0.018 0.004 0.067 0.233 35 E 0.081 0.068 0.004 0.046 0.043 0.066 0.097 0.012 0.001 0.221 0.361 36 A 0.011 0.057 0.008 0.160 0.093 0.075 0.108 0.003 0.002 0.124 0.358 37 L 0.016 0.030 0.015 0.206 0.111 0.169 0.091 0.007 0.004 0.072 0.279 38 I 0.035 0.021 0.012 0.094 0.104 0.099 0.076 0.013 0.004 0.049 0.494 39 T 0.235 0.029 0.009 0.093 0.049 0.067 0.112 0.015 0.007 0.087 0.298 40 R 0.061 0.010 0.006 0.049 0.026 0.019 0.114 0.005 0.002 0.039 0.669 41 D 0.111 0.029 0.003 0.033 0.014 0.023 0.149 0.009 0.002 0.041 0.587 42 R 0.072 0.020 0.002 0.025 0.019 0.041 0.101 0.004 0.001 0.034 0.682 43 K 0.013 0.012 0.001 0.053 0.086 0.097 0.080 0.002 0.001 0.038 0.617 44 Q 0.011 0.003 0.001 0.082 0.107 0.506 0.043 0.002 0.001 0.040 0.206 45 V 0.003 0.003 0.001 0.075 0.245 0.126 0.093 0.001 0.001 0.036 0.418 46 F 0.002 0.002 0.001 0.167 0.295 0.351 0.037 0.001 0.001 0.031 0.113 47 R 0.014 0.003 0.003 0.094 0.183 0.255 0.082 0.002 0.001 0.048 0.314 48 I 0.158 0.011 0.002 0.041 0.133 0.177 0.039 0.005 0.001 0.025 0.409 49 E 0.184 0.003 0.001 0.038 0.028 0.065 0.185 0.002 0.001 0.041 0.454 50 D 0.005 0.004 0.001 0.067 0.023 0.049 0.123 0.001 0.001 0.016 0.712 51 S 0.015 0.003 0.001 0.030 0.034 0.096 0.125 0.002 0.001 0.063 0.634 52 I 0.035 0.006 0.001 0.079 0.113 0.080 0.122 0.003 0.001 0.076 0.484 53 P 0.013 0.002 0.001 0.137 0.054 0.079 0.084 0.001 0.001 0.081 0.549 54 V 0.004 0.004 0.001 0.280 0.080 0.088 0.124 0.001 0.001 0.041 0.379 55 L 0.007 0.040 0.001 0.144 0.035 0.042 0.147 0.002 0.001 0.028 0.554 56 L 0.089 0.597 0.002 0.023 0.017 0.016 0.026 0.016 0.001 0.064 0.148 57 P 0.078 0.805 0.001 0.005 0.002 0.002 0.012 0.005 0.001 0.018 0.072 58 E 0.025 0.795 0.002 0.005 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.066 0.091 59 E 0.046 0.146 0.007 0.007 0.003 0.005 0.033 0.012 0.004 0.609 0.128 60 A 0.028 0.781 0.017 0.005 0.002 0.002 0.022 0.004 0.006 0.061 0.071 61 I 0.059 0.648 0.009 0.009 0.008 0.005 0.018 0.010 0.004 0.067 0.163 62 A 0.028 0.735 0.007 0.005 0.007 0.008 0.017 0.010 0.004 0.045 0.134 63 T 0.058 0.676 0.007 0.005 0.005 0.007 0.029 0.006 0.004 0.061 0.141 64 I 0.079 0.179 0.032 0.019 0.020 0.023 0.092 0.015 0.012 0.275 0.254 65 Q 0.144 0.096 0.032 0.022 0.015 0.022 0.117 0.015 0.015 0.174 0.348 66 I 0.254 0.020 0.012 0.020 0.020 0.024 0.053 0.012 0.006 0.071 0.508 67 A 0.099 0.006 0.003 0.022 0.014 0.018 0.083 0.004 0.002 0.029 0.720 68 N 0.025 0.004 0.001 0.012 0.007 0.016 0.081 0.001 0.001 0.015 0.837 69 F 0.017 0.006 0.001 0.010 0.013 0.013 0.145 0.001 0.001 0.021 0.774