# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.055 0.116 0.022 0.031 0.036 0.086 0.030 0.623 2 S 0.144 0.193 0.042 0.043 0.055 0.075 0.160 0.288 3 L 0.106 0.114 0.058 0.022 0.030 0.092 0.140 0.438 4 L 0.091 0.087 0.086 0.018 0.017 0.086 0.242 0.372 5 E 0.171 0.325 0.008 0.005 0.005 0.044 0.031 0.412 6 S 0.264 0.320 0.003 0.002 0.002 0.041 0.031 0.336 7 K 0.016 0.582 0.004 0.003 0.003 0.038 0.031 0.323 8 G 0.024 0.775 0.008 0.001 0.002 0.014 0.107 0.069 9 L 0.029 0.643 0.004 0.003 0.001 0.009 0.274 0.036 10 E 0.032 0.724 0.004 0.002 0.002 0.011 0.148 0.077 11 A 0.014 0.856 0.004 0.001 0.001 0.008 0.030 0.087 12 L 0.004 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.016 13 N 0.017 0.922 0.002 0.001 0.001 0.003 0.040 0.014 14 K 0.028 0.284 0.013 0.003 0.003 0.020 0.571 0.079 15 A 0.034 0.215 0.055 0.009 0.007 0.044 0.496 0.141 16 I 0.364 0.039 0.055 0.005 0.005 0.047 0.310 0.175 17 A 0.085 0.033 0.043 0.006 0.007 0.112 0.066 0.648 18 S 0.011 0.018 0.041 0.004 0.012 0.145 0.018 0.750 19 G 0.023 0.035 0.053 0.028 0.038 0.136 0.039 0.648 20 T 0.047 0.044 0.076 0.108 0.091 0.114 0.068 0.452 21 V 0.047 0.016 0.080 0.093 0.136 0.082 0.064 0.481 22 Q 0.049 0.012 0.132 0.102 0.152 0.078 0.084 0.392 23 R 0.085 0.009 0.049 0.050 0.086 0.089 0.051 0.580 24 A 0.070 0.015 0.041 0.049 0.087 0.101 0.043 0.594 25 D 0.066 0.019 0.012 0.028 0.042 0.100 0.030 0.703 26 G 0.034 0.020 0.014 0.034 0.047 0.133 0.041 0.677 27 S 0.106 0.076 0.031 0.061 0.074 0.102 0.091 0.459 28 I 0.136 0.021 0.020 0.028 0.039 0.112 0.135 0.510 29 Q 0.029 0.060 0.029 0.042 0.040 0.130 0.062 0.609 30 N 0.064 0.073 0.010 0.015 0.035 0.093 0.062 0.648 31 Q 0.049 0.160 0.020 0.073 0.046 0.096 0.157 0.399 32 S 0.056 0.246 0.028 0.041 0.072 0.080 0.093 0.384 33 L 0.140 0.190 0.062 0.057 0.092 0.071 0.108 0.279 34 H 0.125 0.164 0.054 0.063 0.113 0.076 0.133 0.271 35 E 0.019 0.020 0.060 0.064 0.159 0.102 0.157 0.419 36 A 0.007 0.021 0.123 0.130 0.293 0.088 0.062 0.276 37 L 0.008 0.013 0.209 0.148 0.222 0.091 0.073 0.237 38 I 0.017 0.011 0.103 0.150 0.114 0.109 0.050 0.447 39 T 0.176 0.023 0.044 0.049 0.086 0.120 0.173 0.330 40 R 0.055 0.010 0.029 0.027 0.027 0.135 0.043 0.675 41 D 0.168 0.039 0.015 0.010 0.026 0.118 0.054 0.568 42 R 0.052 0.068 0.014 0.040 0.055 0.150 0.074 0.549 43 K 0.012 0.041 0.047 0.074 0.204 0.118 0.098 0.407 44 Q 0.005 0.025 0.053 0.221 0.395 0.051 0.090 0.160 45 V 0.003 0.009 0.079 0.281 0.332 0.045 0.026 0.225 46 F 0.003 0.006 0.108 0.351 0.407 0.021 0.037 0.067 47 R 0.015 0.003 0.121 0.250 0.242 0.047 0.109 0.212 48 I 0.168 0.004 0.066 0.147 0.149 0.056 0.089 0.321 49 E 0.201 0.003 0.048 0.029 0.061 0.093 0.044 0.520 50 D 0.017 0.004 0.035 0.039 0.059 0.120 0.016 0.711 51 S 0.021 0.003 0.021 0.029 0.050 0.144 0.020 0.712 52 I 0.019 0.010 0.084 0.156 0.133 0.096 0.069 0.433 53 P 0.011 0.004 0.122 0.059 0.120 0.080 0.044 0.560 54 V 0.003 0.009 0.184 0.185 0.194 0.078 0.050 0.299 55 L 0.007 0.025 0.217 0.083 0.134 0.069 0.033 0.434 56 L 0.170 0.387 0.059 0.053 0.040 0.032 0.149 0.109 57 P 0.199 0.539 0.014 0.011 0.009 0.029 0.088 0.111 58 E 0.128 0.530 0.025 0.004 0.011 0.032 0.094 0.176 59 E 0.038 0.231 0.027 0.008 0.022 0.052 0.410 0.211 60 A 0.017 0.523 0.035 0.027 0.033 0.059 0.153 0.153 61 I 0.048 0.679 0.015 0.015 0.019 0.025 0.098 0.100 62 A 0.023 0.715 0.009 0.015 0.017 0.025 0.054 0.142 63 T 0.049 0.601 0.018 0.018 0.026 0.032 0.123 0.133 64 I 0.079 0.118 0.054 0.048 0.044 0.058 0.406 0.193 65 Q 0.135 0.066 0.051 0.038 0.046 0.075 0.163 0.425 66 I 0.302 0.020 0.025 0.016 0.026 0.070 0.064 0.476 67 A 0.108 0.013 0.028 0.015 0.025 0.103 0.032 0.676 68 N 0.031 0.006 0.015 0.007 0.017 0.108 0.014 0.802 69 F 0.037 0.009 0.013 0.020 0.025 0.120 0.028 0.748