# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.084 0.042 0.027 0.061 0.072 0.094 0.156 0.127 0.143 0.120 0.075 2 S 0.221 0.181 0.105 0.185 0.117 0.070 0.058 0.030 0.018 0.009 0.006 3 L 0.053 0.041 0.043 0.093 0.114 0.111 0.172 0.138 0.112 0.070 0.052 4 L 0.015 0.014 0.013 0.032 0.055 0.057 0.144 0.198 0.168 0.155 0.151 5 E 0.085 0.265 0.164 0.221 0.119 0.059 0.047 0.019 0.012 0.007 0.002 6 S 0.178 0.114 0.099 0.178 0.139 0.118 0.095 0.037 0.022 0.013 0.006 7 K 0.478 0.187 0.087 0.132 0.059 0.025 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 8 G 0.152 0.221 0.060 0.200 0.128 0.075 0.085 0.045 0.020 0.010 0.004 9 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.043 0.110 0.121 0.238 0.245 0.220 10 E 0.052 0.082 0.420 0.255 0.125 0.039 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 11 A 0.007 0.017 0.149 0.134 0.138 0.223 0.197 0.072 0.036 0.020 0.007 12 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.017 0.061 0.100 0.241 0.279 0.284 13 N 0.005 0.007 0.019 0.053 0.095 0.153 0.280 0.172 0.115 0.079 0.024 14 K 0.014 0.048 0.667 0.177 0.059 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 15 A 0.019 0.022 0.056 0.098 0.149 0.168 0.262 0.138 0.047 0.024 0.015 16 I 0.005 0.004 0.006 0.008 0.013 0.023 0.067 0.125 0.214 0.264 0.272 17 A 0.051 0.109 0.131 0.158 0.161 0.129 0.135 0.061 0.035 0.020 0.010 18 S 0.101 0.113 0.217 0.233 0.150 0.081 0.055 0.024 0.014 0.008 0.005 19 G 0.342 0.072 0.046 0.061 0.061 0.067 0.130 0.086 0.065 0.042 0.028 20 T 0.115 0.198 0.053 0.224 0.140 0.087 0.085 0.046 0.028 0.014 0.008 21 V 0.004 0.004 0.007 0.010 0.020 0.033 0.069 0.111 0.208 0.236 0.298 22 Q 0.055 0.080 0.115 0.227 0.212 0.121 0.096 0.050 0.024 0.013 0.008 23 R 0.029 0.043 0.101 0.157 0.143 0.147 0.167 0.092 0.062 0.037 0.020 24 A 0.008 0.011 0.012 0.020 0.029 0.058 0.116 0.120 0.208 0.211 0.207 25 D 0.045 0.087 0.042 0.136 0.135 0.112 0.163 0.106 0.089 0.056 0.031 26 G 0.353 0.136 0.116 0.147 0.090 0.057 0.050 0.024 0.015 0.008 0.004 27 S 0.375 0.168 0.084 0.152 0.083 0.049 0.046 0.021 0.012 0.006 0.004 28 I 0.061 0.073 0.029 0.075 0.082 0.107 0.161 0.135 0.122 0.096 0.059 29 Q 0.136 0.140 0.059 0.156 0.143 0.100 0.107 0.074 0.044 0.026 0.014 30 N 0.131 0.208 0.158 0.175 0.101 0.088 0.070 0.032 0.019 0.013 0.005 31 Q 0.138 0.140 0.122 0.209 0.141 0.102 0.079 0.036 0.019 0.010 0.004 32 S 0.447 0.248 0.064 0.118 0.049 0.028 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 33 L 0.019 0.017 0.021 0.047 0.067 0.100 0.174 0.152 0.175 0.131 0.096 34 H 0.103 0.159 0.154 0.203 0.142 0.082 0.074 0.041 0.023 0.013 0.005 35 E 0.006 0.014 0.056 0.090 0.106 0.165 0.210 0.134 0.114 0.076 0.030 36 A 0.021 0.032 0.067 0.081 0.086 0.128 0.185 0.144 0.114 0.091 0.051 37 L 0.008 0.009 0.019 0.043 0.061 0.092 0.185 0.196 0.176 0.135 0.075 38 I 0.006 0.007 0.021 0.023 0.038 0.050 0.134 0.190 0.200 0.191 0.138 39 T 0.016 0.030 0.079 0.101 0.115 0.105 0.185 0.128 0.114 0.083 0.044 40 R 0.155 0.161 0.178 0.206 0.125 0.071 0.056 0.023 0.014 0.007 0.004 41 D 0.206 0.271 0.091 0.146 0.093 0.065 0.066 0.031 0.016 0.009 0.005 42 R 0.144 0.108 0.048 0.143 0.135 0.124 0.139 0.077 0.044 0.026 0.011 43 K 0.421 0.158 0.123 0.130 0.066 0.041 0.032 0.016 0.007 0.004 0.002 44 Q 0.034 0.103 0.150 0.245 0.163 0.142 0.102 0.034 0.016 0.008 0.003 45 V 0.008 0.008 0.019 0.020 0.033 0.049 0.110 0.137 0.195 0.229 0.192 46 F 0.014 0.018 0.046 0.079 0.099 0.169 0.214 0.138 0.115 0.080 0.028 47 R 0.018 0.157 0.307 0.274 0.119 0.060 0.034 0.015 0.009 0.005 0.003 48 I 0.007 0.004 0.010 0.016 0.036 0.056 0.146 0.187 0.187 0.163 0.187 49 E 0.379 0.297 0.091 0.123 0.048 0.027 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 50 D 0.035 0.034 0.042 0.100 0.118 0.135 0.204 0.133 0.101 0.059 0.040 51 S 0.213 0.160 0.073 0.133 0.099 0.072 0.082 0.060 0.050 0.036 0.022 52 I 0.008 0.012 0.010 0.027 0.034 0.067 0.165 0.152 0.233 0.186 0.108 53 P 0.039 0.098 0.087 0.186 0.150 0.130 0.096 0.077 0.058 0.046 0.032 54 V 0.009 0.007 0.013 0.027 0.047 0.067 0.147 0.213 0.192 0.149 0.129 55 L 0.017 0.028 0.036 0.072 0.090 0.074 0.136 0.178 0.138 0.125 0.107 56 L 0.004 0.005 0.011 0.023 0.038 0.046 0.119 0.164 0.225 0.195 0.171 57 P 0.188 0.197 0.128 0.219 0.115 0.058 0.046 0.020 0.016 0.008 0.004 58 E 0.031 0.024 0.038 0.093 0.120 0.131 0.222 0.141 0.103 0.060 0.037 59 E 0.148 0.176 0.127 0.203 0.129 0.084 0.066 0.032 0.018 0.010 0.006 60 A 0.018 0.025 0.040 0.067 0.087 0.092 0.194 0.159 0.138 0.098 0.082 61 I 0.013 0.015 0.033 0.037 0.053 0.080 0.132 0.135 0.175 0.188 0.139 62 A 0.056 0.131 0.178 0.242 0.151 0.087 0.073 0.035 0.026 0.014 0.006 63 T 0.058 0.053 0.096 0.147 0.139 0.129 0.146 0.099 0.067 0.043 0.024 64 I 0.045 0.032 0.044 0.076 0.089 0.117 0.189 0.148 0.122 0.086 0.053 65 Q 0.076 0.113 0.125 0.228 0.162 0.100 0.096 0.051 0.028 0.014 0.008 66 I 0.013 0.012 0.031 0.030 0.044 0.072 0.149 0.146 0.184 0.172 0.147 67 A 0.066 0.075 0.092 0.155 0.149 0.122 0.153 0.081 0.056 0.033 0.017 68 N 0.165 0.191 0.186 0.189 0.100 0.062 0.054 0.025 0.016 0.009 0.004 69 F 0.124 0.084 0.072 0.126 0.128 0.115 0.139 0.088 0.060 0.038 0.027