# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.098 0.043 0.046 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.119 0.012 0.048 0.615 2 S 0.013 0.028 0.004 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.234 0.002 0.206 0.492 3 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.013 0.968 4 L 0.067 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 0.007 0.002 0.001 0.151 0.007 0.251 0.432 5 E 0.127 0.139 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.011 0.313 0.366 6 S 0.140 0.377 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.018 0.023 0.361 7 K 0.019 0.268 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.022 0.678 8 G 0.076 0.166 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.062 0.091 0.577 9 L 0.061 0.514 0.097 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.029 0.275 10 E 0.012 0.769 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.056 0.148 11 A 0.047 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.143 12 L 0.025 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 13 N 0.025 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.032 14 K 0.017 0.870 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.003 0.076 15 A 0.023 0.885 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.064 16 I 0.016 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.030 17 A 0.062 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.003 0.033 18 S 0.106 0.773 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 0.002 0.062 19 G 0.302 0.335 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.138 0.008 0.136 20 T 0.154 0.092 0.487 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.021 0.049 0.145 21 V 0.022 0.080 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.337 0.009 0.052 0.452 22 Q 0.028 0.077 0.004 0.005 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.020 0.017 0.006 0.004 0.318 0.009 0.096 0.383 23 R 0.031 0.065 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.005 0.002 0.008 0.007 0.004 0.004 0.297 0.010 0.137 0.402 24 A 0.035 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.400 0.008 0.151 0.294 25 D 0.037 0.073 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.030 0.128 0.459 26 G 0.048 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.030 0.101 0.695 27 S 0.055 0.017 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.017 0.509 0.334 28 I 0.070 0.021 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.012 0.157 0.671 29 Q 0.050 0.077 0.010 0.005 0.026 0.017 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.139 0.012 0.310 0.328 30 N 0.114 0.072 0.005 0.002 0.006 0.007 0.004 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.057 0.025 0.102 0.588 31 Q 0.186 0.096 0.007 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.015 0.088 0.411 32 S 0.048 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.007 0.172 0.677 33 L 0.081 0.042 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.295 0.012 0.112 0.444 34 H 0.065 0.127 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.016 0.171 0.397 35 E 0.188 0.134 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.015 0.200 0.267 36 A 0.136 0.483 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.161 0.010 0.045 0.144 37 L 0.068 0.409 0.007 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.029 0.021 0.004 0.289 0.012 0.029 0.111 38 I 0.049 0.300 0.007 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.025 0.056 0.036 0.004 0.229 0.019 0.045 0.207 39 T 0.064 0.173 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.045 0.098 0.005 0.032 0.014 0.006 0.005 0.217 0.031 0.039 0.212 40 R 0.036 0.084 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.273 0.010 0.091 0.447 41 D 0.037 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.031 0.390 0.436 42 R 0.140 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.077 0.147 0.537 43 K 0.077 0.064 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.066 0.352 0.293 44 Q 0.130 0.022 0.042 0.011 0.041 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.032 0.433 0.140 45 V 0.045 0.116 0.012 0.005 0.063 0.035 0.017 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.124 0.007 0.071 0.474 46 F 0.003 0.011 0.002 0.001 0.025 0.033 0.069 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.064 0.036 0.011 0.618 0.002 0.023 0.060 47 R 0.006 0.015 0.002 0.002 0.012 0.032 0.028 0.011 0.002 0.002 0.027 0.002 0.096 0.045 0.045 0.020 0.200 0.006 0.086 0.361 48 I 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 0.076 0.007 0.003 0.008 0.004 0.002 0.005 0.780 0.002 0.017 0.067 49 E 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.006 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.393 0.002 0.107 0.324 50 D 0.023 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.017 0.140 0.549 51 S 0.149 0.023 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.164 0.124 0.372 52 I 0.147 0.012 0.065 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.019 0.309 0.302 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.991 54 V 0.014 0.003 0.007 0.002 0.151 0.041 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.479 0.003 0.071 0.210 55 L 0.026 0.009 0.002 0.002 0.005 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.439 0.003 0.099 0.395 56 L 0.011 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.448 0.003 0.100 0.395 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 E 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.004 0.259 0.602 59 E 0.196 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.162 0.587 60 A 0.266 0.276 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 0.040 0.377 61 I 0.157 0.527 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.027 0.236 62 A 0.106 0.498 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.016 0.342 63 T 0.119 0.511 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.038 0.010 0.281 64 I 0.154 0.600 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.012 0.165 65 Q 0.049 0.606 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.009 0.060 0.226 66 I 0.078 0.619 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.016 0.035 0.178 67 A 0.099 0.680 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.016 0.022 0.122 68 N 0.191 0.418 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.056 0.029 0.267 69 F 0.246 0.233 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.062 0.031 0.319