# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.126 0.019 0.012 0.074 0.035 0.053 0.066 0.001 0.001 0.003 0.610 2 S 0.014 0.007 0.001 0.062 0.041 0.049 0.080 0.001 0.001 0.001 0.744 3 L 0.022 0.006 0.001 0.032 0.013 0.027 0.054 0.001 0.001 0.001 0.844 4 L 0.062 0.048 0.002 0.118 0.033 0.103 0.170 0.001 0.001 0.006 0.457 5 E 0.129 0.070 0.005 0.032 0.017 0.046 0.266 0.003 0.001 0.007 0.424 6 S 0.185 0.214 0.007 0.037 0.006 0.017 0.080 0.004 0.001 0.004 0.447 7 K 0.051 0.172 0.004 0.010 0.003 0.007 0.122 0.002 0.001 0.003 0.625 8 G 0.097 0.146 0.002 0.004 0.001 0.003 0.370 0.002 0.001 0.003 0.371 9 L 0.085 0.536 0.011 0.004 0.001 0.003 0.128 0.003 0.001 0.002 0.226 10 E 0.013 0.657 0.003 0.002 0.002 0.003 0.048 0.002 0.001 0.001 0.270 11 A 0.011 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.120 12 L 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 13 N 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 14 K 0.004 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 15 A 0.012 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.020 16 I 0.014 0.952 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.005 17 A 0.013 0.942 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.010 18 S 0.085 0.732 0.028 0.006 0.002 0.002 0.005 0.054 0.001 0.001 0.086 19 G 0.372 0.295 0.049 0.010 0.010 0.011 0.012 0.057 0.001 0.003 0.183 20 T 0.161 0.093 0.123 0.042 0.027 0.023 0.117 0.014 0.001 0.004 0.396 21 V 0.025 0.035 0.041 0.091 0.074 0.119 0.062 0.004 0.001 0.003 0.547 22 Q 0.023 0.036 0.014 0.107 0.187 0.243 0.077 0.003 0.001 0.005 0.304 23 R 0.058 0.031 0.007 0.116 0.067 0.126 0.050 0.002 0.001 0.004 0.539 24 A 0.069 0.034 0.004 0.134 0.139 0.211 0.060 0.003 0.001 0.003 0.343 25 D 0.063 0.024 0.004 0.096 0.079 0.129 0.126 0.003 0.001 0.010 0.467 26 G 0.099 0.023 0.008 0.087 0.032 0.059 0.142 0.002 0.001 0.028 0.519 27 S 0.031 0.009 0.003 0.021 0.018 0.022 0.608 0.001 0.001 0.014 0.273 28 I 0.089 0.016 0.005 0.013 0.020 0.025 0.213 0.001 0.001 0.012 0.605 29 Q 0.048 0.072 0.008 0.022 0.064 0.118 0.287 0.002 0.001 0.014 0.365 30 N 0.123 0.096 0.011 0.019 0.028 0.059 0.143 0.005 0.001 0.012 0.504 31 Q 0.205 0.189 0.016 0.029 0.070 0.116 0.061 0.007 0.001 0.006 0.302 32 S 0.015 0.023 0.002 0.014 0.018 0.018 0.102 0.001 0.001 0.001 0.805 33 L 0.067 0.082 0.013 0.031 0.076 0.112 0.097 0.003 0.001 0.007 0.512 34 H 0.055 0.095 0.008 0.053 0.083 0.138 0.217 0.002 0.001 0.017 0.332 35 E 0.097 0.156 0.007 0.048 0.076 0.102 0.177 0.002 0.001 0.007 0.328 36 A 0.135 0.303 0.014 0.070 0.091 0.146 0.061 0.004 0.001 0.004 0.174 37 L 0.072 0.284 0.010 0.079 0.157 0.246 0.028 0.008 0.001 0.002 0.113 38 I 0.057 0.226 0.008 0.070 0.185 0.282 0.024 0.012 0.001 0.002 0.132 39 T 0.040 0.077 0.011 0.075 0.272 0.325 0.030 0.017 0.001 0.003 0.150 40 R 0.038 0.053 0.012 0.031 0.123 0.175 0.056 0.009 0.001 0.005 0.501 41 D 0.016 0.010 0.011 0.024 0.077 0.111 0.402 0.002 0.001 0.014 0.333 42 R 0.166 0.015 0.016 0.033 0.038 0.044 0.244 0.002 0.001 0.046 0.397 43 K 0.057 0.028 0.021 0.023 0.044 0.077 0.327 0.001 0.001 0.073 0.348 44 Q 0.182 0.015 0.008 0.052 0.124 0.088 0.335 0.001 0.001 0.018 0.177 45 V 0.046 0.031 0.007 0.044 0.102 0.235 0.040 0.001 0.001 0.003 0.491 46 F 0.007 0.010 0.002 0.110 0.416 0.377 0.015 0.001 0.001 0.001 0.062 47 R 0.002 0.003 0.001 0.038 0.172 0.256 0.027 0.001 0.001 0.001 0.501 48 I 0.002 0.001 0.001 0.035 0.257 0.628 0.005 0.001 0.001 0.001 0.070 49 E 0.004 0.002 0.001 0.050 0.147 0.355 0.111 0.001 0.001 0.002 0.327 50 D 0.032 0.001 0.001 0.017 0.020 0.041 0.091 0.001 0.001 0.009 0.789 51 S 0.424 0.001 0.008 0.025 0.013 0.043 0.114 0.001 0.001 0.030 0.341 52 I 0.633 0.002 0.019 0.039 0.020 0.013 0.095 0.001 0.001 0.005 0.174 53 P 0.002 0.001 0.001 0.018 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.955 54 V 0.028 0.001 0.003 0.181 0.161 0.254 0.023 0.001 0.001 0.001 0.349 55 L 0.012 0.001 0.001 0.482 0.048 0.126 0.058 0.001 0.001 0.001 0.271 56 L 0.007 0.003 0.001 0.174 0.241 0.276 0.116 0.001 0.001 0.002 0.179 57 P 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.968 58 E 0.014 0.003 0.001 0.126 0.022 0.225 0.122 0.001 0.001 0.003 0.484 59 E 0.303 0.024 0.001 0.042 0.002 0.005 0.206 0.001 0.001 0.009 0.407 60 A 0.483 0.211 0.003 0.020 0.004 0.006 0.038 0.003 0.001 0.002 0.230 61 I 0.250 0.398 0.023 0.023 0.009 0.016 0.040 0.008 0.001 0.003 0.231 62 A 0.067 0.322 0.003 0.017 0.013 0.018 0.056 0.009 0.001 0.001 0.494 63 T 0.086 0.303 0.006 0.021 0.013 0.024 0.038 0.011 0.001 0.002 0.496 64 I 0.077 0.536 0.013 0.031 0.016 0.028 0.057 0.010 0.001 0.003 0.229 65 Q 0.062 0.416 0.013 0.023 0.014 0.021 0.127 0.010 0.001 0.003 0.312 66 I 0.110 0.590 0.023 0.022 0.011 0.024 0.029 0.013 0.001 0.003 0.174 67 A 0.124 0.578 0.012 0.028 0.013 0.029 0.028 0.016 0.001 0.003 0.168 68 N 0.232 0.267 0.009 0.019 0.011 0.018 0.046 0.023 0.001 0.003 0.372 69 F 0.306 0.158 0.026 0.023 0.017 0.030 0.031 0.021 0.001 0.004 0.385