# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.065 0.038 0.081 0.061 0.106 0.065 0.008 0.576 2 S 0.029 0.018 0.031 0.034 0.046 0.184 0.004 0.653 3 L 0.020 0.011 0.011 0.009 0.019 0.042 0.002 0.887 4 L 0.096 0.087 0.058 0.033 0.098 0.245 0.010 0.374 5 E 0.215 0.096 0.013 0.009 0.015 0.312 0.014 0.325 6 S 0.187 0.240 0.012 0.004 0.009 0.080 0.026 0.441 7 K 0.075 0.123 0.010 0.002 0.003 0.141 0.019 0.628 8 G 0.068 0.077 0.008 0.002 0.002 0.370 0.014 0.460 9 L 0.107 0.349 0.039 0.006 0.010 0.117 0.008 0.364 10 E 0.030 0.703 0.029 0.008 0.008 0.063 0.003 0.156 11 A 0.026 0.774 0.007 0.001 0.002 0.027 0.003 0.159 12 L 0.021 0.927 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.035 13 N 0.032 0.902 0.003 0.001 0.002 0.008 0.009 0.043 14 K 0.031 0.876 0.014 0.002 0.002 0.007 0.009 0.056 15 A 0.044 0.798 0.027 0.004 0.004 0.011 0.018 0.096 16 I 0.048 0.822 0.024 0.008 0.010 0.009 0.013 0.065 17 A 0.034 0.850 0.022 0.010 0.011 0.011 0.010 0.052 18 S 0.067 0.658 0.036 0.009 0.012 0.010 0.067 0.142 19 G 0.463 0.134 0.052 0.016 0.015 0.012 0.184 0.123 20 T 0.296 0.072 0.162 0.072 0.030 0.138 0.039 0.190 21 V 0.014 0.028 0.109 0.175 0.159 0.037 0.005 0.473 22 Q 0.021 0.023 0.080 0.260 0.331 0.109 0.004 0.173 23 R 0.043 0.023 0.051 0.139 0.190 0.080 0.004 0.470 24 A 0.049 0.050 0.089 0.124 0.262 0.125 0.009 0.293 25 D 0.040 0.032 0.040 0.096 0.140 0.087 0.013 0.553 26 G 0.066 0.018 0.026 0.022 0.050 0.068 0.019 0.731 27 S 0.072 0.017 0.021 0.019 0.021 0.601 0.011 0.239 28 I 0.079 0.025 0.018 0.017 0.026 0.131 0.011 0.692 29 Q 0.075 0.082 0.054 0.040 0.093 0.274 0.007 0.375 30 N 0.130 0.100 0.030 0.026 0.052 0.224 0.013 0.424 31 Q 0.265 0.173 0.034 0.034 0.062 0.080 0.019 0.335 32 S 0.047 0.070 0.009 0.008 0.014 0.109 0.010 0.732 33 L 0.085 0.128 0.038 0.039 0.075 0.073 0.019 0.543 34 H 0.070 0.143 0.052 0.038 0.049 0.226 0.014 0.408 35 E 0.094 0.191 0.046 0.059 0.054 0.169 0.023 0.364 36 A 0.188 0.258 0.161 0.049 0.082 0.035 0.028 0.201 37 L 0.089 0.192 0.214 0.162 0.133 0.032 0.017 0.161 38 I 0.040 0.101 0.156 0.274 0.261 0.034 0.008 0.125 39 T 0.020 0.035 0.059 0.374 0.358 0.020 0.006 0.128 40 R 0.020 0.022 0.067 0.197 0.243 0.068 0.008 0.375 41 D 0.017 0.013 0.050 0.142 0.128 0.218 0.011 0.421 42 R 0.082 0.008 0.031 0.047 0.039 0.270 0.021 0.502 43 K 0.041 0.005 0.009 0.011 0.008 0.821 0.011 0.095 44 Q 0.359 0.015 0.038 0.044 0.056 0.315 0.039 0.133 45 V 0.041 0.020 0.277 0.095 0.163 0.043 0.006 0.353 46 F 0.006 0.003 0.272 0.329 0.306 0.022 0.001 0.063 47 R 0.008 0.001 0.201 0.097 0.197 0.035 0.001 0.461 48 I 0.002 0.001 0.108 0.360 0.414 0.024 0.001 0.090 49 E 0.006 0.003 0.156 0.109 0.155 0.185 0.002 0.383 50 D 0.034 0.003 0.073 0.052 0.073 0.202 0.008 0.555 51 S 0.249 0.008 0.133 0.023 0.067 0.156 0.049 0.314 52 I 0.163 0.008 0.161 0.128 0.097 0.134 0.009 0.301 53 P 0.001 0.001 0.012 0.007 0.015 0.012 0.001 0.952 54 V 0.018 0.002 0.107 0.137 0.272 0.039 0.001 0.425 55 L 0.024 0.014 0.327 0.068 0.179 0.070 0.002 0.315 56 L 0.029 0.012 0.098 0.070 0.102 0.113 0.002 0.573 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 E 0.014 0.010 0.008 0.006 0.018 0.605 0.004 0.335 59 E 0.508 0.041 0.008 0.005 0.006 0.133 0.016 0.282 60 A 0.184 0.511 0.063 0.006 0.013 0.020 0.010 0.192 61 I 0.060 0.531 0.088 0.020 0.039 0.034 0.007 0.221 62 A 0.061 0.447 0.020 0.014 0.027 0.038 0.010 0.384 63 T 0.058 0.595 0.020 0.009 0.022 0.020 0.017 0.260 64 I 0.104 0.531 0.057 0.014 0.018 0.033 0.029 0.214 65 Q 0.077 0.502 0.077 0.024 0.018 0.063 0.021 0.218 66 I 0.090 0.544 0.068 0.024 0.037 0.027 0.017 0.192 67 A 0.093 0.529 0.055 0.023 0.035 0.048 0.020 0.196 68 N 0.120 0.282 0.041 0.024 0.032 0.057 0.040 0.405 69 F 0.178 0.147 0.057 0.019 0.027 0.053 0.040 0.479