# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.081 0.406 0.271 0.069 0.083 0.039 0.026 0.004 0.020 0.002 0.001 2 S 0.084 0.320 0.425 0.013 0.038 0.075 0.010 0.001 0.030 0.003 0.001 3 L 0.279 0.114 0.420 0.037 0.011 0.116 0.005 0.001 0.014 0.001 0.003 4 L 0.493 0.165 0.146 0.109 0.023 0.039 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 5 E 0.540 0.095 0.201 0.081 0.024 0.026 0.014 0.002 0.012 0.003 0.002 6 S 0.778 0.034 0.063 0.071 0.016 0.010 0.009 0.005 0.009 0.005 0.001 7 K 0.740 0.016 0.049 0.170 0.003 0.003 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 8 G 0.452 0.009 0.041 0.042 0.092 0.014 0.040 0.203 0.006 0.099 0.001 9 L 0.947 0.005 0.022 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.970 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.974 0.006 0.006 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.943 0.003 0.007 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.964 0.007 0.016 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 14 K 0.982 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.941 0.005 0.012 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 I 0.889 0.018 0.019 0.061 0.001 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.821 0.030 0.046 0.066 0.007 0.006 0.015 0.001 0.006 0.002 0.001 18 S 0.251 0.030 0.065 0.538 0.015 0.007 0.076 0.008 0.008 0.002 0.001 19 G 0.037 0.007 0.028 0.020 0.087 0.004 0.090 0.642 0.002 0.082 0.001 20 T 0.167 0.317 0.327 0.096 0.034 0.035 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 21 V 0.092 0.572 0.229 0.038 0.024 0.023 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 22 Q 0.155 0.479 0.209 0.040 0.041 0.050 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 23 R 0.148 0.403 0.242 0.059 0.065 0.037 0.014 0.002 0.027 0.001 0.002 24 A 0.290 0.317 0.209 0.064 0.052 0.020 0.010 0.002 0.030 0.005 0.002 25 D 0.104 0.111 0.232 0.284 0.039 0.031 0.151 0.008 0.030 0.007 0.004 26 G 0.040 0.009 0.032 0.023 0.103 0.006 0.085 0.489 0.003 0.207 0.001 27 S 0.160 0.240 0.396 0.095 0.042 0.033 0.010 0.003 0.016 0.003 0.002 28 I 0.300 0.228 0.279 0.114 0.016 0.037 0.006 0.001 0.016 0.001 0.002 29 Q 0.342 0.338 0.147 0.086 0.046 0.015 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 30 N 0.140 0.090 0.188 0.221 0.045 0.139 0.132 0.025 0.010 0.006 0.003 31 Q 0.167 0.345 0.240 0.053 0.114 0.022 0.021 0.005 0.026 0.005 0.001 32 S 0.150 0.079 0.578 0.011 0.007 0.138 0.007 0.001 0.027 0.003 0.002 33 L 0.835 0.015 0.049 0.088 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 H 0.894 0.036 0.031 0.020 0.006 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 35 E 0.844 0.065 0.020 0.053 0.007 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 36 A 0.536 0.173 0.142 0.047 0.076 0.008 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 37 L 0.370 0.344 0.125 0.072 0.015 0.043 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 38 I 0.182 0.506 0.176 0.035 0.029 0.043 0.009 0.001 0.019 0.001 0.001 39 T 0.148 0.303 0.220 0.160 0.056 0.070 0.010 0.001 0.026 0.003 0.001 40 R 0.235 0.180 0.249 0.134 0.055 0.046 0.049 0.007 0.035 0.007 0.003 41 D 0.287 0.088 0.121 0.182 0.058 0.047 0.147 0.022 0.031 0.015 0.002 42 R 0.416 0.066 0.140 0.294 0.020 0.016 0.033 0.005 0.007 0.002 0.001 43 K 0.271 0.203 0.172 0.262 0.017 0.017 0.044 0.003 0.009 0.001 0.001 44 Q 0.108 0.378 0.194 0.202 0.046 0.025 0.029 0.001 0.017 0.001 0.001 45 V 0.038 0.569 0.274 0.034 0.024 0.033 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 46 F 0.015 0.619 0.188 0.014 0.125 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 47 R 0.012 0.358 0.403 0.005 0.034 0.154 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 48 I 0.069 0.526 0.250 0.010 0.014 0.087 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 49 E 0.402 0.212 0.225 0.072 0.022 0.018 0.008 0.001 0.029 0.005 0.004 50 D 0.146 0.060 0.075 0.344 0.087 0.013 0.198 0.031 0.025 0.016 0.005 51 S 0.014 0.030 0.056 0.094 0.028 0.025 0.624 0.114 0.007 0.006 0.002 52 I 0.005 0.446 0.346 0.002 0.134 0.005 0.002 0.001 0.053 0.007 0.001 53 P 0.004 0.002 0.844 0.002 0.001 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 54 V 0.019 0.678 0.164 0.020 0.055 0.044 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 55 L 0.012 0.479 0.360 0.009 0.017 0.095 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 56 L 0.017 0.294 0.461 0.005 0.045 0.086 0.002 0.001 0.087 0.002 0.001 57 P 0.235 0.022 0.631 0.013 0.013 0.054 0.003 0.001 0.011 0.005 0.012 58 E 0.885 0.025 0.057 0.023 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 E 0.712 0.049 0.034 0.187 0.006 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 60 A 0.504 0.164 0.096 0.082 0.095 0.014 0.025 0.006 0.012 0.001 0.001 61 I 0.578 0.262 0.100 0.016 0.006 0.021 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 62 A 0.633 0.094 0.180 0.029 0.020 0.028 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 63 T 0.738 0.061 0.059 0.096 0.017 0.016 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 64 I 0.787 0.096 0.049 0.042 0.009 0.007 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 65 Q 0.711 0.110 0.084 0.040 0.015 0.022 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 66 I 0.682 0.117 0.075 0.081 0.008 0.015 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 67 A 0.681 0.072 0.111 0.073 0.020 0.011 0.015 0.004 0.009 0.004 0.001 68 N 0.325 0.055 0.086 0.345 0.044 0.029 0.071 0.024 0.013 0.008 0.001 69 F 0.303 0.136 0.207 0.184 0.048 0.026 0.054 0.012 0.023 0.005 0.001