# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.172 0.209 0.063 0.016 0.268 0.017 0.029 0.060 0.043 0.065 0.059 2 S 0.079 0.396 0.113 0.006 0.314 0.005 0.008 0.028 0.012 0.008 0.032 3 L 0.148 0.150 0.027 0.005 0.186 0.009 0.022 0.213 0.125 0.061 0.054 4 L 0.052 0.138 0.057 0.013 0.125 0.024 0.058 0.316 0.114 0.074 0.030 5 E 0.058 0.101 0.072 0.021 0.075 0.025 0.043 0.341 0.088 0.139 0.038 6 S 0.018 0.078 0.039 0.013 0.040 0.016 0.034 0.595 0.108 0.044 0.015 7 K 0.005 0.058 0.037 0.016 0.011 0.032 0.030 0.599 0.134 0.067 0.011 8 G 0.013 0.032 0.020 0.004 0.012 0.003 0.005 0.623 0.091 0.177 0.019 9 L 0.003 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.876 0.093 0.007 0.002 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.046 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.946 0.033 0.008 0.001 12 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.898 0.063 0.028 0.001 13 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.918 0.068 0.003 0.001 14 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.916 0.066 0.003 0.001 15 A 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.921 0.035 0.011 0.001 16 I 0.017 0.008 0.005 0.002 0.014 0.004 0.025 0.777 0.102 0.038 0.010 17 A 0.004 0.005 0.003 0.006 0.005 0.017 0.098 0.771 0.062 0.025 0.004 18 S 0.012 0.493 0.136 0.029 0.050 0.025 0.069 0.113 0.032 0.032 0.008 19 G 0.048 0.040 0.069 0.077 0.034 0.038 0.018 0.048 0.042 0.368 0.219 20 T 0.174 0.216 0.063 0.010 0.277 0.013 0.029 0.089 0.044 0.040 0.046 21 V 0.190 0.158 0.027 0.005 0.322 0.011 0.020 0.100 0.067 0.048 0.051 22 Q 0.114 0.219 0.056 0.013 0.324 0.022 0.041 0.098 0.040 0.030 0.043 23 R 0.278 0.136 0.105 0.010 0.241 0.008 0.018 0.078 0.025 0.033 0.068 24 A 0.045 0.101 0.096 0.104 0.071 0.127 0.068 0.213 0.069 0.069 0.037 25 D 0.010 0.327 0.139 0.183 0.034 0.075 0.121 0.067 0.023 0.015 0.007 26 G 0.012 0.009 0.016 0.046 0.007 0.020 0.011 0.030 0.029 0.677 0.142 27 S 0.057 0.483 0.095 0.009 0.247 0.005 0.011 0.026 0.016 0.028 0.022 28 I 0.303 0.104 0.023 0.007 0.258 0.014 0.015 0.078 0.077 0.049 0.073 29 Q 0.067 0.219 0.079 0.033 0.156 0.065 0.113 0.121 0.072 0.041 0.033 30 N 0.162 0.068 0.028 0.016 0.166 0.019 0.030 0.093 0.055 0.276 0.088 31 Q 0.055 0.405 0.106 0.019 0.251 0.013 0.022 0.049 0.022 0.031 0.026 32 S 0.108 0.332 0.103 0.008 0.228 0.007 0.009 0.090 0.033 0.032 0.051 33 L 0.072 0.073 0.012 0.005 0.107 0.009 0.017 0.380 0.258 0.045 0.023 34 H 0.035 0.059 0.030 0.018 0.058 0.034 0.072 0.461 0.175 0.046 0.013 35 E 0.066 0.025 0.008 0.007 0.057 0.015 0.056 0.359 0.177 0.195 0.036 36 A 0.066 0.197 0.020 0.006 0.268 0.012 0.030 0.254 0.092 0.037 0.019 37 L 0.166 0.066 0.013 0.004 0.286 0.007 0.035 0.225 0.084 0.075 0.038 38 I 0.190 0.143 0.048 0.016 0.228 0.015 0.055 0.108 0.047 0.084 0.067 39 T 0.051 0.348 0.199 0.036 0.205 0.015 0.024 0.060 0.018 0.019 0.024 40 R 0.027 0.035 0.026 0.028 0.038 0.081 0.185 0.328 0.160 0.074 0.019 41 D 0.143 0.104 0.066 0.016 0.226 0.012 0.033 0.088 0.079 0.171 0.063 42 R 0.093 0.039 0.017 0.009 0.085 0.012 0.019 0.192 0.355 0.143 0.037 43 K 0.059 0.071 0.035 0.041 0.070 0.109 0.126 0.213 0.134 0.107 0.034 44 Q 0.181 0.120 0.026 0.015 0.376 0.026 0.031 0.066 0.029 0.090 0.040 45 V 0.394 0.067 0.006 0.002 0.472 0.003 0.006 0.013 0.005 0.010 0.022 46 F 0.118 0.235 0.044 0.001 0.553 0.003 0.004 0.007 0.002 0.002 0.031 47 R 0.233 0.193 0.038 0.002 0.439 0.002 0.003 0.009 0.003 0.005 0.074 48 I 0.242 0.194 0.061 0.015 0.250 0.022 0.028 0.060 0.035 0.032 0.062 49 E 0.070 0.069 0.078 0.112 0.078 0.154 0.118 0.131 0.082 0.072 0.037 50 D 0.029 0.227 0.148 0.146 0.067 0.075 0.127 0.076 0.041 0.046 0.017 51 S 0.042 0.026 0.031 0.102 0.026 0.040 0.024 0.028 0.050 0.477 0.154 52 I 0.044 0.463 0.164 0.045 0.165 0.017 0.015 0.020 0.022 0.024 0.021 53 P 0.220 0.171 0.029 0.008 0.369 0.015 0.024 0.039 0.036 0.037 0.054 54 V 0.168 0.219 0.015 0.003 0.520 0.004 0.013 0.021 0.010 0.010 0.018 55 L 0.213 0.213 0.079 0.010 0.302 0.011 0.021 0.030 0.009 0.036 0.075 56 L 0.016 0.586 0.287 0.009 0.062 0.003 0.002 0.012 0.003 0.005 0.015 57 P 0.035 0.148 0.035 0.013 0.059 0.013 0.017 0.523 0.107 0.028 0.022 58 E 0.003 0.019 0.005 0.001 0.008 0.004 0.012 0.672 0.263 0.011 0.002 59 E 0.006 0.008 0.004 0.001 0.007 0.003 0.032 0.759 0.130 0.046 0.004 60 A 0.013 0.012 0.005 0.002 0.017 0.006 0.013 0.662 0.131 0.130 0.009 61 I 0.013 0.040 0.016 0.008 0.027 0.018 0.044 0.654 0.139 0.033 0.009 62 A 0.029 0.075 0.031 0.005 0.035 0.006 0.043 0.648 0.069 0.051 0.010 63 T 0.022 0.018 0.006 0.001 0.026 0.002 0.009 0.680 0.161 0.065 0.010 64 I 0.012 0.023 0.004 0.002 0.020 0.005 0.017 0.767 0.135 0.012 0.004 65 Q 0.013 0.015 0.005 0.002 0.020 0.004 0.035 0.756 0.110 0.034 0.007 66 I 0.021 0.013 0.006 0.003 0.025 0.008 0.026 0.574 0.192 0.121 0.012 67 A 0.017 0.062 0.026 0.015 0.041 0.032 0.108 0.469 0.160 0.058 0.013 68 N 0.060 0.062 0.035 0.011 0.078 0.017 0.057 0.284 0.123 0.226 0.046 69 F 0.067 0.148 0.045 0.010 0.153 0.013 0.038 0.246 0.139 0.111 0.031