# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.336 0.195 0.203 0.185 0.064 0.016 0.001 2 S 0.648 0.208 0.118 0.021 0.004 0.001 0.001 3 L 0.269 0.317 0.230 0.120 0.053 0.011 0.001 4 L 0.128 0.143 0.212 0.333 0.147 0.035 0.001 5 E 0.570 0.277 0.119 0.027 0.006 0.001 0.001 6 S 0.678 0.228 0.067 0.023 0.004 0.001 0.001 7 K 0.746 0.185 0.056 0.011 0.002 0.001 0.001 8 G 0.382 0.334 0.220 0.047 0.014 0.002 0.001 9 L 0.018 0.048 0.143 0.377 0.335 0.077 0.002 10 E 0.194 0.449 0.246 0.089 0.019 0.003 0.001 11 A 0.064 0.233 0.300 0.258 0.123 0.021 0.001 12 L 0.013 0.022 0.048 0.141 0.381 0.371 0.025 13 N 0.023 0.101 0.234 0.369 0.211 0.058 0.005 14 K 0.180 0.391 0.274 0.109 0.034 0.011 0.001 15 A 0.046 0.156 0.259 0.304 0.180 0.053 0.003 16 I 0.035 0.059 0.110 0.245 0.337 0.197 0.017 17 A 0.184 0.298 0.257 0.171 0.071 0.018 0.001 18 S 0.506 0.299 0.131 0.048 0.012 0.003 0.001 19 G 0.285 0.288 0.224 0.125 0.058 0.018 0.001 20 T 0.209 0.288 0.265 0.151 0.061 0.024 0.003 21 V 0.049 0.065 0.100 0.235 0.341 0.195 0.015 22 Q 0.148 0.275 0.254 0.203 0.087 0.030 0.003 23 R 0.168 0.231 0.226 0.204 0.121 0.045 0.005 24 A 0.144 0.121 0.165 0.239 0.218 0.101 0.013 25 D 0.260 0.234 0.215 0.174 0.081 0.032 0.004 26 G 0.568 0.233 0.125 0.051 0.017 0.005 0.001 27 S 0.463 0.299 0.146 0.060 0.023 0.008 0.001 28 I 0.245 0.239 0.214 0.169 0.097 0.035 0.002 29 Q 0.255 0.262 0.207 0.174 0.080 0.021 0.001 30 N 0.470 0.313 0.123 0.069 0.020 0.005 0.001 31 Q 0.330 0.302 0.169 0.129 0.058 0.012 0.001 32 S 0.205 0.289 0.272 0.155 0.055 0.021 0.002 33 L 0.016 0.040 0.098 0.253 0.363 0.207 0.023 34 H 0.034 0.117 0.235 0.293 0.199 0.103 0.019 35 E 0.023 0.064 0.103 0.169 0.273 0.300 0.069 36 A 0.028 0.063 0.113 0.176 0.224 0.305 0.090 37 L 0.019 0.034 0.053 0.107 0.206 0.432 0.149 38 I 0.038 0.066 0.120 0.216 0.275 0.242 0.043 39 T 0.077 0.132 0.220 0.263 0.218 0.083 0.008 40 R 0.279 0.329 0.205 0.134 0.039 0.013 0.001 41 D 0.577 0.264 0.111 0.032 0.012 0.004 0.001 42 R 0.369 0.316 0.192 0.090 0.028 0.006 0.001 43 K 0.469 0.322 0.129 0.064 0.013 0.002 0.001 44 Q 0.121 0.261 0.282 0.214 0.103 0.018 0.001 45 V 0.034 0.055 0.140 0.258 0.337 0.168 0.007 46 F 0.044 0.110 0.192 0.256 0.260 0.129 0.010 47 R 0.107 0.286 0.280 0.208 0.088 0.026 0.004 48 I 0.060 0.076 0.114 0.267 0.297 0.166 0.020 49 E 0.353 0.269 0.208 0.106 0.038 0.021 0.005 50 D 0.305 0.231 0.183 0.146 0.086 0.040 0.008 51 S 0.318 0.228 0.173 0.123 0.089 0.053 0.015 52 I 0.150 0.152 0.135 0.201 0.167 0.159 0.036 53 P 0.272 0.220 0.207 0.140 0.092 0.055 0.013 54 V 0.116 0.112 0.139 0.194 0.195 0.203 0.041 55 L 0.163 0.125 0.145 0.174 0.190 0.160 0.042 56 L 0.117 0.120 0.147 0.213 0.209 0.155 0.039 57 P 0.306 0.248 0.210 0.132 0.056 0.037 0.011 58 E 0.149 0.172 0.173 0.234 0.164 0.091 0.018 59 E 0.208 0.244 0.249 0.164 0.080 0.046 0.009 60 A 0.109 0.119 0.139 0.227 0.232 0.152 0.022 61 I 0.146 0.138 0.162 0.227 0.197 0.111 0.019 62 A 0.262 0.277 0.228 0.138 0.061 0.030 0.005 63 T 0.258 0.206 0.201 0.177 0.104 0.048 0.006 64 I 0.312 0.222 0.187 0.159 0.078 0.038 0.005 65 Q 0.399 0.311 0.180 0.070 0.028 0.010 0.001 66 I 0.253 0.146 0.167 0.229 0.154 0.048 0.003 67 A 0.471 0.276 0.145 0.079 0.024 0.005 0.001 68 N 0.731 0.202 0.048 0.015 0.004 0.001 0.001 69 F 0.567 0.214 0.121 0.065 0.028 0.005 0.001