# TARGET TR464 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR464.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.69861 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.106 0.078 0.081 0.136 0.152 0.148 0.109 0.081 0.053 0.027 0.016 0.008 0.004 0.001 2 S 0.342 0.167 0.194 0.110 0.073 0.050 0.029 0.015 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 3 L 0.111 0.090 0.115 0.169 0.182 0.117 0.093 0.058 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 4 L 0.119 0.108 0.079 0.160 0.212 0.133 0.083 0.059 0.030 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 5 E 0.415 0.238 0.141 0.076 0.047 0.049 0.019 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 S 0.475 0.169 0.128 0.090 0.061 0.035 0.030 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.618 0.145 0.138 0.045 0.026 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 G 0.305 0.198 0.177 0.115 0.084 0.071 0.031 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.038 0.050 0.048 0.155 0.236 0.228 0.131 0.073 0.027 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 10 E 0.452 0.236 0.185 0.058 0.031 0.022 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.186 0.167 0.192 0.183 0.124 0.079 0.032 0.020 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.019 0.021 0.024 0.085 0.145 0.193 0.223 0.165 0.075 0.021 0.018 0.006 0.004 0.001 13 N 0.041 0.080 0.125 0.210 0.230 0.157 0.077 0.042 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 14 K 0.563 0.225 0.103 0.047 0.024 0.023 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.084 0.106 0.126 0.207 0.217 0.152 0.059 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 16 I 0.046 0.039 0.053 0.098 0.166 0.180 0.180 0.140 0.056 0.020 0.014 0.004 0.003 0.001 17 A 0.233 0.169 0.156 0.153 0.127 0.083 0.040 0.020 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 S 0.436 0.172 0.118 0.093 0.066 0.055 0.029 0.013 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 19 G 0.181 0.107 0.124 0.140 0.151 0.128 0.081 0.040 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 20 T 0.133 0.116 0.154 0.173 0.159 0.120 0.065 0.040 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 21 V 0.108 0.060 0.052 0.092 0.131 0.136 0.136 0.123 0.072 0.041 0.028 0.012 0.006 0.002 22 Q 0.189 0.135 0.126 0.139 0.131 0.098 0.074 0.049 0.030 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 23 R 0.188 0.120 0.147 0.141 0.134 0.097 0.061 0.046 0.030 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 24 A 0.092 0.066 0.065 0.124 0.166 0.145 0.116 0.099 0.060 0.034 0.018 0.008 0.005 0.002 25 D 0.118 0.122 0.135 0.176 0.165 0.115 0.072 0.048 0.027 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 26 G 0.472 0.174 0.110 0.081 0.057 0.046 0.029 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 27 S 0.394 0.180 0.147 0.096 0.072 0.052 0.031 0.012 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 I 0.194 0.110 0.110 0.131 0.141 0.121 0.086 0.056 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 29 Q 0.219 0.143 0.140 0.159 0.130 0.092 0.055 0.030 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 30 N 0.336 0.175 0.149 0.126 0.086 0.055 0.036 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.207 0.152 0.133 0.150 0.138 0.098 0.060 0.030 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 32 S 0.112 0.128 0.125 0.173 0.169 0.129 0.071 0.044 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 33 L 0.057 0.043 0.044 0.088 0.130 0.151 0.164 0.147 0.073 0.046 0.032 0.014 0.008 0.003 34 H 0.076 0.081 0.102 0.134 0.156 0.143 0.109 0.082 0.061 0.029 0.016 0.007 0.003 0.002 35 E 0.045 0.032 0.053 0.078 0.116 0.125 0.145 0.126 0.102 0.078 0.051 0.028 0.014 0.006 36 A 0.036 0.032 0.041 0.074 0.116 0.133 0.154 0.134 0.102 0.074 0.053 0.028 0.015 0.007 37 L 0.046 0.039 0.050 0.075 0.105 0.121 0.135 0.137 0.102 0.081 0.052 0.031 0.018 0.008 38 I 0.039 0.041 0.037 0.073 0.124 0.143 0.160 0.154 0.095 0.058 0.043 0.018 0.010 0.005 39 T 0.056 0.074 0.081 0.138 0.172 0.160 0.119 0.090 0.056 0.027 0.016 0.006 0.003 0.002 40 R 0.117 0.131 0.146 0.183 0.162 0.125 0.064 0.037 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 41 D 0.226 0.163 0.219 0.146 0.095 0.075 0.039 0.014 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 42 R 0.168 0.135 0.185 0.183 0.139 0.093 0.054 0.020 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 43 K 0.306 0.198 0.185 0.102 0.073 0.060 0.042 0.012 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 Q 0.098 0.092 0.100 0.149 0.179 0.155 0.101 0.064 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 45 V 0.038 0.029 0.035 0.076 0.121 0.138 0.163 0.170 0.093 0.061 0.035 0.023 0.014 0.004 46 F 0.060 0.034 0.040 0.067 0.092 0.113 0.123 0.138 0.112 0.089 0.052 0.054 0.021 0.007 47 R 0.074 0.071 0.070 0.104 0.127 0.125 0.125 0.117 0.080 0.045 0.034 0.017 0.006 0.005 48 I 0.022 0.018 0.020 0.040 0.083 0.112 0.149 0.138 0.135 0.104 0.104 0.039 0.024 0.011 49 E 0.047 0.075 0.096 0.138 0.158 0.147 0.122 0.089 0.061 0.033 0.021 0.006 0.003 0.003 50 D 0.071 0.084 0.087 0.143 0.164 0.128 0.104 0.086 0.055 0.039 0.021 0.010 0.005 0.003 51 S 0.029 0.042 0.046 0.087 0.131 0.157 0.158 0.146 0.096 0.060 0.025 0.013 0.007 0.003 52 I 0.018 0.018 0.028 0.052 0.098 0.142 0.177 0.162 0.124 0.091 0.043 0.027 0.014 0.006 53 P 0.050 0.050 0.062 0.092 0.123 0.135 0.144 0.129 0.097 0.062 0.028 0.017 0.008 0.004 54 V 0.065 0.037 0.045 0.070 0.101 0.110 0.136 0.118 0.096 0.087 0.059 0.046 0.022 0.009 55 L 0.034 0.035 0.041 0.065 0.096 0.134 0.147 0.148 0.119 0.066 0.052 0.034 0.018 0.009 56 L 0.040 0.028 0.030 0.046 0.088 0.121 0.174 0.158 0.117 0.083 0.069 0.024 0.014 0.006 57 P 0.081 0.110 0.112 0.166 0.150 0.149 0.104 0.065 0.036 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 58 E 0.103 0.076 0.096 0.149 0.166 0.146 0.103 0.070 0.044 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 59 E 0.134 0.121 0.137 0.166 0.165 0.127 0.072 0.039 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 60 A 0.098 0.065 0.075 0.114 0.157 0.157 0.128 0.099 0.054 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 61 I 0.111 0.087 0.070 0.111 0.163 0.142 0.138 0.093 0.044 0.021 0.012 0.005 0.003 0.001 62 A 0.242 0.152 0.155 0.135 0.108 0.092 0.049 0.028 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 63 T 0.123 0.086 0.103 0.146 0.166 0.138 0.101 0.067 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 64 I 0.169 0.094 0.103 0.129 0.159 0.127 0.096 0.058 0.032 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 65 Q 0.202 0.136 0.143 0.139 0.140 0.104 0.062 0.036 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 66 I 0.137 0.066 0.061 0.097 0.143 0.130 0.133 0.109 0.056 0.029 0.023 0.009 0.005 0.002 67 A 0.224 0.149 0.144 0.152 0.132 0.088 0.051 0.027 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 68 N 0.393 0.163 0.138 0.102 0.076 0.059 0.032 0.016 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 69 F 0.240 0.129 0.112 0.138 0.150 0.102 0.063 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001