# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.018 0.262 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.094 0.001 0.595 0.016 2 K 0.003 0.009 0.645 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.010 0.017 0.005 0.010 0.285 3 L 0.007 0.008 0.090 0.023 0.619 0.062 0.002 0.001 0.003 0.014 0.027 0.081 0.063 4 S 0.007 0.003 0.035 0.020 0.761 0.040 0.001 0.001 0.006 0.013 0.058 0.022 0.034 5 R 0.034 0.015 0.118 0.005 0.280 0.044 0.006 0.002 0.021 0.070 0.107 0.132 0.166 6 L 0.017 0.127 0.395 0.005 0.060 0.024 0.003 0.004 0.024 0.115 0.043 0.059 0.124 7 V 0.003 0.017 0.736 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.005 0.105 0.020 0.067 0.031 8 P 0.001 0.002 0.036 0.017 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.083 0.801 0.006 0.011 9 G 0.001 0.001 0.042 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.857 0.002 0.002 10 V 0.002 0.007 0.527 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 0.280 0.021 0.107 0.019 11 P 0.015 0.034 0.270 0.005 0.004 0.001 0.009 0.003 0.146 0.066 0.015 0.017 0.414 12 A 0.085 0.018 0.220 0.054 0.001 0.001 0.058 0.016 0.095 0.035 0.002 0.354 0.063 13 R 0.220 0.003 0.052 0.047 0.001 0.001 0.203 0.031 0.077 0.006 0.001 0.164 0.196 14 I 0.327 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.161 0.113 0.073 0.001 0.001 0.025 0.274 15 K 0.444 0.001 0.005 0.102 0.001 0.001 0.072 0.039 0.021 0.002 0.001 0.296 0.019 16 R 0.394 0.001 0.017 0.005 0.001 0.001 0.080 0.038 0.069 0.003 0.001 0.043 0.346 17 L 0.300 0.012 0.081 0.021 0.003 0.004 0.109 0.047 0.101 0.022 0.015 0.134 0.152 18 E 0.155 0.028 0.212 0.047 0.008 0.010 0.021 0.007 0.057 0.084 0.050 0.198 0.122 19 V 0.016 0.013 0.388 0.005 0.020 0.032 0.004 0.001 0.014 0.180 0.190 0.038 0.100 20 S 0.002 0.005 0.355 0.005 0.017 0.079 0.001 0.001 0.006 0.154 0.360 0.007 0.009 21 G 0.001 0.005 0.123 0.003 0.046 0.471 0.001 0.001 0.002 0.178 0.154 0.007 0.009 22 E 0.001 0.004 0.053 0.001 0.030 0.802 0.001 0.001 0.001 0.050 0.048 0.005 0.006 23 L 0.001 0.004 0.029 0.001 0.043 0.883 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.002 0.008 24 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 28 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.894 0.001 0.001 0.001 0.002 0.079 0.001 0.002 29 G 0.009 0.002 0.026 0.005 0.071 0.639 0.001 0.001 0.001 0.020 0.207 0.013 0.006 30 M 0.008 0.002 0.067 0.008 0.031 0.241 0.001 0.001 0.003 0.076 0.546 0.006 0.011 31 G 0.012 0.009 0.164 0.004 0.010 0.026 0.001 0.001 0.005 0.146 0.546 0.063 0.015 32 F 0.008 0.075 0.565 0.002 0.017 0.015 0.001 0.002 0.017 0.108 0.097 0.007 0.085 33 V 0.002 0.023 0.658 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.145 0.014 0.109 0.026 34 P 0.001 0.004 0.042 0.105 0.022 0.004 0.001 0.001 0.011 0.087 0.677 0.009 0.035 35 G 0.001 0.001 0.025 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.062 0.868 0.002 0.003 36 E 0.017 0.006 0.416 0.030 0.012 0.001 0.014 0.004 0.074 0.180 0.019 0.188 0.039 37 E 0.088 0.015 0.042 0.004 0.002 0.001 0.030 0.011 0.231 0.020 0.003 0.024 0.530 38 I 0.358 0.007 0.019 0.044 0.001 0.001 0.122 0.059 0.055 0.004 0.001 0.288 0.043 39 E 0.425 0.001 0.006 0.038 0.001 0.001 0.208 0.030 0.023 0.001 0.001 0.145 0.122 40 I 0.514 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.131 0.052 0.022 0.001 0.001 0.034 0.237 41 V 0.560 0.001 0.003 0.241 0.001 0.001 0.031 0.006 0.007 0.001 0.001 0.114 0.035 42 Q 0.304 0.001 0.018 0.004 0.004 0.001 0.013 0.002 0.030 0.006 0.004 0.405 0.208 43 V 0.113 0.022 0.067 0.005 0.004 0.001 0.012 0.002 0.031 0.022 0.016 0.016 0.689 44 A 0.004 0.006 0.106 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.811 0.007 45 P 0.006 0.007 0.209 0.001 0.048 0.004 0.001 0.001 0.002 0.052 0.086 0.003 0.583 46 L 0.003 0.010 0.125 0.016 0.093 0.007 0.001 0.001 0.001 0.204 0.455 0.078 0.008 47 G 0.006 0.012 0.232 0.006 0.085 0.003 0.001 0.001 0.002 0.300 0.263 0.010 0.079 48 D 0.003 0.004 0.621 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.229 0.080 0.022 0.022 49 P 0.013 0.013 0.421 0.065 0.008 0.001 0.005 0.001 0.022 0.148 0.187 0.036 0.080 50 I 0.246 0.007 0.186 0.037 0.008 0.001 0.053 0.002 0.039 0.054 0.062 0.136 0.169 51 V 0.570 0.004 0.009 0.012 0.001 0.001 0.055 0.016 0.020 0.004 0.001 0.173 0.135 52 C 0.689 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.068 0.017 0.008 0.001 0.001 0.104 0.108 53 K 0.687 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.058 0.024 0.016 0.001 0.001 0.079 0.121 54 I 0.341 0.002 0.047 0.031 0.001 0.001 0.035 0.011 0.026 0.006 0.008 0.192 0.298 55 G 0.064 0.002 0.047 0.250 0.002 0.003 0.008 0.002 0.019 0.075 0.325 0.122 0.083 56 N 0.033 0.003 0.059 0.072 0.007 0.002 0.003 0.001 0.009 0.212 0.512 0.025 0.063 57 R 0.138 0.012 0.131 0.040 0.010 0.004 0.008 0.001 0.010 0.187 0.073 0.306 0.078 58 N 0.365 0.021 0.027 0.007 0.006 0.001 0.018 0.003 0.010 0.013 0.005 0.064 0.461 59 I 0.541 0.007 0.016 0.024 0.001 0.002 0.040 0.004 0.007 0.005 0.002 0.249 0.103 60 T 0.489 0.004 0.016 0.033 0.001 0.003 0.021 0.002 0.004 0.002 0.002 0.172 0.252 61 L 0.361 0.004 0.025 0.006 0.005 0.016 0.009 0.001 0.004 0.004 0.006 0.130 0.428 62 R 0.147 0.006 0.134 0.047 0.024 0.063 0.003 0.001 0.011 0.036 0.031 0.179 0.319 63 K 0.063 0.006 0.104 0.013 0.160 0.221 0.001 0.001 0.004 0.084 0.064 0.087 0.191 64 R 0.019 0.007 0.065 0.025 0.181 0.227 0.002 0.001 0.004 0.094 0.261 0.054 0.062 65 E 0.042 0.012 0.109 0.020 0.114 0.167 0.003 0.001 0.009 0.068 0.281 0.064 0.108 66 A 0.109 0.010 0.249 0.035 0.070 0.085 0.006 0.003 0.019 0.080 0.084 0.066 0.185 67 D 0.163 0.006 0.120 0.073 0.018 0.019 0.018 0.004 0.027 0.083 0.095 0.268 0.105 68 L 0.230 0.003 0.067 0.022 0.008 0.006 0.037 0.012 0.077 0.026 0.026 0.027 0.459 69 I 0.431 0.002 0.029 0.073 0.001 0.001 0.051 0.015 0.032 0.010 0.003 0.322 0.031 70 E 0.445 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.106 0.035 0.056 0.004 0.001 0.116 0.213 71 V 0.440 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.177 0.080 0.054 0.002 0.001 0.052 0.174 72 E 0.283 0.007 0.021 0.046 0.001 0.001 0.069 0.065 0.081 0.005 0.001 0.369 0.053 73 V 0.072 0.006 0.102 0.006 0.004 0.003 0.035 0.015 0.102 0.015 0.007 0.057 0.576 74 V 0.022 0.015 0.290 0.042 0.023 0.007 0.008 0.005 0.062 0.111 0.151 0.174 0.091 75 G 0.007 0.009 0.224 0.047 0.051 0.007 0.002 0.001 0.012 0.257 0.301 0.022 0.061 76 G 0.003 0.009 0.188 0.005 0.055 0.010 0.001 0.001 0.003 0.408 0.233 0.065 0.020 77 E 0.010 0.042 0.371 0.004 0.053 0.009 0.001 0.001 0.004 0.247 0.095 0.017 0.147 78 L 0.006 0.023 0.486 0.006 0.013 0.008 0.001 0.001 0.004 0.199 0.016 0.206 0.032 79 P 0.011 0.017 0.538 0.007 0.035 0.020 0.003 0.001 0.009 0.054 0.044 0.022 0.241 80 L 0.026 0.024 0.286 0.024 0.108 0.074 0.005 0.001 0.011 0.070 0.048 0.172 0.150 81 I 0.028 0.025 0.225 0.012 0.157 0.088 0.004 0.001 0.024 0.044 0.050 0.142 0.199 82 L 0.026 0.040 0.206 0.006 0.109 0.121 0.004 0.002 0.029 0.054 0.095 0.067 0.242 83 A 0.009 0.041 0.369 0.009 0.069 0.085 0.003 0.002 0.016 0.125 0.120 0.084 0.067 84 D 0.004 0.011 0.301 0.007 0.062 0.061 0.001 0.001 0.005 0.145 0.352 0.020 0.031 85 D 0.001 0.004 0.091 0.007 0.027 0.024 0.001 0.001 0.001 0.126 0.709 0.004 0.005 86 G 0.002 0.007 0.199 0.004 0.021 0.025 0.001 0.001 0.002 0.188 0.527 0.016 0.008 87 T 0.010 0.040 0.491 0.004 0.032 0.028 0.002 0.001 0.008 0.183 0.077 0.019 0.107 88 Y 0.018 0.045 0.443 0.018 0.017 0.032 0.003 0.001 0.014 0.142 0.030 0.164 0.072 89 E 0.051 0.018 0.244 0.024 0.032 0.063 0.008 0.001 0.021 0.048 0.050 0.104 0.336 90 I 0.104 0.016 0.127 0.027 0.046 0.104 0.011 0.003 0.020 0.032 0.039 0.169 0.301 91 T 0.112 0.023 0.125 0.035 0.047 0.111 0.008 0.003 0.028 0.038 0.034 0.210 0.226 92 K 0.061 0.018 0.163 0.010 0.050 0.171 0.005 0.003 0.028 0.046 0.087 0.119 0.239 93 L 0.026 0.020 0.233 0.010 0.057 0.181 0.004 0.002 0.018 0.078 0.203 0.043 0.126 94 N 0.010 0.009 0.243 0.014 0.025 0.110 0.002 0.001 0.007 0.152 0.368 0.036 0.022 95 G 0.004 0.006 0.179 0.006 0.018 0.093 0.001 0.001 0.003 0.150 0.509 0.010 0.021 96 G 0.006 0.011 0.334 0.004 0.017 0.184 0.001 0.001 0.003 0.151 0.239 0.024 0.025 97 R 0.013 0.021 0.307 0.006 0.030 0.333 0.001 0.001 0.006 0.095 0.063 0.034 0.092 98 R 0.012 0.010 0.113 0.005 0.035 0.640 0.001 0.001 0.005 0.036 0.031 0.049 0.063 99 F 0.009 0.003 0.048 0.004 0.030 0.801 0.001 0.001 0.004 0.011 0.019 0.020 0.050 100 L 0.008 0.001 0.020 0.003 0.024 0.886 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.019 0.020 101 F 0.008 0.001 0.009 0.001 0.020 0.912 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.008 0.025 102 R 0.009 0.001 0.014 0.002 0.020 0.895 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.019 0.015 103 M 0.004 0.001 0.019 0.001 0.025 0.895 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.004 0.015 104 K 0.003 0.001 0.037 0.002 0.025 0.840 0.001 0.001 0.003 0.012 0.050 0.019 0.008 105 N 0.010 0.003 0.061 0.002 0.055 0.697 0.001 0.001 0.003 0.013 0.103 0.008 0.045 106 L 0.010 0.006 0.120 0.010 0.035 0.413 0.001 0.001 0.003 0.056 0.314 0.021 0.012 107 G 0.007 0.009 0.191 0.004 0.040 0.130 0.001 0.001 0.004 0.117 0.453 0.015 0.030 108 I 0.003 0.012 0.430 0.002 0.072 0.149 0.001 0.001 0.008 0.086 0.193 0.011 0.031 109 E 0.009 0.021 0.458 0.009 0.072 0.070 0.002 0.001 0.012 0.117 0.156 0.032 0.040 110 S 0.006 0.005 0.098 0.050 0.052 0.023 0.003 0.002 0.013 0.178 0.523 0.026 0.021 111 G 0.006 0.004 0.176 0.034 0.013 0.004 0.002 0.003 0.028 0.217 0.475 0.011 0.028 112 K 0.018 0.006 0.575 0.025 0.004 0.001 0.005 0.009 0.114 0.107 0.007 0.088 0.041 113 K 0.077 0.009 0.096 0.014 0.002 0.001 0.040 0.051 0.380 0.042 0.005 0.087 0.196 114 I 0.120 0.002 0.014 0.012 0.001 0.001 0.177 0.370 0.215 0.003 0.001 0.026 0.060 115 Q 0.103 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.148 0.581 0.075 0.001 0.001 0.051 0.011 116 V 0.083 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.142 0.371 0.278 0.002 0.001 0.015 0.082 117 S 0.095 0.006 0.118 0.072 0.003 0.004 0.075 0.093 0.296 0.029 0.042 0.112 0.054 118 G 0.029 0.011 0.294 0.030 0.011 0.006 0.011 0.011 0.142 0.206 0.106 0.030 0.115 119 R 0.005 0.010 0.530 0.010 0.015 0.006 0.001 0.001 0.021 0.270 0.035 0.065 0.029 120 R 0.011 0.041 0.261 0.021 0.125 0.041 0.002 0.001 0.011 0.175 0.157 0.026 0.128 121 Y 0.018 0.041 0.204 0.013 0.137 0.071 0.004 0.002 0.014 0.125 0.233 0.084 0.053 122 Y 0.012 0.039 0.291 0.011 0.112 0.061 0.004 0.004 0.021 0.127 0.203 0.019 0.097 123 I 0.009 0.024 0.448 0.014 0.030 0.037 0.004 0.002 0.018 0.170 0.141 0.062 0.040 124 E 0.006 0.014 0.192 0.019 0.035 0.036 0.002 0.001 0.013 0.218 0.398 0.015 0.051 125 G 0.006 0.007 0.284 0.026 0.017 0.018 0.002 0.001 0.009 0.248 0.336 0.029 0.018 126 R 0.024 0.015 0.477 0.012 0.023 0.029 0.008 0.003 0.033 0.154 0.076 0.069 0.076 127 E 0.106 0.040 0.166 0.013 0.033 0.043 0.042 0.027 0.086 0.058 0.024 0.050 0.310 128 I 0.156 0.033 0.075 0.061 0.017 0.038 0.049 0.051 0.056 0.026 0.010 0.360 0.068 129 D 0.118 0.013 0.155 0.027 0.034 0.075 0.043 0.034 0.075 0.019 0.027 0.050 0.330 130 L 0.069 0.016 0.164 0.037 0.094 0.196 0.019 0.025 0.058 0.042 0.108 0.082 0.091 131 G 0.040 0.012 0.224 0.018 0.108 0.150 0.005 0.003 0.034 0.080 0.201 0.055 0.072 132 Y 0.022 0.019 0.199 0.008 0.075 0.100 0.002 0.001 0.008 0.217 0.269 0.028 0.052 133 G 0.007 0.019 0.322 0.009 0.036 0.050 0.001 0.001 0.004 0.298 0.191 0.037 0.025 134 E 0.007 0.015 0.258 0.009 0.121 0.080 0.001 0.001 0.005 0.208 0.209 0.020 0.067 135 A 0.011 0.013 0.288 0.029 0.128 0.064 0.002 0.001 0.011 0.163 0.220 0.029 0.041 136 T 0.028 0.008 0.195 0.045 0.080 0.033 0.005 0.003 0.028 0.228 0.213 0.060 0.074 137 K 0.073 0.012 0.230 0.044 0.017 0.009 0.025 0.014 0.104 0.132 0.110 0.084 0.145 138 I 0.202 0.013 0.193 0.027 0.004 0.003 0.088 0.032 0.130 0.027 0.007 0.109 0.165 139 W 0.330 0.006 0.044 0.026 0.002 0.002 0.121 0.050 0.097 0.009 0.003 0.182 0.129 140 V 0.381 0.003 0.018 0.020 0.004 0.004 0.124 0.073 0.068 0.005 0.004 0.049 0.249 141 R 0.286 0.005 0.036 0.059 0.003 0.005 0.089 0.055 0.079 0.012 0.005 0.296 0.071 142 R 0.117 0.011 0.174 0.010 0.005 0.006 0.038 0.016 0.111 0.033 0.010 0.080 0.389 143 V 0.023 0.012 0.537 0.013 0.007 0.008 0.006 0.002 0.044 0.084 0.017 0.130 0.117