# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.004 0.262 0.610 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 2 K 0.003 0.015 0.119 0.127 0.013 0.706 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 3 L 0.001 0.008 0.001 0.069 0.042 0.194 0.001 0.004 0.001 0.001 0.663 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 4 S 0.001 0.476 0.003 0.051 0.001 0.009 0.001 0.034 0.004 0.001 0.018 0.383 0.009 0.001 0.009 0.001 5 R 0.014 0.058 0.034 0.231 0.001 0.016 0.022 0.001 0.063 0.008 0.009 0.012 0.069 0.002 0.004 0.456 6 L 0.101 0.009 0.790 0.030 0.004 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.001 0.002 0.012 7 V 0.001 0.002 0.066 0.022 0.569 0.023 0.249 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.060 0.001 0.001 8 P 0.002 0.016 0.003 0.044 0.002 0.013 0.001 0.873 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 9 G 0.001 0.011 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 10 V 0.887 0.002 0.009 0.096 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 P 0.003 0.114 0.556 0.315 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.002 0.001 0.009 0.985 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 R 0.002 0.005 0.047 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.001 0.001 0.002 0.155 0.300 0.538 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.810 0.001 0.117 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.003 0.010 0.002 0.735 0.003 0.040 0.001 0.001 0.117 0.070 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 17 L 0.153 0.008 0.706 0.082 0.020 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.133 0.031 0.562 0.034 0.194 0.002 0.018 0.006 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.005 0.035 0.005 0.156 0.247 0.385 0.009 0.024 0.003 0.019 0.082 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 20 S 0.004 0.056 0.011 0.048 0.009 0.263 0.002 0.166 0.011 0.007 0.240 0.120 0.044 0.001 0.018 0.001 21 G 0.002 0.008 0.001 0.007 0.001 0.033 0.001 0.002 0.015 0.022 0.493 0.318 0.091 0.001 0.001 0.006 22 E 0.008 0.012 0.002 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.710 0.175 0.001 0.001 0.001 23 L 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.094 0.853 0.001 0.002 0.001 24 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.967 0.001 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.003 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.932 0.039 0.001 0.002 28 V 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.015 0.824 0.009 0.125 0.002 29 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.122 0.767 0.002 0.069 30 M 0.021 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.004 0.891 0.006 31 G 0.005 0.009 0.153 0.013 0.001 0.003 0.011 0.001 0.022 0.018 0.002 0.003 0.040 0.004 0.018 0.697 32 F 0.740 0.015 0.130 0.044 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.043 33 V 0.002 0.004 0.197 0.048 0.568 0.017 0.139 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 34 P 0.003 0.050 0.023 0.082 0.004 0.275 0.005 0.528 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 35 G 0.002 0.083 0.002 0.073 0.002 0.021 0.001 0.003 0.645 0.093 0.051 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 36 E 0.657 0.040 0.009 0.204 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.007 0.016 0.814 0.152 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.003 0.004 0.233 0.731 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.001 0.013 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.001 0.005 0.764 0.067 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.123 0.006 0.839 0.007 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.009 0.002 0.782 0.009 0.166 0.001 0.007 0.005 0.007 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 43 V 0.019 0.233 0.093 0.502 0.024 0.019 0.005 0.025 0.018 0.004 0.024 0.008 0.011 0.001 0.002 0.010 44 A 0.013 0.016 0.026 0.407 0.058 0.377 0.014 0.010 0.014 0.009 0.014 0.014 0.022 0.001 0.002 0.004 45 P 0.002 0.012 0.011 0.012 0.776 0.018 0.037 0.013 0.001 0.002 0.044 0.005 0.003 0.065 0.001 0.001 46 L 0.002 0.026 0.003 0.039 0.007 0.009 0.003 0.680 0.009 0.002 0.014 0.017 0.003 0.002 0.183 0.001 47 G 0.003 0.024 0.030 0.036 0.001 0.005 0.004 0.004 0.377 0.129 0.005 0.006 0.008 0.001 0.004 0.362 48 D 0.842 0.008 0.030 0.033 0.001 0.048 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.008 49 P 0.040 0.198 0.463 0.120 0.001 0.048 0.002 0.002 0.002 0.001 0.090 0.013 0.013 0.001 0.001 0.005 50 I 0.008 0.152 0.071 0.695 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 51 V 0.002 0.008 0.132 0.847 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 52 C 0.002 0.004 0.084 0.884 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 53 K 0.001 0.001 0.004 0.082 0.877 0.024 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 54 I 0.001 0.012 0.002 0.077 0.405 0.026 0.011 0.441 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 55 G 0.001 0.027 0.002 0.028 0.019 0.069 0.002 0.420 0.196 0.180 0.014 0.009 0.002 0.001 0.023 0.008 56 N 0.180 0.095 0.010 0.031 0.002 0.007 0.002 0.013 0.416 0.080 0.027 0.012 0.004 0.001 0.007 0.114 57 R 0.462 0.064 0.319 0.087 0.001 0.008 0.001 0.001 0.016 0.004 0.002 0.012 0.004 0.001 0.002 0.018 58 N 0.021 0.019 0.841 0.095 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 59 I 0.006 0.009 0.174 0.773 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 60 T 0.001 0.025 0.022 0.873 0.029 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 L 0.002 0.033 0.010 0.834 0.036 0.051 0.003 0.009 0.001 0.001 0.009 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 62 R 0.001 0.011 0.003 0.029 0.038 0.850 0.003 0.017 0.002 0.004 0.016 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 63 K 0.002 0.028 0.001 0.012 0.012 0.013 0.001 0.032 0.004 0.002 0.852 0.022 0.014 0.001 0.003 0.001 64 R 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.013 0.945 0.014 0.001 0.002 0.001 65 E 0.013 0.043 0.044 0.022 0.002 0.007 0.007 0.001 0.010 0.002 0.014 0.030 0.628 0.005 0.003 0.170 66 A 0.040 0.003 0.085 0.033 0.001 0.037 0.012 0.002 0.001 0.001 0.010 0.024 0.732 0.008 0.009 0.003 67 D 0.007 0.484 0.097 0.054 0.001 0.022 0.002 0.004 0.003 0.001 0.008 0.013 0.247 0.001 0.009 0.049 68 L 0.023 0.071 0.058 0.710 0.001 0.011 0.015 0.001 0.007 0.001 0.002 0.004 0.023 0.005 0.001 0.067 69 I 0.006 0.005 0.903 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 70 E 0.002 0.009 0.204 0.778 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 V 0.002 0.002 0.020 0.969 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.001 0.011 0.015 0.932 0.017 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.014 0.002 0.336 0.449 0.184 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.001 0.076 0.002 0.144 0.190 0.125 0.008 0.369 0.003 0.004 0.067 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 75 G 0.004 0.136 0.007 0.139 0.016 0.039 0.006 0.154 0.299 0.082 0.047 0.043 0.004 0.001 0.012 0.012 76 G 0.177 0.027 0.036 0.149 0.004 0.072 0.005 0.018 0.149 0.116 0.073 0.105 0.028 0.001 0.007 0.034 77 E 0.171 0.207 0.224 0.168 0.005 0.038 0.005 0.006 0.022 0.005 0.027 0.060 0.028 0.002 0.003 0.028 78 L 0.056 0.032 0.200 0.448 0.006 0.101 0.011 0.005 0.004 0.003 0.025 0.042 0.058 0.002 0.004 0.004 79 P 0.011 0.083 0.168 0.352 0.007 0.210 0.004 0.012 0.003 0.002 0.022 0.030 0.084 0.001 0.003 0.007 80 L 0.012 0.047 0.025 0.681 0.006 0.035 0.003 0.005 0.010 0.002 0.079 0.027 0.054 0.002 0.002 0.010 81 I 0.014 0.047 0.132 0.581 0.005 0.042 0.006 0.004 0.004 0.002 0.009 0.064 0.080 0.002 0.002 0.007 82 L 0.009 0.047 0.133 0.431 0.025 0.138 0.019 0.011 0.003 0.002 0.022 0.010 0.124 0.007 0.004 0.014 83 A 0.012 0.075 0.060 0.254 0.051 0.201 0.017 0.027 0.008 0.004 0.092 0.029 0.139 0.006 0.009 0.015 84 D 0.008 0.043 0.025 0.049 0.213 0.072 0.123 0.025 0.005 0.009 0.103 0.054 0.060 0.198 0.006 0.008 85 D 0.013 0.069 0.033 0.049 0.006 0.022 0.010 0.267 0.015 0.003 0.044 0.034 0.043 0.005 0.376 0.010 86 G 0.016 0.029 0.055 0.046 0.006 0.036 0.026 0.005 0.153 0.092 0.041 0.037 0.077 0.012 0.011 0.357 87 T 0.560 0.074 0.143 0.070 0.002 0.014 0.009 0.010 0.005 0.002 0.014 0.020 0.038 0.003 0.015 0.021 88 Y 0.025 0.047 0.490 0.207 0.003 0.079 0.012 0.005 0.014 0.005 0.015 0.020 0.050 0.002 0.006 0.018 89 E 0.049 0.100 0.187 0.442 0.004 0.082 0.003 0.006 0.004 0.003 0.023 0.021 0.057 0.001 0.002 0.014 90 I 0.016 0.031 0.088 0.495 0.054 0.137 0.016 0.005 0.004 0.003 0.046 0.037 0.048 0.015 0.001 0.004 91 T 0.009 0.135 0.087 0.514 0.011 0.040 0.006 0.049 0.004 0.001 0.029 0.029 0.063 0.002 0.018 0.004 92 K 0.006 0.038 0.040 0.304 0.109 0.181 0.037 0.014 0.030 0.024 0.034 0.037 0.090 0.014 0.003 0.040 93 L 0.042 0.029 0.042 0.061 0.333 0.038 0.118 0.058 0.004 0.004 0.122 0.023 0.058 0.050 0.011 0.006 94 N 0.005 0.037 0.037 0.044 0.115 0.054 0.122 0.270 0.021 0.025 0.051 0.055 0.039 0.043 0.071 0.010 95 G 0.026 0.029 0.025 0.034 0.011 0.062 0.015 0.136 0.117 0.126 0.099 0.048 0.082 0.004 0.101 0.086 96 G 0.151 0.029 0.036 0.032 0.003 0.038 0.007 0.009 0.100 0.070 0.116 0.184 0.126 0.004 0.007 0.089 97 R 0.214 0.049 0.091 0.049 0.001 0.039 0.003 0.004 0.007 0.003 0.066 0.276 0.183 0.001 0.005 0.010 98 R 0.011 0.048 0.143 0.091 0.002 0.082 0.004 0.001 0.002 0.002 0.055 0.161 0.386 0.001 0.001 0.010 99 F 0.004 0.016 0.027 0.082 0.002 0.071 0.002 0.002 0.001 0.001 0.051 0.106 0.631 0.001 0.001 0.003 100 L 0.001 0.010 0.012 0.054 0.004 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.053 0.087 0.743 0.005 0.001 0.003 101 F 0.001 0.011 0.009 0.039 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 0.065 0.834 0.002 0.005 0.005 102 R 0.001 0.009 0.012 0.025 0.001 0.009 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.015 0.865 0.006 0.002 0.041 103 M 0.015 0.005 0.047 0.028 0.004 0.010 0.054 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.731 0.048 0.012 0.018 104 K 0.009 0.028 0.079 0.036 0.004 0.028 0.011 0.014 0.002 0.002 0.016 0.034 0.627 0.010 0.066 0.033 105 N 0.006 0.014 0.018 0.027 0.068 0.011 0.095 0.003 0.005 0.005 0.014 0.015 0.068 0.605 0.004 0.042 106 L 0.041 0.027 0.099 0.071 0.001 0.009 0.008 0.092 0.003 0.001 0.011 0.010 0.065 0.002 0.547 0.014 107 G 0.006 0.034 0.097 0.043 0.010 0.114 0.029 0.003 0.068 0.070 0.009 0.017 0.092 0.012 0.003 0.393 108 I 0.528 0.027 0.028 0.036 0.010 0.055 0.005 0.014 0.002 0.001 0.190 0.018 0.068 0.002 0.008 0.007 109 E 0.004 0.108 0.113 0.031 0.156 0.049 0.123 0.010 0.006 0.006 0.067 0.128 0.021 0.167 0.004 0.008 110 S 0.019 0.082 0.062 0.087 0.002 0.026 0.007 0.262 0.007 0.001 0.015 0.018 0.020 0.001 0.384 0.007 111 G 0.009 0.049 0.132 0.120 0.001 0.010 0.008 0.001 0.217 0.031 0.005 0.005 0.011 0.001 0.002 0.399 112 K 0.655 0.031 0.119 0.183 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 113 K 0.003 0.021 0.646 0.312 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 I 0.002 0.004 0.054 0.928 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Q 0.001 0.007 0.012 0.956 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 V 0.001 0.002 0.002 0.310 0.651 0.024 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 S 0.001 0.056 0.005 0.322 0.018 0.039 0.001 0.538 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 118 G 0.001 0.041 0.004 0.155 0.027 0.101 0.002 0.019 0.203 0.396 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.020 119 R 0.289 0.073 0.023 0.126 0.083 0.137 0.010 0.031 0.028 0.020 0.097 0.058 0.014 0.005 0.002 0.004 120 R 0.015 0.124 0.113 0.101 0.030 0.093 0.011 0.066 0.013 0.015 0.247 0.105 0.032 0.007 0.023 0.006 121 Y 0.021 0.174 0.061 0.130 0.031 0.081 0.017 0.042 0.031 0.020 0.055 0.208 0.053 0.020 0.028 0.029 122 Y 0.094 0.056 0.175 0.203 0.011 0.027 0.030 0.016 0.032 0.009 0.052 0.028 0.101 0.004 0.034 0.130 123 I 0.048 0.056 0.366 0.102 0.042 0.077 0.112 0.008 0.007 0.013 0.018 0.022 0.058 0.020 0.005 0.046 124 E 0.045 0.146 0.164 0.172 0.007 0.211 0.011 0.088 0.007 0.005 0.035 0.018 0.048 0.002 0.029 0.012 125 G 0.015 0.119 0.086 0.151 0.011 0.178 0.013 0.007 0.079 0.022 0.145 0.058 0.055 0.005 0.005 0.051 126 R 0.147 0.084 0.087 0.246 0.003 0.030 0.003 0.012 0.005 0.003 0.125 0.170 0.069 0.001 0.008 0.007 127 E 0.021 0.077 0.275 0.244 0.026 0.066 0.031 0.005 0.009 0.004 0.023 0.087 0.080 0.027 0.004 0.021 128 I 0.028 0.044 0.205 0.401 0.007 0.037 0.010 0.024 0.004 0.002 0.026 0.022 0.154 0.001 0.027 0.008 129 D 0.004 0.029 0.040 0.162 0.068 0.391 0.053 0.008 0.008 0.015 0.020 0.038 0.121 0.024 0.001 0.017 130 L 0.035 0.072 0.027 0.121 0.031 0.032 0.007 0.074 0.005 0.002 0.445 0.020 0.082 0.002 0.038 0.009 131 G 0.002 0.015 0.016 0.029 0.314 0.017 0.093 0.007 0.014 0.029 0.017 0.174 0.019 0.245 0.001 0.008 132 Y 0.047 0.019 0.032 0.024 0.007 0.021 0.015 0.258 0.004 0.002 0.024 0.011 0.069 0.003 0.456 0.009 133 G 0.005 0.020 0.038 0.014 0.020 0.025 0.019 0.008 0.163 0.218 0.074 0.027 0.052 0.013 0.008 0.297 134 E 0.700 0.064 0.053 0.045 0.001 0.009 0.003 0.012 0.006 0.002 0.017 0.032 0.021 0.001 0.018 0.019 135 A 0.026 0.095 0.535 0.120 0.002 0.086 0.014 0.002 0.021 0.005 0.007 0.022 0.024 0.004 0.003 0.033 136 T 0.046 0.371 0.226 0.338 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 137 K 0.006 0.009 0.298 0.680 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 138 I 0.004 0.002 0.373 0.611 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.001 0.004 0.005 0.986 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 V 0.001 0.011 0.003 0.958 0.006 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 R 0.001 0.035 0.008 0.925 0.006 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 R 0.002 0.022 0.015 0.612 0.104 0.219 0.003 0.008 0.003 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 V 0.005 0.081 0.015 0.502 0.113 0.102 0.004 0.081 0.006 0.004 0.074 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001