# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.002 0.044 0.206 0.146 0.121 0.001 0.001 0.032 0.442 2 K 0.219 0.055 0.003 0.039 0.065 0.118 0.066 0.012 0.001 0.047 0.373 3 L 0.411 0.007 0.001 0.008 0.028 0.044 0.077 0.010 0.002 0.029 0.384 4 S 0.025 0.005 0.001 0.014 0.042 0.074 0.092 0.001 0.001 0.025 0.722 5 R 0.003 0.001 0.002 0.014 0.048 0.202 0.077 0.001 0.001 0.025 0.627 6 L 0.032 0.001 0.001 0.013 0.083 0.086 0.128 0.001 0.001 0.038 0.618 7 V 0.577 0.001 0.001 0.008 0.023 0.017 0.045 0.002 0.001 0.036 0.290 8 P 0.004 0.001 0.001 0.007 0.012 0.019 0.112 0.001 0.001 0.011 0.833 9 G 0.006 0.001 0.001 0.010 0.008 0.013 0.054 0.001 0.001 0.008 0.899 10 V 0.011 0.001 0.001 0.036 0.338 0.139 0.080 0.001 0.001 0.031 0.363 11 P 0.002 0.002 0.001 0.069 0.108 0.209 0.087 0.001 0.001 0.060 0.463 12 A 0.001 0.001 0.001 0.041 0.326 0.465 0.026 0.001 0.001 0.018 0.123 13 R 0.004 0.003 0.001 0.223 0.208 0.383 0.017 0.001 0.001 0.019 0.141 14 I 0.005 0.002 0.001 0.054 0.329 0.335 0.031 0.001 0.001 0.030 0.213 15 K 0.007 0.002 0.001 0.125 0.297 0.388 0.031 0.001 0.001 0.017 0.132 16 R 0.020 0.002 0.001 0.157 0.124 0.231 0.064 0.001 0.001 0.050 0.349 17 L 0.005 0.001 0.001 0.133 0.156 0.155 0.114 0.001 0.001 0.030 0.405 18 E 0.071 0.020 0.001 0.056 0.056 0.060 0.082 0.004 0.001 0.036 0.613 19 V 0.122 0.067 0.001 0.017 0.022 0.017 0.079 0.008 0.001 0.052 0.615 20 S 0.046 0.347 0.002 0.006 0.008 0.009 0.063 0.007 0.001 0.058 0.454 21 G 0.046 0.700 0.002 0.004 0.007 0.009 0.021 0.005 0.001 0.038 0.168 22 E 0.026 0.740 0.002 0.005 0.006 0.011 0.022 0.006 0.001 0.051 0.132 23 L 0.015 0.905 0.002 0.001 0.002 0.006 0.006 0.006 0.001 0.007 0.050 24 H 0.047 0.814 0.004 0.001 0.005 0.009 0.008 0.006 0.001 0.044 0.062 25 E 0.084 0.546 0.020 0.003 0.012 0.024 0.024 0.006 0.004 0.113 0.164 26 K 0.170 0.354 0.020 0.010 0.017 0.029 0.063 0.012 0.006 0.086 0.235 27 L 0.123 0.063 0.099 0.018 0.017 0.034 0.069 0.045 0.055 0.174 0.303 28 V 0.366 0.035 0.011 0.017 0.021 0.029 0.067 0.007 0.007 0.028 0.412 29 G 0.043 0.014 0.002 0.009 0.015 0.027 0.053 0.003 0.001 0.012 0.823 30 M 0.011 0.004 0.001 0.015 0.029 0.034 0.101 0.001 0.001 0.025 0.777 31 G 0.010 0.002 0.005 0.063 0.130 0.207 0.125 0.001 0.002 0.052 0.403 32 F 0.009 0.001 0.001 0.011 0.031 0.041 0.085 0.001 0.001 0.018 0.802 33 V 0.419 0.001 0.001 0.065 0.035 0.030 0.062 0.003 0.001 0.093 0.292 34 P 0.013 0.001 0.001 0.031 0.008 0.018 0.114 0.001 0.001 0.029 0.784 35 G 0.007 0.001 0.001 0.044 0.010 0.023 0.095 0.001 0.001 0.021 0.799 36 E 0.003 0.002 0.001 0.165 0.207 0.197 0.094 0.001 0.001 0.022 0.310 37 E 0.002 0.011 0.001 0.211 0.090 0.205 0.061 0.001 0.001 0.039 0.381 38 I 0.002 0.009 0.001 0.124 0.358 0.240 0.031 0.001 0.001 0.061 0.175 39 E 0.006 0.033 0.001 0.381 0.189 0.273 0.012 0.001 0.001 0.032 0.071 40 I 0.013 0.022 0.001 0.131 0.187 0.348 0.038 0.004 0.001 0.052 0.203 41 V 0.102 0.010 0.002 0.165 0.172 0.223 0.053 0.003 0.001 0.078 0.190 42 Q 0.013 0.012 0.002 0.193 0.154 0.266 0.058 0.001 0.001 0.032 0.269 43 V 0.034 0.011 0.009 0.027 0.030 0.054 0.085 0.004 0.002 0.044 0.700 44 A 0.343 0.005 0.009 0.035 0.127 0.077 0.086 0.010 0.003 0.086 0.218 45 P 0.177 0.003 0.002 0.009 0.009 0.014 0.088 0.002 0.001 0.034 0.662 46 L 0.005 0.001 0.001 0.018 0.020 0.043 0.169 0.001 0.001 0.023 0.719 47 G 0.013 0.005 0.001 0.020 0.007 0.018 0.117 0.001 0.001 0.020 0.798 48 D 0.102 0.014 0.002 0.057 0.092 0.105 0.132 0.004 0.001 0.084 0.408 49 P 0.004 0.009 0.001 0.058 0.038 0.078 0.151 0.001 0.001 0.046 0.616 50 I 0.003 0.006 0.001 0.277 0.150 0.365 0.035 0.001 0.001 0.037 0.126 51 V 0.006 0.007 0.001 0.319 0.108 0.276 0.035 0.001 0.001 0.062 0.186 52 C 0.002 0.001 0.001 0.276 0.281 0.227 0.035 0.001 0.001 0.033 0.143 53 K 0.054 0.006 0.004 0.109 0.237 0.324 0.030 0.002 0.001 0.070 0.166 54 I 0.311 0.007 0.001 0.079 0.053 0.075 0.082 0.003 0.001 0.115 0.272 55 G 0.015 0.009 0.001 0.056 0.040 0.091 0.152 0.002 0.001 0.031 0.603 56 N 0.006 0.005 0.001 0.045 0.057 0.140 0.113 0.001 0.001 0.092 0.540 57 R 0.003 0.012 0.001 0.101 0.369 0.207 0.054 0.001 0.001 0.053 0.199 58 N 0.009 0.131 0.001 0.083 0.210 0.254 0.035 0.004 0.001 0.092 0.180 59 I 0.021 0.161 0.001 0.094 0.197 0.195 0.034 0.005 0.001 0.061 0.231 60 T 0.026 0.100 0.002 0.110 0.142 0.253 0.038 0.002 0.001 0.124 0.203 61 L 0.004 0.053 0.005 0.092 0.178 0.238 0.059 0.001 0.001 0.066 0.304 62 R 0.175 0.402 0.005 0.018 0.043 0.046 0.046 0.016 0.001 0.052 0.195 63 K 0.481 0.276 0.006 0.003 0.012 0.012 0.028 0.009 0.002 0.062 0.108 64 R 0.044 0.291 0.017 0.006 0.009 0.030 0.078 0.007 0.004 0.066 0.449 65 E 0.149 0.197 0.024 0.019 0.024 0.117 0.078 0.010 0.002 0.053 0.327 66 A 0.096 0.030 0.010 0.037 0.042 0.106 0.103 0.009 0.004 0.082 0.481 67 D 0.018 0.014 0.003 0.053 0.208 0.303 0.049 0.001 0.001 0.026 0.325 68 L 0.008 0.010 0.001 0.094 0.128 0.334 0.053 0.001 0.001 0.038 0.333 69 I 0.002 0.003 0.001 0.119 0.404 0.229 0.045 0.001 0.001 0.014 0.183 70 E 0.002 0.005 0.001 0.135 0.274 0.498 0.012 0.001 0.001 0.014 0.059 71 V 0.007 0.003 0.001 0.130 0.277 0.233 0.039 0.001 0.001 0.028 0.282 72 E 0.013 0.001 0.001 0.115 0.415 0.295 0.026 0.001 0.001 0.029 0.104 73 V 0.260 0.004 0.002 0.059 0.046 0.061 0.044 0.003 0.001 0.037 0.482 74 V 0.134 0.004 0.001 0.031 0.034 0.021 0.068 0.004 0.001 0.016 0.688 75 G 0.061 0.003 0.003 0.006 0.019 0.017 0.056 0.001 0.001 0.017 0.815 76 G 0.009 0.005 0.001 0.012 0.068 0.067 0.093 0.001 0.001 0.015 0.730 77 E 0.028 0.041 0.001 0.007 0.034 0.037 0.058 0.002 0.001 0.017 0.774 78 L 0.069 0.065 0.001 0.009 0.132 0.138 0.073 0.006 0.001 0.039 0.467 79 P 0.060 0.108 0.001 0.011 0.056 0.132 0.060 0.004 0.001 0.040 0.528 80 L 0.068 0.036 0.002 0.023 0.105 0.217 0.058 0.003 0.001 0.052 0.434 81 I 0.036 0.016 0.004 0.036 0.114 0.191 0.076 0.002 0.001 0.053 0.471 82 L 0.116 0.014 0.007 0.043 0.086 0.115 0.075 0.005 0.003 0.072 0.464 83 A 0.248 0.009 0.005 0.020 0.045 0.046 0.076 0.005 0.002 0.059 0.485 84 D 0.150 0.013 0.002 0.016 0.023 0.029 0.096 0.004 0.001 0.028 0.639 85 D 0.037 0.007 0.001 0.009 0.016 0.023 0.089 0.001 0.001 0.020 0.795 86 G 0.019 0.009 0.001 0.024 0.049 0.068 0.125 0.002 0.001 0.026 0.677 87 T 0.017 0.009 0.002 0.026 0.063 0.080 0.114 0.001 0.001 0.105 0.583 88 Y 0.011 0.010 0.001 0.058 0.169 0.167 0.105 0.001 0.001 0.078 0.400 89 E 0.031 0.036 0.001 0.071 0.086 0.174 0.078 0.003 0.001 0.052 0.467 90 I 0.028 0.007 0.002 0.056 0.084 0.155 0.101 0.002 0.001 0.085 0.478 91 T 0.020 0.008 0.003 0.143 0.129 0.191 0.080 0.002 0.001 0.067 0.355 92 K 0.084 0.018 0.003 0.068 0.071 0.096 0.074 0.003 0.001 0.052 0.528 93 L 0.155 0.022 0.002 0.034 0.047 0.042 0.110 0.004 0.001 0.041 0.542 94 N 0.072 0.073 0.002 0.021 0.025 0.034 0.091 0.004 0.001 0.030 0.647 95 G 0.030 0.115 0.002 0.021 0.020 0.036 0.087 0.003 0.001 0.036 0.651 96 G 0.032 0.342 0.002 0.014 0.043 0.048 0.070 0.004 0.001 0.033 0.412 97 R 0.024 0.711 0.001 0.007 0.031 0.041 0.021 0.004 0.001 0.019 0.140 98 R 0.028 0.766 0.001 0.006 0.013 0.026 0.013 0.005 0.001 0.040 0.100 99 F 0.032 0.844 0.002 0.002 0.011 0.022 0.008 0.005 0.001 0.011 0.062 100 L 0.074 0.552 0.008 0.007 0.027 0.044 0.021 0.008 0.002 0.127 0.131 101 F 0.125 0.253 0.043 0.011 0.040 0.058 0.043 0.014 0.012 0.167 0.234 102 R 0.228 0.293 0.011 0.017 0.028 0.036 0.045 0.021 0.006 0.062 0.253 103 M 0.224 0.110 0.033 0.006 0.010 0.015 0.045 0.044 0.022 0.045 0.446 104 K 0.075 0.052 0.006 0.007 0.039 0.046 0.090 0.004 0.002 0.025 0.656 105 N 0.058 0.039 0.002 0.003 0.004 0.010 0.044 0.003 0.001 0.014 0.822 106 L 0.040 0.013 0.003 0.010 0.026 0.022 0.191 0.002 0.001 0.070 0.622 107 G 0.046 0.010 0.017 0.019 0.011 0.020 0.115 0.004 0.006 0.101 0.651 108 I 0.116 0.003 0.002 0.010 0.013 0.016 0.120 0.001 0.001 0.047 0.670 109 E 0.105 0.003 0.002 0.038 0.005 0.012 0.114 0.002 0.001 0.066 0.651 110 S 0.010 0.002 0.001 0.054 0.010 0.034 0.149 0.001 0.001 0.039 0.701 111 G 0.003 0.002 0.001 0.081 0.016 0.054 0.150 0.001 0.001 0.034 0.660 112 K 0.001 0.001 0.001 0.284 0.204 0.206 0.070 0.001 0.001 0.047 0.186 113 K 0.001 0.001 0.001 0.544 0.083 0.162 0.022 0.001 0.001 0.089 0.097 114 I 0.001 0.001 0.001 0.519 0.155 0.141 0.027 0.001 0.001 0.055 0.100 115 Q 0.002 0.001 0.001 0.743 0.069 0.091 0.012 0.001 0.001 0.024 0.056 116 V 0.014 0.003 0.001 0.492 0.088 0.124 0.044 0.001 0.001 0.060 0.174 117 S 0.011 0.006 0.002 0.409 0.070 0.115 0.085 0.002 0.001 0.062 0.238 118 G 0.027 0.026 0.003 0.162 0.061 0.090 0.129 0.005 0.001 0.046 0.450 119 R 0.174 0.053 0.004 0.058 0.062 0.075 0.108 0.010 0.001 0.083 0.371 120 R 0.082 0.087 0.003 0.031 0.039 0.061 0.130 0.007 0.001 0.069 0.491 121 Y 0.062 0.053 0.011 0.050 0.041 0.133 0.117 0.009 0.002 0.128 0.393 122 Y 0.077 0.019 0.009 0.041 0.043 0.115 0.147 0.006 0.003 0.106 0.434 123 I 0.165 0.021 0.003 0.037 0.060 0.097 0.103 0.005 0.001 0.050 0.457 124 E 0.033 0.029 0.002 0.034 0.048 0.098 0.106 0.004 0.001 0.032 0.612 125 G 0.040 0.037 0.004 0.031 0.032 0.057 0.134 0.003 0.001 0.079 0.581 126 R 0.031 0.056 0.002 0.102 0.155 0.165 0.111 0.003 0.001 0.060 0.316 127 E 0.031 0.081 0.003 0.078 0.063 0.149 0.088 0.005 0.001 0.063 0.439 128 I 0.029 0.031 0.003 0.102 0.151 0.191 0.109 0.006 0.002 0.069 0.309 129 D 0.120 0.043 0.006 0.067 0.103 0.209 0.057 0.006 0.002 0.113 0.273 130 L 0.068 0.027 0.002 0.042 0.098 0.132 0.090 0.003 0.001 0.054 0.485 131 G 0.045 0.015 0.009 0.033 0.071 0.108 0.116 0.003 0.002 0.072 0.527 132 Y 0.069 0.005 0.011 0.024 0.080 0.137 0.124 0.003 0.003 0.118 0.425 133 G 0.194 0.004 0.005 0.018 0.029 0.041 0.102 0.003 0.001 0.100 0.503 134 E 0.034 0.002 0.001 0.013 0.054 0.067 0.125 0.001 0.001 0.031 0.671 135 A 0.007 0.002 0.001 0.014 0.021 0.054 0.124 0.001 0.001 0.025 0.751 136 T 0.003 0.001 0.001 0.068 0.200 0.248 0.095 0.001 0.001 0.043 0.341 137 K 0.002 0.001 0.001 0.154 0.178 0.335 0.052 0.001 0.001 0.052 0.223 138 I 0.001 0.001 0.001 0.080 0.442 0.340 0.019 0.001 0.001 0.015 0.103 139 W 0.003 0.001 0.001 0.289 0.262 0.298 0.013 0.001 0.001 0.023 0.111 140 V 0.004 0.001 0.001 0.133 0.286 0.334 0.035 0.001 0.001 0.031 0.175 141 R 0.003 0.001 0.001 0.197 0.231 0.332 0.044 0.001 0.001 0.014 0.178 142 R 0.012 0.001 0.001 0.078 0.121 0.194 0.084 0.001 0.001 0.021 0.490 143 V 0.010 0.001 0.001 0.051 0.138 0.134 0.130 0.001 0.001 0.019 0.516