# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.023 0.043 0.124 0.162 0.106 0.054 0.471 2 K 0.188 0.055 0.028 0.096 0.113 0.078 0.110 0.332 3 L 0.254 0.024 0.013 0.050 0.078 0.066 0.080 0.436 4 S 0.038 0.006 0.016 0.045 0.070 0.096 0.039 0.690 5 R 0.008 0.001 0.020 0.059 0.126 0.092 0.031 0.663 6 L 0.061 0.001 0.012 0.037 0.034 0.087 0.032 0.735 7 V 0.540 0.002 0.003 0.011 0.007 0.041 0.101 0.294 8 P 0.011 0.001 0.004 0.003 0.010 0.089 0.008 0.875 9 G 0.015 0.001 0.013 0.011 0.022 0.090 0.017 0.832 10 V 0.003 0.002 0.062 0.266 0.212 0.079 0.037 0.340 11 P 0.004 0.003 0.142 0.087 0.194 0.053 0.076 0.441 12 A 0.002 0.002 0.087 0.380 0.328 0.023 0.025 0.153 13 R 0.003 0.002 0.285 0.269 0.266 0.018 0.041 0.116 14 I 0.013 0.002 0.137 0.305 0.267 0.035 0.039 0.202 15 K 0.013 0.004 0.181 0.237 0.309 0.040 0.024 0.193 16 R 0.024 0.004 0.101 0.091 0.229 0.078 0.045 0.427 17 L 0.027 0.003 0.068 0.115 0.097 0.112 0.037 0.541 18 E 0.044 0.015 0.058 0.048 0.063 0.121 0.034 0.618 19 V 0.083 0.093 0.015 0.013 0.022 0.098 0.062 0.615 20 S 0.091 0.342 0.006 0.006 0.008 0.068 0.072 0.407 21 G 0.062 0.589 0.005 0.007 0.009 0.042 0.056 0.229 22 E 0.026 0.677 0.010 0.012 0.014 0.035 0.089 0.138 23 L 0.013 0.908 0.003 0.003 0.005 0.010 0.012 0.046 24 H 0.039 0.897 0.004 0.003 0.005 0.006 0.013 0.034 25 E 0.041 0.816 0.009 0.004 0.008 0.014 0.032 0.076 26 K 0.090 0.569 0.028 0.017 0.029 0.039 0.069 0.159 27 L 0.161 0.127 0.102 0.019 0.027 0.063 0.251 0.249 28 V 0.310 0.047 0.033 0.025 0.025 0.112 0.080 0.368 29 G 0.042 0.011 0.013 0.010 0.033 0.083 0.034 0.774 30 M 0.022 0.007 0.027 0.014 0.020 0.160 0.037 0.712 31 G 0.007 0.002 0.098 0.120 0.229 0.107 0.044 0.393 32 F 0.019 0.001 0.025 0.029 0.037 0.084 0.029 0.776 33 V 0.463 0.004 0.027 0.023 0.015 0.074 0.115 0.279 34 P 0.028 0.006 0.023 0.007 0.027 0.114 0.037 0.757 35 G 0.053 0.003 0.019 0.010 0.030 0.124 0.031 0.731 36 E 0.002 0.002 0.078 0.332 0.335 0.044 0.023 0.184 37 E 0.002 0.005 0.101 0.088 0.267 0.052 0.075 0.410 38 I 0.004 0.004 0.071 0.414 0.266 0.037 0.041 0.164 39 E 0.002 0.004 0.178 0.358 0.360 0.012 0.025 0.062 40 I 0.008 0.003 0.082 0.284 0.374 0.028 0.042 0.179 41 V 0.033 0.003 0.139 0.370 0.248 0.036 0.033 0.138 42 Q 0.011 0.004 0.121 0.117 0.380 0.052 0.023 0.292 43 V 0.025 0.004 0.058 0.103 0.108 0.106 0.040 0.556 44 A 0.072 0.004 0.079 0.157 0.141 0.105 0.035 0.407 45 P 0.170 0.004 0.015 0.013 0.024 0.098 0.064 0.612 46 L 0.068 0.003 0.013 0.024 0.037 0.172 0.040 0.643 47 G 0.007 0.003 0.010 0.010 0.027 0.144 0.015 0.783 48 D 0.020 0.008 0.036 0.085 0.138 0.148 0.133 0.433 49 P 0.005 0.005 0.073 0.113 0.362 0.073 0.068 0.300 50 I 0.002 0.003 0.078 0.319 0.413 0.023 0.031 0.129 51 V 0.003 0.002 0.146 0.239 0.372 0.022 0.080 0.137 52 C 0.003 0.001 0.175 0.427 0.263 0.020 0.033 0.079 53 K 0.005 0.001 0.201 0.210 0.397 0.027 0.022 0.137 54 I 0.164 0.003 0.077 0.158 0.122 0.085 0.076 0.317 55 G 0.112 0.016 0.046 0.038 0.065 0.150 0.076 0.497 56 N 0.024 0.011 0.024 0.023 0.105 0.122 0.060 0.632 57 R 0.005 0.020 0.038 0.226 0.401 0.060 0.051 0.199 58 N 0.008 0.078 0.058 0.236 0.326 0.039 0.078 0.177 59 I 0.009 0.090 0.046 0.285 0.242 0.031 0.141 0.156 60 T 0.024 0.181 0.047 0.207 0.295 0.027 0.097 0.121 61 L 0.036 0.219 0.062 0.175 0.206 0.040 0.087 0.176 62 R 0.067 0.394 0.031 0.089 0.134 0.036 0.061 0.188 63 K 0.195 0.202 0.027 0.042 0.055 0.067 0.105 0.308 64 R 0.112 0.138 0.024 0.032 0.038 0.098 0.116 0.442 65 E 0.105 0.095 0.020 0.025 0.061 0.111 0.112 0.470 66 A 0.055 0.033 0.019 0.013 0.029 0.126 0.063 0.662 67 D 0.017 0.028 0.079 0.116 0.166 0.111 0.083 0.399 68 L 0.011 0.015 0.061 0.034 0.126 0.072 0.077 0.604 69 I 0.007 0.010 0.120 0.322 0.211 0.057 0.035 0.237 70 E 0.005 0.011 0.256 0.137 0.277 0.037 0.060 0.217 71 V 0.008 0.005 0.157 0.238 0.173 0.058 0.054 0.308 72 E 0.008 0.003 0.385 0.120 0.193 0.041 0.034 0.215 73 V 0.106 0.007 0.148 0.072 0.083 0.066 0.083 0.436 74 V 0.189 0.007 0.053 0.015 0.019 0.068 0.068 0.580 75 G 0.084 0.005 0.015 0.006 0.010 0.091 0.023 0.766 76 G 0.017 0.008 0.019 0.020 0.037 0.105 0.019 0.776 77 E 0.037 0.030 0.012 0.031 0.038 0.103 0.038 0.710 78 L 0.079 0.077 0.017 0.076 0.065 0.110 0.066 0.511 79 P 0.074 0.125 0.017 0.044 0.092 0.097 0.055 0.495 80 L 0.077 0.072 0.028 0.062 0.105 0.100 0.077 0.479 81 I 0.050 0.029 0.062 0.104 0.144 0.090 0.085 0.437 82 L 0.091 0.013 0.040 0.050 0.082 0.092 0.076 0.555 83 A 0.196 0.008 0.022 0.025 0.025 0.083 0.075 0.567 84 D 0.119 0.010 0.010 0.009 0.013 0.088 0.049 0.703 85 D 0.055 0.006 0.008 0.009 0.012 0.113 0.019 0.779 86 G 0.024 0.011 0.028 0.047 0.070 0.107 0.028 0.684 87 T 0.036 0.012 0.025 0.042 0.070 0.105 0.088 0.622 88 Y 0.029 0.022 0.059 0.102 0.106 0.115 0.059 0.508 89 E 0.031 0.046 0.067 0.089 0.183 0.089 0.037 0.459 90 I 0.052 0.020 0.075 0.087 0.097 0.088 0.104 0.477 91 T 0.064 0.029 0.099 0.083 0.126 0.093 0.091 0.414 92 K 0.095 0.026 0.050 0.034 0.053 0.100 0.071 0.570 93 L 0.097 0.028 0.038 0.030 0.037 0.110 0.046 0.614 94 N 0.074 0.060 0.029 0.025 0.033 0.125 0.049 0.606 95 G 0.045 0.136 0.022 0.018 0.038 0.100 0.055 0.586 96 G 0.054 0.372 0.019 0.026 0.034 0.079 0.064 0.352 97 R 0.040 0.623 0.014 0.024 0.033 0.043 0.034 0.188 98 R 0.040 0.622 0.022 0.018 0.035 0.036 0.051 0.178 99 F 0.038 0.751 0.015 0.019 0.034 0.020 0.027 0.096 100 L 0.101 0.564 0.020 0.019 0.029 0.033 0.072 0.161 101 F 0.097 0.314 0.043 0.024 0.030 0.050 0.232 0.211 102 R 0.114 0.316 0.029 0.023 0.042 0.064 0.094 0.317 103 M 0.156 0.102 0.035 0.024 0.033 0.086 0.118 0.445 104 K 0.090 0.076 0.024 0.040 0.053 0.103 0.042 0.571 105 N 0.041 0.047 0.006 0.017 0.039 0.072 0.037 0.740 106 L 0.023 0.018 0.029 0.030 0.034 0.135 0.095 0.637 107 G 0.054 0.012 0.039 0.039 0.057 0.087 0.189 0.523 108 I 0.352 0.005 0.011 0.016 0.016 0.069 0.051 0.481 109 E 0.252 0.003 0.025 0.013 0.018 0.089 0.027 0.573 110 S 0.013 0.002 0.023 0.009 0.046 0.113 0.023 0.771 111 G 0.011 0.001 0.042 0.019 0.069 0.129 0.027 0.701 112 K 0.002 0.002 0.089 0.407 0.189 0.055 0.026 0.229 113 K 0.003 0.005 0.295 0.089 0.223 0.040 0.089 0.255 114 I 0.008 0.004 0.185 0.222 0.222 0.048 0.082 0.229 115 Q 0.007 0.002 0.365 0.201 0.283 0.019 0.021 0.100 116 V 0.013 0.003 0.182 0.211 0.236 0.046 0.039 0.271 117 S 0.016 0.004 0.158 0.123 0.182 0.105 0.042 0.369 118 G 0.050 0.015 0.064 0.046 0.061 0.144 0.089 0.532 119 R 0.091 0.035 0.035 0.056 0.080 0.114 0.112 0.478 120 R 0.054 0.039 0.039 0.051 0.073 0.112 0.049 0.583 121 Y 0.027 0.006 0.122 0.118 0.198 0.078 0.079 0.371 122 Y 0.058 0.004 0.055 0.056 0.108 0.095 0.068 0.556 123 I 0.239 0.006 0.047 0.104 0.059 0.094 0.052 0.398 124 E 0.024 0.010 0.024 0.010 0.039 0.087 0.029 0.777 125 G 0.073 0.012 0.032 0.020 0.047 0.129 0.040 0.647 126 R 0.014 0.014 0.107 0.251 0.195 0.078 0.040 0.300 127 E 0.021 0.035 0.096 0.062 0.089 0.088 0.062 0.547 128 I 0.057 0.050 0.095 0.094 0.130 0.115 0.085 0.373 129 D 0.088 0.063 0.070 0.061 0.118 0.095 0.169 0.336 130 L 0.040 0.056 0.039 0.078 0.129 0.111 0.077 0.471 131 G 0.041 0.057 0.045 0.110 0.129 0.119 0.088 0.410 132 Y 0.056 0.018 0.048 0.044 0.064 0.129 0.262 0.380 133 G 0.145 0.046 0.019 0.022 0.040 0.112 0.278 0.339 134 E 0.083 0.051 0.024 0.041 0.065 0.162 0.097 0.478 135 A 0.021 0.025 0.046 0.048 0.121 0.151 0.051 0.537 136 T 0.003 0.016 0.084 0.154 0.436 0.060 0.052 0.196 137 K 0.002 0.008 0.109 0.160 0.472 0.027 0.072 0.151 138 I 0.002 0.005 0.101 0.498 0.279 0.014 0.035 0.066 139 W 0.005 0.003 0.218 0.292 0.351 0.012 0.058 0.060 140 V 0.025 0.002 0.110 0.279 0.278 0.035 0.075 0.196 141 R 0.008 0.001 0.133 0.228 0.480 0.025 0.014 0.111 142 R 0.008 0.001 0.071 0.143 0.235 0.075 0.039 0.427 143 V 0.019 0.002 0.061 0.116 0.100 0.133 0.051 0.518