# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.449 0.094 0.069 0.088 0.076 0.053 0.071 0.050 0.026 0.015 0.008 2 K 0.132 0.190 0.098 0.234 0.137 0.076 0.074 0.032 0.016 0.007 0.003 3 L 0.009 0.009 0.010 0.017 0.029 0.043 0.104 0.129 0.216 0.215 0.218 4 S 0.145 0.157 0.153 0.241 0.162 0.058 0.044 0.023 0.010 0.005 0.002 5 R 0.119 0.135 0.188 0.292 0.140 0.051 0.039 0.021 0.008 0.004 0.002 6 L 0.010 0.007 0.007 0.013 0.021 0.050 0.116 0.121 0.208 0.243 0.202 7 V 0.083 0.337 0.091 0.205 0.128 0.062 0.046 0.023 0.013 0.008 0.003 8 P 0.326 0.217 0.103 0.159 0.086 0.043 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 9 G 0.700 0.133 0.025 0.052 0.030 0.018 0.019 0.011 0.006 0.005 0.002 10 V 0.128 0.143 0.029 0.117 0.095 0.120 0.164 0.100 0.061 0.032 0.012 11 P 0.188 0.208 0.073 0.236 0.150 0.075 0.038 0.019 0.008 0.004 0.002 12 A 0.030 0.011 0.017 0.020 0.031 0.056 0.123 0.148 0.199 0.184 0.180 13 R 0.031 0.146 0.076 0.350 0.224 0.081 0.057 0.023 0.009 0.003 0.002 14 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.020 0.046 0.152 0.262 0.501 15 K 0.028 0.069 0.099 0.267 0.268 0.122 0.077 0.042 0.016 0.009 0.004 16 R 0.038 0.112 0.135 0.268 0.152 0.102 0.093 0.050 0.028 0.016 0.007 17 L 0.010 0.005 0.006 0.013 0.025 0.055 0.112 0.128 0.198 0.198 0.251 18 E 0.222 0.286 0.081 0.201 0.104 0.038 0.034 0.017 0.009 0.005 0.002 19 V 0.030 0.049 0.032 0.059 0.075 0.103 0.159 0.127 0.141 0.127 0.100 20 S 0.234 0.383 0.059 0.130 0.085 0.047 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 21 G 0.773 0.078 0.023 0.051 0.026 0.016 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 22 E 0.488 0.197 0.051 0.142 0.064 0.026 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 23 L 0.003 0.009 0.007 0.018 0.030 0.044 0.096 0.128 0.236 0.231 0.198 24 H 0.007 0.015 0.026 0.090 0.183 0.223 0.222 0.123 0.059 0.039 0.014 25 E 0.016 0.050 0.577 0.216 0.072 0.034 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 26 K 0.004 0.008 0.028 0.073 0.099 0.266 0.313 0.110 0.059 0.029 0.010 27 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.007 0.022 0.054 0.184 0.286 0.436 28 V 0.007 0.013 0.045 0.075 0.143 0.172 0.207 0.136 0.103 0.067 0.033 29 G 0.055 0.092 0.332 0.228 0.119 0.061 0.055 0.027 0.016 0.011 0.005 30 M 0.009 0.007 0.010 0.019 0.032 0.077 0.158 0.166 0.202 0.182 0.139 31 G 0.103 0.089 0.027 0.103 0.109 0.099 0.143 0.123 0.100 0.061 0.044 32 F 0.019 0.017 0.021 0.042 0.062 0.060 0.120 0.150 0.172 0.152 0.185 33 V 0.046 0.071 0.049 0.095 0.136 0.118 0.158 0.114 0.089 0.071 0.054 34 P 0.249 0.383 0.059 0.149 0.068 0.034 0.032 0.014 0.008 0.004 0.002 35 G 0.571 0.101 0.019 0.073 0.058 0.045 0.048 0.031 0.023 0.018 0.013 36 E 0.381 0.215 0.043 0.128 0.075 0.052 0.050 0.028 0.015 0.008 0.004 37 E 0.069 0.167 0.059 0.256 0.168 0.111 0.087 0.043 0.023 0.011 0.005 38 I 0.004 0.003 0.004 0.005 0.009 0.026 0.058 0.083 0.208 0.254 0.346 39 E 0.045 0.164 0.136 0.351 0.193 0.060 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 40 I 0.004 0.004 0.014 0.016 0.027 0.030 0.068 0.116 0.200 0.232 0.290 41 V 0.007 0.013 0.018 0.064 0.115 0.129 0.163 0.154 0.139 0.116 0.081 42 Q 0.058 0.083 0.117 0.198 0.131 0.100 0.122 0.082 0.060 0.036 0.014 43 V 0.030 0.038 0.062 0.128 0.133 0.161 0.171 0.109 0.075 0.056 0.037 44 A 0.032 0.032 0.028 0.059 0.067 0.084 0.157 0.155 0.168 0.129 0.089 45 P 0.179 0.187 0.072 0.144 0.101 0.076 0.092 0.057 0.044 0.029 0.019 46 L 0.056 0.044 0.035 0.083 0.099 0.104 0.145 0.121 0.129 0.092 0.091 47 G 0.534 0.170 0.044 0.092 0.054 0.031 0.032 0.019 0.012 0.008 0.005 48 D 0.032 0.045 0.026 0.098 0.108 0.131 0.189 0.130 0.115 0.073 0.052 49 P 0.043 0.044 0.030 0.082 0.108 0.105 0.125 0.133 0.125 0.111 0.094 50 I 0.021 0.028 0.027 0.072 0.089 0.117 0.197 0.159 0.141 0.099 0.050 51 V 0.028 0.049 0.055 0.186 0.173 0.134 0.142 0.094 0.069 0.044 0.027 52 C 0.003 0.002 0.004 0.005 0.009 0.018 0.050 0.081 0.211 0.288 0.330 53 K 0.024 0.074 0.069 0.279 0.264 0.109 0.089 0.047 0.025 0.012 0.008 54 I 0.004 0.005 0.009 0.008 0.014 0.020 0.053 0.079 0.181 0.265 0.363 55 G 0.043 0.105 0.064 0.230 0.226 0.127 0.103 0.048 0.029 0.016 0.010 56 N 0.305 0.174 0.083 0.134 0.072 0.061 0.070 0.039 0.031 0.021 0.010 57 R 0.052 0.058 0.041 0.130 0.131 0.167 0.186 0.104 0.070 0.040 0.022 58 N 0.076 0.134 0.066 0.166 0.126 0.118 0.139 0.078 0.052 0.030 0.013 59 I 0.007 0.006 0.012 0.019 0.029 0.068 0.125 0.128 0.211 0.201 0.194 60 T 0.026 0.051 0.079 0.150 0.173 0.137 0.151 0.091 0.067 0.042 0.032 61 L 0.002 0.002 0.008 0.009 0.020 0.027 0.067 0.110 0.217 0.255 0.284 62 R 0.007 0.045 0.079 0.125 0.169 0.130 0.178 0.116 0.075 0.051 0.025 63 K 0.038 0.044 0.116 0.170 0.158 0.155 0.169 0.072 0.046 0.022 0.009 64 R 0.447 0.142 0.159 0.132 0.056 0.026 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 65 E 0.035 0.094 0.095 0.195 0.158 0.110 0.169 0.084 0.036 0.017 0.007 66 A 0.023 0.013 0.027 0.033 0.053 0.081 0.170 0.161 0.159 0.171 0.108 67 D 0.034 0.144 0.496 0.204 0.072 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 68 L 0.018 0.031 0.201 0.182 0.181 0.125 0.130 0.077 0.031 0.016 0.009 69 I 0.010 0.006 0.016 0.013 0.019 0.040 0.108 0.140 0.225 0.232 0.190 70 E 0.029 0.113 0.170 0.316 0.196 0.072 0.056 0.028 0.013 0.005 0.003 71 V 0.007 0.003 0.019 0.012 0.024 0.034 0.095 0.150 0.188 0.234 0.234 72 E 0.057 0.105 0.170 0.259 0.194 0.083 0.067 0.034 0.017 0.008 0.004 73 V 0.039 0.045 0.058 0.071 0.087 0.103 0.212 0.162 0.110 0.075 0.038 74 V 0.071 0.111 0.071 0.149 0.129 0.116 0.138 0.084 0.063 0.042 0.024 75 G 0.450 0.267 0.064 0.093 0.042 0.027 0.030 0.013 0.008 0.004 0.002 76 G 0.541 0.160 0.056 0.116 0.058 0.026 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 77 E 0.302 0.302 0.058 0.124 0.067 0.046 0.045 0.026 0.016 0.010 0.004 78 L 0.032 0.035 0.017 0.061 0.087 0.146 0.188 0.148 0.137 0.091 0.057 79 P 0.296 0.237 0.136 0.176 0.080 0.033 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 80 L 0.031 0.023 0.040 0.083 0.095 0.160 0.207 0.131 0.114 0.081 0.036 81 I 0.057 0.054 0.049 0.107 0.109 0.121 0.170 0.123 0.102 0.074 0.035 82 L 0.039 0.076 0.075 0.158 0.134 0.137 0.159 0.096 0.067 0.043 0.016 83 A 0.075 0.093 0.107 0.151 0.130 0.118 0.131 0.086 0.053 0.037 0.018 84 D 0.292 0.270 0.092 0.157 0.072 0.040 0.039 0.020 0.009 0.006 0.002 85 D 0.325 0.179 0.057 0.147 0.096 0.063 0.055 0.038 0.020 0.013 0.007 86 G 0.458 0.159 0.041 0.092 0.070 0.049 0.053 0.038 0.020 0.013 0.007 87 T 0.125 0.159 0.065 0.170 0.126 0.106 0.106 0.065 0.040 0.027 0.012 88 Y 0.035 0.032 0.029 0.054 0.073 0.162 0.192 0.126 0.137 0.106 0.055 89 E 0.220 0.237 0.109 0.223 0.106 0.045 0.032 0.016 0.007 0.003 0.002 90 I 0.020 0.018 0.017 0.040 0.050 0.084 0.144 0.143 0.190 0.177 0.118 91 T 0.050 0.055 0.028 0.104 0.123 0.127 0.171 0.127 0.100 0.074 0.040 92 K 0.146 0.190 0.136 0.249 0.126 0.062 0.042 0.025 0.013 0.007 0.003 93 L 0.053 0.038 0.031 0.066 0.082 0.137 0.183 0.136 0.115 0.094 0.064 94 N 0.149 0.160 0.045 0.134 0.108 0.088 0.113 0.078 0.061 0.039 0.024 95 G 0.261 0.143 0.047 0.130 0.105 0.078 0.094 0.063 0.041 0.024 0.014 96 G 0.284 0.136 0.066 0.130 0.101 0.074 0.082 0.050 0.037 0.025 0.015 97 R 0.129 0.130 0.063 0.163 0.128 0.110 0.127 0.071 0.043 0.025 0.011 98 R 0.096 0.091 0.073 0.174 0.153 0.133 0.124 0.076 0.043 0.025 0.012 99 F 0.042 0.046 0.059 0.090 0.099 0.142 0.208 0.129 0.093 0.062 0.029 100 L 0.037 0.057 0.114 0.201 0.168 0.123 0.131 0.078 0.048 0.030 0.012 101 F 0.031 0.032 0.079 0.086 0.093 0.139 0.203 0.127 0.099 0.080 0.030 102 R 0.035 0.101 0.205 0.284 0.156 0.081 0.067 0.037 0.019 0.011 0.004 103 M 0.020 0.024 0.048 0.056 0.072 0.127 0.205 0.160 0.128 0.110 0.049 104 K 0.075 0.113 0.193 0.222 0.160 0.092 0.072 0.040 0.020 0.010 0.005 105 N 0.126 0.121 0.148 0.136 0.107 0.092 0.123 0.071 0.038 0.026 0.012 106 L 0.040 0.032 0.035 0.061 0.080 0.127 0.192 0.130 0.137 0.103 0.063 107 G 0.416 0.283 0.091 0.107 0.047 0.019 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 108 I 0.130 0.071 0.075 0.162 0.146 0.111 0.134 0.082 0.046 0.028 0.016 109 E 0.233 0.294 0.114 0.135 0.078 0.051 0.044 0.025 0.013 0.010 0.004 110 S 0.069 0.156 0.064 0.193 0.158 0.140 0.117 0.059 0.026 0.012 0.006 111 G 0.422 0.131 0.069 0.108 0.080 0.054 0.051 0.039 0.020 0.016 0.009 112 K 0.062 0.050 0.047 0.101 0.101 0.141 0.211 0.125 0.090 0.054 0.017 113 K 0.043 0.144 0.105 0.306 0.177 0.087 0.069 0.036 0.020 0.010 0.004 114 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.015 0.042 0.080 0.207 0.290 0.356 115 Q 0.026 0.089 0.114 0.281 0.240 0.119 0.070 0.033 0.016 0.007 0.005 116 V 0.003 0.003 0.013 0.014 0.028 0.028 0.070 0.134 0.175 0.209 0.323 117 S 0.008 0.012 0.014 0.040 0.074 0.087 0.118 0.128 0.183 0.175 0.161 118 G 0.139 0.092 0.042 0.116 0.100 0.088 0.170 0.093 0.087 0.049 0.023 119 R 0.135 0.118 0.102 0.247 0.146 0.095 0.074 0.039 0.024 0.013 0.009 120 R 0.164 0.133 0.068 0.143 0.114 0.102 0.118 0.070 0.044 0.027 0.016 121 Y 0.117 0.111 0.038 0.118 0.106 0.118 0.145 0.100 0.071 0.046 0.029 122 Y 0.081 0.063 0.039 0.092 0.098 0.102 0.133 0.110 0.114 0.093 0.076 123 I 0.144 0.105 0.073 0.127 0.109 0.106 0.126 0.076 0.062 0.049 0.022 124 E 0.100 0.221 0.113 0.260 0.131 0.067 0.051 0.027 0.016 0.009 0.004 125 G 0.066 0.040 0.022 0.053 0.063 0.092 0.140 0.136 0.144 0.139 0.105 126 R 0.153 0.184 0.086 0.215 0.136 0.078 0.061 0.042 0.024 0.014 0.007 127 E 0.076 0.073 0.052 0.144 0.129 0.127 0.156 0.107 0.069 0.045 0.023 128 I 0.012 0.010 0.011 0.024 0.032 0.056 0.098 0.119 0.206 0.233 0.200 129 D 0.052 0.102 0.067 0.175 0.146 0.121 0.134 0.084 0.063 0.036 0.019 130 L 0.025 0.021 0.029 0.076 0.102 0.101 0.147 0.157 0.140 0.110 0.091 131 G 0.040 0.027 0.025 0.043 0.055 0.066 0.117 0.128 0.177 0.163 0.160 132 Y 0.058 0.077 0.040 0.154 0.162 0.123 0.158 0.098 0.069 0.038 0.023 133 G 0.121 0.067 0.040 0.075 0.078 0.070 0.115 0.104 0.125 0.108 0.097 134 E 0.199 0.238 0.067 0.187 0.115 0.063 0.060 0.030 0.021 0.012 0.008 135 A 0.159 0.099 0.046 0.132 0.108 0.096 0.122 0.087 0.072 0.050 0.030 136 T 0.148 0.128 0.073 0.159 0.116 0.112 0.114 0.065 0.044 0.027 0.015 137 K 0.041 0.082 0.076 0.181 0.147 0.140 0.149 0.082 0.055 0.030 0.016 138 I 0.016 0.015 0.023 0.029 0.035 0.052 0.109 0.125 0.213 0.208 0.176 139 W 0.024 0.044 0.049 0.119 0.126 0.110 0.154 0.125 0.119 0.078 0.053 140 V 0.017 0.016 0.032 0.042 0.053 0.058 0.103 0.139 0.193 0.181 0.167 141 R 0.025 0.029 0.043 0.084 0.133 0.101 0.163 0.172 0.116 0.074 0.060 142 R 0.040 0.050 0.061 0.099 0.122 0.086 0.164 0.167 0.107 0.065 0.039 143 V 0.138 0.083 0.083 0.143 0.129 0.085 0.131 0.090 0.061 0.034 0.022