# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.016 0.012 0.203 0.126 0.135 0.021 0.002 0.001 0.004 0.447 2 K 0.006 0.004 0.002 0.068 0.076 0.156 0.035 0.001 0.001 0.002 0.649 3 L 0.027 0.008 0.007 0.158 0.104 0.335 0.044 0.001 0.001 0.003 0.312 4 S 0.008 0.016 0.001 0.108 0.179 0.192 0.104 0.001 0.001 0.004 0.387 5 R 0.088 0.010 0.003 0.042 0.069 0.136 0.264 0.005 0.001 0.015 0.368 6 L 0.424 0.033 0.002 0.088 0.059 0.121 0.040 0.002 0.001 0.004 0.227 7 V 0.035 0.022 0.004 0.039 0.116 0.101 0.245 0.003 0.001 0.008 0.429 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 G 0.022 0.002 0.001 0.034 0.071 0.230 0.083 0.002 0.001 0.017 0.537 10 V 0.735 0.001 0.012 0.015 0.022 0.015 0.074 0.001 0.001 0.009 0.116 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 12 A 0.003 0.001 0.001 0.075 0.296 0.580 0.011 0.001 0.001 0.002 0.031 13 R 0.007 0.001 0.001 0.308 0.150 0.276 0.040 0.001 0.001 0.001 0.215 14 I 0.003 0.001 0.001 0.169 0.298 0.438 0.008 0.001 0.001 0.001 0.082 15 K 0.001 0.001 0.001 0.420 0.192 0.339 0.013 0.001 0.001 0.001 0.033 16 R 0.004 0.001 0.001 0.110 0.165 0.238 0.046 0.001 0.001 0.001 0.434 17 L 0.013 0.001 0.001 0.264 0.151 0.334 0.030 0.001 0.001 0.001 0.205 18 E 0.007 0.002 0.001 0.081 0.128 0.205 0.081 0.001 0.001 0.009 0.486 19 V 0.026 0.004 0.005 0.064 0.057 0.115 0.103 0.001 0.001 0.007 0.618 20 S 0.018 0.005 0.001 0.024 0.016 0.045 0.101 0.001 0.001 0.004 0.784 21 G 0.031 0.003 0.002 0.005 0.005 0.011 0.049 0.001 0.001 0.010 0.883 22 E 0.077 0.019 0.005 0.006 0.006 0.007 0.320 0.001 0.001 0.007 0.553 23 L 0.042 0.074 0.005 0.010 0.006 0.017 0.234 0.001 0.001 0.005 0.608 24 H 0.065 0.344 0.003 0.021 0.015 0.048 0.156 0.003 0.001 0.004 0.342 25 E 0.066 0.585 0.002 0.006 0.016 0.018 0.058 0.002 0.001 0.002 0.244 26 K 0.056 0.797 0.003 0.004 0.007 0.007 0.024 0.003 0.001 0.001 0.098 27 L 0.039 0.894 0.004 0.002 0.010 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.032 28 V 0.010 0.940 0.001 0.002 0.003 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.031 29 G 0.064 0.729 0.004 0.004 0.004 0.009 0.040 0.060 0.001 0.001 0.085 30 M 0.268 0.577 0.015 0.005 0.004 0.006 0.005 0.067 0.001 0.003 0.050 31 G 0.441 0.144 0.042 0.020 0.023 0.022 0.024 0.104 0.001 0.004 0.175 32 F 0.044 0.029 0.547 0.022 0.012 0.021 0.032 0.009 0.001 0.004 0.279 33 V 0.035 0.025 0.018 0.174 0.140 0.132 0.110 0.003 0.001 0.005 0.358 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.016 0.003 0.001 0.078 0.072 0.142 0.060 0.001 0.001 0.011 0.619 36 E 0.606 0.001 0.010 0.032 0.032 0.024 0.080 0.001 0.001 0.010 0.204 37 E 0.017 0.001 0.001 0.058 0.026 0.035 0.063 0.001 0.001 0.002 0.798 38 I 0.017 0.001 0.001 0.078 0.335 0.444 0.014 0.001 0.001 0.002 0.108 39 E 0.002 0.002 0.001 0.153 0.312 0.385 0.039 0.001 0.001 0.002 0.104 40 I 0.003 0.001 0.001 0.089 0.231 0.304 0.017 0.001 0.001 0.001 0.354 41 V 0.001 0.001 0.001 0.207 0.233 0.486 0.014 0.001 0.001 0.001 0.055 42 Q 0.005 0.004 0.001 0.131 0.315 0.337 0.038 0.001 0.001 0.003 0.166 43 V 0.023 0.005 0.001 0.089 0.208 0.416 0.029 0.001 0.001 0.002 0.227 44 A 0.022 0.009 0.001 0.080 0.202 0.362 0.072 0.001 0.001 0.003 0.247 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 46 L 0.018 0.003 0.001 0.026 0.032 0.151 0.071 0.001 0.001 0.005 0.691 47 G 0.277 0.003 0.004 0.012 0.019 0.035 0.058 0.005 0.001 0.025 0.562 48 D 0.487 0.003 0.032 0.011 0.020 0.021 0.087 0.001 0.001 0.008 0.331 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 I 0.005 0.001 0.001 0.064 0.268 0.539 0.030 0.001 0.001 0.005 0.089 51 V 0.043 0.004 0.001 0.135 0.147 0.247 0.042 0.001 0.001 0.002 0.379 52 C 0.010 0.002 0.001 0.093 0.406 0.424 0.005 0.001 0.001 0.001 0.059 53 K 0.004 0.004 0.001 0.119 0.306 0.389 0.029 0.001 0.001 0.002 0.147 54 I 0.010 0.004 0.001 0.114 0.321 0.397 0.025 0.001 0.001 0.001 0.127 55 G 0.003 0.003 0.001 0.100 0.127 0.344 0.117 0.001 0.001 0.006 0.300 56 N 0.040 0.001 0.003 0.033 0.050 0.102 0.074 0.001 0.001 0.044 0.653 57 R 0.214 0.002 0.016 0.062 0.050 0.058 0.196 0.001 0.001 0.021 0.380 58 N 0.016 0.003 0.006 0.056 0.103 0.169 0.212 0.001 0.001 0.018 0.416 59 I 0.012 0.006 0.003 0.066 0.271 0.471 0.041 0.001 0.001 0.004 0.126 60 T 0.012 0.016 0.001 0.063 0.212 0.430 0.038 0.001 0.001 0.001 0.229 61 L 0.017 0.025 0.001 0.074 0.279 0.320 0.048 0.001 0.001 0.002 0.234 62 R 0.021 0.041 0.001 0.038 0.095 0.329 0.107 0.002 0.001 0.002 0.364 63 K 0.042 0.079 0.002 0.045 0.132 0.245 0.103 0.002 0.001 0.005 0.344 64 R 0.026 0.180 0.001 0.012 0.058 0.085 0.073 0.004 0.001 0.005 0.556 65 E 0.125 0.122 0.004 0.015 0.029 0.110 0.194 0.014 0.001 0.008 0.379 66 A 0.241 0.331 0.008 0.016 0.046 0.077 0.050 0.016 0.001 0.007 0.208 67 D 0.159 0.150 0.016 0.029 0.217 0.246 0.035 0.011 0.001 0.005 0.132 68 L 0.074 0.135 0.061 0.066 0.063 0.091 0.026 0.017 0.001 0.004 0.464 69 I 0.043 0.016 0.004 0.141 0.368 0.314 0.007 0.001 0.001 0.001 0.106 70 E 0.006 0.017 0.005 0.271 0.160 0.271 0.031 0.004 0.001 0.005 0.230 71 V 0.007 0.005 0.001 0.118 0.345 0.388 0.009 0.001 0.001 0.001 0.127 72 E 0.001 0.003 0.001 0.343 0.180 0.378 0.016 0.001 0.001 0.002 0.075 73 V 0.005 0.003 0.001 0.082 0.184 0.221 0.032 0.001 0.001 0.001 0.471 74 V 0.008 0.005 0.001 0.114 0.159 0.367 0.072 0.001 0.001 0.002 0.273 75 G 0.016 0.006 0.001 0.035 0.069 0.096 0.117 0.001 0.001 0.015 0.643 76 G 0.180 0.007 0.004 0.024 0.025 0.036 0.101 0.001 0.001 0.016 0.606 77 E 0.136 0.007 0.011 0.017 0.008 0.023 0.154 0.002 0.001 0.013 0.629 78 L 0.068 0.013 0.014 0.030 0.073 0.134 0.120 0.002 0.001 0.011 0.536 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 80 L 0.027 0.010 0.002 0.047 0.111 0.258 0.077 0.001 0.001 0.003 0.464 81 I 0.155 0.025 0.002 0.075 0.124 0.170 0.069 0.001 0.001 0.003 0.377 82 L 0.088 0.054 0.002 0.060 0.161 0.234 0.057 0.002 0.001 0.003 0.340 83 A 0.052 0.064 0.002 0.076 0.094 0.195 0.091 0.003 0.001 0.003 0.420 84 D 0.041 0.040 0.001 0.030 0.050 0.074 0.151 0.006 0.001 0.006 0.601 85 D 0.087 0.033 0.006 0.024 0.022 0.038 0.085 0.005 0.001 0.023 0.677 86 G 0.186 0.013 0.015 0.019 0.019 0.021 0.316 0.004 0.001 0.030 0.377 87 T 0.272 0.008 0.048 0.017 0.012 0.018 0.280 0.001 0.001 0.036 0.308 88 Y 0.049 0.023 0.018 0.056 0.077 0.091 0.169 0.001 0.001 0.013 0.503 89 E 0.012 0.011 0.003 0.034 0.066 0.088 0.119 0.001 0.001 0.006 0.661 90 I 0.047 0.023 0.003 0.057 0.067 0.131 0.104 0.001 0.001 0.004 0.565 91 T 0.045 0.053 0.002 0.069 0.190 0.236 0.097 0.001 0.001 0.004 0.303 92 K 0.056 0.061 0.003 0.044 0.107 0.126 0.094 0.003 0.001 0.007 0.501 93 L 0.090 0.124 0.006 0.062 0.074 0.130 0.098 0.003 0.001 0.005 0.409 94 N 0.059 0.114 0.004 0.038 0.058 0.104 0.144 0.006 0.001 0.010 0.461 95 G 0.112 0.072 0.010 0.022 0.025 0.050 0.089 0.005 0.001 0.014 0.602 96 G 0.100 0.071 0.024 0.020 0.019 0.035 0.124 0.003 0.001 0.010 0.595 97 R 0.087 0.060 0.018 0.019 0.025 0.039 0.176 0.002 0.001 0.011 0.563 98 R 0.051 0.117 0.011 0.021 0.031 0.046 0.127 0.002 0.001 0.007 0.588 99 F 0.051 0.241 0.009 0.023 0.061 0.094 0.094 0.002 0.001 0.003 0.422 100 L 0.055 0.448 0.003 0.023 0.040 0.072 0.057 0.002 0.001 0.003 0.295 101 F 0.044 0.636 0.002 0.010 0.034 0.039 0.035 0.003 0.001 0.001 0.195 102 R 0.069 0.715 0.003 0.006 0.015 0.024 0.034 0.008 0.001 0.002 0.125 103 M 0.068 0.798 0.004 0.004 0.014 0.020 0.009 0.007 0.001 0.001 0.076 104 K 0.077 0.703 0.006 0.006 0.010 0.023 0.014 0.019 0.001 0.001 0.141 105 N 0.181 0.464 0.014 0.007 0.009 0.020 0.050 0.055 0.001 0.004 0.196 106 L 0.300 0.434 0.053 0.013 0.014 0.019 0.012 0.035 0.001 0.004 0.116 107 G 0.176 0.110 0.025 0.013 0.033 0.043 0.088 0.076 0.001 0.006 0.430 108 I 0.073 0.042 0.185 0.026 0.016 0.026 0.028 0.004 0.001 0.004 0.596 109 E 0.017 0.048 0.002 0.030 0.045 0.042 0.256 0.005 0.001 0.005 0.548 110 S 0.109 0.016 0.003 0.023 0.008 0.017 0.177 0.006 0.001 0.014 0.628 111 G 0.265 0.040 0.003 0.074 0.035 0.029 0.068 0.007 0.001 0.014 0.464 112 K 0.498 0.005 0.066 0.086 0.065 0.031 0.106 0.001 0.001 0.020 0.122 113 K 0.008 0.003 0.003 0.384 0.043 0.040 0.150 0.001 0.001 0.004 0.365 114 I 0.003 0.001 0.002 0.366 0.196 0.367 0.013 0.001 0.001 0.003 0.051 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.737 0.075 0.138 0.017 0.001 0.001 0.001 0.029 116 V 0.002 0.002 0.001 0.497 0.116 0.209 0.030 0.001 0.001 0.001 0.143 117 S 0.001 0.001 0.001 0.682 0.058 0.170 0.025 0.001 0.001 0.002 0.062 118 G 0.003 0.002 0.001 0.345 0.066 0.108 0.088 0.001 0.001 0.008 0.379 119 R 0.015 0.001 0.001 0.248 0.035 0.065 0.132 0.001 0.001 0.007 0.494 120 R 0.023 0.001 0.002 0.106 0.020 0.039 0.169 0.001 0.001 0.009 0.631 121 Y 0.044 0.004 0.001 0.068 0.038 0.062 0.170 0.001 0.001 0.017 0.595 122 Y 0.115 0.019 0.004 0.094 0.043 0.087 0.092 0.001 0.001 0.010 0.534 123 I 0.057 0.058 0.005 0.112 0.058 0.094 0.147 0.003 0.001 0.008 0.459 124 E 0.073 0.045 0.006 0.061 0.025 0.048 0.154 0.005 0.001 0.009 0.573 125 G 0.128 0.056 0.008 0.085 0.044 0.065 0.071 0.005 0.001 0.017 0.521 126 R 0.184 0.033 0.026 0.114 0.073 0.048 0.191 0.003 0.001 0.018 0.311 127 E 0.037 0.030 0.015 0.094 0.026 0.047 0.205 0.002 0.001 0.008 0.537 128 I 0.039 0.031 0.008 0.319 0.107 0.252 0.080 0.001 0.001 0.008 0.155 129 D 0.019 0.067 0.003 0.121 0.096 0.132 0.119 0.002 0.001 0.009 0.433 130 L 0.046 0.092 0.009 0.172 0.075 0.173 0.086 0.003 0.001 0.005 0.339 131 G 0.046 0.076 0.002 0.093 0.078 0.121 0.290 0.004 0.001 0.007 0.282 132 Y 0.119 0.085 0.010 0.070 0.069 0.103 0.139 0.006 0.001 0.025 0.375 133 G 0.134 0.098 0.005 0.060 0.097 0.135 0.064 0.007 0.001 0.009 0.391 134 E 0.124 0.063 0.020 0.044 0.049 0.079 0.116 0.004 0.001 0.011 0.489 135 A 0.044 0.040 0.003 0.044 0.039 0.059 0.163 0.006 0.001 0.009 0.592 136 T 0.180 0.018 0.007 0.047 0.140 0.184 0.073 0.006 0.001 0.019 0.326 137 K 0.153 0.021 0.017 0.131 0.138 0.143 0.086 0.003 0.001 0.010 0.297 138 I 0.011 0.006 0.006 0.121 0.313 0.305 0.042 0.001 0.001 0.002 0.194 139 W 0.002 0.002 0.001 0.215 0.206 0.495 0.013 0.001 0.001 0.003 0.062 140 V 0.003 0.004 0.001 0.134 0.258 0.425 0.015 0.001 0.001 0.001 0.160 141 R 0.001 0.002 0.001 0.173 0.261 0.481 0.015 0.001 0.001 0.001 0.066 142 R 0.006 0.002 0.001 0.085 0.168 0.327 0.049 0.001 0.001 0.002 0.361 143 V 0.015 0.004 0.001 0.101 0.199 0.385 0.033 0.001 0.001 0.002 0.261