# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.023 0.029 0.031 0.031 0.070 0.009 0.701 2 K 0.021 0.009 0.013 0.027 0.033 0.095 0.005 0.796 3 L 0.050 0.022 0.053 0.065 0.217 0.051 0.006 0.537 4 S 0.025 0.033 0.023 0.073 0.065 0.340 0.007 0.435 5 R 0.292 0.028 0.017 0.040 0.046 0.105 0.045 0.427 6 L 0.295 0.213 0.043 0.032 0.070 0.053 0.020 0.274 7 V 0.130 0.048 0.053 0.105 0.102 0.147 0.012 0.404 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 9 G 0.028 0.004 0.037 0.042 0.138 0.080 0.011 0.659 10 V 0.494 0.003 0.030 0.085 0.053 0.042 0.011 0.282 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 12 A 0.005 0.001 0.106 0.288 0.441 0.020 0.001 0.139 13 R 0.016 0.001 0.344 0.177 0.289 0.042 0.001 0.130 14 I 0.002 0.001 0.212 0.246 0.271 0.016 0.001 0.252 15 K 0.001 0.001 0.354 0.262 0.361 0.005 0.001 0.016 16 R 0.003 0.001 0.149 0.128 0.119 0.050 0.002 0.549 17 L 0.003 0.001 0.335 0.132 0.364 0.033 0.002 0.130 18 E 0.006 0.003 0.128 0.111 0.178 0.143 0.004 0.427 19 V 0.028 0.004 0.063 0.041 0.093 0.122 0.009 0.641 20 S 0.031 0.006 0.021 0.014 0.046 0.132 0.005 0.745 21 G 0.020 0.005 0.006 0.004 0.013 0.063 0.004 0.885 22 E 0.056 0.017 0.005 0.004 0.007 0.339 0.005 0.568 23 L 0.113 0.076 0.008 0.006 0.010 0.372 0.007 0.408 24 H 0.075 0.454 0.012 0.011 0.037 0.076 0.004 0.332 25 E 0.021 0.669 0.005 0.004 0.014 0.038 0.003 0.246 26 K 0.024 0.811 0.003 0.004 0.006 0.014 0.004 0.133 27 L 0.015 0.953 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.019 28 V 0.029 0.900 0.010 0.012 0.010 0.006 0.006 0.027 29 G 0.060 0.773 0.022 0.009 0.014 0.009 0.044 0.069 30 M 0.393 0.328 0.026 0.013 0.013 0.011 0.122 0.094 31 G 0.462 0.058 0.050 0.044 0.023 0.027 0.128 0.207 32 F 0.029 0.018 0.458 0.087 0.050 0.045 0.011 0.303 33 V 0.021 0.005 0.172 0.267 0.196 0.125 0.004 0.210 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.006 0.001 0.052 0.027 0.091 0.103 0.003 0.717 36 E 0.412 0.001 0.054 0.057 0.039 0.058 0.017 0.362 37 E 0.027 0.001 0.018 0.020 0.022 0.054 0.002 0.856 38 I 0.004 0.001 0.043 0.314 0.505 0.010 0.001 0.124 39 E 0.002 0.001 0.129 0.353 0.439 0.018 0.001 0.058 40 I 0.003 0.001 0.072 0.191 0.195 0.033 0.001 0.506 41 V 0.001 0.001 0.157 0.240 0.570 0.004 0.001 0.028 42 Q 0.002 0.001 0.105 0.321 0.323 0.021 0.002 0.225 43 V 0.007 0.001 0.117 0.184 0.402 0.025 0.005 0.259 44 A 0.012 0.002 0.113 0.291 0.339 0.052 0.002 0.189 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 46 L 0.021 0.001 0.037 0.062 0.365 0.101 0.005 0.408 47 G 0.086 0.003 0.018 0.016 0.029 0.174 0.020 0.653 48 D 0.561 0.002 0.012 0.041 0.031 0.079 0.016 0.257 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 50 I 0.021 0.002 0.069 0.240 0.210 0.291 0.002 0.165 51 V 0.042 0.003 0.159 0.137 0.406 0.057 0.003 0.194 52 C 0.006 0.004 0.095 0.439 0.400 0.006 0.001 0.050 53 K 0.004 0.003 0.232 0.211 0.439 0.016 0.001 0.094 54 I 0.007 0.007 0.136 0.352 0.337 0.034 0.002 0.125 55 G 0.004 0.007 0.083 0.247 0.397 0.062 0.005 0.195 56 N 0.027 0.007 0.057 0.100 0.197 0.121 0.024 0.465 57 R 0.221 0.008 0.071 0.090 0.111 0.152 0.039 0.309 58 N 0.061 0.008 0.073 0.084 0.130 0.228 0.010 0.407 59 I 0.016 0.007 0.092 0.221 0.296 0.105 0.003 0.259 60 T 0.008 0.006 0.092 0.191 0.485 0.056 0.002 0.159 61 L 0.025 0.027 0.092 0.165 0.273 0.075 0.004 0.340 62 R 0.020 0.047 0.069 0.143 0.315 0.099 0.005 0.303 63 K 0.024 0.075 0.047 0.079 0.243 0.058 0.007 0.467 64 R 0.018 0.053 0.015 0.028 0.050 0.213 0.014 0.609 65 E 0.296 0.061 0.015 0.031 0.053 0.217 0.053 0.275 66 A 0.205 0.325 0.032 0.047 0.063 0.062 0.016 0.250 67 D 0.077 0.110 0.059 0.228 0.222 0.080 0.017 0.207 68 L 0.070 0.066 0.093 0.075 0.145 0.064 0.018 0.469 69 I 0.033 0.021 0.143 0.348 0.323 0.012 0.008 0.112 70 E 0.010 0.006 0.194 0.303 0.377 0.017 0.004 0.089 71 V 0.004 0.004 0.193 0.324 0.283 0.012 0.003 0.178 72 E 0.002 0.001 0.207 0.298 0.441 0.009 0.001 0.042 73 V 0.003 0.002 0.023 0.084 0.066 0.031 0.002 0.789 74 V 0.005 0.002 0.151 0.100 0.473 0.037 0.002 0.230 75 G 0.009 0.004 0.029 0.037 0.050 0.103 0.005 0.764 76 G 0.099 0.004 0.025 0.026 0.057 0.093 0.022 0.673 77 E 0.149 0.008 0.027 0.024 0.037 0.122 0.018 0.616 78 L 0.094 0.011 0.030 0.044 0.065 0.172 0.006 0.577 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 80 L 0.032 0.006 0.015 0.050 0.146 0.126 0.003 0.623 81 I 0.191 0.031 0.024 0.082 0.109 0.071 0.007 0.485 82 L 0.097 0.080 0.024 0.101 0.149 0.049 0.006 0.493 83 A 0.087 0.078 0.041 0.119 0.174 0.070 0.009 0.421 84 D 0.065 0.069 0.021 0.067 0.073 0.099 0.016 0.591 85 D 0.074 0.047 0.026 0.028 0.055 0.071 0.028 0.672 86 G 0.218 0.022 0.035 0.028 0.036 0.238 0.063 0.360 87 T 0.298 0.010 0.050 0.035 0.032 0.196 0.038 0.341 88 Y 0.034 0.009 0.107 0.130 0.152 0.106 0.007 0.455 89 E 0.012 0.004 0.061 0.097 0.132 0.150 0.003 0.541 90 I 0.013 0.005 0.080 0.091 0.204 0.089 0.003 0.515 91 T 0.009 0.008 0.122 0.248 0.387 0.047 0.002 0.176 92 K 0.021 0.022 0.056 0.107 0.139 0.078 0.006 0.572 93 L 0.041 0.034 0.148 0.104 0.210 0.085 0.010 0.367 94 N 0.041 0.044 0.083 0.080 0.139 0.180 0.015 0.418 95 G 0.069 0.027 0.038 0.031 0.060 0.109 0.021 0.646 96 G 0.072 0.026 0.041 0.028 0.050 0.173 0.017 0.593 97 R 0.072 0.030 0.040 0.033 0.054 0.210 0.011 0.550 98 R 0.033 0.055 0.024 0.023 0.051 0.140 0.005 0.669 99 F 0.036 0.142 0.024 0.035 0.083 0.155 0.005 0.520 100 L 0.050 0.291 0.035 0.037 0.096 0.108 0.007 0.377 101 F 0.047 0.516 0.018 0.035 0.054 0.071 0.008 0.250 102 R 0.075 0.590 0.012 0.024 0.042 0.037 0.014 0.206 103 M 0.074 0.700 0.011 0.019 0.035 0.015 0.014 0.133 104 K 0.108 0.537 0.023 0.030 0.043 0.037 0.029 0.192 105 N 0.154 0.336 0.028 0.031 0.047 0.046 0.044 0.314 106 L 0.163 0.227 0.046 0.042 0.057 0.060 0.032 0.374 107 G 0.091 0.070 0.025 0.029 0.032 0.103 0.026 0.623 108 I 0.096 0.060 0.081 0.052 0.063 0.106 0.017 0.525 109 E 0.052 0.069 0.047 0.052 0.055 0.132 0.011 0.583 110 S 0.114 0.060 0.029 0.046 0.069 0.111 0.027 0.545 111 G 0.177 0.055 0.083 0.047 0.068 0.094 0.028 0.450 112 K 0.108 0.025 0.161 0.230 0.161 0.076 0.021 0.218 113 K 0.040 0.011 0.122 0.091 0.098 0.159 0.009 0.469 114 I 0.009 0.003 0.192 0.215 0.363 0.020 0.002 0.196 115 Q 0.001 0.001 0.272 0.335 0.347 0.011 0.001 0.032 116 V 0.006 0.005 0.173 0.188 0.223 0.046 0.002 0.357 117 S 0.004 0.002 0.338 0.170 0.381 0.022 0.002 0.082 118 G 0.009 0.005 0.079 0.115 0.215 0.074 0.006 0.497 119 R 0.021 0.004 0.090 0.080 0.185 0.106 0.008 0.507 120 R 0.012 0.003 0.021 0.027 0.041 0.059 0.003 0.834 121 Y 0.045 0.008 0.024 0.046 0.095 0.172 0.007 0.603 122 Y 0.135 0.016 0.047 0.076 0.124 0.110 0.011 0.479 123 I 0.087 0.029 0.058 0.106 0.124 0.112 0.008 0.474 124 E 0.045 0.020 0.033 0.052 0.075 0.103 0.009 0.663 125 G 0.074 0.023 0.067 0.060 0.125 0.089 0.017 0.544 126 R 0.166 0.018 0.099 0.096 0.095 0.131 0.021 0.375 127 E 0.041 0.012 0.093 0.067 0.081 0.124 0.008 0.574 128 I 0.018 0.009 0.166 0.215 0.304 0.051 0.003 0.234 129 D 0.013 0.021 0.099 0.131 0.239 0.100 0.004 0.393 130 L 0.038 0.036 0.107 0.067 0.187 0.080 0.008 0.477 131 G 0.063 0.042 0.115 0.070 0.136 0.266 0.017 0.290 132 Y 0.146 0.031 0.057 0.065 0.082 0.131 0.040 0.447 133 G 0.107 0.053 0.056 0.062 0.102 0.129 0.020 0.472 134 E 0.082 0.030 0.039 0.062 0.070 0.211 0.015 0.491 135 A 0.079 0.030 0.035 0.045 0.064 0.140 0.016 0.591 136 T 0.197 0.030 0.057 0.129 0.145 0.080 0.025 0.337 137 K 0.118 0.014 0.138 0.116 0.142 0.108 0.012 0.352 138 I 0.013 0.006 0.184 0.329 0.251 0.028 0.003 0.186 139 W 0.002 0.001 0.211 0.258 0.464 0.011 0.001 0.051 140 V 0.003 0.002 0.159 0.274 0.350 0.022 0.001 0.189 141 R 0.001 0.001 0.307 0.223 0.406 0.013 0.001 0.047 142 R 0.004 0.003 0.068 0.121 0.151 0.067 0.003 0.583 143 V 0.011 0.004 0.179 0.102 0.420 0.040 0.004 0.240