# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.243 0.217 0.049 0.174 0.038 0.106 0.056 0.029 0.031 0.001 2 K 0.030 0.402 0.443 0.015 0.016 0.075 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 3 L 0.330 0.154 0.384 0.039 0.021 0.043 0.004 0.001 0.017 0.002 0.006 4 S 0.554 0.112 0.124 0.124 0.036 0.014 0.018 0.002 0.012 0.002 0.001 5 R 0.182 0.157 0.132 0.329 0.078 0.023 0.056 0.007 0.030 0.005 0.001 6 L 0.111 0.142 0.605 0.051 0.015 0.034 0.022 0.002 0.010 0.003 0.005 7 V 0.012 0.438 0.325 0.004 0.010 0.012 0.003 0.001 0.190 0.003 0.001 8 P 0.111 0.002 0.786 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 9 G 0.004 0.001 0.007 0.012 0.010 0.003 0.011 0.904 0.001 0.046 0.001 10 V 0.012 0.301 0.596 0.006 0.021 0.005 0.002 0.001 0.053 0.002 0.001 11 P 0.038 0.016 0.888 0.010 0.004 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 12 A 0.034 0.407 0.252 0.044 0.189 0.035 0.007 0.013 0.012 0.004 0.002 13 R 0.012 0.818 0.093 0.007 0.051 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 14 I 0.019 0.486 0.350 0.008 0.025 0.100 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 15 K 0.090 0.560 0.183 0.026 0.066 0.033 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 16 R 0.057 0.380 0.212 0.040 0.189 0.054 0.020 0.001 0.044 0.002 0.001 17 L 0.081 0.533 0.217 0.051 0.043 0.036 0.008 0.001 0.028 0.001 0.002 18 E 0.116 0.369 0.279 0.068 0.078 0.046 0.011 0.002 0.026 0.004 0.001 19 V 0.130 0.348 0.229 0.087 0.081 0.060 0.012 0.002 0.045 0.004 0.002 20 S 0.293 0.088 0.292 0.158 0.050 0.046 0.049 0.003 0.013 0.007 0.002 21 G 0.332 0.009 0.038 0.030 0.046 0.016 0.054 0.307 0.002 0.167 0.001 22 E 0.905 0.011 0.034 0.036 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.892 0.031 0.020 0.040 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 H 0.977 0.007 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.988 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.948 0.020 0.003 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 27 L 0.947 0.009 0.017 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 V 0.890 0.021 0.015 0.067 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 G 0.827 0.007 0.017 0.063 0.022 0.006 0.030 0.013 0.005 0.011 0.001 30 M 0.107 0.017 0.047 0.798 0.004 0.002 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 31 G 0.025 0.013 0.045 0.015 0.027 0.005 0.387 0.338 0.003 0.141 0.001 32 F 0.053 0.226 0.585 0.044 0.019 0.055 0.006 0.001 0.006 0.001 0.002 33 V 0.005 0.461 0.316 0.003 0.019 0.008 0.002 0.001 0.181 0.004 0.001 34 P 0.072 0.002 0.810 0.007 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.093 35 G 0.016 0.019 0.042 0.039 0.130 0.009 0.032 0.658 0.004 0.050 0.001 36 E 0.048 0.352 0.488 0.022 0.064 0.008 0.003 0.001 0.011 0.002 0.002 37 E 0.022 0.459 0.405 0.019 0.031 0.052 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 38 I 0.008 0.807 0.111 0.005 0.044 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 39 E 0.006 0.785 0.133 0.002 0.033 0.033 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 40 I 0.015 0.736 0.163 0.004 0.021 0.048 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 41 V 0.045 0.693 0.117 0.011 0.085 0.015 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 42 Q 0.060 0.515 0.201 0.018 0.134 0.029 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 43 V 0.099 0.491 0.241 0.068 0.037 0.035 0.008 0.001 0.015 0.001 0.003 44 A 0.023 0.203 0.384 0.004 0.138 0.007 0.005 0.001 0.202 0.032 0.001 45 P 0.386 0.007 0.451 0.019 0.003 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.116 46 L 0.143 0.054 0.327 0.327 0.018 0.016 0.091 0.010 0.008 0.003 0.001 47 G 0.004 0.003 0.014 0.009 0.015 0.002 0.032 0.797 0.001 0.123 0.001 48 D 0.008 0.284 0.563 0.013 0.054 0.010 0.008 0.001 0.057 0.002 0.001 49 P 0.025 0.078 0.798 0.014 0.017 0.030 0.002 0.001 0.007 0.001 0.028 50 I 0.011 0.754 0.124 0.013 0.079 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 51 V 0.003 0.859 0.086 0.003 0.030 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 C 0.002 0.827 0.083 0.002 0.058 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 K 0.002 0.795 0.125 0.001 0.019 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 I 0.012 0.636 0.241 0.010 0.027 0.052 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 55 G 0.039 0.092 0.114 0.051 0.215 0.028 0.168 0.102 0.017 0.173 0.001 56 N 0.029 0.063 0.077 0.097 0.220 0.025 0.246 0.156 0.015 0.072 0.001 57 R 0.056 0.463 0.283 0.065 0.083 0.011 0.014 0.003 0.017 0.003 0.001 58 N 0.038 0.519 0.272 0.024 0.080 0.039 0.008 0.001 0.014 0.001 0.002 59 I 0.019 0.781 0.138 0.008 0.030 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 60 T 0.031 0.710 0.159 0.008 0.045 0.029 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 61 L 0.039 0.469 0.268 0.017 0.110 0.059 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 62 R 0.068 0.356 0.396 0.017 0.052 0.057 0.006 0.001 0.045 0.002 0.001 63 K 0.687 0.038 0.181 0.029 0.022 0.017 0.010 0.001 0.007 0.005 0.003 64 R 0.745 0.022 0.056 0.106 0.021 0.015 0.021 0.005 0.004 0.004 0.001 65 E 0.400 0.085 0.057 0.388 0.011 0.021 0.017 0.003 0.017 0.001 0.001 66 A 0.536 0.118 0.156 0.073 0.021 0.011 0.066 0.007 0.008 0.003 0.001 67 D 0.446 0.107 0.060 0.260 0.026 0.014 0.073 0.003 0.008 0.002 0.001 68 L 0.112 0.325 0.100 0.298 0.091 0.015 0.038 0.002 0.019 0.001 0.001 69 I 0.007 0.855 0.098 0.005 0.018 0.006 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 70 E 0.004 0.546 0.294 0.002 0.006 0.142 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 V 0.004 0.854 0.085 0.002 0.016 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 72 E 0.006 0.483 0.371 0.002 0.041 0.046 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 73 V 0.035 0.257 0.556 0.012 0.042 0.065 0.004 0.001 0.023 0.001 0.005 74 V 0.084 0.554 0.190 0.045 0.073 0.014 0.009 0.002 0.025 0.002 0.002 75 G 0.041 0.072 0.157 0.086 0.236 0.017 0.145 0.088 0.011 0.146 0.001 76 G 0.052 0.040 0.082 0.068 0.171 0.016 0.091 0.291 0.005 0.182 0.001 77 E 0.155 0.293 0.322 0.140 0.042 0.021 0.007 0.003 0.011 0.003 0.002 78 L 0.048 0.407 0.403 0.008 0.039 0.011 0.005 0.001 0.074 0.004 0.001 79 P 0.156 0.028 0.728 0.014 0.008 0.028 0.002 0.001 0.005 0.001 0.031 80 L 0.186 0.322 0.338 0.043 0.052 0.028 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 81 I 0.127 0.500 0.240 0.027 0.057 0.019 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 82 L 0.106 0.398 0.314 0.040 0.048 0.060 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 83 A 0.263 0.327 0.232 0.057 0.058 0.027 0.007 0.001 0.024 0.003 0.001 84 D 0.338 0.183 0.177 0.123 0.063 0.043 0.024 0.002 0.039 0.006 0.002 85 D 0.146 0.053 0.158 0.436 0.032 0.016 0.129 0.009 0.012 0.008 0.001 86 G 0.032 0.012 0.037 0.021 0.036 0.007 0.133 0.574 0.002 0.146 0.001 87 T 0.167 0.247 0.336 0.162 0.037 0.026 0.010 0.002 0.011 0.002 0.001 88 Y 0.116 0.355 0.320 0.048 0.061 0.029 0.015 0.004 0.045 0.006 0.001 89 E 0.237 0.266 0.344 0.041 0.047 0.036 0.006 0.001 0.016 0.002 0.003 90 I 0.244 0.281 0.261 0.078 0.047 0.056 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 91 T 0.294 0.349 0.148 0.101 0.052 0.018 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 92 K 0.195 0.195 0.203 0.102 0.125 0.055 0.053 0.007 0.051 0.013 0.001 93 L 0.297 0.217 0.214 0.166 0.028 0.033 0.015 0.002 0.024 0.002 0.002 94 N 0.182 0.132 0.243 0.232 0.047 0.027 0.073 0.013 0.029 0.020 0.001 95 G 0.038 0.017 0.094 0.052 0.071 0.011 0.169 0.311 0.004 0.233 0.001 96 G 0.114 0.033 0.136 0.056 0.097 0.024 0.062 0.254 0.006 0.217 0.001 97 R 0.438 0.147 0.257 0.089 0.028 0.021 0.005 0.002 0.009 0.003 0.001 98 R 0.550 0.146 0.136 0.059 0.057 0.023 0.008 0.002 0.016 0.003 0.001 99 F 0.637 0.141 0.111 0.035 0.039 0.019 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 100 L 0.854 0.057 0.046 0.023 0.009 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 101 F 0.857 0.042 0.032 0.036 0.019 0.005 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 102 R 0.799 0.053 0.031 0.078 0.016 0.006 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 103 M 0.728 0.060 0.061 0.097 0.019 0.009 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 104 K 0.650 0.118 0.088 0.101 0.012 0.009 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 105 N 0.466 0.095 0.184 0.117 0.035 0.042 0.025 0.002 0.032 0.002 0.001 106 L 0.327 0.093 0.184 0.326 0.015 0.012 0.026 0.002 0.012 0.002 0.001 107 G 0.080 0.021 0.106 0.033 0.078 0.024 0.168 0.238 0.013 0.239 0.001 108 I 0.479 0.109 0.283 0.087 0.017 0.011 0.002 0.001 0.008 0.002 0.002 109 E 0.337 0.203 0.187 0.134 0.039 0.035 0.019 0.003 0.035 0.007 0.001 110 S 0.129 0.098 0.266 0.294 0.039 0.017 0.123 0.007 0.016 0.007 0.003 111 G 0.009 0.022 0.034 0.021 0.102 0.005 0.094 0.589 0.005 0.120 0.001 112 K 0.018 0.389 0.487 0.022 0.057 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 113 K 0.009 0.636 0.247 0.012 0.042 0.039 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 114 I 0.002 0.898 0.050 0.001 0.034 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 Q 0.002 0.712 0.189 0.001 0.026 0.062 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 116 V 0.005 0.788 0.128 0.003 0.019 0.039 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 117 S 0.018 0.664 0.159 0.019 0.077 0.014 0.008 0.001 0.040 0.001 0.001 118 G 0.009 0.030 0.043 0.015 0.295 0.013 0.078 0.184 0.007 0.325 0.001 119 R 0.063 0.230 0.350 0.091 0.126 0.046 0.033 0.007 0.038 0.015 0.002 120 R 0.217 0.230 0.306 0.128 0.052 0.026 0.011 0.003 0.017 0.007 0.004 121 Y 0.204 0.211 0.187 0.168 0.093 0.052 0.039 0.010 0.025 0.010 0.002 122 Y 0.176 0.331 0.164 0.166 0.093 0.025 0.012 0.004 0.025 0.003 0.002 123 I 0.125 0.386 0.225 0.078 0.070 0.038 0.017 0.004 0.049 0.007 0.001 124 E 0.144 0.137 0.482 0.103 0.027 0.048 0.034 0.002 0.017 0.003 0.004 125 G 0.088 0.076 0.126 0.097 0.155 0.027 0.072 0.217 0.014 0.128 0.001 126 R 0.205 0.254 0.268 0.075 0.109 0.037 0.017 0.005 0.022 0.007 0.001 127 E 0.264 0.316 0.232 0.086 0.033 0.044 0.007 0.001 0.015 0.001 0.002 128 I 0.332 0.346 0.124 0.070 0.063 0.028 0.007 0.001 0.025 0.002 0.001 129 D 0.229 0.167 0.284 0.090 0.050 0.101 0.033 0.001 0.041 0.002 0.002 130 L 0.379 0.242 0.117 0.153 0.051 0.012 0.016 0.003 0.024 0.003 0.001 131 G 0.319 0.106 0.143 0.073 0.183 0.030 0.032 0.036 0.027 0.050 0.001 132 Y 0.261 0.198 0.272 0.178 0.039 0.017 0.015 0.002 0.015 0.003 0.001 133 G 0.083 0.021 0.081 0.026 0.085 0.017 0.068 0.217 0.008 0.394 0.001 134 E 0.422 0.101 0.210 0.172 0.041 0.020 0.014 0.003 0.010 0.005 0.002 135 A 0.228 0.116 0.142 0.280 0.082 0.027 0.071 0.018 0.022 0.012 0.001 136 T 0.180 0.302 0.213 0.134 0.086 0.020 0.037 0.004 0.018 0.003 0.002 137 K 0.057 0.540 0.183 0.054 0.105 0.028 0.014 0.001 0.016 0.001 0.001 138 I 0.012 0.823 0.103 0.007 0.034 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 139 W 0.014 0.658 0.232 0.006 0.022 0.060 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 140 V 0.024 0.731 0.151 0.008 0.032 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 141 R 0.032 0.659 0.150 0.013 0.094 0.020 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 142 R 0.023 0.501 0.289 0.014 0.082 0.050 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 143 V 0.088 0.458 0.323 0.020 0.048 0.033 0.004 0.001 0.022 0.001 0.002