# TARGET TR462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR462.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3675 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.504 0.202 0.015 0.186 0.009 0.008 0.011 0.005 0.011 0.010 2 K 0.131 0.335 0.067 0.008 0.299 0.007 0.013 0.043 0.021 0.027 0.050 3 L 0.172 0.058 0.016 0.008 0.144 0.013 0.029 0.165 0.248 0.070 0.077 4 S 0.018 0.077 0.039 0.037 0.055 0.107 0.158 0.273 0.167 0.049 0.020 5 R 0.117 0.124 0.058 0.007 0.241 0.007 0.054 0.155 0.063 0.137 0.036 6 L 0.181 0.209 0.125 0.005 0.261 0.007 0.031 0.037 0.036 0.061 0.046 7 V 0.028 0.286 0.450 0.071 0.057 0.044 0.010 0.021 0.009 0.009 0.016 8 P 0.012 0.282 0.075 0.071 0.026 0.080 0.331 0.058 0.050 0.010 0.005 9 G 0.012 0.003 0.008 0.042 0.006 0.008 0.003 0.003 0.008 0.799 0.108 10 V 0.012 0.624 0.212 0.008 0.118 0.004 0.005 0.003 0.003 0.006 0.004 11 P 0.356 0.073 0.009 0.004 0.497 0.004 0.009 0.003 0.004 0.011 0.029 12 A 0.100 0.303 0.029 0.003 0.553 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 13 R 0.224 0.027 0.001 0.001 0.743 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 I 0.523 0.019 0.001 0.001 0.422 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 15 K 0.200 0.114 0.019 0.019 0.498 0.051 0.026 0.003 0.002 0.005 0.062 16 R 0.358 0.047 0.008 0.001 0.533 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.038 17 L 0.181 0.161 0.030 0.006 0.430 0.010 0.014 0.018 0.023 0.037 0.089 18 E 0.157 0.179 0.120 0.042 0.224 0.034 0.042 0.038 0.017 0.057 0.090 19 V 0.071 0.190 0.115 0.113 0.093 0.070 0.054 0.109 0.046 0.089 0.050 20 S 0.028 0.129 0.137 0.185 0.046 0.060 0.066 0.173 0.081 0.071 0.023 21 G 0.011 0.028 0.033 0.051 0.015 0.028 0.026 0.429 0.244 0.113 0.021 22 E 0.027 0.066 0.018 0.003 0.051 0.004 0.016 0.609 0.119 0.073 0.015 23 L 0.023 0.023 0.003 0.001 0.024 0.002 0.011 0.748 0.116 0.037 0.013 24 H 0.011 0.010 0.002 0.002 0.013 0.004 0.010 0.848 0.081 0.013 0.007 25 E 0.007 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.007 0.866 0.093 0.007 0.002 26 K 0.005 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.894 0.049 0.024 0.002 27 L 0.015 0.010 0.002 0.001 0.012 0.001 0.019 0.767 0.133 0.035 0.006 28 V 0.006 0.023 0.008 0.005 0.011 0.012 0.074 0.700 0.138 0.019 0.005 29 G 0.052 0.026 0.023 0.014 0.045 0.016 0.113 0.406 0.119 0.161 0.026 30 M 0.024 0.315 0.180 0.022 0.079 0.029 0.053 0.104 0.078 0.089 0.026 31 G 0.052 0.169 0.142 0.045 0.132 0.025 0.050 0.094 0.073 0.126 0.092 32 F 0.277 0.118 0.075 0.005 0.202 0.005 0.027 0.020 0.024 0.169 0.078 33 V 0.003 0.316 0.620 0.034 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 34 P 0.011 0.108 0.039 0.060 0.019 0.082 0.440 0.109 0.118 0.010 0.005 35 G 0.013 0.007 0.014 0.061 0.009 0.012 0.004 0.011 0.021 0.786 0.062 36 E 0.026 0.491 0.193 0.017 0.187 0.013 0.014 0.014 0.014 0.023 0.009 37 E 0.322 0.060 0.005 0.002 0.561 0.002 0.004 0.005 0.004 0.010 0.025 38 I 0.197 0.128 0.015 0.003 0.630 0.004 0.006 0.002 0.003 0.002 0.011 39 E 0.191 0.115 0.007 0.001 0.662 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 40 I 0.547 0.027 0.001 0.001 0.375 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.038 41 V 0.200 0.113 0.016 0.012 0.487 0.045 0.036 0.016 0.009 0.011 0.053 42 Q 0.284 0.095 0.018 0.004 0.488 0.006 0.007 0.014 0.007 0.020 0.057 43 V 0.176 0.105 0.034 0.011 0.274 0.017 0.040 0.040 0.044 0.135 0.125 44 A 0.054 0.320 0.323 0.051 0.128 0.022 0.024 0.019 0.015 0.022 0.022 45 P 0.108 0.124 0.118 0.067 0.110 0.047 0.053 0.129 0.094 0.094 0.055 46 L 0.027 0.172 0.111 0.123 0.048 0.090 0.177 0.082 0.092 0.064 0.015 47 G 0.033 0.026 0.044 0.153 0.033 0.055 0.029 0.020 0.032 0.489 0.086 48 D 0.069 0.362 0.176 0.012 0.314 0.004 0.006 0.009 0.010 0.023 0.015 49 P 0.250 0.141 0.031 0.009 0.396 0.016 0.035 0.027 0.038 0.021 0.037 50 I 0.189 0.213 0.031 0.004 0.480 0.009 0.019 0.009 0.010 0.009 0.027 51 V 0.298 0.035 0.002 0.001 0.652 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 52 C 0.151 0.153 0.012 0.001 0.670 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 53 K 0.413 0.048 0.011 0.002 0.421 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.090 54 I 0.125 0.086 0.047 0.218 0.113 0.164 0.047 0.035 0.024 0.051 0.090 55 G 0.014 0.045 0.054 0.483 0.022 0.170 0.138 0.015 0.010 0.038 0.011 56 N 0.077 0.072 0.102 0.140 0.085 0.020 0.010 0.018 0.034 0.342 0.100 57 R 0.103 0.292 0.063 0.012 0.355 0.017 0.029 0.037 0.045 0.027 0.020 58 N 0.220 0.149 0.018 0.005 0.501 0.007 0.012 0.020 0.011 0.017 0.039 59 I 0.323 0.088 0.012 0.004 0.482 0.007 0.009 0.019 0.011 0.013 0.034 60 T 0.188 0.178 0.032 0.006 0.495 0.009 0.010 0.031 0.009 0.009 0.032 61 L 0.292 0.117 0.016 0.003 0.336 0.008 0.018 0.090 0.022 0.039 0.058 62 R 0.116 0.264 0.065 0.020 0.238 0.027 0.027 0.097 0.043 0.052 0.051 63 K 0.094 0.099 0.033 0.021 0.110 0.024 0.038 0.301 0.178 0.059 0.043 64 R 0.016 0.064 0.040 0.015 0.031 0.029 0.090 0.379 0.257 0.065 0.015 65 E 0.077 0.038 0.015 0.005 0.064 0.008 0.072 0.211 0.154 0.283 0.073 66 A 0.141 0.165 0.037 0.007 0.200 0.017 0.075 0.110 0.152 0.034 0.063 67 D 0.068 0.076 0.034 0.021 0.115 0.100 0.228 0.153 0.070 0.078 0.057 68 L 0.271 0.132 0.019 0.004 0.394 0.006 0.035 0.035 0.023 0.037 0.045 69 I 0.165 0.099 0.010 0.001 0.692 0.005 0.010 0.005 0.003 0.002 0.008 70 E 0.300 0.039 0.005 0.001 0.608 0.003 0.004 0.004 0.002 0.004 0.031 71 V 0.274 0.117 0.014 0.002 0.524 0.003 0.006 0.004 0.003 0.007 0.047 72 E 0.115 0.297 0.070 0.006 0.468 0.006 0.008 0.004 0.002 0.003 0.022 73 V 0.286 0.147 0.044 0.007 0.313 0.009 0.012 0.040 0.019 0.038 0.085 74 V 0.042 0.171 0.088 0.158 0.079 0.138 0.090 0.079 0.052 0.064 0.039 75 G 0.027 0.058 0.056 0.343 0.037 0.135 0.109 0.054 0.046 0.107 0.028 76 G 0.037 0.088 0.134 0.130 0.073 0.030 0.029 0.062 0.091 0.270 0.057 77 E 0.154 0.134 0.049 0.013 0.257 0.014 0.047 0.057 0.088 0.134 0.054 78 L 0.074 0.403 0.148 0.023 0.194 0.019 0.025 0.028 0.028 0.027 0.031 79 P 0.139 0.187 0.086 0.028 0.228 0.029 0.047 0.088 0.075 0.041 0.053 80 L 0.163 0.147 0.049 0.009 0.271 0.012 0.029 0.113 0.088 0.073 0.045 81 I 0.136 0.216 0.048 0.007 0.326 0.010 0.024 0.093 0.037 0.056 0.048 82 L 0.165 0.163 0.060 0.015 0.265 0.017 0.029 0.095 0.040 0.077 0.074 83 A 0.095 0.174 0.172 0.046 0.146 0.032 0.040 0.134 0.050 0.065 0.045 84 D 0.055 0.105 0.116 0.099 0.076 0.071 0.069 0.202 0.092 0.082 0.033 85 D 0.025 0.184 0.094 0.131 0.047 0.082 0.112 0.123 0.088 0.087 0.026 86 G 0.038 0.048 0.054 0.087 0.045 0.033 0.026 0.057 0.066 0.418 0.129 87 T 0.130 0.200 0.075 0.021 0.241 0.013 0.022 0.055 0.047 0.120 0.076 88 Y 0.106 0.310 0.123 0.034 0.235 0.025 0.028 0.051 0.027 0.030 0.031 89 E 0.142 0.220 0.075 0.019 0.272 0.019 0.030 0.097 0.045 0.039 0.042 90 I 0.338 0.068 0.013 0.003 0.353 0.007 0.016 0.076 0.040 0.042 0.044 91 T 0.107 0.246 0.070 0.019 0.296 0.028 0.033 0.096 0.031 0.030 0.043 92 K 0.224 0.104 0.047 0.015 0.271 0.015 0.029 0.098 0.038 0.066 0.093 93 L 0.112 0.117 0.073 0.029 0.144 0.033 0.054 0.180 0.078 0.113 0.066 94 N 0.043 0.112 0.090 0.175 0.061 0.112 0.099 0.131 0.045 0.093 0.039 95 G 0.040 0.131 0.116 0.203 0.059 0.066 0.054 0.092 0.048 0.140 0.050 96 G 0.044 0.090 0.102 0.096 0.064 0.033 0.027 0.152 0.099 0.220 0.074 97 R 0.064 0.213 0.077 0.018 0.139 0.016 0.029 0.247 0.102 0.065 0.030 98 R 0.101 0.137 0.029 0.009 0.168 0.011 0.023 0.351 0.095 0.048 0.029 99 F 0.080 0.078 0.012 0.003 0.124 0.008 0.020 0.517 0.098 0.041 0.019 100 L 0.060 0.038 0.007 0.003 0.074 0.007 0.022 0.610 0.103 0.051 0.025 101 F 0.042 0.056 0.012 0.004 0.064 0.008 0.028 0.632 0.099 0.041 0.015 102 R 0.043 0.047 0.015 0.004 0.057 0.008 0.047 0.548 0.136 0.071 0.024 103 M 0.050 0.060 0.017 0.003 0.069 0.007 0.035 0.469 0.185 0.084 0.021 104 K 0.027 0.081 0.041 0.009 0.051 0.013 0.073 0.475 0.176 0.036 0.020 105 N 0.062 0.028 0.022 0.011 0.047 0.018 0.116 0.383 0.106 0.169 0.037 106 L 0.016 0.551 0.150 0.031 0.061 0.027 0.043 0.062 0.019 0.031 0.011 107 G 0.077 0.055 0.063 0.095 0.070 0.034 0.025 0.093 0.059 0.269 0.159 108 I 0.114 0.112 0.105 0.016 0.146 0.015 0.043 0.192 0.140 0.079 0.036 109 E 0.058 0.072 0.074 0.096 0.074 0.090 0.102 0.207 0.096 0.088 0.042 110 S 0.046 0.344 0.123 0.061 0.115 0.053 0.113 0.052 0.029 0.045 0.019 111 G 0.056 0.037 0.034 0.092 0.047 0.028 0.014 0.023 0.028 0.368 0.271 112 K 0.110 0.371 0.093 0.012 0.338 0.010 0.013 0.016 0.008 0.014 0.017 113 K 0.330 0.059 0.006 0.002 0.564 0.003 0.004 0.005 0.002 0.005 0.020 114 I 0.303 0.084 0.009 0.001 0.558 0.003 0.005 0.005 0.004 0.003 0.025 115 Q 0.221 0.110 0.015 0.003 0.570 0.007 0.008 0.009 0.003 0.005 0.048 116 V 0.412 0.036 0.009 0.006 0.246 0.009 0.011 0.024 0.011 0.064 0.170 117 S 0.030 0.131 0.070 0.272 0.056 0.174 0.159 0.031 0.013 0.035 0.028 118 G 0.053 0.036 0.079 0.429 0.051 0.069 0.031 0.020 0.015 0.166 0.050 119 R 0.123 0.153 0.134 0.038 0.251 0.016 0.016 0.060 0.094 0.084 0.031 120 R 0.046 0.113 0.058 0.025 0.095 0.037 0.088 0.187 0.263 0.059 0.030 121 Y 0.123 0.102 0.048 0.019 0.162 0.022 0.074 0.118 0.104 0.158 0.071 122 Y 0.139 0.152 0.080 0.023 0.203 0.022 0.029 0.098 0.065 0.114 0.075 123 I 0.097 0.134 0.106 0.054 0.140 0.041 0.052 0.165 0.063 0.091 0.057 124 E 0.094 0.108 0.072 0.062 0.128 0.040 0.053 0.150 0.076 0.160 0.056 125 G 0.077 0.180 0.121 0.056 0.151 0.025 0.026 0.160 0.070 0.096 0.039 126 R 0.059 0.120 0.054 0.016 0.125 0.016 0.031 0.344 0.151 0.054 0.029 127 E 0.140 0.070 0.014 0.004 0.168 0.008 0.032 0.327 0.106 0.096 0.036 128 I 0.121 0.176 0.029 0.008 0.252 0.016 0.029 0.229 0.059 0.050 0.032 129 D 0.166 0.074 0.027 0.010 0.237 0.015 0.035 0.240 0.087 0.055 0.054 130 L 0.066 0.066 0.033 0.012 0.085 0.020 0.053 0.383 0.166 0.076 0.040 131 G 0.067 0.089 0.059 0.040 0.088 0.043 0.170 0.202 0.081 0.121 0.041 132 Y 0.094 0.168 0.099 0.085 0.105 0.054 0.056 0.072 0.051 0.163 0.054 133 G 0.046 0.103 0.194 0.179 0.065 0.064 0.034 0.063 0.065 0.135 0.052 134 E 0.129 0.103 0.061 0.015 0.195 0.013 0.049 0.128 0.151 0.102 0.053 135 A 0.174 0.055 0.022 0.014 0.148 0.032 0.148 0.094 0.134 0.086 0.092 136 T 0.074 0.282 0.081 0.032 0.214 0.083 0.094 0.043 0.019 0.048 0.030 137 K 0.237 0.047 0.003 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 138 I 0.152 0.027 0.001 0.001 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 W 0.267 0.025 0.001 0.001 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 140 V 0.490 0.030 0.002 0.001 0.387 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.078 141 R 0.149 0.256 0.045 0.015 0.456 0.019 0.014 0.004 0.002 0.007 0.032 142 R 0.297 0.099 0.015 0.002 0.535 0.003 0.003 0.004 0.003 0.010 0.029 143 V 0.211 0.164 0.033 0.009 0.390 0.014 0.020 0.023 0.033 0.035 0.068